Published November 6, 2023
| Version v1
Publication
Open
MGI short-read genome assemblies of Pythium insidiosum (reclassified as Pythium periculosum) strains Pi057C3 and Pi050C3
Creators
- 1. Ramathibodi Hospital
- 2. Mahidol University
- 3. Kasetsart University
- 4. King Mongkut's University of Technology Thonburi
- 5. National Science and Technology Development Agency
Description
Abstract Objectives Pythium insidiosum causes a difficult-to-treat infectious condition called pythiosis, with high morbidity and mortality. So far, genome data of at least 10 strains of P. insidiosum , primarily classified in the phylogenetic clades I and II, have been sequenced using various next-generation sequencing platforms. The MGI short-read platform was employed to obtain genome data of 2 clade-III strains of P. insidiosum (recently reclassified as Pythium periculosum ) from patients in Thailand and the United States. This work is a part of our attempt to generate a comprehensive genome database from diverse pathogen strains. Data description A 150-bp paired-end library was prepared from a gDNA sample of P. insidiosum ( P. periculosum ) strains Pi057C3 and Pi050C3 (also known as ATCC90586) to generate draft genome sequences using an MGISEQ-2000RS sequencer. As a result, for the strain Pi057C3, we obtained a 42.5-Mb assembled genome (164x coverage) comprising 14,134 contigs, L50 of 241, N50 of 45,748, 57.6% CG content, and 12,147 ORFs. For the strain Pi050C3, we received a 43.3-Mb draft genome (230x coverage) containing 14,511 contigs, L50 of 245, N50 of 45,208, 57.7% CG content, and 12,249 ORFs. The genome sequences have been deposited in the NCBI/DDBJ databases under the accession numbers JAKCXM000000000.1 (strain Pi057C3) and JAKCXL000000000.1 (strain Pi050C3).
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الأهداف المجردة يسبب Pythium insidiosum حالة معدية يصعب علاجها تسمى pythiosis، مع ارتفاع معدل المراضة والوفيات. حتى الآن، تم تسلسل بيانات الجينوم لما لا يقل عن 10 سلالات من P. insidiosum ، المصنفة في المقام الأول في الفروع التطورية I و II، باستخدام العديد من منصات التسلسل من الجيل التالي. تم استخدام منصة القراءة القصيرة MGI للحصول على بيانات الجينوم من سلالتين من النوع الثالث من P. insidiosum (أعيد تصنيفها مؤخرًا باسم Pythium periculosum) من المرضى في تايلاند والولايات المتحدة. هذا العمل هو جزء من محاولتنا لتوليد قاعدة بيانات جينوم شاملة من سلالات مسببات الأمراض المتنوعة. وصف البيانات تم إعداد مكتبة 150 - bp مزدوجة النهاية من عينة gDNA من سلالات P. insidiosum ( P. periculosum) Pi057C3 و Pi050C3 (المعروفة أيضًا باسم ATCC90586) لتوليد مسودة تسلسل الجينوم باستخدام متسلسل MGISEQ -2000RS. ونتيجة لذلك، بالنسبة للسلالة Pi057C3، حصلنا على جينوم مجمّع 42.5 ميجابايت (تغطية 164x) يتألف من 14,134 جهازًا مجاورًا، و L50 من 241، و N50 من 45,748، و 57.6 ٪ محتوى CG، و 12,147 ORFs. بالنسبة للسلالة Pi050C3، تلقينا مسودة جينوم 43.3 ميجابايت (تغطية 230x) تحتوي على 14،511 مجاور، L50 من 245، N50 من 45،208، 57.7 ٪ محتوى CG، و 12،249 ORFs. تم إيداع تسلسلات الجينوم في قواعد بيانات NCBI/DDBJ تحت رقمي الانضمام JAKCXM000000000.1 (سلالة Pi057C3) و JAKCXL000000000.1 (سلالة Pi050C3).Translated Description (French)
Résumé Objectifs Le pythium insidiosum provoque une maladie infectieuse difficile à traiter appelée pythiose, avec une morbidité et une mortalité élevées. Jusqu'à présent, les données génomiques d'au moins 10 souches de P. insidiosum , principalement classées dans les clades phylogénétiques I et II, ont été séquencées à l'aide de diverses plateformes de séquençage de nouvelle génération. La plate-forme de lecture courte MGI a été utilisée pour obtenir des données génomiques de 2 souches de clade III de P. insidiosum (récemment reclassées Pythium periculosum ) de patients en Thaïlande et aux États-Unis. Ce travail fait partie de notre tentative de générer une base de données complète du génome à partir de diverses souches d'agents pathogènes. Description