Published November 8, 2017 | Version v1
Publication Open

Occurrence and genetic variability of partial coat protein gene of Sweet potato leaf curl virus (SPLCV) in Kenya

Creators

  • 1. International Livestock Research Institute
  • 2. University of Western Australia
  • 3. University of Nairobi
  • 4. Kenya Agricultural and Livestock Research Organization
  • 5. University of Embu

Description

A survey was conducted to determine the occurrence of sweet potato leaf curl virus (SPLCV) infecting sweet potato in Kenya.Vine cuttings of sweet potato were collected in 2011 from fields in Central, Western and Coastal regions of the country.The cuttings were grown in an insect-proof screen-house and scion grafted to Ipomoea setosa indicator plants.DNA was extracted from leaf samples of graftinoculated I. serosa and tested for the presence of SPLCV by polymerase chain reaction (PCR) using degenerate and specific primers.The virus was detected in all the regions with incidence rates of 33, 17.0 and 2.6% from Western, Coastal and Central regions, respectively using specific primers.Coat protein gene AV1 from isolates collected from each region was sequenced and their comparison revealed >88.4% nucleotide identity.Phylogenetic grouping using nucleotide and amino acid sequences showed that four Kenyan isolates (Coast3, Central13, Coast15 and Western14) clustered together, while the other remaining five grouped a long with isolates from different parts of the world.The results reveal that Kenyan SPLCV isolates have a clear diversity and are also closely related with other isolates from different parts of the world.The wide distribution of the virus within the country means that urgent measures are needed to clean the farmers planting material to reduce possible losses incurred due to the presence of the virus.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم إجراء مسح لتحديد حدوث فيروس حليقة أوراق البطاطا الحلوة (SPLCV) الذي يصيب البطاطا الحلوة في كينيا. تم جمع قصاصات الكروم من البطاطا الحلوة في عام 2011 من الحقول في المناطق الوسطى والغربية والساحلية من البلاد. تمت زراعة القصاصات في منزل شاشة مقاوم للحشرات وتم تطعيم السليل إلى نباتات مؤشر Ipomoea setosa. تم استخراج الحمض النووي من عينات أوراق من I. المصل المطعمة واختباره لوجود SPLCV بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام مواد أولية متحللة ومحددة. تم اكتشاف الفيروس في جميع المناطق التي تبلغ معدلات الإصابة فيها 33 و 17.0 و 2.6 ٪ من المناطق الغربية والساحلية والوسطى، على التوالي باستخدام مواد أولية محددة. تم تسلسل الجين البروتيني AV1 من العزلات التي تم جمعها من كل منطقة وكشفت مقارنتهم عن >88.4 ٪ من هوية النيوكليوتيدات. أظهر التجميع الوراثي باستخدام متواليات النيوكليوتيدات والأحماض الأمينية أن أربع عزلات كينية (Coast3 و Central13 و Coast15 و Western14) تتجمع معًا، في حين أن الخمسة المتبقية الأخرى تتجمع لفترة طويلة مع عزلات من أجزاء مختلفة من العالم. تكشف النتائج أن عزلات SPLCV الكينية لها تنوع واضح وهي يرتبط أيضًا ارتباطًا وثيقًا بالعزلات الأخرى من أجزاء مختلفة من العالم. ويعني الانتشار الواسع للفيروس داخل البلاد أن هناك حاجة إلى اتخاذ تدابير عاجلة لتنظيف المزارعين الذين يزرعون المواد لتقليل الخسائر المحتملة المتكبدة بسبب وجود الفيروس.

Translated Description (French)

