Published April 11, 2015 | Version v1
Publication Open

Diversity of coronavirus in bats from Eastern Thailand

Creators

  • 1. King Chulalongkorn Memorial Hospital
  • 2. Chulalongkorn University
  • 3. Kasetsart University
  • 4. Department of National Parks Wildlife and Plant Conservation
  • 5. Royal Forest Department
  • 6. EcoHealth Alliance
  • 7. Massachusetts General Hospital

Description

Bats are reservoirs for a diverse range of coronaviruses (CoVs), including those closely related to human pathogens such as Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) CoV and Middle East Respiratory Syndrome CoV. There are approximately 139 bat species reported to date in Thailand, of which two are endemic species. Due to the zoonotic potential of CoVs, standardized surveillance efforts to characterize viral diversity in wildlife are imperative.A total of 626 bats from 19 different bat species were individually sampled from 5 provinces in Eastern Thailand between 2008 and 2013 (84 fecal and 542 rectal swabs). Samples collected (either fresh feces or rectal swabs) were placed directly into RNA stabilization reagent, transported on ice within 24 hours and preserved at -80°C until further analysis. CoV RNA was detected in 47 specimens (7.6%), from 13 different bat species, using broadly reactive consensus PCR primers targeting the RNA-Dependent RNA Polymerase gene designed to detect all CoVs. Thirty seven alphacoronaviruses, nine lineage D betacoronaviruses, and one lineage B betacoronavirus (SARS-CoV related) were identified. Six new bat CoV reservoirs were identified in our study, namely Cynopterus sphinx, Taphozous melanopogon, Hipposideros lekaguli, Rhinolophus shameli, Scotophilus heathii and Megaderma lyra.CoVs from the same genetic lineage were found in different bat species roosting in similar or different locations. These data suggest that bat CoV lineages are not strictly concordant with their hosts. Our phylogenetic data indicates high diversity and a complex ecology of CoVs in bats sampled from specific areas in eastern regions of Thailand. Further characterization of additional CoV genes may be useful to better describe the CoV divergence.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الخفافيش هي مستودعات لمجموعة متنوعة من فيروسات كورونا (CoVs)، بما في ذلك تلك المرتبطة ارتباطًا وثيقًا بمسببات الأمراض البشرية مثل فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة (SARS) وفيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية. هناك ما يقرب من 139 نوعًا من الخفافيش تم الإبلاغ عنها حتى الآن في تايلاند، اثنان منها من الأنواع المستوطنة. نظرًا للإمكانات الحيوانية لفيروسات كورونا، فإن جهود المراقبة الموحدة لوصف التنوع الفيروسي في الحياة البرية ضرورية. تم أخذ عينات من 626 خفاشًا من 19 نوعًا مختلفًا من الخفافيش بشكل فردي من 5 مقاطعات في شرق تايلاند بين عامي 2008 و 2013 (84 مسحة برازية و 542 مسحة مستقيمية). تم وضع العينات التي تم جمعها (إما البراز الطازج أو مسحات المستقيم) مباشرة في كاشف تثبيت الحمض النووي الريبوزي، ونقلها على الجليد في غضون 24 ساعة وحفظها عند -80 درجة مئوية حتى مزيد من التحليل. تم اكتشاف الحمض النووي الريبي لفيروس كورونا في 47 عينة (7.6 ٪)، من 13 نوعًا مختلفًا من الخفافيش، باستخدام بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) التفاعلية على نطاق واسع التي تستهدف جين بوليميراز الحمض النووي الريبي المعتمد على الحمض النووي الريبي المصمم للكشف عن جميع فيروسات كورونا. تم تحديد سبعة وثلاثين فيروسات ألفا كورونا، وتسعة فيروسات بيتا كورونا من السلالة د، وفيروس بيتا كورونا من السلالة ب (متعلق بفيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة). تم تحديد ستة خزانات جديدة لفيروس كورونا الخفافيش في دراستنا، وهي Cynopterus sphinx و Taphozous melanopogon و Hipposideros lekaguli و Rhinolophus shameli و Scotophilus heathii و Megaderma lyra. تم العثور على فيروسات كورونا من نفس السلالة الوراثية في أنواع مختلفة من الخفافيش التي تجثم في مواقع مماثلة أو مختلفة. تشير هذه البيانات إلى أن سلالات فيروس كورونا الخفافيش لا تتوافق تمامًا مع مضيفيها. تشير بياناتنا الوراثية إلى تنوع كبير وإيكولوجيا معقدة لفيروسات كورونا في الخفافيش التي تم أخذ عينات منها من مناطق محددة في المناطق الشرقية من تايلاند. قد يكون من المفيد إجراء مزيد من التوصيف لجينات فيروس كورونا الإضافية لوصف الاختلاف في فيروس كورونا بشكل أفضل.

