Published May 4, 2021
| Version v1
Publication
Open
Genetic Diversity and Prevalence of Giardia duodenalis in Qatar
Creators
- 1. Qatar University
- 2. Ministry of Public Health
- 3. University of Nottingham
- 4. Sana'a University
- 5. Jazan University
Description
Background Giardia duodenalis is a common human intestinal parasite worldwide, and the causative agent of diarrhea, with the severity of disease ranging from asymptomatic to intense and debilitating infection. G. duodenalis is known to consist of eight genetically distinct assemblages, named from A to H. No data available on the genotypes and genetic diversity of G. duodenalis circulating in Qatar. Methods We genotyped 54 human Giardia isolates, collected from asymptomatic immigrants in Qatar, using a multilocus genotyping (MLGs) tool. We also investigated relationships between the subjects' genotypes and their demographic data. Results Genomic DNA from 54 isolates were tested by PCR and sequence analysis at three loci: glutamate dehydrogenase ( gdh ), β-giardin ( bg ) and triose phosphate ( tpi )). Assemblage A was identified in nine (16.67%), assemblage B in thirty (55.55%), and a mixture of assemblages A+B in fifteen (27.78%) isolates. All assemblage A isolates, genotyped in different loci, were assigned to sub-assemblage AII, and six of them had MLGs AII-1 while one new MLG was identified in two isolates. Sequences of assemblage B isolates have high level of genetic diversity and high presence of heterogeneous peaks, especially within the gdh gene. No significant associations between genotypes and the immigrants' demographic data were found due to the extensive number of new variants. Conclusions MLGs was used herein to genotype 54 immigrant Giardia isolates. The high level of genetic variability found in our isolates hampered MLGs determination, more investigations are now required to consolidate our findings, and to enable a comprehensive understanding of the diversity within G. duodenalis assemblage B isolates.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
خلفية الجيارديا الاثني عشرية هي طفيلي معوي بشري شائع في جميع أنحاء العالم، والعامل المسبب للإسهال، مع شدة المرض التي تتراوح من دون أعراض إلى العدوى الشديدة والموهنة. من المعروف أن G. الاثني عشر يتكون من ثمانية تجمعات متميزة وراثيا، سميت من A إلى H. لا توجد بيانات متاحة عن الأنماط الجينية والتنوع الجيني لـ G. الاثني عشر المنتشر في قطر. الأساليب قمنا بالتنميط الجيني لـ 54 من عزلات الجيارديا البشرية، التي تم جمعها من المهاجرين بدون أعراض في قطر، باستخدام أداة التنميط الجيني متعددة المجالات (MLGs). كما قمنا بالتحقيق في العلاقات بين الأنماط الجينية للمشاركين وبياناتهم الديموغرافية. تم اختبار الحمض النووي الجيني للنتائج من 54 عزلات عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل وتحليل التسلسل في ثلاثة مواضع: نازعة هيدروجين الغلوتامات (gdh)، β - giardin ( bg ) والفوسفات الثلاثي ( tpi)). تم تحديد التجمع أ في تسعة (16.67 ٪)، والتجمع ب في ثلاثين (55.55 ٪)، ومزيج من التجمعات أ+ب في خمسة عشر (27.78 ٪) عزل. تم تعيين جميع عزلات المجموعة أ، المصممة جينيًا في مواضع مختلفة، للتجميع الفرعي AII، وكان ستة منها تحتوي على MLGs AII -1 بينما تم تحديد MLG جديد في عازلتين. تحتوي تسلسلات عزلات التجمع B على مستوى عالٍ من التنوع الجيني ووجود مرتفع لقمم غير متجانسة، خاصة داخل جين gdh. لم يتم العثور على ارتباطات كبيرة بين الأنماط الجينية والبيانات الديموغرافية للمهاجرين بسبب العدد الكبير من المتغيرات الجديدة. تم استخدام الاستنتاجات MLGs هنا للتنميط الجيني لعزلات الجيارديا المهاجرة 54. أدى المستوى العالي من التباين الجيني الموجود في عزلاتنا إلى إعاقة تحديد MLGs، وهناك حاجة الآن إلى مزيد من التحقيقات لتوحيد النتائج التي توصلنا إليها، وتمكين فهم شامل للتنوع داخل عزلات تجمع G. الاثني عشر B.Translated Description (French)
Contexte Giardia duodenalis est un parasite intestinal humain courant dans le monde entier, et l'agent causal de la diarrhée, avec une gravité de la maladie allant d'une infection asymptomatique à une infection intense et débilitante. G. duodenalis est connu pour se composer de huit assemblages génétiquement distincts, nommés de A à H. Aucune donnée disponible sur les génotypes et la diversité génétique de G. duodenalis circulant au Qatar. Méthodes Nous avons génotypé 54 isolats humains de Giardia, collectés auprès d'immigrants asymptomatiques au Qatar, à l'aide d'un outil de génotypage multilocus (MLG). Nous avons également étudié les relations entre les génotypes des sujets et leurs données démographiques. Résultats L'ADN génomique de 54 isolats a été testé par PCR et analyse de séquence à trois locus : glutamate déshydrogénase ( gdh ), β-giardin ( bg ) et triose phosphate ( tpi )). L'assemblage A a été identifié dans neuf (16,67%), l'assemblage B dans trente (55,55%) et un mélange d'assemblages A+B dans quinze (27,78%) isolats. Tous les isolats de l'assemblage A, génotypés dans différents locus, ont été affectés au sous-assemblage AII, et six d'entre