Customized targeted massively parallel sequencing enables the identification of novel pathogenic variants in Tunisian patients with Developmental and Epileptic Encephalopathy
Creators
- 1. Centre of Biotechnology of Sfax
- 2. University of Sfax
- 3. Hopital Universitaire Hedi Chaker
Description
To develop a high throughput sequencing panel for the diagnosis of developmental and epileptic encephalopathy in Tunisia and to clarify the frequency of disease-causing genes in this region.We developed a custom panel for next generation sequencing of the coding sequences of 116 genes in individuals with developmental and epileptic encephalopathy from the Tunisian population. Segregation analyses as well as in silico studies have been conducted to assess the identified variants' pathogenicity.We report 12 pathogenic variants in SCN1A, CHD2, CDKL5, SZT2, KCNT1, GNAO1, PCDH19, MECP2, GRIN2A, and SYNGAP1 in patients with developmental and epileptic encephalopathy. Five of these variants are novel: "c.149delA, p.(Asn50MetfsTer26)" in CDKL5; "c.3616C>T, p.(Arg1206Ter)" in SZT2; "c.111_113del, p.(Leu39del)" in GNAO1; "c.1435G>C , p.(Asp479His)" in PCDH19; as well as "c.2143delC, p. (Arg716GlyfsTer10)"in SYNGAP1. Additionally, for four of our patients, the genetic result facilitated the choice of the appropriate treatment.This is the first report of a custom gene panel to identify genetic variants implicated in developmental and epileptic encephalopathy in the Tunisian population as well as the North African region (Tunisia, Egypt, Libya, Algeria, Morocco) with a diagnostic rate of 30%. This high-throughput sequencing panel has considerably improved the rate of positive diagnosis of developmental and epileptic encephalopathy in the Tunisian population, which was less than 15% using Sanger sequencing. The benefit of genetic testing in these patients was approved by both physicians and parents.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
تطوير لوحة تسلسل عالية الإنتاجية لتشخيص اعتلال الدماغ التنموي والصرعي في تونس وتوضيح تواتر الجينات المسببة للأمراض في هذه المنطقة. قمنا بتطوير لوحة مخصصة لتسلسل الجيل القادم من تسلسل ترميز 116 جينًا لدى الأفراد المصابين باعتلال الدماغ التنموي والصرعي من السكان التونسيين. تم إجراء تحليلات الفصل وكذلك في دراسات السيليكو لتقييم الإمراضية للمتغيرات المحددة. لقد أبلغنا عن 12 متغيرًا ممرضًا في SCN1A و CHD2 و CDKL5 و SZT2 و KCNT1 و GNAO1 و PCDH19 و MECP2 و GRIN2A و SYNGAP1 في المرضى الذين يعانون من اعتلال الدماغ التنموي والصرعي. خمسة من هذه المتغيرات جديدة: "c.149delA، ص.(Asn50MetfsTer26)" in CDKL5 ;"c.3616C>T, p.(Arg1206Ter)" in SZT2 ;"c.111_113del, p.(Leu39del)" in GNAO1 ;"c.1435G>C , p.(Asp479His)" في PCDH19 ؛ وكذلك "c.2143delC، ص. (Arg716GlyfsTer10)"في SYNGAP1. بالإضافة إلى ذلك، بالنسبة لأربعة من مرضانا، سهلت النتيجة الوراثية اختيار العلاج المناسب. هذا هو التقرير الأول للجنة جينية مخصصة لتحديد المتغيرات الوراثية المتورطة في اعتلال الدماغ التنموي والصرعي لدى السكان التونسيين وكذلك منطقة شمال إفريقيا (تونس ومصر وليبيا والجزائر والمغرب) بمعدل تشخيصي قدره 30 ٪. حسنت لوحة التسلسل عالية الإنتاجية هذه بشكل كبير من معدل التشخيص الإيجابي لاعتلال الدماغ التنموي والصرعي لدى السكان التونسيين، والذي كان أقل من 15 ٪ باستخدام تسلسل سانجر. تمت الموافقة على فائدة الاختبار الجيني في هؤلاء المرضى من قبل كل من الأطباء وأولياء الأمور.Translated Description (French)
