Published January 1, 2020
| Version v1
Publication
Open
Evaluating FAIRness of Genomic Databases
Creators
- 1. Universidade Federal do Rio de Janeiro
- 2. Fundação Oswaldo Cruz
- 3. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Description
Several studies show the difficulty experienced for the reuse of the ever increasing amount of genomic data. Initiatives are being created to mitigate this concern; one of the most well-known is the FAIR Data Principles. Nonetheless, the related works are too generic and do not describe simultaneously and properly the human and machine perspectives of the FAIRness of databases. Hence, in order to bridge this gap, our paper introduces an approach named the Bio FAIR Evaluator Framework, a semiautomated tool aimed to analyze the FAIRness of genomic databases. Furthermore, we performed experiments that analyzed selected genomic databases according to two orthogonal and complementary perspectives (human and machine). The approach uses standardized FAIR metrics and generates recommendation reports to researchers indicating how to enhance the FAIRness of databases. Our findings, when compared with related works, show the feasibility of the approach, indicating that the current genomic databases are poorly compliant with FAIR Principles.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تُظهر العديد من الدراسات الصعوبة التي واجهتها إعادة استخدام الكمية المتزايدة باستمرار من البيانات الجينومية. يتم إنشاء مبادرات للتخفيف من هذا القلق ؛ واحدة من أكثرها شهرة هي مبادئ البيانات العادلة. ومع ذلك، فإن الأعمال ذات الصلة عامة للغاية ولا تصف في وقت واحد وبشكل صحيح المنظورات البشرية والآلية لإدارة قواعد البيانات. وبالتالي، من أجل سد هذه الفجوة، تقدم ورقتنا البحثية نهجًا يسمى إطار التقييم الحيوي العادل، وهو أداة شبه آلية تهدف إلى تحليل مدى دقة قواعد البيانات الجينية. علاوة على ذلك، أجرينا تجارب حللت قواعد بيانات جينية مختارة وفقًا لمنظورين متعامدين ومتكاملين (الإنسان والآلة). يستخدم النهج مقاييس عادلة موحدة وينشئ تقارير توصيات للباحثين تشير إلى كيفية تعزيز دقة قواعد البيانات. تُظهر النتائج التي توصلنا إليها، عند مقارنتها بالأعمال ذات الصلة، جدوى النهج، مما يشير إلى أن قواعد البيانات الجينومية الحالية لا تتوافق بشكل جيد مع مبادئ FAIR.Translated Description (French)
Plusieurs études montrent la difficulté rencontrée pour la réutilisation de la quantité toujours croissante de données génomiques. Des initiatives sont en cours pour atténuer cette préoccupation ; l'un des plus connus est le FAIR Data Principles. Néanmoins, les travaux connexes sont trop génériques et ne décrivent pas simultanément et correctement les perspectives humaine et machine de la FAIRness des bases de données. Ainsi, afin de combler cette lacune, notre article introduit une approche nommée Bio FAIR Evaluator Framework, un outil semi-automatisé visant à analyser la FAIRness des bases de données génomiques. De plus, nous avons effectué des expériences qui ont analysé des bases de données génomiques sélectionnées selon deux perspectives orthogonales et complémentaires (humaine et machine). L'approche utilise des mesures ÉQUITABLES normalisées et génère des rapports de recommandation aux chercheurs indiquant comment améliorer la FAIRness des bases de données. Nos résultats, comparés à des travaux connexes, montrent la faisabilité de l'approche, indiquant que les bases de données génomiques actuelles sont mal conformes aux principes FAIR.Translated Description (Spanish)
Varios estudios muestran la dificultad experimentada para la reutilización de la cantidad cada vez mayor de datos genómicos. Se están creando iniciativas para mitigar esta preocupación; uno de los más conocidos son los Principios de Datos FAIR. Sin embargo, los trabajos relacionados son demasiado genéricos y no describen de manera simultánea y adecuada las perspectivas humanas y de máquina de la realidad de las bases de datos. Por lo tanto, con el fin de cerrar esta brecha, nuestro trabajo introduce un enfoque denominado Bio FAIR Evaluator Framework, una herramienta semiautomática destinada a analizar la FAIRness de las bases de datos genómicas. Además, realizamos experimentos que analizaron bases de datos genómicas seleccionadas de acuerdo con dos perspectivas ortogonales y complementarias (humano y máquina). El enfoque utiliza métricas JUSTAS estandarizadas y genera informes de recomendación a los investigadores que indican cómo mejorar la FAIRness de las bases de datos. Nuestros hallazgos, en comparación con los trabajos relacionados, muestran la viabilidad del enfoque, lo que indica que las bases de datos genómicas actuales son poco compatibles con los Principios FAIR.Files
Evaluating%20FAIRness%20of%20Genomic%20Databases.pdf.pdf
Files
(363.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:72d6b4203a551e425b62d10876662dbd
|
363.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تقييم مدى دقة قواعد البيانات الجينية
- Translated title (French)
- Évaluation de la FAIRness des bases de données génomiques
- Translated title (Spanish)
- Evaluación de FAIRness de bases de datos genómicas
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3114099907
- DOI
- 10.1007/978-3-030-65847-2_12
References
- https://openalex.org/W1687157824
- https://openalex.org/W1995998437
- https://openalex.org/W2025004204
- https://openalex.org/W2104846587
- https://openalex.org/W2211193336
- https://openalex.org/W2302501749
- https://openalex.org/W2588316293
- https://openalex.org/W2598446296
- https://openalex.org/W2718669472
- https://openalex.org/W2947060454
- https://openalex.org/W2950687658
- https://openalex.org/W2989726711
- https://openalex.org/W3100689701