Published April 26, 2016
| Version v1
Publication
Open
Norovirus Epidemiology in Africa: A Review
- 1. University of Pretoria
- 2. Noguchi Memorial Institute for Medical Research
- 3. University of Ghana
- 4. University of Limpopo
Description
Norovirus (NoV) is recognised as a leading cause of gastroenteritis worldwide across all age groups. The prevalence and diversity of NoVs in many African countries is still unknown, although early sero-prevalence studies indicated widespread early infection. Reports on NoVs in Africa vary widely in terms of study duration, population groups and size, inclusion of asymptomatic controls, as well as genotyping information. This review provides an estimate of NoV prevalence and distribution of genotypes of NoVs in Africa. Inclusion criteria for the review were study duration of at least 6 months, population size of >50 and diagnosis by RT-PCR. As regions used for genotyping varied, or genotyping was not always performed, this was not considered as an inclusion criteria. A literature search containing the terms norovirus+Africa yielded 74 publications. Of these 19 studies from 14 out of the 54 countries in Africa met the inclusion criteria. Data from studies not meeting the inclusion criteria, based on sample size or short duration, were included as discussion points. The majority of studies published focused on children, under five years of age, hospitalised with acute gastroenteritis. The mean overall prevalence was 13.5% (range 0.8-25.5%) in children with gastroenteritis and 9.7% (range 7-31%) in asymptomatic controls, where tested. NoV GII.4 was the predominant genotype identified in most of the studies that presented genotyping data. Other prevalent genotypes detected included GII.3 and GII.6. In conclusion, NoV is a common pathogen in children with diarrhoea in Africa, with considerable carriage in asymptomatic children. There is however, a paucity of data on NoV infection in adults.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يُعترف بفيروس نوروفيروس (NOV) كسبب رئيسي لالتهاب المعدة والأمعاء في جميع أنحاء العالم في جميع الفئات العمرية. لا يزال انتشار فيروسات NoVs وتنوعها في العديد من البلدان الأفريقية غير معروف، على الرغم من أن دراسات الانتشار المصلية المبكرة أشارت إلى انتشار العدوى المبكرة على نطاق واسع. تختلف التقارير عن حالات الإصابة بفيروس نقص المناعة البشرية في أفريقيا اختلافًا كبيرًا من حيث مدة الدراسة والمجموعات السكانية والحجم، وإدراج الضوابط التي لا تظهر عليها أعراض، بالإضافة إلى معلومات التنميط الجيني. تقدم هذه المراجعة تقديرًا لانتشار وتوزيع الأنماط الجينية لفيروسات المستجدين في أفريقيا. كانت معايير الإدراج للمراجعة هي مدة الدراسة التي لا تقل عن 6 أشهر، وحجم السكان >50 والتشخيص بواسطة RT - PCR. نظرًا لتنوع المناطق المستخدمة في التنميط الجيني، أو عدم إجراء التنميط الجيني دائمًا، لم يتم اعتبار ذلك معيارًا للإدراج. أسفر البحث في الأدبيات التي تحتوي على مصطلحات norovirus+Africa عن 74 منشورًا. ومن بين هذه الدراسات البالغ عددها 19 دراسة من 14 دولة من أصل 54 دولة في أفريقيا، استوفت معايير الإدراج. تم تضمين البيانات من الدراسات التي لا تستوفي معايير الإدراج، بناءً على حجم العينة أو المدة القصيرة، كنقاط مناقشة. ركزت غالبية الدراسات المنشورة على الأطفال، الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات، الذين يدخلون المستشفى مصابين بالتهاب المعدة والأمعاء الحاد. كان متوسط الانتشار الكلي 13.5 ٪ (نطاق 0.8-25.5 ٪) في الأطفال المصابين بالتهاب المعدة والأمعاء و 9.7 ٪ (نطاق 7-31 ٪) في الضوابط غير المصحوبة بأعراض، حيث تم اختبارها. كان NOV GII.4 هو النمط الجيني السائد الذي تم تحديده في معظم الدراسات التي قدمت بيانات التنميط الجيني. وشملت الأنماط الجينية السائدة الأخرى التي تم اكتشافها GII.3 و GII.6. في الختام، يعد NOV أحد مسببات الأمراض الشائعة لدى الأطفال المصابين بالإسهال في أفريقيا، مع وجود حمل كبير عند الأطفال الذين لا يعانون من أعراض. ومع ذلك، هناك ندرة في البيانات حول عدوى NOV لدى البالغين.Translated Description (French)
Le norovirus (NoV) est reconnu comme l'une des principales causes de gastro-entérite dans le monde, dans tous les groupes d'âge. La prévalence et la diversité des NoV dans de nombreux pays africains sont encore inconnues, bien que les premières études de séroprévalence indiquent une infection précoce généralisée. Les rapports sur les NoV en Afrique varient considérablement en termes de durée de l'étude, de groupes de population et de taille, d'inclusion de contrôles asymptomatiques, ainsi que d'informations de génotypage. Cette revue fournit une estimation de la prévalence et de la distribution des génotypes des NoV en Afrique. Les critères d'inclusion pour la revue étaient la durée de l'étude d'au moins 6 mois, la taille de la population >50 et le diagnostic par RT-PCR. Comme les régions utilisées pour le génotypage variaient ou que le génotypage n'était pas toujours effectué, cela n'a pas été considéré comme un critère d'inclusion. Une recherche documentaire contenant les termes norovirus+Afrique a donné 74 publications. Sur ces 19 études, 14 des 54 pays d'Afrique répondaient aux critères d'inclusion. Les données des études ne répondant pas aux critères d'inclusion, basées sur la taille de l'échantillon ou sur une courte durée, ont été incluses comme points de discussion. La majorité des études publiées concernaient des enfants de moins de cinq ans hospitalisés pour une gastro-entérite aiguë. La prévalence globale moyenne était de 13,5 % (fourchette de 0,8 à 25,5 %) chez les enfants atteints de gastro-entérite et de 9,7 % (fourchette de 7 à 31 %) chez les témoins asymptomatiques, le cas échéant. NoV GII.4 était le génotype prédominant identifié dans la plupart des études présentant des données de génotypage. Les autres génotypes prévalents détectés comprenaient GII.3 et GII.6. En conclusion, le NoV est un agent pathogène courant chez les enfants atteints de diarrhée en Afrique, avec une charge importante chez les enfants asymptomatiques. Il existe cependant peu de données sur l'infection à NoV chez les adultes.Translated Description (Spanish)
