Published May 4, 2023 | Version v1
Publication Metadata-only

A panel of diverse Klebsiella pneumoniae clinical isolates for research and development

Creators

  • 1. Walter Reed Army Institute of Research
  • 2. Armed Forces Research Institute of Medical Science
  • 3. Rochester General Hospital
  • 4. Uniformed Services University of the Health Sciences

Description

Klebsiella pneumoniae are a leading cause of healthcare-associated infections worldwide. In particular, strains expressing extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) and carbapenemases pose serious treatment challenges, leading the World Health Organization (WHO) to designate ESBL and carbapenem-resistant Enterobacteriaceae as 'critical' threats to human health. Research efforts to combat these pathogens can be supported by accessibility to diverse and clinically relevant isolates for testing novel therapeutics. Here, we describe a panel of 100 diverse K. pneumoniae isolates that are publicly available to assist the research community in this endeavour. Whole-genome sequencing (WGS) was performed on 3878 K . pneumoniae clinical isolates housed at the Multidrug-Resistant Organism Repository and Surveillance Network. The isolates were cultured from 63 facilities in 19 countries between 2001 and 2020. Core-genome multilocus sequence typing and high-resolution single-nucleotide polymorphism-based phylogenetic analyses captured the genetic diversity of the collection and were used to select the final panel of 100 isolates. In addition to known multidrug-resistant (MDR) pandemic lineages, the final panel includes hypervirulent lineages and isolates with specific and diverse resistance genes and virulence biomarkers. A broad range of antibiotic susceptibilities, ranging from pan-sensitive to extensively drug-resistant isolates, are described. The panel collection, and all associated metadata and genome sequences, are available at no additional cost and will be an important resource for the research community and for the design and development of novel antimicrobial agents and diagnostics against this important pathogen.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

Klebsiella pneumoniae هي السبب الرئيسي للعدوى المرتبطة بالرعاية الصحية في جميع أنحاء العالم. على وجه الخصوص، تشكل السلالات التي تعبر عن β - lactamases (ESBLs) و carbapenemases تحديات علاجية خطيرة، مما دفع منظمة الصحة العالمية (WHO) إلى تصنيف ESBL والبكتيريا المعوية المقاومة للكاربابينيم على أنها تهديدات "حرجة" لصحة الإنسان. يمكن دعم الجهود البحثية لمكافحة هذه مسببات الأمراض من خلال الوصول إلى عزلات متنوعة وذات صلة سريريًا لاختبار علاجات جديدة. هنا، نصف لجنة مكونة من 100 نوع من أنواع K. pneumoniae المعزولة والمتاحة للجمهور لمساعدة مجتمع البحث في هذا المسعى. تم إجراء تسلسل الجينوم الكامل (WGS) على 3878 K . العزلة السريرية الرئوية الموجودة في مستودع الكائنات المقاومة للأدوية المتعددة وشبكة المراقبة. تم استزراع العزلات من 63 منشأة في 19 دولة بين عامي 2001 و 2020. التقطت كتابة تسلسل الجينوم الأساسي متعدد البؤر والتحليلات الوراثية القائمة على تعدد الأشكال أحادية النوكليوتيد عالية الدقة التنوع الجيني للمجموعة واستخدمت لاختيار اللوحة النهائية المكونة من 100 عزل. بالإضافة إلى الأنساب الوبائية المعروفة المقاومة للأدوية المتعددة (MDR)، تتضمن اللوحة النهائية الأنساب شديدة الفوعة والعزل مع جينات مقاومة محددة ومتنوعة ومؤشرات حيوية للفوعة. يتم وصف مجموعة واسعة من حساسيات المضادات الحيوية، بدءًا من العزلات الحساسة للمقلاة إلى العزلات المقاومة للأدوية على نطاق واسع. تتوفر مجموعة اللوحات، وجميع البيانات الوصفية وتسلسلات الجينوم المرتبطة بها، دون أي تكلفة إضافية وستكون موردًا مهمًا لمجتمع البحث ولتصميم وتطوير عوامل مضادة للميكروبات وتشخيصات جديدة ضد هذا الممرض المهم.

Translated Description (French)

Klebsiella pneumoniae est l'une des principales causes d'infections associées aux soins de santé dans le monde. En particulier, les souches exprimant des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) et des carbapénémases posent de graves problèmes de traitement, ce qui a conduit l'Organisation mondiale de la santé (OMS) à désigner les BLSE et les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes comme des menaces « critiques » pour la santé humaine. Les efforts de recherche pour lutter contre ces agents pathogènes peuvent être soutenus par l'accessibilité à des isolats divers et cliniquement pertinents pour tester de nouveaux traitements. Ici, nous décrivons un panel de 100 isolats de K. pneumoniae divers qui sont accessibles au public pour aider la communauté des chercheurs dans cette entreprise. Le séquençage du génome entier (WGS) a été effectué sur 3878 isolats cliniques de K . pneumoniae hébergés dans le réseau de stockage et de surveillance des organismes multirésistants. Les isolats ont été cultivés dans 63 installations dans 19 pays entre 2001 et 2020. Le typage de la séquence multilocale du génome central et les analyses phylogénétiques basées sur le polymorphisme à haute résolution d'un seul nucléotide ont capturé la diversité génétique de la collection et ont été utilisés pour sélectionner le panel final de 100 isolats. En plus des lignées pandémiques multirésistantes (MDR) connues, le panel final comprend des lignées hypervirulentes et des isolats avec des gènes de résistance et des biomarqueurs de virulence spécifiques et divers. Un large éventail de susceptibilités aux antibiotiques, allant des isolats pan-sensibles aux isolats largement résistants aux médicaments, est décrit. La collection du panel, ainsi que toutes les métadonnées et séquences génomiques associées, sont disponibles sans frais supplémentaires et constitueront une ressource importante pour la communauté de recherche et pour la conception et le développement de nouveaux agents antimicrobiens et diagnostics contre cet agent pathogène important.

