Published September 12, 2023
| Version v1
Publication
Open
The first ITS2 sequence data set of eDNA from honey of Malaysian giant honeybees (Apis dorsata) and stingless bees (Heterotrigona itama) reveals plant species diversity
Creators
- 1. Universiti of Malaysia Sabah
- 2. University of Technology Malaysia
- 3. Universiti Malaysia Terengganu
- 4. International Islamic University Malaysia
Description
Pollen is a useful tool for identifying the provenance and complex ecosystems surrounding honey production in Malaysian forests. As native key pollinators in Malaysia, Apis dorsata and Heterotrigona itama forage on various plant/pollen species to collect honey. This study aims to generate a dataset that uncovers the presence of these plant/pollen species and their relative abundance in the honey of A. dorsata and H. itama. The information gathered from this study can be used to determine the geographical and botanical origin and authenticity of the honey produced by these two species.Sequence data were obtained for both A. dorsata and H. itama. The raw sequence data for A. dorsata was 5 Mb, which was assembled into 5 contigs with a size of 6,098,728 bp, an N50 of 15,534, and a GC average of 57.42. Similarly, the raw sequence data for H. itama was 6.3 Mb, which was assembled into 11 contigs with a size of 7,642,048 bp, an N50 of 17,180, and a GC average of 55.38. In the honey sample of A. dorsata, we identified five different plant/pollen species, with only one of the five species exhibiting a relative abundance of less than 1%. For H. itama, we identified seven different plant/pollen species, with only three of the species exhibiting a relative abundance of less than 1%. All of the identified plant species were native to Peninsular Malaysia, especially the East Coast area of Terengganu.Our data offers valuable insights into honey's geographical and botanical origin and authenticity. Metagenomic studies could help identify the plant species that honeybees forage and provide preliminary data for researchers studying the biological development of A. dorsata and H. itama. The identification of various flowers from the eDNA of honey that are known for their medicinal properties could aid in regional honey with accurate product origin labeling, which is crucial for guaranteeing product authenticity to consumers.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
حبوب اللقاح هي أداة مفيدة لتحديد المصدر والنظم الإيكولوجية المعقدة المحيطة بإنتاج العسل في الغابات الماليزية. كملقحات رئيسية أصلية في ماليزيا، تتغذى Apis dorsata و Heterotrigona itama على مختلف أنواع النباتات/حبوب اللقاح لجمع العسل. تهدف هذه الدراسة إلى توليد مجموعة بيانات تكشف عن وجود هذه الأنواع من النباتات/حبوب اللقاح ووفرتها النسبية في عسل A. dorsata و H. itama. يمكن استخدام المعلومات التي تم جمعها من هذه الدراسة لتحديد الأصل الجغرافي والنباتي وأصالة العسل الذي ينتجه هذان النوعان. تم الحصول على بيانات التسلسل لكل من A. dorsata و H. itama. كانت بيانات التسلسل الأولية لـ A. dorsata هي 5 ميجابايت، والتي تم تجميعها في 5 مناطق متجاورة بحجم 6,098,728 نقطة أساس، و N50 يبلغ 15,534، ومتوسط GC يبلغ 57.42. وبالمثل، كانت بيانات التسلسل الأولية لـ H. itama 6.3 ميجابايت، والتي تم تجميعها في 11 متجاورة بحجم 7,642,048 نقطة أساس، و N50 من 17,180، ومتوسط GC 55.38. في عينة العسل من A. dorsata، حددنا خمسة أنواع مختلفة من النباتات/حبوب اللقاح، حيث أظهر نوع واحد فقط من الأنواع الخمسة وفرة نسبية أقل من 1 ٪. بالنسبة لـ H. itama، حددنا سبعة أنواع مختلفة من النباتات/حبوب اللقاح، حيث أظهرت ثلاثة أنواع فقط وفرة نسبية أقل من 1 ٪. كانت جميع الأنواع النباتية المحددة أصلية في شبه جزيرة ماليزيا، وخاصة منطقة الساحل الشرقي من تيرينجانو. تقدم بياناتنا رؤى قيمة حول الأصل الجغرافي والنباتي للعسل وأصالته. يمكن أن تساعد الدراسات الميتاجينية في تحديد الأنواع النباتية التي يتغذى عليها نحل العسل وتوفر بيانات أولية للباحثين الذين يدرسون التطور البيولوجي لـ A. dorsata و H. itama. يمكن أن يساعد تحديد الزهور المختلفة من eDNA للعسل والمعروفة بخصائصها الطبية في العسل الإقليمي مع وضع علامات دقيقة على منشأ المنتج، وهو أمر بالغ الأهمية لضمان صحة المنتج للمستهلكين.Translated Description (French)
Le pollen est un outil utile pour identifier la provenance et les écosystèmes complexes entourant la production de miel dans les forêts malaisiennes. En tant que pollinisateurs indigènes clés en Malaisie, Apis dorsata et Heterotrigona itama se nourrissent de diverses espèces de plantes/pollens pour collecter le miel. Cette étude vise à générer un ensemble de données qui révèle la présence de ces espèces végétales/polliniques et leur abondance relative dans le miel d'A. dorsata et H. itama. Les informations recueillies à partir de cette étude peuvent être utilisées pour déterminer l'origine géographique et botanique et l'authenticité du miel produit par ces deux espèces. Les données de séquence ont été obtenues pour A. dorsata et H. itama. Les données brutes de séquence pour A. dorsata étaient de 5 Mb, qui ont été assemblées en 5 contigs d'une taille de 6 098 728 pb, d'une N50 de 15 534 et d'une moyenne GC de 57,42. De même, les données brutes de séquence pour H. itama