Published January 30, 2021 | Version v1
Publication Open

Spontaneous Emergence of Azithromycin Resistance in Independent Lineages of <i>Salmonella</i> Typhi in Northern India

Creators

  • 1. University of Cambridge
  • 2. Post Graduate Institute of Medical Education and Research
  • 3. Monash University
  • 4. London School of Hygiene & Tropical Medicine
  • 5. Oxford University Clinical Research Unit
  • 6. Hospital for Tropical Diseases
  • 7. University of Oxford

Description

Abstract Background The emergence and spread of antimicrobial resistance (AMR) pose a major threat to the effective treatment and control of typhoid fever. The ongoing outbreak of extensively drug-resistant Salmonella Typhi (S. Typhi) in Pakistan has left azithromycin as the only remaining broadly efficacious oral antimicrobial for typhoid in South Asia. Ominously, azithromycin-resistant S. Typhi organisms have been subsequently reported in Bangladesh, Pakistan, and Nepal. Methods Here, we aimed to understand the molecular basis of AMR in 66 S. Typhi organisms isolated in a cross-sectional study performed in a suburb of Chandigarh in Northern India using whole-genome sequencing and phylogenetic analysis. Results We identified 7 S. Typhi organisms with the R717Q mutation in the acrB gene that was recently found to confer resistance to azithromycin in Bangladesh. Six out of the seven azithromycin-resistant S. Typhi isolates also exhibited triple mutations in gyrA (S83F and D87N) and parC (S80I) genes and were resistant to ciprofloxacin. These contemporary ciprofloxacin/azithromycin-resistant isolates were phylogenetically distinct from each other and from those reported from Bangladesh, Pakistan, and Nepal. Conclusions The independent emergence of azithromycin-resistant typhoid in Northern India reflects an emerging broader problem across South Asia and illustrates the urgent need for the introduction of typhoid conjugate vaccines in the region.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يشكل ظهور وانتشار مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) تهديدًا كبيرًا للعلاج الفعال والسيطرة على حمى التيفوئيد. أدى التفشي المستمر للسالمونيلا التيفية المقاومة للأدوية على نطاق واسع (S. Typhi) في باكستان إلى ترك أزيثروميسين باعتباره المضاد الفموي الفعال الوحيد المتبقي على نطاق واسع للتيفوئيد في جنوب آسيا. ومن المشؤوم أن كائنات S. Typhi المقاومة للأزيثروميسين قد تم الإبلاغ عنها لاحقًا في بنغلاديش وباكستان ونيبال. الطرق هنا، كنا نهدف إلى فهم الأساس الجزيئي لـ AMR في 66 S. كائنات Typhi المعزولة في دراسة مستعرضة أجريت في إحدى ضواحي Chandigarh في شمال الهند باستخدام تسلسل الجينوم الكامل والتحليل الوراثي. النتائج حددنا 7 كائنات S. Typhi مع طفرة R717Q في جين acrB الذي وجد مؤخرًا أنه يمنح مقاومة للأزيثروميسين في بنغلاديش. كما أظهرت ستة من أصل سبعة عوازل S. Typhi المقاومة للأزيثروميسين طفرات ثلاثية في جينات gyrA (S83F و D87N) و parC (S80I) وكانت مقاومة للسيبروفلوكساسين. كانت هذه العزلات المعاصرة المقاومة للسيبروفلوكساسين/أزيثروميسين متميزة من الناحية الوراثية عن بعضها البعض وعن تلك التي تم الإبلاغ عنها من بنغلاديش وباكستان ونيبال. يعكس الظهور المستقل للتيفوئيد المقاوم للأزيثروميسين في شمال الهند مشكلة أوسع ناشئة في جميع أنحاء جنوب آسيا ويوضح الحاجة الملحة لإدخال لقاحات التيفوئيد المترافقة في المنطقة.

Translated Description (French)

Résumé Contexte L'émergence et la propagation de la résistance aux antimicrobiens (RAM) constituent une menace majeure pour le traitement efficace et le contrôle de la fièvre typhoïde. L'épidémie actuelle de Salmonella Typhi (S. Typhi) largement résistante aux médicaments au Pakistan a fait de l'azithromycine le seul antimicrobien oral largement efficace contre la typhoïde en Asie du Sud. De manière inquiétante, des organismes S. Typhi résistants à l'azithromycine ont été signalés par la suite au Bangladesh, au Pakistan et au Népal. Méthodes Ici, nous avons cherché à comprendre la base moléculaire de la RAM dans 66 organismes S. Typhi isolés dans une étude transversale réalisée dans une banlieue de Chandigarh dans le nord de l'Inde en utilisant le séquençage du génome entier et l'analyse phylogénétique. Résultats Nous avons identifié 7 organismes S. Typhi avec la mutation R717Q dans le gène acrB qui a récemment été trouvé pour conférer une résistance à l'azithromycine au Bangladesh. Six des sept isolats de S. Typhi résistants à l'azithromycine présentaient également des mutations triples dans les gènes gyrA (S83F et D87N) et parC (S80I) et étaient résistants à la ciprofloxacine. Ces isolats contemporains résistants à la ciprofloxacine/azithromycine étaient phylogénétiquement distincts les uns des autres et de ceux rapportés au Bangladesh, au Pakistan et au Népal. Conclusions L'émergence indépendante de la typhoïde résistante à l'azithromycine dans le nord de l'Inde reflète un problème émergent plus large en Asie du Sud et illustre le besoin urgent d'introduire des vaccins conjugués contre la typhoïde dans la région.