Développer un panel de séquençage à haut débit pour le diagnostic de l'encéphalopathie développementale et épileptique en Tunisie et clarifier la fréquence des gènes pathogènes dans cette région. Nous avons développé un panel personnalisé pour le séquençage de prochaine génération des séquences codantes de 116 gènes chez les individus atteints d'encéphalopathie développementale et épileptique de la population tunisienne. Des analyses de ségrégation ainsi que des études in silico ont été menées pour évaluer la pathogénicité des variants identifiés. Nous rapportons 12 variants pathogènes dans SCN1A, CHD2, CDKL5, SZT2, KCNT1, GNAO1, PCDH19, MECP2, GRIN2A et SYNGAP1 chez les patients atteints d'encéphalopathie développementale et épileptique. Cinq de ces variantes sont nouvelles : "c.149delA, p.(Asn50MetfsTer26)" dans CDKL5 ; "c.3616C >T, p.(Arg1206Ter)" dans SZT2 ; " c.111_113del, p.(Leu39del)" dans GNAO1 ; "c.1435G >C , p.(Asp479His) » dans PCDH19 ; ainsi que « c.2143delC, p. (Arg716GlyfsTer10) » dans SYNGAP1. De plus, pour quatre de nos patients, le résultat génétique a facilité le choix du traitement approprié. Il s'agit du premier rapport d'un panel génétique personnalisé pour identifier les variants génétiques impliqués dans l'encéphalopathie développementale et épileptique dans la population tunisienne ainsi que dans la région d'Afrique du Nord (Tunisie, Égypte, Libye, Algérie, Maroc) avec un taux de diagnostic de 30%. Ce panel de séquençage à haut débit a considérablement amélioré le taux de diagnostic positif de l'encéphalopathie développementale et épileptique dans la population tunisienne, qui était inférieur à 15% en utilisant le séquençage de Sanger. Les avantages des tests génétiques chez ces patients ont été approuvés par les médecins et les parents.Translated Description (Spanish)
Desarrollar un panel de secuenciación de alto rendimiento para el diagnóstico de la encefalopatía del desarrollo y epiléptica en Túnez y aclarar la frecuencia de los genes causantes de enfermedades en esta región. Desarrollamos un panel personalizado para la secuenciación de próxima generación de las secuencias codificantes de 116 genes en individuos con encefalopatía del desarrollo y epiléptica de la población tunecina. Se han realizado análisis de segregación, así como estudios in silico para evaluar la patogenicidad de las variantes identificadas. Reportamos 12 variantes patógenas en SCN1A, CHD2, CDKL5, SZT2, KCNT1, GNAO1, PCDH19, MECP2, GRIN2A y SYNGAP1 en pacientes con encefalopatía del desarrollo y epiléptica. Cinco de estas variantes son novedosas: "c.149delA, p.(Asn50MetfsTer26)" en CDKL5; "c.3616C >T, pág.(Arg1206Ter)" en SZT2; " c.111_113del, pág.(Leu39del)" en GNAO1; "c.1435G >C , pág.(Asp479His)" en PCDH19; así como " c.2143delC, p. (Arg716GlyfsTer10)"en SYNGAP1. Además, para cuatro de nuestros pacientes, el resultado genético facilitó la elección del tratamiento adecuado. Este es el primer informe de un panel genético personalizado para identificar variantes genéticas implicadas en la encefalopatía del desarrollo y epiléptica en la población tunecina, así como en la región del norte de África (Túnez, Egipto, Libia, Argelia, Marruecos) con una tasa de diagnóstico del 30%. Este panel de secuenciación de alto rendimiento ha mejorado considerablemente la tasa de diagnóstico positivo de encefalopatía del desarrollo y epiléptica en la población tunecina, que fue inferior al 15% utilizando la secuenciación de Sanger. El beneficio de las pruebas genéticas en estos pacientes fue aprobado tanto por los médicos como por los padres.Files
epi4.12848.pdf
Files
(16.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:63440d0d082b19138dd8f0853db2287f
|
16.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يتيح التسلسل المتوازي المستهدف على نطاق واسع تحديد المتغيرات المسببة للأمراض الجديدة لدى المرضى التونسيين المصابين باعتلال الدماغ التنموي والصرعي
- Translated title (French)
- Le séquençage massivement parallèle ciblé personnalisé permet l'identification de nouveaux variants pathogènes chez les patients tunisiens atteints d'encéphalopathie développementale et épileptique
- Translated title (Spanish)
- La secuenciación paralela masiva dirigida personalizada permite la identificación de nuevas variantes patógenas en pacientes tunecinos con encefalopatía del desarrollo y epiléptica
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4387866263
- DOI
- 10.1002/epi4.12848