étaient de 6,3 Mo, qui ont été assemblées en 11 contigs d'une taille de 7 642 048 pb, une N50 de 17 180 et une moyenne GC de 55,38. Dans l'échantillon de miel d'A. dorsata, nous avons identifié cinq espèces végétales/polliniques différentes, une seule des cinq espèces présentant une abondance relative inférieure à 1%. Pour H. itama, nous avons identifié sept espèces végétales/polliniques différentes, avec seulement trois des espèces présentant une abondance relative inférieure à 1%. Toutes les espèces végétales identifiées étaient originaires de la Malaisie péninsulaire, en particulier de la région de la côte est de Terengganu. Nos données offrent des informations précieuses sur l'origine géographique et botanique et l'authenticité du miel. Des études métagénomiques pourraient aider à identifier les espèces végétales que les abeilles se nourrissent et fournir des données préliminaires aux chercheurs qui étudient le développement biologique de A. dorsata et H. itama. L'identification de diverses fleurs à partir de l'ADNe du miel qui sont connues pour leurs propriétés médicinales pourrait aider au miel régional avec un étiquetage précis de l'origine du produit, ce qui est crucial pour garantir l'authenticité du produit aux consommateurs.Translated Description (Spanish)
El polen es una herramienta útil para identificar la procedencia y los ecosistemas complejos que rodean la producción de miel en los bosques de Malasia. Como polinizadores nativos clave en Malasia, Apis dorsata y Heterotrigona itama se alimentan de varias especies de plantas/polen para recolectar miel. Este estudio tiene como objetivo generar un conjunto de datos que descubra la presencia de estas especies de plantas/polen y su abundancia relativa en la miel de A. dorsata y H. itama. La información obtenida de este estudio se puede utilizar para determinar el origen geográfico y botánico y la autenticidad de la miel producida por estas dos especies. Se obtuvieron datos de secuencia tanto para A. dorsata como para H. itama. Los datos de secuencia sin procesar para A. dorsata fueron de 5 Mb, que se ensamblaron en 5 cóntigos con un tamaño de 6,098,728 pb, un N50 de 15,534 y una media de GC de 57.42. De manera similar, los datos de secuencia bruta para H. itama fueron de 6.3 Mb, que se ensamblaron en 11 cóntigos con un tamaño de 7,642,048 pb, un N50 de 17,180 y un promedio de GC de 55.38. En la muestra de miel de A. dorsata, identificamos cinco especies diferentes de plantas/polen, con solo una de las cinco especies exhibiendo una abundancia relativa de menos del 1%. Para H. itama, identificamos siete especies diferentes de plantas/polen, y solo tres de las especies exhibieron una abundancia relativa de menos del 1%. Todas las especies de plantas identificadas eran nativas de Malasia peninsular, especialmente el área de la costa este de Terengganu. Nuestros datos ofrecen información valiosa sobre el origen y la autenticidad geográfica y botánica de la miel. Los estudios metagenómicos podrían ayudar a identificar las especies de plantas que las abejas alimentan y proporcionar datos preliminares para los investigadores que estudian el desarrollo biológico de A. dorsata y H. itama. La identificación de varias flores del ADNe de la miel que son conocidas por sus propiedades medicinales podría ayudar a la miel regional con un etiquetado preciso del origen del producto, que es crucial para garantizar la autenticidad del producto a los consumidores.Files
s13104-023-06495-9.pdf
Files
(906.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:bb67d6e8a849140399b28a3c6fb9c09c
|
906.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تكشف أول مجموعة بيانات تسلسل ITS2 لـ eDNA من عسل نحل العسل الماليزي العملاق (Apis dorsata) والنحل عديم اللدغة (Heterotrigona itama) عن تنوع الأنواع النباتية
- Translated title (French)
- Le premier ensemble de données de séquence ITS2 d'ADNe provenant du miel d'abeilles géantes malaisiennes (Apis dorsata) et d'abeilles sans aiguillon (Heterotrigona itama) révèle la diversité des espèces végétales
- Translated title (Spanish)
- El primer conjunto de datos de secuencia ITS2 de eDNA de miel de abejas melíferas gigantes de Malasia (Apis dorsata) y abejas sin aguijón (Heterotrigona itama) revela la diversidad de especies de plantas
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4386625192
- DOI
- 10.1186/s13104-023-06495-9
References
- https://openalex.org/W1923486049
- https://openalex.org/W1969942882
- https://openalex.org/W2050889635
- https://openalex.org/W2073270075
- https://openalex.org/W2322299933
- https://openalex.org/W2327200398
- https://openalex.org/W2575750030
- https://openalex.org/W2755908107
- https://openalex.org/W2888583595
- https://openalex.org/W2901517123
- https://openalex.org/W3017141553
- https://openalex.org/W3034598144
- https://openalex.org/W3093800398
- https://openalex.org/W3135209332
- https://openalex.org/W3145215260
- https://openalex.org/W3160282099
- https://openalex.org/W3198274437
- https://openalex.org/W4239067256
- https://openalex.org/W4312552429