Published February 14, 2024 | Version v1
Publication Open

COVID-19 reinfections in Mexico City: implications for public health

Creators

  • 1. National Institute of Genomic Medicine
  • 2. Universidad Nacional Autónoma de México
  • 3. Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías
  • 4. Tecnológico de Monterrey
  • 5. Instituto Tecnológico de Culiacán

Description

Background Since its appearance, COVID-19 has immensely impacted our society. Public health measures, from the initial lockdowns to vaccination campaigns, have mitigated the crisis. However, SARS-CoV-2's persistence and evolving variants continue to pose global threats, increasing the risk of reinfections. Despite vaccination progress, understanding reinfections remains crucial for informed public health responses. Methods We collected available data on clinical and genomic information for SARS-CoV-2 samples from patients treated in Mexico City from 2020 epidemiological week 10 to 2023 epidemiological week 06 encompassing the whole public health emergency's period. To identify clinical data we utilized the SISVER (Respiratory Disease Epidemiological Surveillance System) database for SARS-CoV-2 patients who received medical attention in Mexico City. For genomic surveillance we analyzed genomic data previously uploaded to GISAID generated by Mexican institutions. We used these data sources to generate descriptors of case number, hospitalization, death and reinfection rates, and viral variant prevalence throughout the pandemic period. Findings The fraction of reinfected individuals in the COVID-19 infected population steadily increased as the pandemic progressed in Mexico City. Most reinfections occurred during the fifth wave (40%). This wave was characterized by the coexistence of multiple variants exceeding 80% prevalence; whereas all other waves showed a unique characteristic dominant variant (prevalence >95%). Shifts in symptom patient care type and severity were observed, 2.53% transitioned from hospitalized to ambulatory care type during reinfection and 0.597% showed the opposite behavior; also 7.23% showed a reduction in severity of symptoms and 6.05% displayed an increase in severity. Unvaccinated individuals accounted for the highest percentage of reinfections (41.6%), followed by vaccinated individuals (31.9%). Most reinfections occurred after the fourth wave, dominated by the Omicron variant; and after the vaccination campaign was already underway. Interpretation Our analysis suggests reduced infection severity in reinfections, evident through shifts in symptom severity and care patterns. Unvaccinated individuals accounted for most reinfections. While our study centers on Mexico City, its findings may hold implications for broader regions, contributing insights into reinfection dynamics.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الخلفية منذ ظهوره، أثر COVID -19 بشكل كبير على مجتمعنا. وقد خففت تدابير الصحة العامة، من عمليات الإغلاق الأولية إلى حملات التطعيم، من حدة الأزمة. ومع ذلك، لا يزال استمرار فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة والمتغيرات المتطورة يشكل تهديدات عالمية، مما يزيد من خطر إعادة العدوى. على الرغم من التقدم المحرز في التطعيم، لا يزال فهم حالات إعادة العدوى أمرًا بالغ الأهمية للاستجابات الصحية العامة المستنيرة. الأساليب جمعنا البيانات المتاحة عن المعلومات السريرية والجينية لعينات فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة من المرضى الذين عولجوا في مكسيكو سيتي من الأسبوع الوبائي 2020 من 10 إلى 2023 الأسبوع الوبائي 06 الذي يشمل فترة طوارئ الصحة العامة بأكملها. لتحديد البيانات السريرية، استخدمنا قاعدة بيانات نظام الترصد الوبائي للأمراض التنفسية (SISVER) لمرضى سارس- كوف-2 الذين تلقوا رعاية طبية في مكسيكو سيتي. بالنسبة للمراقبة الجينية، قمنا بتحليل البيانات الجينية التي تم تحميلها مسبقًا إلى GISAID التي تم إنشاؤها بواسطة المؤسسات المكسيكية. استخدمنا مصادر البيانات هذه لإنشاء أوصاف لرقم الحالة، والاستشفاء، ومعدلات الوفاة وإعادة العدوى، وانتشار المتغيرات الفيروسية طوال فترة الوباء. النتائج زادت نسبة الأفراد المصابين مرة أخرى في السكان المصابين بـ COVID -19 بشكل مطرد مع تقدم الوباء في مكسيكو سيتي. حدثت معظم حالات إعادة العدوى خلال الموجة الخامسة (40 ٪). تميزت هذه الموجة بالتعايش بين متغيرات متعددة تتجاوز 80 ٪ من الانتشار ؛ في حين أظهرت جميع الموجات الأخرى متغيرًا سائدًا مميزًا فريدًا (الانتشار >95 ٪). لوحظت تحولات في نوع وشدة رعاية المرضى بالأعراض، وانتقل 2.53 ٪ من نوع الرعاية في المستشفى إلى نوع الرعاية الإسعافية أثناء إعادة العدوى وأظهر 0.597 ٪ السلوك المعاكس ؛ كما أظهر 7.23 ٪ انخفاضًا في شدة الأعراض وأظهر 6.05 ٪ زيادة في الشدة. وشكل الأفراد غير الملقحين أعلى نسبة من حالات إعادة العدوى (41.6 ٪)، يليهم الأفراد الملقحون (31.9 ٪). حدثت معظم حالات إعادة العدوى بعد الموجة الرابعة، التي يهيمن عليها متغير أوميكرون ؛ وبعد أن كانت حملة التطعيم جارية بالفعل. التفسير يشير تحليلنا إلى انخفاض شدة العدوى في حالات إعادة العدوى، ويتضح ذلك من خلال التحولات في شدة الأعراض وأنماط الرعاية. وشكل الأفراد غير الملقحين معظم حالات إعادة العدوى. بينما تركز دراستنا على مكسيكو سيتي، قد يكون لنتائجها آثار على مناطق أوسع، مما يساهم في رؤى حول ديناميكيات إعادة العدوى.