des données Une bibliothèque d'extrémité appariée de 150 pb a été préparée à partir d'un échantillon d'ADNg de souches Pi057C3 et Pi050C3 de P. insidiosum ( P. periculosum ) (également connu sous le nom de ATCC90586) pour générer des séquences génomiques provisoires à l'aide d'un séquenceur MGISEQ-2000RS. En conséquence, pour la souche Pi057C3, nous avons obtenu un génome assemblé de 42,5 Mo (couverture 164x) comprenant 14 134 contigs, L50 de 241, N50 de 45 748, 57,6 % de teneur en CG et 12 147 ORF. Pour la souche Pi050C3, nous avons reçu un projet de génome de 43,3 Mo (couverture 230x) contenant 14 511 contigs, L50 de 245, N50 de 45 208, 57,7 % de contenu CG et 12 249 ORF. Les séquences génomiques ont été déposées dans les bases de données NCBI/DDBJ sous les numéros d'accession JAKCXM000000000.1 (souche Pi057C3) et JAKCXL000000000.1 (souche Pi050C3).Translated Description (Spanish)
Resumen Objetivos Pythium insidiosum causa una condición infecciosa difícil de tratar llamada pitiosis, con alta morbilidad y mortalidad. Hasta ahora, los datos del genoma de al menos 10 cepas de P. insidiosum , clasificadas principalmente en los clados filogenéticos I y II, se han secuenciado utilizando varias plataformas de secuenciación de próxima generación. La plataforma MGI de lectura corta se empleó para obtener datos del genoma de 2 cepas del clado III de P. insidiosum (recientemente reclasificado como Pythium periculosum ) de pacientes en Tailandia y los Estados Unidos. Este trabajo es parte de nuestro intento de generar una base de datos genómica completa a partir de diversas cepas de patógenos. Descripción de los datos Se preparó una biblioteca de extremos emparejados de 150 pb a partir de una muestra de ADNg de las cepas Pi057C3 y Pi050C3 de P. insidiosum ( P. periculosum ) (también conocida como ATCC90586) para generar secuencias genómicas preliminares utilizando un secuenciador MGISEQ-2000RS. Como resultado, para la cepa Pi057C3, obtuvimos un genoma ensamblado de 42.5-Mb (cobertura 164x) que comprende 14,134 cóntigos, L50 de 241, N50 de 45,748, 57.6% de contenido de CG y 12,147 ORF. Para la cepa Pi050C3, recibimos un genoma borrador de 43.3-Mb (cobertura 230x) que contenía 14,511 cóntigos, L50 de 245, N50 de 45,208, 57.7% de contenido de CG y 12,249 ORF. Las secuencias genómicas se han depositado en las bases de datos NCBI/DDBJ con los números de acceso JAKCXM000000000.1 (cepa Pi057C3) y JAKCXL000000000.1 (cepa Pi050C3).Files
s13104-023-06587-6.pdf
Files
(825.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:8d58a05355537b360710878fcb9bb60f
|
825.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تجميعات جينوم MGI قصيرة القراءة من Pythium insidiosum (أعيد تصنيفها على أنها Pythium periculosum) سلالات Pi057C3 و Pi050C3
- Translated title (French)
- Assemblages génomiques à lecture courte MGI de souches Pi057C3 et Pi050C3 de Pythium insidiosum (reclassées Pythium periculosum)
- Translated title (Spanish)
- Ensamblajes de genoma de lectura corta MGI de Pythium insidiosum (reclasificado como Pythium periculosum) cepas Pi057C3 y Pi050C3
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4388411541
- DOI
- 10.1186/s13104-023-06587-6
References
- https://openalex.org/W1996700726
- https://openalex.org/W2041454503
- https://openalex.org/W2120902911
- https://openalex.org/W2128718917
- https://openalex.org/W2135877309
- https://openalex.org/W2136632285
- https://openalex.org/W2177471700
- https://openalex.org/W2245896861
- https://openalex.org/W2337886504
- https://openalex.org/W2742518328
- https://openalex.org/W2766095237
- https://openalex.org/W2767827791
- https://openalex.org/W2805665729
- https://openalex.org/W2904642096
- https://openalex.org/W3041585022
- https://openalex.org/W3139033944
- https://openalex.org/W3186309583
- https://openalex.org/W3204593437
- https://openalex.org/W4212988598
- https://openalex.org/W4220991283