Evaluation of Vibrio cholerae O1 El Tor variants circulating in Sindh Pakistan
- 1. Shah Abdul Latif University
- 2. NED University of Engineering and Technology
Description
To investigate the existence of genetically diverse vibrio cholerae variant strains in a rural Sindh district, and to find out the phylogenetic relationship of indigenous vibrio cholerae strains.The cross-sectional study was conducted from April 2014 to May 2016 in Khairpur, Pakistan, and comprised stool samples/rectal swabs collected from the main and city branches of the Khairpur Medical College Teaching Hospital, and the Pir Abdul Qadir Shah Jeelani Institute of Medical Sciences, Gambat. The samples were identified using standard microbiological, biochemical, serological techniques and polymerase chain reaction targeting the ompW gene. Whole genome sequencing and bioinformatics tool MUMmer 3.2.3 was used to compare indigenous and contemporary vibrio cholerae strains circulating in the province of Sindh. Neighbour-joining tree method was used to construct the phylogenic tree.Of the 360 samples, 76(21.11%) were found positive for vibrio cholera strains. The species-specific ompW gene was amplified at the correct size of 588bp. The isolates belonged to serogroup Inaba, O1, biotype El Tor. Unique sequences with same genomic coordinates showed that test strains were not similar to the reference sequence. Conserved genome sequences showed that 12 Out of 16 (75%) of the test strains were similar to each Other except the 3 strains isolated from Khairpur and 1 from Karachi. Multiple sequence alignment of the regions translated into protein showed that 13 out of 16 (81.25%) test strains were similar except 2 strains from Khairpur and 1 From Karachi. The phylogenetic tree showed that all isolated strains descended from the same ancestor along with the reference strain.Vibrio cholerae O1 El Tor variant existed in Khairpur.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
للتحقيق في وجود سلالات متغيرة من ضمة الكوليرا المتنوعة وراثيًا في منطقة السند الريفية، ومعرفة العلاقة الوراثية لسلالات ضمة الكوليرا الأصلية. أجريت دراسة مستعرضة من أبريل 2014 إلى مايو 2016 في خيربور، باكستان، وشملت عينات البراز/مسحات المستقيم التي تم جمعها من الفروع الرئيسية والمدينة لمستشفى خيربور التعليمي الطبي، ومعهد بير عبد القادر شاه جيلاني للعلوم الطبية، غامبات. تم تحديد العينات باستخدام التقنيات الميكروبيولوجية والكيميائية الحيوية والمصلية القياسية وتفاعل سلسلة البلمرة التي تستهدف جين ompW. تم استخدام أداة تسلسل الجينوم الكامل والمعلوماتية الحيوية MUMmer 3.2.3 لمقارنة سلالات الكوليرا الأصلية والمعاصرة التي تنتشر في مقاطعة السند. تم استخدام طريقة شجرة الانضمام إلى الجيران لبناء شجرة السلالات. من بين 360 عينة، تم العثور على 76 عينة (21.11 ٪) إيجابية لسلالات الكوليرا الضمة. تم تضخيم جين ompW الخاص بالأنواع بالحجم الصحيح البالغ 588 نقطة أساس. تنتمي العزلات إلى المجموعة المصلية Inaba، O1، النمط الحيوي El Tor. أظهرت التسلسلات الفريدة ذات الإحداثيات الجينية نفسها أن سلالات الاختبار لم تكن مشابهة للتسلسل المرجعي. أظهرت تسلسلات الجينوم المحفوظة أن 12 من أصل 16 (75 ٪) من سلالات الاختبار كانت متشابهة مع بعضها البعض باستثناء السلالات الثلاث المعزولة من خيربور وسلالة واحدة من كراتشي. أظهرت محاذاة التسلسل المتعددة للمناطق المترجمة إلى بروتين أن 13 من أصل 16 (81.25 ٪) من سلالات الاختبار كانت متشابهة باستثناء سلالتين من خيربور وسلالة واحدة من كراتشي. أظهرت شجرة تطور السلالات أن جميع السلالات المعزولة تنحدر من نفس السلف جنبًا إلى جنب مع السلالة المرجعية. ضمة الكوليرا O1 متغير الطور موجودة في خيربور.Translated Description (French)
