Published September 21, 2017
| Version v1
Publication
Open
Chromosomal microarray analysis in a cohort of underrepresented population identifies SERINC2 as a novel candidate gene for autism spectrum disorder
Creators
-
Areerat Hnoonual1
- Weerin Thammachote2, 3
-
Thipwimol Tim‐Aroon2, 3
-
Kitiwan Rojnueangnit4
- Tippawan Hansakunachai4
- Tasanawat Sombuntham2, 3
- Rawiwan Roongpraiwan2, 3
- Juthamas Worachotekamjorn1
-
Jariya Chuthapisith2, 3
-
Suthat Fucharoen3
-
Duangrurdee Wattanasirichaigoon2, 3
- Nichara Ruangdaraganon2, 3
-
Pornprot Limprasert1
-
Natini Jinawath3
- 1. Prince of Songkla University
- 2. Ramathibodi Hospital
- 3. Mahidol University
- 4. Thammasat University
Description
Chromosomal microarray (CMA) is now recognized as the first-tier genetic test for detection of copy number variations (CNVs) in patients with autism spectrum disorder (ASD). The aims of this study were to identify known and novel ASD associated-CNVs and to evaluate the diagnostic yield of CMA in Thai patients with ASD. The Infinium CytoSNP-850K BeadChip was used to detect CNVs in 114 Thai patients comprised of 68 retrospective ASD patients (group 1) with the use of CMA as a second line test and 46 prospective ASD and developmental delay patients (group 2) with the use of CMA as the first-tier test. We identified 7 (6.1%) pathogenic CNVs and 22 (19.3%) variants of uncertain clinical significance (VOUS). A total of 29 patients with pathogenic CNVs and VOUS were found in 22% (15/68) and 30.4% (14/46) of the patients in groups 1 and 2, respectively. The difference in detected CNV frequencies between the 2 groups was not statistically significant (Chi square = 1.02, df = 1, P = 0.31). In addition, we propose one novel ASD candidate gene, SERINC2, which warrants further investigation. Our findings provide supportive evidence that CMA studies using population-specific reference databases in underrepresented populations are useful for identification of novel candidate genes.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يتم التعرف الآن على المصفوفة الصبغية الدقيقة (CMA) كاختبار جيني من الدرجة الأولى للكشف عن اختلافات رقم النسخ (CNVs) في المرضى الذين يعانون من اضطراب طيف التوحد (ASD). كانت أهداف هذه الدراسة هي تحديد فيروسات التصلب العصبي المتعدد المعروفة والجديدة المرتبطة باضطراب طيف التوحد وتقييم العائد التشخيصي لـ CMA في المرضى التايلانديين المصابين باضطراب طيف التوحد. تم استخدام Infinium CytoSNP -850K BeadChip للكشف عن CNVs في 114 مريضًا تايلانديًا يتألف من 68 مريضًا باضطراب طيف التوحد بأثر رجعي (المجموعة 1) مع استخدام CMA كاختبار خط ثانٍ و 46 مريضًا محتملًا باضطراب طيف التوحد وتأخر النمو (المجموعة 2) مع استخدام CMA كاختبار من الدرجة الأولى. حددنا 7 (6.1 ٪) من الفيروسات القلبية الوعائية المسببة للأمراض و 22 (19.3 ٪) من المتغيرات ذات الأهمية السريرية غير المؤكدة. تم العثور على ما مجموعه 29 مريضًا يعانون من فيروسات سي إن في وفوس المسببة للأمراض في 22 ٪ (15/68) و 30.4 ٪ (14/46) من المرضى في المجموعتين 1 و 2 على التوالي. لم يكن الفرق في ترددات CNV المكتشفة بين المجموعتين ذا دلالة إحصائية (Chi square = 1.02، df = 1، P = 0.31). بالإضافة إلى ذلك، نقترح جينًا جديدًا مرشحًا لاضطراب طيف التوحد، SERINC2، والذي يتطلب مزيدًا من التحقيق. تقدم النتائج التي توصلنا إليها دليلًا داعمًا على أن دراسات CMA باستخدام قواعد البيانات المرجعية الخاصة بالسكان في المجموعات السكانية الممثلة تمثيلاً ناقصًا مفيدة لتحديد الجينات المرشحة الجديدة.Translated Description (French)
