Published July 14, 2021 | Version v1
Publication Open

Whole genome sequencing and phylogenetic analysis of six SARS-CoV-2 strains isolated during COVID-19 pandemic in Tunisia, North Africa

Creators

  • 1. Tunis El Manar University
  • 2. Institut Pasteur de Tunis
  • 3. Institut Pasteur
  • 4. National Institute of Meteorology

Description

Abstract Background In Tunisia a first SARS-CoV-2 confirmed case was reported in March 03, 2020. Since then, an increase of cases number was observed from either imported or local cases. The aim of this preliminary study was to better understand the molecular epidemiology and genetic variability of SARS-CoV-2 viruses circulating in Tunisia and worldwide. Methods Whole genome sequencing was performed using NGS approach on six SARS. CoV-2 highly positive samples detected during the early phase of the outbreak. Results Full genomes sequences of six Tunisian SARS-CoV-2 strains were obtained from imported and locally transmission cases during the COVID-19 outbreak. Reported sequences were non-identical with 0.1% nucleotide divergence rate and clustered into 6 different clades with worldwide sequences. SNPs results favor the distribution of the reported Tunisian sequences into 3 major genotypes. These SNP mutations are critical for diagnosis and vaccine development. Conclusions These results indicate multiple introductions of the virus in Tunisia and add new genomic data on SARS-CoV-2 at the international level.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم الإبلاغ عن أول حالة مؤكدة لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة في تونس في 03 مارس 2020. ومنذ ذلك الحين، لوحظت زيادة في عدد الحالات إما من الحالات المستوردة أو المحلية. كان الهدف من هذه الدراسة الأولية هو فهم أفضل لعلم الأوبئة الجزيئي والتغير الجيني لفيروسات سارس- كوف-2 المنتشرة في تونس وجميع أنحاء العالم. تم إجراء تسلسل الجينوم الكامل باستخدام نهج الجيل التالي لتحديد التسلسل على ستة سارس. تم اكتشاف عينات إيجابية للغاية من فيروس كورونا 2 خلال المرحلة المبكرة من تفشي المرض. النتائج تم الحصول على تسلسلات الجينوم الكاملة لست سلالات تونسية من سارس- كوف-2 من حالات انتقال العدوى المستوردة والمحلية خلال تفشي كوفيد-19. كانت التسلسلات المبلغ عنها غير متطابقة مع معدل تباعد النيوكليوتيدات بنسبة 0.1 ٪ وتم تجميعها في 6 فروع مختلفة مع تسلسلات عالمية. تفضل نتائج SNPs توزيع التسلسلات التونسية المبلغ عنها إلى 3 أنماط جينية رئيسية. تعد طفرات SNP هذه ضرورية للتشخيص وتطوير اللقاح. الاستنتاجات تشير هذه النتائج إلى مقدمات متعددة للفيروس في تونس وإضافة بيانات جينية جديدة حول فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة على المستوى الدولي.

Translated Description (French)

Résumé Contexte En Tunisie, un premier cas confirmé de SRAS-CoV-2 a été signalé le 03 mars 2020. Depuis lors, une augmentation du nombre de cas a été observée, qu'il s'agisse de cas importés ou locaux. L'objectif de cette étude préliminaire était de mieux comprendre l'épidémiologie moléculaire et la variabilité génétique des virus SARS-CoV-2 circulant en Tunisie et dans le monde. Méthodes Le séquençage du génome entier a été effectué en utilisant l'approche NGS sur six SRAS. Échantillons hautement positifs au CoV-2 détectés au début de l'épidémie. Résultats Des séquences génomiques complètes de six souches tunisiennes de SARS-CoV-2 ont été obtenues à partir de cas importés et de transmission locale pendant l'épidémie de COVID-19. Les séquences rapportées étaient non identiques avec un taux de divergence nucléotidique de 0,1% et regroupées en 6 clades différents avec des séquences mondiales. Les résultats des SNP favorisent la distribution des séquences tunisiennes rapportées en 3 génotypes majeurs. Ces mutations SNP sont essentielles pour le diagnostic et le développement de vaccins. Conclusions Ces résultats indiquent de multiples introductions du virus en Tunisie et ajoutent de nouvelles données génomiques sur le SRAS-CoV-2 au niveau international.

Translated Description (Spanish)

Resumen Antecedentes En Túnez se informó un primer caso confirmado de SARS-CoV-2 el 3 de marzo de 2020. Desde entonces, se observó un aumento del número de casos importados o locales. El objetivo de este estudio preliminar fue comprender mejor la epidemiología molecular y la variabilidad genética de los virus SARS-CoV-2 que circulan en Túnez y en todo el mundo. Métodos La secuenciación del genoma completo se realizó utilizando el enfoque NGS en seis SARS. Muestras de CoV-2 altamente positivas detectadas durante la fase temprana del brote. Resultados Se obtuvieron secuencias genómicas completas de seis cepas tunecinas del SARS-CoV-2 de casos importados y de transmisión local durante el brote de COVID-19. Las secuencias informadas no eran idénticas con una tasa de divergencia de nucleótidos del 0,1% y se agruparon en 6 clados diferentes con secuencias mundiales. Los resultados de los SNP favorecen la distribución de las secuencias tunecinas informadas en 3 genotipos principales. Estas mutaciones del SNP son fundamentales para el diagnóstico y el desarrollo de vacunas. Conclusiones Estos resultados indican múltiples introducciones del virus en Túnez y añaden nuevos datos genómicos sobre el SARS-CoV-2 a nivel internacional.

Files

s12864-021-07870-1.pdf

Files (813.5 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1407b2fcb06a2116bfb7d4c28170cc82
813.5 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تسلسل الجينوم الكامل وتحليل تطور السلالات لستة سلالات سارس- كوف-2 تم عزلها خلال جائحة كوفيد-19 في تونس، شمال أفريقيا
Translated title (French)
Séquençage du génome entier et analyse phylogénétique de six souches de SRAS-CoV-2 isolées pendant la pandémie de COVID-19 en Tunisie, Afrique du Nord
Translated title (Spanish)
Secuenciación del genoma completo y análisis filogenético de seis cepas de SARS-CoV-2 aisladas durante la pandemia de COVID-19 en Túnez, África del Norte

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3179776290
DOI
10.1186/s12864-021-07870-1

Is supplement to
https://openalex.org/W4392234951 (Other)
https://openalex.org/W4321609587 (Other)
https://openalex.org/W3184844573 (Other)
https://openalex.org/W3016996440 (Other)
https://openalex.org/W3011700674 (Other)
https://openalex.org/W2956528092 (Other)
https://openalex.org/W2800744268 (Other)
https://openalex.org/W2074109587 (Other)
https://openalex.org/W2055581395 (Other)
https://openalex.org/W1972725503 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2999318660
  • https://openalex.org/W3001195213
  • https://openalex.org/W3001456238
  • https://openalex.org/W3001897055
  • https://openalex.org/W3010795344
  • https://openalex.org/W3013176417
  • https://openalex.org/W3017703988