Published January 22, 2016 | Version v1
Publication Open

Screening and chromosome localization of two cotton BAC clones

Creators

  • 1. Cotton Research Institute
  • 2. Anyang Institute of Technology

Description

Two bacterial artificial chromosome (BAC) clones (350B21 and 299N22) of Pima 90-53 cotton [Gossypium barbadense Linnaeus, 1753 (2n=4x=52)] were screened from a BAC library using SSR markers. Strong hybridization signals were detected at terminal regions of all A genome (sub-genome) chromosomes, but were almost absent in D genome (sub-genome) chromosomes with BAC clone 350B21 as the probe. The results indicate that specific sequences, which only exist at the terminal parts of A genome (sub-genome) chromosomes with a huge repeat number, may be contained in BAC clone 350B21. When utilizing FISH with the BAC clone 299N22 as probe, a pair of obvious signals was detected on chromosome 13 of D genome (sub-genome), while strong dispersed signals were detected on all A genome (sub-genome) chromosomes. The results showed that peculiar repetitive sequence, which was distributed throughout all A genome (sub-genome) chromosomes, may exist in BAC clone 299N22. The absence of the repetitive sequences, which exist in the two BAC clones, in D genome may account for the genome-size variation between A and D genomes. In addition, the microcolinearity analysis of the clone 299N22 and its homologous region on G. raimondii Ulbrich, 1932 chromosome 13 (D513) indicated that the clone 299N22 might come from A sub-genome of sea island cotton (G. barbadense), and a huge number of small deletions, illegitimate recombination, translocation and rearrangements may have occurred during the genus evolution. The two BAC clones studied here can be used as cytological markers but will be also be helpful to research in cotton genome evolution and comparative genomics.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم فحص نسختين من الكروموسومات الاصطناعية البكتيرية (350B21 و 299N22) من قطن بيما 90-53 [Gossypium barbadense Linnaeus، 1753 (2n= 4x =52)] من مكتبة BAC باستخدام علامات SSR. تم اكتشاف إشارات تهجين قوية في المناطق الطرفية لجميع الكروموسومات الجينومية (الجينوم الفرعي)، ولكنها كانت غائبة تقريبًا في الكروموسومات الجينومية (الجينوم الفرعي) مع استنساخ BAC 350B21 كمسبار. تشير النتائج إلى أن التسلسلات المحددة، التي لا توجد إلا في الأجزاء النهائية من كروموسومات الجينوم A (الجينوم الفرعي) مع عدد تكرار ضخم، قد تكون موجودة في استنساخ BAC 350B21. عند استخدام الأسماك مع استنساخ BAC 299N22 كمسبار، تم الكشف عن زوج من الإشارات الواضحة على الكروموسوم 13 من الجينوم D (الجينوم الفرعي)، في حين تم الكشف عن إشارات مشتتة قوية على جميع الكروموسومات A (الجينوم الفرعي). أظهرت النتائج أن التسلسل المتكرر الغريب، الذي تم توزيعه في جميع كروموسومات الجينوم (الجينوم الفرعي)، قد يكون موجودًا في استنساخ BAC 299N22. قد يفسر غياب التسلسلات المتكررة، الموجودة في النسختين المستنسختين من BAC، في الجينوم D الاختلاف في حجم الجينوم بين الجينوم A و D. بالإضافة إلى ذلك، أشار تحليل الخطية الدقيقة للنسخة 299N22 ومنطقتها المتماثلة على G. raimondii Ulbrich، كروموسوم 1932 13 (D513) إلى أن النسخة 299N22 قد تأتي من جينوم فرعي من قطن الجزيرة البحرية (G. barbadense)، وقد يكون هناك عدد كبير من الحذف الصغير، وإعادة التركيب غير الشرعي، والنقل وإعادة الترتيب أثناء تطور الجنس. يمكن استخدام النسختين المستنسختين من BAC اللتين تمت دراستهما هنا كعلامات خلوية ولكنهما ستكونان مفيدتين أيضًا في البحث في تطور جينوم القطن وعلم الجينوم المقارن.

Translated Description (French)

Deux clones de chromosomes artificiels bactériens (BAC) (350B21 et 299N22) de coton Pima 90-53 [Gossypium barbadense Linnaeus, 1753 (2n=4x=52)] ont été criblés à partir d'une bibliothèque de BAC à l'aide de marqueurs SSR. De forts signaux d'hybridation ont été détectés au niveau des régions terminales de tous les chromosomes du génome A (sous-génome), mais étaient presque absents dans les chromosomes du génome D (sous-génome) avec le clone bac 350B21 comme sonde. Les résultats indiquent que des séquences spécifiques, qui n'existent qu'aux parties terminales des chromosomes du génome A (sous-génome) avec un grand nombre de répétitions, peuvent être contenues dans le clone bac 350B21. Lors de l'utilisation de FISH avec le clone bac 299N22 comme sonde, une paire de signaux évidents a été détectée sur le chromosome 13 du génome D (sous-génome), tandis que de forts signaux dispersés ont été détectés sur tous les chromosomes du génome A (sous-génome). Les résultats ont montré qu'une séquence répétitive particulière, qui a été distribuée dans tous les chromosomes du génome A (sous-génome), peut exister dans le clone bac 299N22. L'absence des séquences répétitives, qui existent dans les deux clones bac, dans le génome D peut expliquer la variation de la taille du génome entre les génomes A et D. En outre, l'analyse de la microcolinéarité du clone 299N22 et de sa région homologue sur G. raimondii Ulbrich, 1932 chromosome 13 (D513) a indiqué que le clone 299N22 pourrait provenir d'un sous-génome de coton des îles de la mer (G. barbadense), et un grand nombre de petites délétions, de recombinaison illégitime, de translocation et de réarrangements peuvent avoir eu lieu au cours de l'évolution du genre. Les deux clones bac étudiés ici peuvent être utilisés comme marqueurs cytologiques mais seront également utiles pour la recherche sur l'évolution du génome du coton et la génomique comparative.