eux avaient des MLG AII-1 tandis qu'une nouvelle MLG a été identifiée dans deux isolats. Les séquences des isolats de l'assemblage B ont un niveau élevé de diversité génétique et une forte présence de pics hétérogènes, en particulier au sein du gène gdh. Aucune association significative entre les génotypes et les données démographiques des immigrants n'a été trouvée en raison du grand nombre de nouvelles variantes. Conclusions Les GEM ont été utilisées ici pour génotyper 54 isolats de Giardia d'immigrants. Le niveau élevé de variabilité génétique trouvé dans nos isolats a entravé la détermination des MLG, plus d'investigations sont maintenant nécessaires pour consolider nos résultats et pour permettre une compréhension complète de la diversité au sein des isolats de l'assemblage B de G. duodenalis.Translated Description (Spanish)
Antecedentes Giardia duodenalis es un parásito intestinal humano común en todo el mundo y el agente causante de la diarrea, con una gravedad de la enfermedad que varía desde una infección asintomática hasta una infección intensa y debilitante. Se sabe que G. duodenalis consiste en ocho conjuntos genéticamente distintos, nombrados de la A a la H. No hay datos disponibles sobre los genotipos y la diversidad genética de G. duodenalis que circulan en Qatar. Métodos Genotipamos 54 aislados de Giardia humana, recolectados de inmigrantes asintomáticos en Qatar, utilizando una herramienta de genotipado multilocus (MLG). También investigamos las relaciones entre los genotipos de los sujetos y sus datos demográficos. Resultados El ADN genómico de 54 aislados se probó mediante PCR y análisis de secuencia en tres loci: glutamato deshidrogenasa ( gdh ), β-giardina ( bg ) y fosfato de triosa ( tpi )). El ensamblaje A se identificó en nueve (16.67%), el ensamblaje B en treinta (55.55%) y una mezcla de ensamblajes A+B en quince (27.78%) aislados. Todos los aislados del ensamblaje A, genotipados en diferentes loci, se asignaron al subensamblaje AII, y seis de ellos tenían MLG AII-1, mientras que se identificó un nuevo MLG en dos aislados. Las secuencias de los aislados del ensamblaje B tienen un alto nivel de diversidad genética y una alta presencia de picos heterogéneos, especialmente dentro del gen gdh. No se encontraron asociaciones significativas entre los genotipos y los datos demográficos de los inmigrantes debido al amplio número de nuevas variantes. Conclusiones Los MLG se utilizaron en la presente para genotipar 54 aislados de Giardia inmigrantes. El alto nivel de variabilidad genética encontrado en nuestros aislados obstaculizó la determinación de MLG, ahora se requieren más investigaciones para consolidar nuestros hallazgos y permitir una comprensión integral de la diversidad dentro de los aislados de ensamblaje B de G. duodenalis.Files
pdf.pdf
Files
(530.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:f8ca8430c0931a09a664da0ecc2ccd2d
|
530.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التنوع الوراثي وانتشار الجيارديا الاثني عشر في قطر
- Translated title (French)
- Diversité génétique et prévalence de Giardia duodenalis au Qatar
- Translated title (Spanish)
- Diversidad genética y prevalencia de Giardia duodenalis en Qatar
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3157464372
- DOI
- 10.3389/fcimb.2021.652946
References
- https://openalex.org/W33818274
- https://openalex.org/W1925668163
- https://openalex.org/W1968644762
- https://openalex.org/W1990792595
- https://openalex.org/W2002359269
- https://openalex.org/W2021869123
- https://openalex.org/W2035931483
- https://openalex.org/W2058977096
- https://openalex.org/W2069976801
- https://openalex.org/W2071615747
- https://openalex.org/W2075683777
- https://openalex.org/W2078256463
- https://openalex.org/W2078966006
- https://openalex.org/W2079547809
- https://openalex.org/W2082120087
- https://openalex.org/W2086930596
- https://openalex.org/W2088495886
- https://openalex.org/W2089600442
- https://openalex.org/W2090393792
- https://openalex.org/W2100085650
- https://openalex.org/W2102231410
- https://openalex.org/W2121498858
- https://openalex.org/W2134036032
- https://openalex.org/W2142118764
- https://openalex.org/W2147043577
- https://openalex.org/W2150277869
- https://openalex.org/W2157259637
- https://openalex.org/W2164920210
- https://openalex.org/W2168235167
- https://openalex.org/W2404853748
- https://openalex.org/W2464627964
- https://openalex.org/W2498982331
- https://openalex.org/W2558410036
- https://openalex.org/W2606368711
- https://openalex.org/W2726001105
- https://openalex.org/W2750583710
- https://openalex.org/W2756706343
- https://openalex.org/W2790659528
- https://openalex.org/W2794379258
- https://openalex.org/W2870334649
- https://openalex.org/W2900650528
- https://openalex.org/W2971899250
- https://openalex.org/W3046740943
- https://openalex.org/W3121959853