Enquêter sur l'existence de souches variantes de vibrio cholerae génétiquement diverses dans un district rural du Sindh, et découvrir la relation phylogénétique des souches indigènes de vibrio cholerae. L'étude transversale a été menée d'avril 2014 à mai 2016 à Khairpur, au Pakistan, et comprenait des échantillons de selles/écouvillons rectaux prélevés dans les branches principales et municipales du Khairpur Medical College Teaching Hospital et du Pir Abdul Qadir Shah Jeelani Institute of Medical Sciences, Gambat. Les échantillons ont été identifiés à l'aide de techniques microbiologiques, biochimiques, sérologiques et de réaction en chaîne par polymérase standard ciblant le gène ompW. L'outil de séquençage du génome entier et de bioinformatique MUMmer 3.2.3 a été utilisé pour comparer les souches indigènes et contemporaines de vibrio cholerae circulant dans la province du Sindh. La méthode de l'arbre voisin a été utilisée pour construire l'arbre phylogénique. Sur les 360 échantillons, 76(21,11 %) ont été trouvés positifs pour les souches de vibrio choléra. Le gène ompW spécifique à l'espèce a été amplifié à la taille correcte de 588 pb. Les isolats appartenaient au sérogroupe Inaba, O1, biotype El Tor. Des séquences uniques avec les mêmes coordonnées génomiques ont montré que les souches testées n'étaient pas similaires à la séquence de référence. Les séquences du génome conservées ont montré que 12 sur 16 (75%) des souches testées étaient similaires les unes aux autres, à l'exception des 3 souches isolées de Khairpur et 1 de Karachi. L'alignement de plusieurs séquences des régions traduites en protéines a montré que 13 des 16 souches testées (81,25 %) étaient similaires, à l'exception de 2 souches de Khairpur et de 1 souche de Karachi. L'arbre phylogénétique a montré que toutes les souches isolées descendaient du même ancêtre avec la souche de référence. Le variant Vibrio cholerae O1 El Tor existait à Khairpur.Translated Description (Spanish)
Investigar la existencia de cepas variantes de Vibrio cholerae genéticamente diversas en un distrito rural de Sindh y descubrir la relación filogenética de las cepas indígenas de Vibrio cholerae. El estudio transversal se realizó de abril de 2014 a mayo de 2016 en Khairpur, Pakistán, y comprendió muestras de heces/hisopos rectales recogidos de las sucursales principales y de la ciudad del Hospital Docente del Colegio Médico de Khairpur y del Instituto Pir Abdul Qadir Shah Jeelani de Ciencias Médicas, Gambat. Las muestras se identificaron utilizando técnicas microbiológicas, bioquímicas, serológicas estándar y la reacción en cadena de la polimerasa dirigida al gen ompW. Se utilizó la herramienta de secuenciación del genoma completo y bioinformática MUMmer 3.2.3 para comparar las cepas indígenas y contemporáneas de Vibrio cholerae que circulan en la provincia de Sindh. Se utilizó el método del árbol de unión de vecinos para construir el árbol filogénico. De las 360 muestras, 76(21.11%) resultaron positivas para las cepas de cólera vibrio. El gen ompW específico de la especie se amplificó al tamaño correcto de 588 pb. Los aislados pertenecían al serogrupo Inaba, O1, biotipo El Tor. Las secuencias únicas con las mismas coordenadas genómicas mostraron que las cepas de prueba no eran similares a la secuencia de referencia. Las secuencias de genoma conservadas mostraron que 12 de 16 (75%) de las cepas de prueba eran similares entre sí, excepto las 3 cepas aisladas de Khairpur y 1 de Karachi. La alineación de secuencias múltiples de las regiones traducidas en proteína mostró que 13 de 16 (81,25%) cepas de prueba fueron similares, excepto 2 cepas de Khairpur y 1 de Karachi. El árbol filogenético mostró que todas las cepas aisladas descendían del mismo ancestro junto con la cepa de referencia. La variante de Vibrio cholerae O1 El Tor existía en Khairpur.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تقييم ضمة الكوليرا O1 متغيرات الطور المتداولة في السند باكستان
- Translated title (French)
- Évaluation des variants de Vibrio cholerae O1 El Tor circulant dans le Sindh au Pakistan
- Translated title (Spanish)
- Evaluación de variantes de Vibrio cholerae O1 El Tor que circulan en Sindh Pakistán
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4298003280
- DOI
- 10.47391/jpma.1942