Published May 22, 2017 | Version v1
Publication Open

Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle

Creators

  • 1. Colombian Corporation for Agricultural Research - AGROSAVIA
  • 2. Asociación Colombiana de Facultades de Ingeniería
  • 3. University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna

Description

Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The identified regions will contribute to the development and refinement of genomic selection programs for Zebu Brahman cattle in Colombia.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم تحليل بيانات النمط الجيني والنمط الظاهري لـ 1562 حيوانًا للعثور على المناطق الجينية التي يحتمل أن تؤثر على وزن الولادة (BW)، ووزن الفطام في سبعة أشهر من العمر (WW) ووزن السنة (YW) من ماشية البراهمان الكولومبية، مع إجراء التنميط الجيني باستخدام مجموعة رقائق Illumina Bead مع 74،669 SNPs. تم استخدام نهج BLUP الجيني أحادي الخطوة (ssGBLP) لتقدير نسبة التباين التي يشرحها كل مؤشر. تم العثور على مناطق متعددة منتشرة عبر الجينوم تؤثر على الأوزان في مختلف الأعمار، وتعتمد أيضًا على مكون السمة (مباشر أو أمومي). تم ربط المناطق الأكثر إثارة للاهتمام بـ QTLs والجينات المحددة مسبقًا، مثل ADAMTSL3 و CAPN2 و CAPN2 و FABP6 و ZEB2 التي تؤثر على سمات النمو والوزن. ستساهم المناطق المحددة في تطوير وصقل برامج الانتقاء الجيني لماشية زيبو براهمان في كولومبيا.

Translated Description (French)

Les données génotypiques et phénotypiques de 1 562 animaux ont été analysées pour trouver des régions génomiques qui influencent potentiellement le poids de naissance (BW), le poids de sevrage à l'âge de sept mois (WW) et le poids d'un an (YW) des bovins Brahman colombiens, le génotypage étant effectué à l'aide d'un réseau de puces Illumina Bead avec 74 669 SNP. Une approche BLUP génomique en une étape (ssGBLP) a été utilisée pour estimer la proportion de variance expliquée par chaque marqueur. Plusieurs régions dispersées à travers le génome ont été trouvées pour influencer les poids à différents âges, dépendant également de la composante du trait (directe ou maternelle). Les régions les plus intéressantes ont été connectées à des QTL et des gènes précédemment identifiés, tels que ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influençant les traits de croissance et de poids. Les régions identifiées contribueront au développement et à l'affinement des programmes de sélection génomique pour les bovins Zebu Brahman en Colombie.

Translated Description (Spanish)

Se analizaron los datos genotípicos y fenotípicos de 1,562 animales para encontrar regiones genómicas que potencialmente influyen en el peso al nacer (BW), el peso al destete a los siete meses de edad (WW) y el peso al año (YW) del ganado Brahman colombiano, con genotipado realizado utilizando la matriz de chips Illumina Bead con 74,669 SNP. Se utilizó un enfoque de BLUP genómico de un solo paso (ssGBLP) para estimar la proporción de varianza explicada por cada marcador. Se encontró que múltiples regiones dispersas por todo el genoma influyen en los pesos a diferentes edades, también dependiendo del componente del rasgo (directo o materno). Las regiones más interesantes se conectaron a QTL y genes previamente identificados, como ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 que influyen en el crecimiento y los rasgos de peso. Las regiones identificadas contribuirán al desarrollo y perfeccionamiento de los programas de selección genómica para el ganado Zebu Brahman en Colombia.

Files

1415-4757-gmb-1678-4685-GMB-2016-0017.pdf.pdf

Files (932.2 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:39ff0cf70063be207fb38fbe9fb30941
932.2 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
دراسة الارتباط على مستوى الجينوم للولادة والفطام ووزن السنة في ماشية البراهمان الكولومبية
Translated title (French)
Étude d'association à l'échelle du génome pour la naissance, le sevrage et le poids d'un an chez les bovins Brahman colombiens
Translated title (Spanish)
Estudio de asociación de todo el genoma para el nacimiento, el destete y el peso del año en ganado Brahman colombiano

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2619730956
DOI
10.1590/1678-4685-gmb-2016-0017

Is supplement to
https://openalex.org/W4229607179 (Other)
https://openalex.org/W33914369 (Other)
https://openalex.org/W3194926711 (Other)
https://openalex.org/W2740448414 (Other)
https://openalex.org/W250552163 (Other)
https://openalex.org/W2431418766 (Other)
https://openalex.org/W2141490451 (Other)
https://openalex.org/W2126168794 (Other)
https://openalex.org/W2071865797 (Other)
https://openalex.org/W1416294282 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Colombia

References

  • https://openalex.org/W1501051437
  • https://openalex.org/W1975977333
  • https://openalex.org/W1985652009
  • https://openalex.org/W1991404519
  • https://openalex.org/W1994640436
  • https://openalex.org/W2002600206
  • https://openalex.org/W2004402272
  • https://openalex.org/W2023356408
  • https://openalex.org/W2028566903
  • https://openalex.org/W2033178330
  • https://openalex.org/W2041000916
  • https://openalex.org/W2068212815
  • https://openalex.org/W2068351435
  • https://openalex.org/W2070492168
  • https://openalex.org/W2081190071
  • https://openalex.org/W2082192860
  • https://openalex.org/W2093408244
  • https://openalex.org/W2095757396
  • https://openalex.org/W2097489380
  • https://openalex.org/W2109444054
  • https://openalex.org/W2135241939
  • https://openalex.org/W2139259556
  • https://openalex.org/W2140908395
  • https://openalex.org/W2157180576
  • https://openalex.org/W2157211770
  • https://openalex.org/W2159326528
  • https://openalex.org/W2164050502