Published May 25, 2023
| Version v1
Publication
Open
DNA sequencing reveals high arbuscular mycorrhizal fungi diversity in the rhizosphere soil of Prunus africana trees in fragmented Afromontane forests
Creators
- 1. International Livestock Research Institute
- 2. Kenya Forestry Research Institute
- 3. UK Centre for Ecology & Hydrology
- 4. Université de Yaoundé I
- 5. Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology
- 6. Stellenbosch University
Description
Abstract Purpose Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) play a key role in medicinal plant species, besides their ecological role in shaping plant communities. Knowledge about the diversity and structure of AMF communities associated with the endangered Prunus a fricana is valuable in the conservation and domestication of the species for its medicinal products. Methods We investigated the diversity and structure of AMF species communities in the rhizosphere soils of P. africana trees occurring in four fragmented Afromontane forests found in Cameroon (Mount Cameroon and Mount Manengouba) and Kenya (Chuka and Malava) using Illumina Miseq sequencing of 18S rRNA gene amplicons. Results A total of 64 virtual taxa (VT) belonging to eight genera were detected, namely Glomus (43 VT), Claroideoglomus (6 VT), Paraglomus (5 VT), Acaulospora (4 VT), Diversispora (3 VT), and Archaeospora , Pacispora , and Scutellospora with 1 VT each. Scutellospora heterogama VTX00286 was the most abundant and common species in all four sites (49.62%). Glomeraceae and Gigasporaceae were the most abundant families found across the sites, while Acaulosporaceae, Pacisporaceae, and Archaeosporaceae were rare, represented by < 1% of all the detected taxa. Conclusion Our data shows a high diversity of AMF species associated with P. africana and variable community structure partially shaped by local edaphic factors.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تلعب الفطريات الفطرية الجذرية الجذرية (AMF) دورًا رئيسيًا في أنواع النباتات الطبية، إلى جانب دورها البيئي في تشكيل المجتمعات النباتية. تعد المعرفة حول تنوع وهيكل مجتمعات AMF المرتبطة بالبرونوس والفريكانا المهددة بالانقراض ذات قيمة في الحفاظ على الأنواع وترويضها لمنتجاتها الطبية. الطرق قمنا بالتحقيق في تنوع وبنية مجتمعات أنواع AMF في تربة الجذور لأشجار P. africana التي تحدث في أربع غابات أفرو مونتانية مجزأة موجودة في الكاميرون (جبل الكاميرون وجبل مانينغوبا) وكينيا (تشوكا ومالافا) باستخدام تسلسل Illumina Miseq لأمبيلكونات الجينات 18S rRNA. النتائج تم اكتشاف ما مجموعه 64 صنفًا افتراضيًا (VT) تنتمي إلى ثمانية أجناس، وهي Glomus (43 VT) و Claroideoglomus (6 VT) و Paraglomus (5 VT) و Acaulospora (4 VT) و Diversispora (3 VT) و Archaeospora و Pacispora و Scutellospora مع 1 VT لكل منها. كانت Scutellospora heterogama VTX00286 أكثر الأنواع وفرة وشيوعاً في جميع المواقع الأربعة (49.62 ٪). كانت فصيلة الكبيبات وجيجاسبوراسي هي أكثر الفصائل وفرة في جميع المواقع، في حين كانت فصيلة أكاولوسبوراسي وباسيسبوراسي وآركوسبوراسي نادرة، ممثلة بـ < 1 ٪ من جميع الأصناف المكتشفة. خاتمة تُظهر بياناتنا تنوعًا كبيرًا في أنواع AMF المرتبطة بـ P. africana وهيكل المجتمع المتغير الذي تشكله جزئيًا عوامل edaphic المحلية.Translated Description (French)
Résumé Objet Les champignons mycorhiziens arbusculaires (FMA) jouent un rôle clé dans les espèces de plantes médicinales, en plus de leur rôle écologique dans la formation des communautés végétales. La connaissance de la diversité et de la structure des communautés AMF associées au Prunus a fricana en voie de disparition est précieuse pour la conservation et la domestication de l'espèce pour ses médicaments. Méthodes Nous avons étudié la diversité et la structure des communautés d'espèces AMF dans les sols de la rhizosphère des arbres de P. africana présents dans quatre forêts afromontagnardes fragmentées trouvées au Cameroun (Mont Cameroun et Mont Manengouba) et au Kenya (Chuka et Malava) en utilisant le séquençage Illumina Miseq des amplicons du gène de l'ARNr 18S. Résultats Un total de 64 taxons virtuels (VT) appartenant à huit genres ont été détectés, à savoir Glomus (43 VT), Claroideoglomus (6 VT), Paraglomus (5 VT), Acaulospora (4 VT), Diversispora (3 VT) et Archaeospora , Pacispora et Scutellospora avec 1 VT chacun. Scutellospora heterogama VTX00286 était l'espèce la plus abondante et la plus commune dans les quatre sites (49,62 %). Les Gloméracées et les Gigasporacées étaient les familles les plus abondantes trouvées sur les sites, tandis que les Acaulosporacées, les Pacisporacées et les Archaeosporacées étaient rares, représentées par < 1 % de tous les taxons détectés. Conclusion Nos données montrent une grande diversité d'espèces AMF associées à P. africana et une structure communautaire variable partiellement façonnée par des facteurs édaphiques locaux.Translated Description (Spanish)