Le microréseau chromosomique (CMA) est maintenant reconnu comme le test génétique de premier niveau pour la détection des variations du nombre de copies (CNV) chez les patients atteints de troubles du spectre autistique (TSA). Les objectifs de cette étude étaient d'identifier les CNV associés aux TSA connus et nouveaux et d'évaluer le rendement diagnostique de l'AMC chez les patients thaïlandais atteints de TSA. L'Infinium CytoSNP-850K BeadChip a été utilisé pour détecter les NVC chez 114 patients thaïlandais comprenant 68 patients atteints de TSA rétrospectifs (groupe 1) avec l'utilisation de l'AMC comme test de deuxième intention et 46 patients atteints de TSA prospectifs et de retard de développement (groupe 2) avec l'utilisation de l'AMC comme test de premier niveau. Nous avons identifié 7 (6,1 %) CNV pathogènes et 22 (19,3 %) variants de signification clinique incertaine (VOUS). Au total, 29 patients atteints de NVC pathogènes et de VOUS ont été trouvés chez 22 % (15/68) et 30,4 % (14/46) des patients des groupes 1 et 2, respectivement. La différence des fréquences CNV détectées entre les 2 groupes n'était pas statistiquement significative (Chi carré = 1,02, df = 1, P = 0,31). En outre, nous proposons un nouveau gène candidat pour les TSA, SERINC2, qui mérite une étude plus approfondie. Nos résultats fournissent des preuves à l'appui que les études d'AMC utilisant des bases de données de référence spécifiques à une population dans des populations sous-représentées sont utiles pour l'identification de nouveaux gènes candidats.Translated Description (Spanish)
La micromatriz cromosómica (CMA) ahora se reconoce como la prueba genética de primer nivel para la detección de variaciones en el número de copias (CNV) en pacientes con trastorno del espectro autista (Tea). Los objetivos de este estudio fueron identificar los CNV asociados a Tea conocidos y novedosos y evaluar el rendimiento diagnóstico de CMA en pacientes tailandeses con Tea. El Infinium CytoSNP-850K BeadChip se utilizó para detectar CNV en 114 pacientes tailandeses compuestos por 68 pacientes con Tea retrospectivos (grupo 1) con el uso de CMA como prueba de segunda línea y 46 pacientes prospectivos con Tea y retraso en el desarrollo (grupo 2) con el uso de CMA como prueba de primer nivel. Identificamos 7 (6,1%) CNV patógenas y 22 (19,3%) variantes de significación clínica incierta (VOUS). Se encontraron un total de 29 pacientes con CNV y VOUS patógenas en el 22% (15/68) y el 30,4% (14/46) de los pacientes en los grupos 1 y 2, respectivamente. La diferencia en las frecuencias CNV detectadas entre los 2 grupos no fue estadísticamente significativa (Chi cuadrado = 1,02, df = 1, P = 0,31). Además, proponemos un nuevo gen candidato a TEA, SERINC2, que justifica una mayor investigación. Nuestros hallazgos proporcionan evidencia de apoyo de que los estudios de CMA que utilizan bases de datos de referencia específicas de la población en poblaciones subrepresentadas son útiles para la identificación de nuevos genes candidatos.Files
s41598-017-12317-3.pdf.pdf
Files
(2.0 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:92ee7438657739b6c4644a47d4dd468a
|
2.0 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يحدد تحليل المصفوفة الصبغية الدقيقة في مجموعة من السكان الممثلة تمثيلاً ناقصًا SERINC2 كجين مرشح جديد لاضطراب طيف التوحد
- Translated title (French)
- L'analyse des microréseaux chromosomiques dans une cohorte de populations sous-représentées identifie SERINC2 comme un nouveau gène candidat pour le trouble du spectre autistique