Translated Description (French)

Les chauves-souris sont des réservoirs pour un large éventail de coronavirus (CoV), y compris ceux étroitement liés à des agents pathogènes humains tels que le CoV du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le CoV du syndrome respiratoire du Moyen-Orient. Il y a environ 139 espèces de chauves-souris signalées à ce jour en Thaïlande, dont deux sont des espèces endémiques. En raison du potentiel zoonotique des CoV, des efforts de surveillance standardisés pour caractériser la diversité virale de la faune sont impératifs. Au total, 626 chauves-souris de 19 espèces différentes de chauves-souris ont été échantillonnées individuellement dans 5 provinces de l'est de la Thaïlande entre 2008 et 2013 (84 écouvillonnages fécaux et 542 écouvillonnages rectaux). Les échantillons prélevés (selles fraîches ou écouvillons rectaux) ont été placés directement dans le réactif de stabilisation de l'ARN, transportés sur de la glace dans les 24 heures et conservés à -80 °C jusqu'à une analyse plus approfondie. L'ARN du CoV a été détecté dans 47 échantillons (7,6 %), provenant de 13 espèces de chauves-souris différentes, à l'aide d'amorces de PCR consensus largement réactives ciblant le gène de l'ARN polymérase ARN-dépendante conçu pour détecter tous les CoV. Trente-sept alphacoronavirus, neuf bétacoronavirus de lignée D et un bétacoronavirus de lignée B (lié au SRAS-CoV) ont été identifiés. Six nouveaux réservoirs de CoV de chauve-souris ont été identifiés dans notre étude, à savoir Cynopterus sphinx, Taphozous melanopogon, Hipposideros lekaguli, Rhinolophus shameli, Scotophilus heathii et Megaderma lyra. Des CoV de la même lignée génétique ont été trouvés chez différentes espèces de chauves-souris perchées dans des endroits similaires ou différents. Ces données suggèrent que les lignées de CoV des chauves-souris ne sont pas strictement concordantes avec leurs hôtes. Nos données phylogénétiques indiquent une grande diversité et une écologie complexe des CoV chez les chauves-souris échantillonnées dans des zones spécifiques des régions orientales de la Thaïlande. Une caractérisation plus poussée des gènes supplémentaires du CoV peut être utile pour mieux décrire la divergence du CoV.

Translated Description (Spanish)

Los murciélagos son reservorios de una amplia gama de coronavirus (CoV), incluidos los estrechamente relacionados con patógenos humanos como el CoV del síndrome respiratorio agudo grave (SARS) y el CoV del síndrome respiratorio de Oriente Medio. Hay aproximadamente 139 especies de murciélagos reportadas hasta la fecha en Tailandia, de las cuales dos son especies endémicas. Debido al potencial zoonótico de los CoV, los esfuerzos de vigilancia estandarizados para caracterizar la diversidad viral en la vida silvestre son imperativos. Un total de 626 murciélagos de 19 especies diferentes de murciélagos fueron muestreados individualmente de 5 provincias en el este de Tailandia entre 2008 y 2013 (84 hisopos fecales y 542 rectales). Las muestras recolectadas (heces frescas o hisopos rectales) se colocaron directamente en el reactivo de estabilización de ARN, se transportaron en hielo dentro de las 24 horas y se conservaron a -80 °C hasta su posterior análisis. Se detectó ARN de CoV en 47 especímenes (7,6%), de 13 especies de murciélagos diferentes, utilizando cebadores de PCR de consenso ampliamente reactivos dirigidos al gen de la ARN polimerasa dependiente de ARN diseñado para detectar todos los CoV. Se identificaron treinta y siete alfacoronavirus, nueve betacoronavirus de linaje D y un betacoronavirus de linaje B (relacionado con el SARS-CoV). Se identificaron seis nuevos reservorios de CoV de murciélagos en nuestro estudio, a saber, Cynopterus sphinx, Taphozous melanopogon, Hipposideros lekaguli, Rhinolophus shameli, Scotophilus heathii y Megaderma lyra. Se encontraron CoV del mismo linaje genético en diferentes especies de murciélagos que se posaban en ubicaciones similares o diferentes. Estos datos sugieren que los linajes de CoV de murciélagos no son estrictamente concordantes con sus anfitriones. Nuestros datos filogenéticos indican una alta diversidad y una ecología compleja de CoV en murciélagos muestreados de áreas específicas en las regiones orientales de Tailandia. La caracterización adicional de genes de CoV adicionales puede ser útil para describir mejor la divergencia de CoV.

Files

s12985-015-0289-1.pdf

Files (1.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2c57d784a4269e32a649ed0c9c9994dc
1.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تنوع فيروس كورونا في الخفافيش من شرق تايلاند
Translated title (French)
Diversité du coronavirus chez les chauves-souris de l'est de la Thaïlande
Translated title (Spanish)
Diversidad de coronavirus en murciélagos del este de Tailandia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2063457748
DOI
10.1186/s12985-015-0289-1

Is supplement to
https://openalex.org/W938994385 (Other)
https://openalex.org/W4213330639 (Other)
https://openalex.org/W3200622406 (Other)
https://openalex.org/W3135447008 (Other)
https://openalex.org/W3048757376 (Other)
https://openalex.org/W3010548836 (Other)
https://openalex.org/W3010096359 (Other)
https://openalex.org/W2165655185 (Other)
https://openalex.org/W1987655599 (Other)
https://openalex.org/W1980518777 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1963579541
  • https://openalex.org/W1980517850
  • https://openalex.org/W1985830171
  • https://openalex.org/W1986741402
  • https://openalex.org/W1996824979
  • https://openalex.org/W1997887738
  • https://openalex.org/W2013948510
  • https://openalex.org/W2028801419
  • https://openalex.org/W2036144053
  • https://openalex.org/W2039009964
  • https://openalex.org/W2049975503
  • https://openalex.org/W2066347985
  • https://openalex.org/W2070665842
  • https://openalex.org/W2079206979
  • https://openalex.org/W2085627637
  • https://openalex.org/W2101063972
  • https://openalex.org/W2101186897
  • https://openalex.org/W2103503670
  • https://openalex.org/W2105357365
  • https://openalex.org/W2105637133
  • https://openalex.org/W2108204675
  • https://openalex.org/W2131369206
  • https://openalex.org/W2137415264
  • https://openalex.org/W2140042319
  • https://openalex.org/W2140338292
  • https://openalex.org/W2154377255