Translated Description (French)

Contexte Depuis son apparition, la COVID-19 a eu un impact considérable sur notre société. Les mesures de santé publique, des confinements initiaux aux campagnes de vaccination, ont atténué la crise. Cependant, la persistance et l'évolution des variants du SRAS-CoV-2 continuent de poser des menaces mondiales, augmentant le risque de réinfections. Malgré les progrès de la vaccination, la compréhension des réinfections reste cruciale pour des réponses de santé publique éclairées. Méthodes Nous avons recueilli les données disponibles sur les informations cliniques et génomiques pour les échantillons de SRAS-CoV-2 provenant de patients traités à Mexico de la semaine épidémiologique 2020 10 à la semaine épidémiologique 2023 06 couvrant toute la période de l'urgence de santé publique. Pour identifier les données cliniques, nous avons utilisé la base de données SISVER (Respiratory Disease Epidemiological Surveillance System) pour les patients atteints du SRAS-CoV-2 qui ont reçu des soins médicaux à Mexico. Pour la surveillance génomique, nous avons analysé les données génomiques précédemment téléchargées sur GISAID générées par les institutions mexicaines. Nous avons utilisé ces sources de données pour générer des descripteurs du nombre de cas, des hospitalisations, des taux de décès et de réinfection et de la prévalence des variants viraux tout au long de la période pandémique. Constatations La proportion de personnes réinfectées dans la population infectée par le COVID-19 a augmenté régulièrement à mesure que la pandémie progressait à Mexico. La plupart des réinfections se sont produites au cours de la cinquième vague (40 %). Cette vague était caractérisée par la coexistence de multiples variants dépassant 80 % de prévalence ; alors que toutes les autres vagues présentaient un variant dominant caractéristique unique (prévalence >95 %). Des changements dans le type et la gravité des soins aux patients symptomatiques ont été observés, 2,53 % sont passés du type de soins hospitaliers au type de soins ambulatoires pendant la réinfection et 0,597 % ont montré le comportement opposé ; également 7,23 % ont montré une réduction de la gravité des symptômes et 6,05 % ont montré une augmentation de la gravité. Les personnes non vaccinées représentaient le pourcentage le plus élevé de réinfections (41,6 %), suivies des personnes vaccinées (31,9 %). La plupart des réinfections sont survenues après la quatrième vague, dominée par le variant Omicron ; et après que la campagne de vaccination était déjà en cours. Interprétation Notre analyse suggère une réduction de la gravité de l'infection dans les réinfections, évidente par des changements dans la gravité des symptômes et les schémas de soins. Les personnes non vaccinées représentaient la plupart des réinfections. Bien que notre étude soit centrée sur Mexico, ses résultats peuvent avoir des implications pour des régions plus larges, apportant des informations sur la dynamique de réinfection.

Translated Description (Spanish)