Une enquête a été menée pour déterminer la présence du virus de la boucle des feuilles de patate douce (SPLCV) infectant la patate douce au Kenya. Des boutures de vigne de patate douce ont été recueillies en 2011 dans des champs des régions centrales, occidentales et côtières du pays. Les boutures ont été cultivées dans une maison écran à l'épreuve des insectes et un greffon greffé à des plantes indicatrices d'Ipomoea setosa. L'ADN a été extrait d'échantillons de feuilles d'I. serosa greffé et testé pour la présence de SPLCV par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) à l'aide d'amorces dégénérées et spécifiques. Le virus a été détecté dans toutes les régions avec des taux d'incidence de 33, 17,0 et 2,6% des régions occidentales, côtières et centrales, respectivement à l'aide d'amorces spécifiques. Le gène AV1 de la protéine de manteau provenant d'isolats prélevés dans chaque région a été séquencé et leur comparaison a révélé une identité nucléotidique >88,4%. Le regroupement phylogénétique à l'aide de séquences nucléotidiques et d'acides aminés a montré que quatre isolats kényans (Coast3, Central13, Coast15 et Western14) se sont regroupés, tandis que les cinq autres se sont groupés longtemps avec des isolats de différentes parties du monde. Les résultats révèlent que les isolats de SPLCV kényans ont une diversité claire et sont également étroitement lié à d'autres isolats de différentes parties du monde. La large diffusion du virus dans le pays signifie que des mesures urgentes sont nécessaires pour nettoyer le matériel de plantation des agriculteurs afin de réduire les pertes éventuelles dues à la présence du virus.

Translated Description (Spanish)

Se realizó una encuesta para determinar la aparición del virus del rizo foliar de la batata (SPLCV) que infecta a la batata en Kenia. En 2011 se recolectaron esquejes de batata en los campos de las regiones central, occidental y costera del país. Los esquejes se cultivaron en una casa de cribado a prueba de insectos y se injertaron a plantas indicadoras de Ipomoea setosa. Se extrajo ADN de muestras de hojas de I. serosa injertadas y se analizó la presencia de SPLCV mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando cebadores degenerados y específicos. Se detectó el virus en todas las regiones con tasas de incidencia de 33, 17.0 y 2.6% de las regiones occidental, costera y central, respectivamente, utilizando cebadores específicos. Se secuenció el gen de la proteína de recubrimiento AV1 de los aislados recolectados de cada región y su comparación reveló >88.4% de identidad de nucleótidos. El agrupamiento filogenético utilizando secuencias de nucleótidos y aminoácidos mostró que cuatro aislados kenianos (Coast3, Central13, Coast15 y Western14) se agruparon, mientras que los otros cinco restantes se agruparon un largo con aislados de diferentes partes del mundo. Los resultados revelan que los aislados de SPLCV kenianos tienen una clara diversidad y son también estrechamente relacionado con otros aislados de diferentes partes del mundo. La amplia distribución del virus dentro del país significa que se necesitan medidas urgentes para limpiar el material de siembra de los agricultores para reducir las posibles pérdidas incurridas debido a la presencia del virus.

Files

DCDD29866556.pdf.pdf

Files (558.3 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:e0b99b91938c97e92def95225a857168
558.3 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
حدوث جين بروتين الغلاف الجزئي لفيروس تجعيد أوراق البطاطا الحلوة (SPLCV) في كينيا وتنوعه الوراثي
Translated title (French)
Présence et variabilité génétique du gène de la protéine de coque partielle du virus de la boucle des feuilles de patate douce (SPLCV) au Kenya
Translated title (Spanish)
Ocurrencia y variabilidad genética del gen de la proteína parcial de la cubierta del virus del rizo foliar de la batata (SPLCV) en Kenia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2769732923
DOI
10.5897/ajb2017.15969

Is supplement to
https://openalex.org/W903818084 (Other)
https://openalex.org/W4254698667 (Other)
https://openalex.org/W3202916294 (Other)
https://openalex.org/W3150750732 (Other)
https://openalex.org/W2388579761 (Other)
https://openalex.org/W2386173511 (Other)
https://openalex.org/W2375151634 (Other)
https://openalex.org/W2352802959 (Other)
https://openalex.org/W2258157464 (Other)
https://openalex.org/W2002719115 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Kenya

References

  • https://openalex.org/W1669939471
  • https://openalex.org/W1985287494
  • https://openalex.org/W1991499710
  • https://openalex.org/W1992000767
  • https://openalex.org/W2029282790
  • https://openalex.org/W2032853213
  • https://openalex.org/W2040377174
  • https://openalex.org/W2042898907
  • https://openalex.org/W2060157091
  • https://openalex.org/W2076438698
  • https://openalex.org/W2080655727
  • https://openalex.org/W2083553000
  • https://openalex.org/W2083833938
  • https://openalex.org/W2104297633
  • https://openalex.org/W2105479138
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2588381642
  • https://openalex.org/W4231918514
  • https://openalex.org/W93535943