Translated Description (Spanish)

Resumen Antecedentes La aparición y propagación de la resistencia a los antimicrobianos (RAM) representan una amenaza importante para el tratamiento eficaz y el control de la fiebre tifoidea. El brote en curso de Salmonella Typhi (S. Typhi) ampliamente resistente a los medicamentos en Pakistán ha dejado a la azitromicina como el único antimicrobiano oral ampliamente eficaz para la fiebre tifoidea en el sur de Asia. Ominosamente, los organismos S. Typhi resistentes a la azitromicina se han reportado posteriormente en Bangladesh, Pakistán y Nepal. Métodos Aquí, nuestro objetivo fue comprender la base molecular de la RAM en 66 organismos S. Typhi aislados en un estudio transversal realizado en un suburbio de Chandigarh en el norte de la India utilizando la secuenciación del genoma completo y el análisis filogenético. Resultados Identificamos 7 organismos S. Typhi con la mutación R717Q en el gen acrB que recientemente se descubrió que confiere resistencia a la azitromicina en Bangladesh. Seis de los siete aislados de S. Typhi resistentes a la azitromicina también exhibieron mutaciones triples en los genes gyrA (S83F y D87N) y parC (S80I) y fueron resistentes a la ciprofloxacina. Estos aislados contemporáneos resistentes a la ciprofloxacina/azitromicina eran filogenéticamente distintos entre sí y de los reportados en Bangladesh, Pakistán y Nepal. Conclusiones La aparición independiente de la fiebre tifoidea resistente a la azitromicina en el norte de la India refleja un problema emergente más amplio en el sur de Asia e ilustra la necesidad urgente de introducir vacunas conjugadas contra la fiebre tifoidea en la región.

Files

ciaa1773.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الظهور التلقائي لمقاومة الأزيثروميسين في الأنساب المستقلة <i>للسالمونيلا</i> التيفية في شمال الهند
Translated title (French)
Émergence spontanée de la résistance à l'azithromycine dans les lignées indépendantes de <i>Salmonella</i> Typhi dans le nord de l'Inde
Translated title (Spanish)
Aparición espontánea de resistencia a la azitromicina en linajes independientes de <i>Salmonella</i> typhi en el norte de la India

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3127454425
DOI
10.1093/cid/ciaa1773

Is supplement to
https://openalex.org/W2596611913 (Other)
https://openalex.org/W2412959035 (Other)
https://openalex.org/W2409966029 (Other)
https://openalex.org/W2314044321 (Other)
https://openalex.org/W2184788827 (Other)
https://openalex.org/W2181859872 (Other)
https://openalex.org/W2096761452 (Other)
https://openalex.org/W1978225422 (Other)
https://openalex.org/W1964400832 (Other)
https://openalex.org/W1876563855 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W1603702885
  • https://openalex.org/W1779315825
  • https://openalex.org/W1972145956
  • https://openalex.org/W2108234281
  • https://openalex.org/W2110397906
  • https://openalex.org/W2118688136
  • https://openalex.org/W2124967403
  • https://openalex.org/W2141052558
  • https://openalex.org/W2143325926
  • https://openalex.org/W2148684315
  • https://openalex.org/W2162494851
  • https://openalex.org/W2167187617
  • https://openalex.org/W2170551349
  • https://openalex.org/W2335972457
  • https://openalex.org/W2528608880
  • https://openalex.org/W2560057613
  • https://openalex.org/W2788800189
  • https://openalex.org/W2791781902
  • https://openalex.org/W2793412178
  • https://openalex.org/W2807081252
  • https://openalex.org/W2895796856
  • https://openalex.org/W2902905086
  • https://openalex.org/W2917067204
  • https://openalex.org/W2921068029
  • https://openalex.org/W2945835345
  • https://openalex.org/W2948357527
  • https://openalex.org/W2966709192
  • https://openalex.org/W2972966826
  • https://openalex.org/W2977386011
  • https://openalex.org/W2985326047
  • https://openalex.org/W3000372921
  • https://openalex.org/W3007144742
  • https://openalex.org/W3033492293
  • https://openalex.org/W3045344465
  • https://openalex.org/W3100227291
  • https://openalex.org/W3117343355