El norovirus (NoV) es reconocido como una causa principal de gastroenteritis en todo el mundo en todos los grupos de edad. La prevalencia y diversidad de NoV en muchos países africanos aún se desconoce, aunque los primeros estudios de seroprevalencia indicaron una infección temprana generalizada. Los informes sobre NoV en África varían ampliamente en términos de duración del estudio, grupos de población y tamaño, inclusión de controles asintomáticos, así como información de genotipificación. Esta revisión proporciona una estimación de la prevalencia y distribución de los genotipos de NoV en África. Los criterios de inclusión para la revisión fueron la duración del estudio de al menos 6 meses, el tamaño de la población de >50 y el diagnóstico por RT-PCR. Como las regiones utilizadas para la genotipificación variaron, o la genotipificación no siempre se realizó, esto no se consideró como un criterio de inclusión. Una búsqueda bibliográfica que contenía los términos norovirus+África arrojó 74 publicaciones. De estos 19 estudios de 14 de los 54 países de África cumplieron con los criterios de inclusión. Los datos de los estudios que no cumplían con los criterios de inclusión, basados en el tamaño de la muestra o la corta duración, se incluyeron como puntos de discusión. La mayoría de los estudios publicados se centraron en niños, menores de cinco años, hospitalizados con gastroenteritis aguda. La prevalencia global media fue del 13,5% (rango 0,8-25,5%) en niños con gastroenteritis y del 9,7% (rango 7-31%) en controles asintomáticos, cuando se probaron. NoV GII.4 fue el genotipo predominante identificado en la mayoría de los estudios que presentaron datos de genotipado. Otros genotipos prevalentes detectados incluyeron GII.3 y GII.6. En conclusión, el NoV es un patógeno común en niños con diarrea en África, con un transporte considerable en niños asintomáticos. Sin embargo, hay una escasez de datos sobre la infección por NoV en adultos.Files
journal.pone.0146280&type=printable.pdf
Files
(861.4 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:51f79e894b5d6bb14cb55df73b6077fd
|
861.4 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- علم أوبئة فيروس نوروفيروس في أفريقيا: مراجعة
- Translated title (French)
- Épidémiologie des norovirus en Afrique : une revue
- Translated title (Spanish)
- Epidemiología del norovirus en África: una revisión
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2343010587
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0146280
References
- https://openalex.org/W1592706808
- https://openalex.org/W1821981622
- https://openalex.org/W1956902656
- https://openalex.org/W1964499479
- https://openalex.org/W1971304145
- https://openalex.org/W1978798608
- https://openalex.org/W1979622265
- https://openalex.org/W1985684734
- https://openalex.org/W1988912949
- https://openalex.org/W1997104367
- https://openalex.org/W2000195222
- https://openalex.org/W2002144687
- https://openalex.org/W2002522787
- https://openalex.org/W2011732215
- https://openalex.org/W2013479934
- https://openalex.org/W2014605855
- https://openalex.org/W2018663404
- https://openalex.org/W2024300509
- https://openalex.org/W2027662197
- https://openalex.org/W2035909460
- https://openalex.org/W2040421227
- https://openalex.org/W2043619972
- https://openalex.org/W2045697354
- https://openalex.org/W2047384898
- https://openalex.org/W2048836378
- https://openalex.org/W2050532197
- https://openalex.org/W2066128679
- https://openalex.org/W2069063822
- https://openalex.org/W2073370907
- https://openalex.org/W2073808486
- https://openalex.org/W2074027593
- https://openalex.org/W2076031456
- https://openalex.org/W2076170894
- https://openalex.org/W2078531092
- https://openalex.org/W2084474169
- https://openalex.org/W2091085085
- https://openalex.org/W2091574920
- https://openalex.org/W2105538315
- https://openalex.org/W2113014022
- https://openalex.org/W2114053580
- https://openalex.org/W2115151801
- https://openalex.org/W2118004842
- https://openalex.org/W2122973465
- https://openalex.org/W2125283487
- https://openalex.org/W2128558450
- https://openalex.org/W2135821507
- https://openalex.org/W2136149191
- https://openalex.org/W2138357876
- https://openalex.org/W2140861418
- https://openalex.org/W2141089027
- https://openalex.org/W2141220841
- https://openalex.org/W2181658791
- https://openalex.org/W2275776620
- https://openalex.org/W2343241453
- https://openalex.org/W2410614418