Published May 30, 2022 | Version v1
Publication Open

Peer Review #1 of "UDP-glucose pyrophosphorylase: genome-wide identification, expression and functional analyses in Gossypium hirsutum (v0.1)"

Creators

  • 1. Zhengzhou University
  • 2. Cotton Research Institute
  • 3. Chinese Academy of Agricultural Sciences
  • 4. Anyang Academy of Agricultural Sciences

Description

In this study, a total of 66 UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP) (EC 2.7.7.9) genes were identified from the genomes of four cotton species, which are the members of Pfam glycosyltransferase family (PF01702) and catalyze the reaction between glucose-1phosphate and UTP to produce UDPG.The analysis of evolutionary relationship, gene structure, and expression provides the basis for studies on function of UGP genes in cotton.The evolutionary tree and gene structure analysis revealed that the UGP gene family is evolutionarily conserved.Where, collinearity and Ka/Ks analysis indicated that amplification of UGP genes is due to repetitive crosstalk generating between new family genes, while being under strong selection pressure.The analysis of cis-acting elements exhibited that UGP genes play important role in cotton growth, development, abiotic and hormonal stresses.Six UGP genes that were highly expressed in cotton fiber at 15 DPA were screened by transcriptome data and qRT-PCR analysis.The addition of low concentrations of IAA and GA3 to ovule cultures revealed that energy efficiency promoted the development of ovules and fiber clusters, and qRT-PCR showed that expression of these six UGP genes was differentially increased.These results suggest that the UGP gene may play an important role in fiber development, and provides the opportunity to plant researchers to explore the mechanisms involve in fiber development in cotton.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

في هذه الدراسة، تم تحديد ما مجموعه 66 من الجينات UDP - glucose pyrophosphorylase (UGP) (EC 2.7.7.9) من جينومات أربعة أنواع من القطن، وهي أعضاء عائلة Pfam glycosyltransferase (PF01702) وتحفيز التفاعل بين الجلوكوز-1 phosphate و UTP لإنتاج UDPG. يوفر تحليل العلاقة التطورية والبنية الجينية والتعبير الأساس للدراسات حول وظيفة الجينات UGP في القطن. كشف تحليل الشجرة التطورية والبنية الجينية أن عائلة الجينات UGP محفوظة تطوريًا. حيث، العلاقة الخطية و Ka/أشار تحليل Ks إلى أن تضخيم جينات UGP يرجع إلى توليد تشابك متكرر بين جينات عائلية جديدة، بينما يكون تحت ضغط اختيار قوي. أظهر تحليل العناصر المؤثرة أن جينات UGP تلعب دورًا مهمًا في نمو القطن وتطوره والإجهادات اللاأحيائية والهرمونية. تم فحص ستة جينات UGP تم التعبير عنها بشكل كبير في ألياف القطن عند 15 DPA بواسطة بيانات transcriptome وتحليل qRT - PCR. كشفت إضافة تركيزات منخفضة من IAA و GA3 إلى مزارع البويضات أن كفاءة الطاقة عززت تطوير البويضات ومجموعات الألياف، وأظهرت qRT - PCR هذا التعبير تم زيادة هذه الجينات الستة بشكل تفاضلي. وتشير هذه النتائج إلى أن الجين UGP قد يلعب دورًا مهمًا في تطور الألياف، ويوفر الفرصة للباحثين النباتيين لاستكشاف الآليات التي ينطوي عليها تطور الألياف في القطن.

Translated Description (French)

Dans cette étude, un total de 66 gènes UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP) (EC 2.7.7.9) ont été identifiés à partir des génomes de quatre espèces de coton, qui sont les membres de la famille des glycosyltransférases Pfam (PF01702) et catalysent la réaction entre le glucose-1phosphate et l'UTP pour produire l'UDPG. L'analyse de la relation évolutive, de la structure des gènes et de l'expression fournit la base des études sur la fonction des gènes UGP dans le coton. L'analyse de l'arbre évolutif et de la structure des gènes a révélé que la famille des gènes UGP est conservée de manière évolutive. Où, la colinéarité et Ka/L'analyse Ks a indiqué que l'amplification des gènes UGP est due à la diaphonie répétitive générée entre les nouveaux gènes de la famille, tout en étant soumise à une forte pression de sélection. L'analyse des éléments agissant en cis a montré que les gènes UGP jouent un rôle important dans la croissance, le développement et le stress abiotique et hormonal du coton. Six gènes UGP qui étaient fortement exprimés dans la fibre de coton à 15 DPA ont été criblés par les données du transcriptome et l'analyse qRT-PCR. L'ajout de faibles concentrations d'IAA et de GA3 aux cultures d'ovules a révélé que l'efficacité énergétique favorisait le développement des ovules et des grappes de fibres, et qRT-PCR a montré que l'expression de ces six gènes UGP a été augmenté de manière différentielle. Ces résultats suggèrent que le gène UGP peut jouer un rôle important dans le développement des fibres, et offre la possibilité aux chercheurs de plantes d'explorer les mécanismes impliqués dans le développement des fibres dans le coton.