- Translated title (Spanish)
- El análisis de micromatrices cromosómicas en una cohorte de población subrepresentada identifica a SERINC2 como un nuevo gen candidato para el trastorno del espectro autista
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2755811582
- DOI
- 10.1038/s41598-017-12317-3
References
- https://openalex.org/W1525396451
- https://openalex.org/W1575366723
- https://openalex.org/W1585156201
- https://openalex.org/W1835752389
- https://openalex.org/W1966371041
- https://openalex.org/W1971692712
- https://openalex.org/W1974124550
- https://openalex.org/W1976905805
- https://openalex.org/W1985540714
- https://openalex.org/W1985678499
- https://openalex.org/W1987693361
- https://openalex.org/W1988750693
- https://openalex.org/W1991098402
- https://openalex.org/W1991633140
- https://openalex.org/W2002212507
- https://openalex.org/W2006134661
- https://openalex.org/W2008284757
- https://openalex.org/W2010153887
- https://openalex.org/W2015640550
- https://openalex.org/W2017565802
- https://openalex.org/W2020799024
- https://openalex.org/W2021856717
- https://openalex.org/W2025084042
- https://openalex.org/W2033320669
- https://openalex.org/W2036197115
- https://openalex.org/W2038032067
- https://openalex.org/W2038501994
- https://openalex.org/W2038971399
- https://openalex.org/W2040034581
- https://openalex.org/W2040159957
- https://openalex.org/W2043896761
- https://openalex.org/W2045192827
- https://openalex.org/W2045861726
- https://openalex.org/W2056071137
- https://openalex.org/W2058013703
- https://openalex.org/W2062737903
- https://openalex.org/W2064897453
- https://openalex.org/W2070825060
- https://openalex.org/W2071728859
- https://openalex.org/W2077016335
- https://openalex.org/W2078781148
- https://openalex.org/W2079321540
- https://openalex.org/W2082744139
- https://openalex.org/W2094742463
- https://openalex.org/W2098000677
- https://openalex.org/W2098380802
- https://openalex.org/W2101402077
- https://openalex.org/W2103115009
- https://openalex.org/W2109384840
- https://openalex.org/W2109428406
- https://openalex.org/W2110003745
- https://openalex.org/W2110228504
- https://openalex.org/W2112037424
- https://openalex.org/W2113968691
- https://openalex.org/W2114107709
- https://openalex.org/W2119907069
- https://openalex.org/W2120465943
- https://openalex.org/W2124761086
- https://openalex.org/W2131587128
- https://openalex.org/W2137289649
- https://openalex.org/W2139373232
- https://openalex.org/W2140797812
- https://openalex.org/W2142076791
- https://openalex.org/W2144232799
- https://openalex.org/W2144799876
- https://openalex.org/W2145748438
- https://openalex.org/W2150428478
- https://openalex.org/W2154511345
- https://openalex.org/W2156922030
- https://openalex.org/W2158118253
- https://openalex.org/W2167373003
- https://openalex.org/W2176255924
- https://openalex.org/W2222957279
- https://openalex.org/W2232429096
- https://openalex.org/W2268335832
- https://openalex.org/W2282538635
- https://openalex.org/W2318996262
- https://openalex.org/W2324826603
- https://openalex.org/W2327604214
- https://openalex.org/W2328872737
- https://openalex.org/W2342774921
- https://openalex.org/W2397524316
- https://openalex.org/W2412964838
- https://openalex.org/W2465623525
- https://openalex.org/W4232730560
- https://openalex.org/W4242613759
- https://openalex.org/W4247496126
- https://openalex.org/W4294307687