Translated Description (Spanish)

La Klebsiella pneumoniae es una de las principales causas de infecciones asociadas a la atención médica en todo el mundo. En particular, las cepas que expresan β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) y carbapenemasas plantean serios desafíos de tratamiento, lo que lleva a la Organización Mundial de la Salud (OMS) a designar la BLEE y las enterobacterias resistentes a los carbapenemas como amenazas "críticas" para la salud humana. Los esfuerzos de investigación para combatir estos patógenos pueden estar respaldados por la accesibilidad a aislados diversos y clínicamente relevantes para probar nuevas terapias. Aquí, describimos un panel de 100 aislados diversos de K. pneumoniae que están disponibles públicamente para ayudar a la comunidad investigadora en este esfuerzo. La secuenciación del genoma completo (WGS) se realizó en 3878 aislados clínicos de K . pneumoniae alojados en el Repositorio de Organismos Multirresistentes y la Red de Vigilancia. Los aislados se cultivaron en 63 instalaciones en 19 países entre 2001 y 2020. El tipado de secuencias multilocus del genoma central y los análisis filogenéticos basados en polimorfismos de un solo nucleótido de alta resolución capturaron la diversidad genética de la colección y se utilizaron para seleccionar el panel final de 100 aislados. Además de los linajes pandémicos conocidos resistentes a múltiples fármacos (MDR), el panel final incluye linajes hipervirulentos y aislados con genes de resistencia específicos y diversos y biomarcadores de virulencia. Se describe una amplia gama de susceptibilidades a los antibióticos, que van desde aislados pan-sensibles hasta extensamente resistentes a los medicamentos. La colección de paneles, y todos los metadatos y secuencias genómicas asociados, están disponibles sin costo adicional y serán un recurso importante para la comunidad investigadora y para el diseño y desarrollo de nuevos agentes antimicrobianos y diagnósticos contra este importante patógeno.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
لجنة من العزلات السريرية المختلفة للكلبسيلة الرئوية للبحث والتطوير
Translated title (French)
Un panel de divers isolats cliniques de Klebsiella pneumoniae pour la recherche et le développement
Translated title (Spanish)
Un panel de diversos aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae para investigación y desarrollo

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4368356169
DOI
10.1099/mgen.0.000967

Is supplement to
https://openalex.org/W2941777425 (Other)
https://openalex.org/W2626611523 (Other)
https://openalex.org/W2380387590 (Other)
https://openalex.org/W2366514823 (Other)
https://openalex.org/W2330331857 (Other)
https://openalex.org/W2155927421 (Other)
https://openalex.org/W2132072542 (Other)
https://openalex.org/W2092382060 (Other)
https://openalex.org/W2089706501 (Other)
https://openalex.org/W2030437188 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1826616185
  • https://openalex.org/W1895017250
  • https://openalex.org/W1991331030
  • https://openalex.org/W1994576782
  • https://openalex.org/W2011276820
  • https://openalex.org/W2048355391
  • https://openalex.org/W2088527369
  • https://openalex.org/W2090016597
  • https://openalex.org/W2091164904
  • https://openalex.org/W2099303284
  • https://openalex.org/W2104162650
  • https://openalex.org/W2115486016
  • https://openalex.org/W2121917249
  • https://openalex.org/W2122673596
  • https://openalex.org/W2125456570
  • https://openalex.org/W2126338544
  • https://openalex.org/W2141052558
  • https://openalex.org/W2142343447
  • https://openalex.org/W2145069900
  • https://openalex.org/W2412176113
  • https://openalex.org/W2502067836
  • https://openalex.org/W2574997685
  • https://openalex.org/W2587596319
  • https://openalex.org/W2615583214
  • https://openalex.org/W2750630201
  • https://openalex.org/W2783961388
  • https://openalex.org/W2786889446
  • https://openalex.org/W2787205498
  • https://openalex.org/W2850196136
  • https://openalex.org/W2899841051
  • https://openalex.org/W2904601403
  • https://openalex.org/W2941864079
  • https://openalex.org/W2950284789
  • https://openalex.org/W2952620784
  • https://openalex.org/W2959244262
  • https://openalex.org/W2965957986
  • https://openalex.org/W2967125766
  • https://openalex.org/W2972287527
  • https://openalex.org/W2982066846
  • https://openalex.org/W2990618091
  • https://openalex.org/W3003557820
  • https://openalex.org/W3005039565
  • https://openalex.org/W3005968613
  • https://openalex.org/W3045379091
  • https://openalex.org/W3106794676
  • https://openalex.org/W3113167153
  • https://openalex.org/W3128743052
  • https://openalex.org/W3136455567
  • https://openalex.org/W3162979769
  • https://openalex.org/W3181261361
  • https://openalex.org/W3215404993
  • https://openalex.org/W4206677002
  • https://openalex.org/W4210817069
  • https://openalex.org/W4213222357
  • https://openalex.org/W4220761910
  • https://openalex.org/W4221095845
  • https://openalex.org/W4226124856
  • https://openalex.org/W4280638878
  • https://openalex.org/W4281682674
  • https://openalex.org/W4289860991