Translated Description (Spanish)

En este estudio, se identificaron un total de 66 genes de UDP-glucosa pirofosforilasa (UGP) (EC 2.7.7.9) de los genomas de cuatro especies de algodón, que son los miembros de la familia Pfam glicosiltransferasa (PF01702) y catalizan la reacción entre glucosa-1-fosfato y UTP para producir UDPG. El análisis de la relación evolutiva, la estructura génica y la expresión proporciona la base para estudios sobre la función de los genes UGP en el algodón. El árbol evolutivo y el análisis de la estructura génica revelaron que la familia génica UGP se conserva evolutivamente. Donde, la colinealidad y Ka/El análisis de Ks indicó que la amplificación de los genes UGP se debe a la diafonía repetitiva que se genera entre los nuevos genes de la familia, mientras que está bajo una fuerte presión de selección. El análisis de los elementos de acción cis mostró que los genes UGP desempeñan un papel importante en el crecimiento, desarrollo, estrés abiótico y hormonal del algodón. Seis genes UGP que se expresaron altamente en la fibra de algodón a 15 DPA se examinaron mediante datos del transcriptoma y análisis qRT-PCR. La adición de bajas concentraciones de IAA y GA3 a los cultivos de óvulos reveló que la eficiencia energética promovió el desarrollo de óvulos y grupos de fibras, y qRT-PCR mostró que la expresión de estos seis genes UGP se incrementó diferencialmente. Estos resultados sugieren que el gen UGP puede desempeñar un papel importante en el desarrollo de la fibra y brinda la oportunidad a los investigadores de plantas de explorar los mecanismos involucrados en el desarrollo de la fibra en el algodón.

Files

submission.pdf

Files (2.4 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:c8fbe0b88243d4d0a86d512d77403684
2.4 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مراجعة الأقران رقم1 من "بيروفوسفوريلاز الجلوكوز UDP: التحديد والتعبير والتحليل الوظيفي على مستوى الجينوم في غوسيبيوم هيرسوتوم (v0.1 )"
Translated title (French)
Examen par les pairs n °1 de « UDP-glucose pyrophosphorylase : identification, expression et analyses fonctionnelles à l'échelle du génome chez Gossypium hirsutum (v0.1) »
Translated title (Spanish)
Revisión por pares n .º1 de "UDP-glucosa pirofosforilasa: identificación, expresión y análisis funcional de todo el genoma en Gossypium hirsutum (v0.1)"

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4281668265
DOI
10.7287/peerj.13460v0.1/reviews/1

Is supplement to
https://openalex.org/W4242168831 (Other)
https://openalex.org/W4237474215 (Other)
https://openalex.org/W3015258461 (Other)
https://openalex.org/W2987121601 (Other)
https://openalex.org/W2951481590 (Other)
https://openalex.org/W2550468146 (Other)
https://openalex.org/W2382079765 (Other)
https://openalex.org/W2242617422 (Other)
https://openalex.org/W221501183 (Other)
https://openalex.org/W2008422088 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1569370040
  • https://openalex.org/W1914610732
  • https://openalex.org/W1973837041
  • https://openalex.org/W1976182511
  • https://openalex.org/W1988624915
  • https://openalex.org/W1995336026
  • https://openalex.org/W1995359382
  • https://openalex.org/W2011695624
  • https://openalex.org/W2012450741
  • https://openalex.org/W2020874911
  • https://openalex.org/W2022527396
  • https://openalex.org/W2033611197
  • https://openalex.org/W2033891583
  • https://openalex.org/W2035908878
  • https://openalex.org/W2036381541
  • https://openalex.org/W2043991142
  • https://openalex.org/W2044208312
  • https://openalex.org/W2044362751
  • https://openalex.org/W2049670427
  • https://openalex.org/W2051618308
  • https://openalex.org/W2053146826
  • https://openalex.org/W2056871145
  • https://openalex.org/W2061609310
  • https://openalex.org/W2073512111
  • https://openalex.org/W2085027598
  • https://openalex.org/W2087864177
  • https://openalex.org/W2093542968
  • https://openalex.org/W2093776734
  • https://openalex.org/W2097706568
  • https://openalex.org/W2099455576
  • https://openalex.org/W2101021876
  • https://openalex.org/W2115529198
  • https://openalex.org/W2119205648
  • https://openalex.org/W2122495915
  • https://openalex.org/W2125333911
  • https://openalex.org/W2126862037
  • https://openalex.org/W2127490915
  • https://openalex.org/W2135287613
  • https://openalex.org/W2135490267
  • https://openalex.org/W2135621733
  • https://openalex.org/W2148655377
  • https://openalex.org/W2149661435
  • https://openalex.org/W2149836365
  • https://openalex.org/W2151686595
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2162116040
  • https://openalex.org/W2262218050
  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2800524954
  • https://openalex.org/W2810869904
  • https://openalex.org/W2896295956
  • https://openalex.org/W2905572856
  • https://openalex.org/W2914954385
  • https://openalex.org/W2921474111
  • https://openalex.org/W2936809068
  • https://openalex.org/W2944391286
  • https://openalex.org/W2950484628
  • https://openalex.org/W3032329778
  • https://openalex.org/W3036319615
  • https://openalex.org/W3120440645
  • https://openalex.org/W4236236547
  • https://openalex.org/W4288076435