Published August 10, 2022
| Version v1
Publication
Open
Comparison of the evolutionary phylodynamic of Delta and Omicron variants of SARS-CoV-2
Description
Abstract Due to the inconsistency of the information regarding the evolution of the last two waves caused by the Delta and Omicron variants, we are attempting to provide a phylodynamic analysis. We used the nucleotide sequences of the Delta (n = 89) and Omicron (n = 74) variants recorded in the GISAID database to perform an analysis based on the contemporary model of the birth-death horizon. An average rate of evolution of 3.677 × 10 − 4 subs /site/year (range,1.311× 10 − 4 −6.144×10 − 4 ) for the DELTA variant, this gives an estimated mean of tMRCA corresponding to the root of the tree dated at 43.5 days. While for OMICRON a mean evolutionary rate of 3.898×10 − 3 subs/site/year (range,2.686×10 − 3 − 5.102×10 − 3 ) gave an estimated mean of tMRCA corresponding to the root of the tree dated at 26.4 days. The median of Re for the Indian DELTA = 1.81 (range, 0.196–3.94), and increased to 3.837 ≈ 4 on March 30, 2021. While for the South African OMICRON Re = 0.97 (range,0.41–1.54), and rose to 9.59 ≈ 9 on December 14, 2021. The average doubling times of the two waves are estimated respectively at 9 days for the DELTA variant and at 3 days for the OMICRON variant. The spread of the OMICRON pandemic is almost three times faster than that of the DELTA. The mean doubling times of the two waves are 9 days for the DELTA variant and 3 days for the OMICRON variant, respectively. As a result, the OMICRON pandemic is spreading nearly three times faster than the DELTA.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
نظرًا لتناقض المعلومات المتعلقة بتطور الموجتين الأخيرتين الناجم عن متغيرات دلتا وأوميكرون، فإننا نحاول تقديم تحليل ديناميكي سلالي. استخدمنا متواليات النيوكليوتيدات لمتغيرات دلتا (n = 89) وأوميكرون (n = 74) المسجلة في قاعدة بيانات GISAID لإجراء تحليل يعتمد على النموذج المعاصر لأفق الولادة والموت. متوسط معدل التطور 3.677 × 10 − 4 غواصات /موقع/سنة (النطاق، 1.311 × 10 − 4 − 6.144×10 − 4 ) لمتغير دلتا، وهذا يعطي متوسطًا تقديريًا لـ tMRCA يتوافق مع جذر الشجرة بتاريخ 43.5 يومًا. بينما بالنسبة لـ OMICRON، أعطى متوسط معدل تطوري قدره 3.898×10 − 3 غواصات/موقع/سنة (النطاق، 2.686 ×10 − 3 − 5.102 ×10 − 3 ) متوسطًا تقديريًا لـ tMRCA يتوافق مع جذر الشجرة بتاريخ 26.4 يومًا. متوسط Re للدلتا الهندية = 1.81 (النطاق، 0.196-3.94)، وارتفع إلى 3.837 ≈ 4 في 30 مارس 2021. بينما بالنسبة لـ OMICRON Re في جنوب إفريقيا = 0.97 (النطاق، 0.41-1.54)، وارتفع إلى 9.59 ≈ 9 في 14 ديسمبر 2021. ويقدر متوسط أوقات مضاعفة الموجتين على التوالي بـ 9 أيام لمتغير دلتا و 3 أيام لمتغير أوميكرون. إن انتشار جائحة أوميكرون أسرع بثلاث مرات تقريبًا من انتشار جائحة الدلتا. متوسط أوقات مضاعفة الموجتين هو 9 أيام لمتغير دلتا و 3 أيام لمتغير أوميكرون، على التوالي. ونتيجة لذلك، فإن جائحة أوميكرون تنتشر بسرعة أكبر بثلاث مرات تقريبًا من جائحة دلتا.Translated Description (French)
Résumé En raison de l'incohérence des informations concernant l'évolution des deux dernières vagues causée par les variants Delta et Omicron, nous tentons de fournir une analyse phylodynamique. Nous avons utilisé les séquences nucléotidiques des variants Delta (n = 89) et Omicron (n = 74) enregistrées dans la base de données GISAID pour effectuer une analyse basée sur le modèle contemporain de l'horizon naissance-mort. Un taux moyen d'évolution de 3,677 × 10 − 4 subs /site/an (plage,1,311× 10 − 4 −6,144×10 − 4 ) pour la variante DELTA, cela donne une moyenne estimée de tMRCA correspondant à la racine de l'arbre datée à 43,5 jours. Alors que pour OMICRON, un taux d'évolution moyen de 3,898 ×10 − 3 subs/site/an (plage, 2,686 ×10 − 3 − 5,102×10 − 3 ) a donné une moyenne estimée de tMRCA correspondant à la racine de l'arbre