Published July 25, 2022 | Version v1
Publication Metadata-only

Evaluation of tools for the taxonomical classification of viruses

Creators

  • 1. Universidad Autónoma del Estado de Morelos
  • 2. Universidad Nacional Autónoma de México
  • 3. Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias

Description

50G (1942_50GL), 500G (1943_500GL) and 1000G (1752_1000GL) sets are simulated reads previously reported Tangherlini et al. [1], and represent large reads like contigs. FISH-I (FISH_1_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), PB3(PB3_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), I5-8(ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM and ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) and 121-1 (ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM and ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) sets are real metagenomics reads previously reported Taboada et al. [2,3]. Eukaryotic, Prokaryotic, Unclassified, Bacterial and Human sets are simulated reads, generated by Grinder [4] software and represent short reads like those of Illumina technology.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

مجموعات 50 جم (1942_50 GL) و 500 جم (1943_500 GL) و 1000 جم (1752_1000 GL) هي قراءات محاكاة تم الإبلاغ عنها سابقًا Tangherlini et al. [1]، وتمثل قراءات كبيرة مثل المتجاورات. FISH - I (FISH _1_Q_sS_DUP_HNoM_RbNoM)، PB3 (PB3_Q_sS_DUP_HNoM_RbNoM)، I5 -8 (ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM و ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) و 121-1 (ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM و ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) هي مجموعات ميتاجينوميكس حقيقية تم الإبلاغ عنها سابقًا Taboada et al. [2،3]. مجموعات حقيقيات النوى وبدائيات النوى وغير المصنفة والبكتيرية والبشرية هي قراءات محاكاة، تم إنشاؤها بواسطة برنامج Grinder [4] وتمثل قراءات قصيرة مثل تلك الخاصة بتقنية Illumina.

Translated Description (French)

Les ensembles 50G (1942_50GL), 500G (1943_500GL) et 1000G (1752_1000GL) sont des lectures simulées précédemment rapportées par Tangherlini et al. [1], et représentent de grandes lectures comme des contigs. FISH-I (FISH_1_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), PB3(PB3_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), I5-8 (ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM et ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) et 121-1 (ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM et ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) sont de véritables ensembles métagénomiques, comme indiqué précédemment dans Taboada et al. [2,3]. Les ensembles eucaryote, procaryote, non classifié, bactérien et humain sont des lectures simulées, générées par le logiciel Grinder [4] et représentent des lectures courtes comme celles de la technologie Illumina.

Translated Description (Spanish)

Los conjuntos de 50 G (1942_50GL), 500 g (1943_500GL) y 1000 G (1752_1000GL) son lecturas simuladas previamente informadas por Tangherlini et al. [1], y representan lecturas grandes como cóntigos. FISH-I (FISH_1_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), PB3(PB3_Q_sS_dup_HNoM_RbNoM), I5-8 (ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM e ISA32_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) y 121-1 (ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM e ISA44_R1_Q_CDhit_HmNoM_RbNoM) son verdaderas lecturas metagenómicas de Taboada et al. [2,3]. Los conjuntos eucariotas, procariotas, no clasificados, bacterianos y humanos son lecturas simuladas, generadas por el software Grinder [4] y representan lecturas cortas como las de la tecnología Illumina.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم أدوات التصنيف التصنيفي للفيروسات
Translated title (French)
Evaluation des outils de classification taxonomique des virus
Translated title (Spanish)
Evaluación de herramientas para la clasificación taxonómica de virus

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4393702454
DOI
10.5281/zenodo.6890579

Is supplement to
https://openalex.org/W2788277189 (Other)
https://openalex.org/W2748952813 (Other)
https://openalex.org/W2130076355 (Other)
https://openalex.org/W2119695867 (Other)
https://openalex.org/W2082860237 (Other)
https://openalex.org/W2046158694 (Other)
https://openalex.org/W2013243191 (Other)
https://openalex.org/W1993764875 (Other)
https://openalex.org/W1990804418 (Other)
https://openalex.org/W1971568933 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Mexico