Resumen Propósito Los hongos micorrízicos arbusculares (AMF) juegan un papel clave en las especies de plantas medicinales, además de su papel ecológico en la conformación de las comunidades de plantas. El conocimiento sobre la diversidad y la estructura de las comunidades de AMF asociadas con el Prunus a fricana en peligro de extinción es valioso para conservar y domesticar la especie para sus medicamentos. Métodos Investigamos la diversidad y la estructura de las comunidades de especies de AMF en los suelos de la rizosfera de los árboles de P. africana que se encuentran en cuatro bosques afromontanos fragmentados que se encuentran en Camerún (Monte Camerún y Monte Manengouba) y Kenia (Chuka y Malava) utilizando la secuenciación Illumina Miseq de los amplicones del gen del ARNr 18S. Resultados Se detectaron un total de 64 taxones virtuales (TV) pertenecientes a ocho géneros, a saber, Glomus (43 TV), Claroideoglomus (6 TV), Paraglomus (5 TV), Acaulospora (4 TV), Diversispora (3 TV) y Archaeospora , Pacispora y Scutellospora con 1 TV cada uno. Scutellospora heterogama VTX00286 fue la especie más abundante y común en los cuatro sitios (49,62%). Glomeraceae y Gigasporaceae fueron las familias más abundantes encontradas en los sitios, mientras que Acaulosporaceae, Pacisporaceae y Archaeosporaceae fueron raras, representadas por < 1% de todos los taxones detectados. Conclusión Nuestros datos muestran una alta diversidad de especies de AMF asociadas con P. africana y una estructura comunitaria variable parcialmente conformada por factores edáficos locales.Files
s13213-023-01720-z.pdf
Files
(2.4 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:ed83937642eee97617f6433ed0e776b0
|
2.4 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يكشف تسلسل الحمض النووي عن تنوع الفطريات الفطرية الجذرية الشجرية العالية في تربة جذمور أشجار البرقوق الأفريقي في الغابات الأفرو مونتانية المجزأة
- Translated title (French)
- Le séquençage de l'ADN révèle une grande diversité de champignons mycorhiziens arbusculaires dans le sol de la rhizosphère des arbres Prunus africana dans les forêts fragmentées d'Afromontane
- Translated title (Spanish)
- La secuenciación del ADN revela una alta diversidad de hongos micorrízicos arbusculares en el suelo de la rizosfera de los árboles de Prunus africana en bosques afromontanos fragmentados
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4378220847
- DOI
- 10.1186/s13213-023-01720-z
References
- https://openalex.org/W1520368386
- https://openalex.org/W1600445700
- https://openalex.org/W160632557
- https://openalex.org/W1640767015
- https://openalex.org/W1789028138
- https://openalex.org/W1982369494
- https://openalex.org/W2012157518
- https://openalex.org/W2017093118
- https://openalex.org/W2042716162
- https://openalex.org/W2056066777
- https://openalex.org/W2056279562
- https://openalex.org/W2066611856
- https://openalex.org/W2068476228
- https://openalex.org/W2070134677
- https://openalex.org/W2070458979
- https://openalex.org/W2100361973
- https://openalex.org/W2102248146
- https://openalex.org/W2104047350
- https://openalex.org/W2106231634
- https://openalex.org/W2131042289
- https://openalex.org/W2146525222
- https://openalex.org/W2151047055
- https://openalex.org/W2153390789
- https://openalex.org/W2155165230
- https://openalex.org/W2161787041
- https://openalex.org/W2167404919
- https://openalex.org/W2174644105
- https://openalex.org/W2175694563
- https://openalex.org/W2472761296
- https://openalex.org/W2507599369
- https://openalex.org/W2529334355
- https://openalex.org/W2530283331
- https://openalex.org/W2555070733
- https://openalex.org/W2582743722
- https://openalex.org/W2588423631
- https://openalex.org/W2601555432
- https://openalex.org/W2605185717
- https://openalex.org/W2775662070
- https://openalex.org/W2781742931
- https://openalex.org/W2789546947
- https://openalex.org/W2794227128
- https://openalex.org/W2807194798
- https://openalex.org/W2891976502
- https://openalex.org/W2909126514
- https://openalex.org/W2922577469
- https://openalex.org/W2943885585
- https://openalex.org/W2947770641
- https://openalex.org/W2953545698
- https://openalex.org/W2966460222
- https://openalex.org/W2990125247
- https://openalex.org/W2990201203
- https://openalex.org/W2997165805
- https://openalex.org/W2997294514
- https://openalex.org/W2999030479
- https://openalex.org/W3001751570
- https://openalex.org/W3001988231
- https://openalex.org/W3003429402
- https://openalex.org/W3014373895
- https://openalex.org/W3017034752
- https://openalex.org/W3174993126
- https://openalex.org/W4245441946