datée de 26,4 jours. La médiane de Re pour le DELTA indien = 1,81 (plage, 0,196-3,94), et a augmenté à 3,837 ≈ 4 le 30 mars 2021. Alors que pour l'OMICRON sud-africain Re = 0,97 (plage,0,41-1,54), il est passé à 9,59 ≈ 9 le 14 décembre 2021. Les temps moyens de doublement des deux vagues sont estimés respectivement à 9 jours pour le variant DELTA et à 3 jours pour le variant OMICRON. La propagation de la pandémie OMICRON est presque trois fois plus rapide que celle du DELTA. Les temps moyens de doublement des deux vagues sont respectivement de 9 jours pour la variante DELTA et de 3 jours pour la variante OMICRON. En conséquence, la pandémie OMICRON se propage presque trois fois plus vite que le DELTA.Translated Description (Spanish)
Resumen Debido a la inconsistencia de la información con respecto a la evolución de las dos últimas ondas causadas por las variantes Delta y Ómicron, estamos tratando de proporcionar un análisis filodinámico. Utilizamos las secuencias de nucleótidos de las variantes Delta (n = 89) y Ómicron (n = 74) registradas en la base de datos GISAID para realizar un análisis basado en el modelo contemporáneo del horizonte nacimiento-muerte. Una tasa promedio de evolución de 3.677 × 10 − 4 subs /sitio/año (rango,1.311× 10 − 4 −6.144×10 − 4 ) para la variante DELTA, esto da una media estimada de tMRCA correspondiente a la raíz del árbol fechada en 43.5 días. Mientras que para OMICRON una tasa evolutiva media de 3.898×10 − 3 subs/sitio/año (rango,2.686 ×10 − 3 − 5.102×10 − 3 ) dio una media estimada de tMRCA correspondiente a la raíz del árbol fechada en 26.4 días. La mediana de Re para el DELTA Indio = 1.81 (rango, 0.196–3.94), y aumentó a 3.837 ≈ 4 el 30 de marzo de 2021. Mientras que para el Omicron sudafricano Re = 0.97 (rango,0.41–1.54), y aumentó a 9.59 ≈ 9 el 14 de diciembre de 2021. Los tiempos medios de duplicación de las dos ondas se estiman respectivamente en 9 días para la variante DELTA y en 3 días para la variante Omicron. La propagación de la pandemia de Omicron es casi tres veces más rápida que la del DELTA. Los tiempos medios de duplicación de las dos ondas son de 9 días para la variante DELTA y de 3 días para la variante Omicron, respectivamente. Como resultado, la pandemia de Omicron se está extendiendo casi tres veces más rápido que el DELTA.Files
latest.pdf.pdf
Files
(283.9 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:ce9c9bb253518dcb7d6d9ad1031bca10
|
283.9 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مقارنة بين الديناميكية التطورية لمتغيرات دلتا وأوميكرون من سارس- كوف-2
- Translated title (French)
- Comparaison de la phylodynamique évolutive des variants Delta et Omicron du SRAS-CoV-2
- Translated title (Spanish)
- Comparación de la filodinámica evolutiva de las variantes Delta y Omicron del SARS-CoV-2
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4293152979
- DOI
- 10.21203/rs.3.rs-1926171/v1
References
- https://openalex.org/W1969042907
- https://openalex.org/W2055298722
- https://openalex.org/W2065461553
- https://openalex.org/W2068184858
- https://openalex.org/W2098998255
- https://openalex.org/W2110835349
- https://openalex.org/W2111211467
- https://openalex.org/W2587970647
- https://openalex.org/W2799524357
- https://openalex.org/W3010441732
- https://openalex.org/W3014067025
- https://openalex.org/W3044968759
- https://openalex.org/W3170606898
- https://openalex.org/W3171314425
- https://openalex.org/W3175258092
- https://openalex.org/W3185815931
- https://openalex.org/W3206720061
- https://openalex.org/W3212439952
- https://openalex.org/W3216894467
- https://openalex.org/W4200059599
- https://openalex.org/W4200066927
- https://openalex.org/W4200180765
- https://openalex.org/W4200398760
- https://openalex.org/W4210604635