Antecedentes Desde su aparición, el COVID-19 ha impactado inmensamente a nuestra sociedad. Las medidas de salud pública, desde los confinamientos iniciales hasta las campañas de vacunación, han mitigado la crisis. Sin embargo, la persistencia y la evolución de las variantes del SARS-CoV-2 siguen planteando amenazas globales, lo que aumenta el riesgo de reinfecciones. A pesar del progreso de la vacunación, comprender las reinfecciones sigue siendo crucial para las respuestas de salud pública informadas. Métodos Recopilamos datos disponibles sobre información clínica y genómica para muestras de SARS-CoV-2 de pacientes tratados en la Ciudad de México desde la semana epidemiológica 10 de 2020 hasta la semana epidemiológica 06 de 2023 que abarca todo el período de emergencia de salud pública. Para identificar los datos clínicos, utilizamos la base de datos SISVER (Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades Respiratorias) para pacientes con SARS-CoV-2 que recibieron atención médica en la Ciudad de México. Para la vigilancia genómica analizamos datos genómicos previamente subidos a GISAID generados por instituciones mexicanas. Utilizamos estas fuentes de datos para generar descriptores del número de casos, las tasas de hospitalización, muerte y reinfección, y la prevalencia de variantes virales a lo largo del período pandémico. Hallazgos La fracción de individuos reinfectados en la población infectada por COVID-19 aumentó constantemente a medida que avanzaba la pandemia en la Ciudad de México. La mayoría de las reinfecciones se produjeron durante la quinta ola (40%). Esta ola se caracterizó por la coexistencia de múltiples variantes que superan el 80% de prevalencia; mientras que todas las demás olas mostraron una variante dominante característica única (prevalencia >95%). Se observaron cambios en el tipo y la gravedad de la atención al paciente con síntomas, el 2,53% pasó del tipo de atención hospitalizada al ambulatoria durante la reinfección y el 0,597% mostró el comportamiento opuesto; también el 7,23% mostró una reducción en la gravedad de los síntomas y el 6,05% mostró un aumento en la gravedad. Los individuos no vacunados representaron el mayor porcentaje de reinfecciones (41,6%), seguidos por los individuos vacunados (31,9%). La mayoría de las reinfecciones ocurrieron después de la cuarta ola, dominada por la variante Ómicron; y después de que la campaña de vacunación ya estaba en marcha. Interpretación Nuestro análisis sugiere una reducción de la gravedad de la infección en las reinfecciones, evidente a través de cambios en la gravedad de los síntomas y los patrones de atención. Las personas no vacunadas representaron la mayoría de las reinfecciones. Si bien nuestro estudio se centra en la Ciudad de México, sus hallazgos pueden tener implicaciones para regiones más amplias, aportando información sobre la dinámica de la reinfección.

Files

pdf.pdf

Files (1.4 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:c68d96c4facf0291e42ddc008ee897f9
1.4 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
إعادة عدوى كوفيد-19 في مكسيكو سيتي: الآثار المترتبة على الصحة العامة
Translated title (French)
Réinfections à la COVID-19 à Mexico : implications pour la santé publique
Translated title (Spanish)
Reinfecciones por COVID-19 en la Ciudad de México: implicaciones para la salud pública

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4391831909
DOI
10.3389/fpubh.2023.1321283

Is supplement to
https://openalex.org/W4389619052 (Other)
https://openalex.org/W4388331511 (Other)
https://openalex.org/W3095506146 (Other)
https://openalex.org/W2619149464 (Other)
https://openalex.org/W2588357404 (Other)
https://openalex.org/W2360551470 (Other)
https://openalex.org/W2133021400 (Other)
https://openalex.org/W2126777821 (Other)
https://openalex.org/W1983796428 (Other)
https://openalex.org/W120152436 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Mexico

References

  • https://openalex.org/W3086292481
  • https://openalex.org/W3092024794
  • https://openalex.org/W3111542598
  • https://openalex.org/W3124900748
  • https://openalex.org/W3131389548
  • https://openalex.org/W3157174146
  • https://openalex.org/W3160506378
  • https://openalex.org/W3163749247
  • https://openalex.org/W3165369455
  • https://openalex.org/W3184154143
  • https://openalex.org/W3193097582
  • https://openalex.org/W3208059369
  • https://openalex.org/W3209547321
  • https://openalex.org/W3211430680
  • https://openalex.org/W3214204511
  • https://openalex.org/W4200137031
  • https://openalex.org/W4200256430
  • https://openalex.org/W4210280527
  • https://openalex.org/W4213110291
  • https://openalex.org/W4213333001
  • https://openalex.org/W4225268881
  • https://openalex.org/W4225529850
  • https://openalex.org/W4225574157
  • https://openalex.org/W4226269906
  • https://openalex.org/W4283026725
  • https://openalex.org/W4283719322
  • https://openalex.org/W4283741728
  • https://openalex.org/W4285993171
  • https://openalex.org/W4289526046
  • https://openalex.org/W4290991936
  • https://openalex.org/W4294216081
  • https://openalex.org/W4295021362
  • https://openalex.org/W4295298761
  • https://openalex.org/W4296097312
  • https://openalex.org/W4296806570
  • https://openalex.org/W4308457381
  • https://openalex.org/W4308767470
  • https://openalex.org/W4309486879
  • https://openalex.org/W4312095635
  • https://openalex.org/W4315866100
  • https://openalex.org/W4321611793
  • https://openalex.org/W4328048093
  • https://openalex.org/W4362561385