Translated Description (Spanish)

Se seleccionaron dos clones de cromosomas artificiales bacterianos (BAC) (350B21 y 299N22) de algodón Pima 90-53 [Gossypium barbadense Linnaeus, 1753 (2n=4x=52)] de una biblioteca de BAC utilizando marcadores SSR. Se detectaron señales de hibridación fuertes en las regiones terminales de todos los cromosomas del genoma A (subgenoma), pero estaban casi ausentes en los cromosomas del genoma D (subgenoma) con el clon 350B21 de BAC como sonda. Los resultados indican que las secuencias específicas, que solo existen en las partes terminales de los cromosomas del genoma A (subgenoma) con un gran número de repeticiones, pueden estar contenidas en el clon 350B21 de BAC. Cuando se utiliza FISH con el clon BAC 299N22 como sonda, se detectó un par de señales obvias en el cromosoma 13 del genoma D (subgenoma), mientras que se detectaron señales dispersas fuertes en todos los cromosomas del genoma A (subgenoma). Los resultados mostraron que la secuencia repetitiva peculiar, que se distribuyó por todos los cromosomas del genoma A (subgenoma), puede existir en el clon 299N22 de BAC. La ausencia de las secuencias repetitivas, que existen en los dos clones de BAC, en el genoma D puede explicar la variación del tamaño del genoma entre los genomas A y D. Además, el análisis de microcolinealidad del clon 299N22 y su región homóloga en G. raimondii Ulbrich, 1932 cromosoma 13 (D513) indicó que el clon 299N22 podría provenir de un subgenoma de algodón de isla marina (G. barbadense), y un gran número de pequeñas deleciones, recombinación ilegítima, translocación y reordenamientos pueden haber ocurrido durante la evolución del género. Los dos clones de BAC estudiados aquí se pueden utilizar como marcadores citológicos, pero también serán útiles para la investigación en la evolución del genoma del algodón y la genómica comparativa.

Files

Files (2.0 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:518ed818334e03dc5e0f7fec814067b9
2.0 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
فحص وتوطين كروموسوم نسختين من القطن BAC
Translated title (French)
Dépistage et localisation chromosomique de deux clones bac de coton
Translated title (Spanish)
Cribado y localización cromosómica de dos clones de BAC de algodón

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2276201374
DOI
10.3897/compcytogen.v10i1.5304

Is supplement to
https://openalex.org/W297777744 (Other)
https://openalex.org/W2560253012 (Other)
https://openalex.org/W2412288087 (Other)
https://openalex.org/W2386817740 (Other)
https://openalex.org/W2377327490 (Other)
https://openalex.org/W2371792548 (Other)
https://openalex.org/W2363562437 (Other)
https://openalex.org/W1697705604 (Other)
https://openalex.org/W1546787636 (Other)
https://openalex.org/W1524590520 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1552375509
  • https://openalex.org/W1597884192
  • https://openalex.org/W1824450759
  • https://openalex.org/W1969056051
  • https://openalex.org/W1971231926
  • https://openalex.org/W1971766765
  • https://openalex.org/W1974365473
  • https://openalex.org/W1986980583
  • https://openalex.org/W1992259592
  • https://openalex.org/W1997928813
  • https://openalex.org/W2000525795
  • https://openalex.org/W2005877477
  • https://openalex.org/W2020300323
  • https://openalex.org/W2021701303
  • https://openalex.org/W2022583339
  • https://openalex.org/W2035993159
  • https://openalex.org/W2042086471
  • https://openalex.org/W2042622007
  • https://openalex.org/W2046826691
  • https://openalex.org/W2053962456
  • https://openalex.org/W2059839127
  • https://openalex.org/W2071868311
  • https://openalex.org/W2072728052
  • https://openalex.org/W2077596388
  • https://openalex.org/W2090139400
  • https://openalex.org/W2101851879
  • https://openalex.org/W2106654034
  • https://openalex.org/W2106778170
  • https://openalex.org/W2114179812
  • https://openalex.org/W2114988967
  • https://openalex.org/W2116876658
  • https://openalex.org/W2128018453
  • https://openalex.org/W2132584083
  • https://openalex.org/W2132846992
  • https://openalex.org/W2134823119
  • https://openalex.org/W2136034509
  • https://openalex.org/W2144430955
  • https://openalex.org/W2150629297
  • https://openalex.org/W2157812371
  • https://openalex.org/W2161411381
  • https://openalex.org/W2167737093
  • https://openalex.org/W2172029885
  • https://openalex.org/W2398824582
  • https://openalex.org/W310190929
  • https://openalex.org/W49868342