Published May 31, 2006 | Version v1
Publication Open

CMD: a Cotton Microsatellite Database resource for Gossypium genomics

Creators

  • 1. Clemson University
  • 2. Agricultural Research Service
  • 3. Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
  • 4. Southern Plains Agricultural Research Center
  • 5. Cotton (United States)
  • 6. Mississippi State University
  • 7. Brookhaven National Laboratory
  • 8. Monsanto (United States)
  • 9. Nanjing Agricultural University
  • 10. Cotton Research Institute
  • 11. Delta Air Lines (United States)
  • 12. Texas A&M University
  • 13. Bayer (Belgium)
  • 14. Washington State University

Description

The Cotton Microsatellite Database (CMD) http://www.cottonssr.org is a curated and integrated web-based relational database providing centralized access to publicly available cotton microsatellites, an invaluable resource for basic and applied research in cotton breeding. At present CMD contains publication, sequence, primer, mapping and homology data for nine major cotton microsatellite projects, collectively representing 5,484 microsatellites. In addition, CMD displays data for three of the microsatellite projects that have been screened against a panel of core germplasm. The standardized panel consists of 12 diverse genotypes including genetic standards, mapping parents, BAC donors, subgenome representatives, unique breeding lines, exotic introgression sources, and contemporary Upland cottons with significant acreage. A suite of online microsatellite data mining tools are accessible at CMD. These include an SSR server which identifies microsatellites, primers, open reading frames, and GC-content of uploaded sequences; BLAST and FASTA servers providing sequence similarity searches against the existing cotton SSR sequences and primers, a CAP3 server to assemble EST sequences into longer transcripts prior to mining for SSRs, and CMap, a viewer for comparing cotton SSR maps. The collection of publicly available cotton SSR markers in a centralized, readily accessible and curated web-enabled database provides a more efficient utilization of microsatellite resources and will help accelerate basic and applied research in molecular breeding and genetic mapping in Gossypium spp.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

قاعدة بيانات السواتل الصغرى للقطن http://www.cottonssr.org هي قاعدة بيانات علائقية منظمة ومتكاملة على شبكة الإنترنت توفر وصولاً مركزياً إلى السواتل الصغرى للقطن المتاحة للجمهور، وهي مورد لا يقدر بثمن للبحوث الأساسية والتطبيقية في مجال تربية القطن. في الوقت الحاضر، تحتوي وثيقة إدارة الحالة على بيانات النشر والتسلسل والدليل التمهيدي ورسم الخرائط والتماثل لتسعة مشاريع سواتل قطنية صغيرة رئيسية، تمثل مجتمعة 5484 ساتلًا صغيرًا. بالإضافة إلى ذلك، تعرض CMD بيانات لثلاثة من مشاريع الأقمار الصناعية الصغيرة التي تم فحصها مقابل لوحة من البلازما الجرثومية الأساسية. تتكون اللوحة الموحدة من 12 نمطًا وراثيًا متنوعًا بما في ذلك المعايير الوراثية، ورسم الخرائط للوالدين، والمتبرعين بـ BAC، وممثلي الجينوم الفرعي، وخطوط التكاثر الفريدة، ومصادر الدخول الغريبة، وأقطان المرتفعات المعاصرة ذات المساحات الكبيرة. يمكن الوصول إلى مجموعة من أدوات استخراج بيانات الأقمار الصناعية الصغيرة عبر الإنترنت في CMD. وتشمل هذه الخوادم خادم SSR الذي يحدد الأقمار الصناعية الصغيرة، والشعائل، وإطارات القراءة المفتوحة، ومحتوى GC للتسلسلات التي تم تحميلها ؛ وخوادم BLAST و FASTA التي توفر عمليات بحث عن تشابه التسلسل مقابل تسلسلات SSR للقطن الحالية والشعائل، وخادم CAP3 لتجميع تسلسلات EST في نصوص أطول قبل التعدين لـ SSRs، و CMAP، وهو عارض لمقارنة خرائط SSR للقطن. توفر مجموعة علامات SSR للقطن المتاحة للجمهور في قاعدة بيانات مركزية يمكن الوصول إليها بسهولة ومنسقة على شبكة الإنترنت استخدامًا أكثر كفاءة لموارد الأقمار الصناعية الصغيرة وستساعد في تسريع الأبحاث الأساسية والتطبيقية في التكاثر الجزيئي ورسم الخرائط الجينية في Gossypium spp.

Translated Description (French)

La base de données des microsatellites de coton (CMD) http://www.cottonssr.org est une base de données relationnelle Web organisée et intégrée offrant un accès centralisé aux microsatellites de coton accessibles au public, une ressource inestimable pour la recherche fondamentale et appliquée sur la sélection du coton. À l'heure actuelle, le CMD contient des données de publication, de séquence, d'amorce, de cartographie et d'homologie pour neuf grands projets de microsatellites de coton, représentant collectivement 5 484 microsatellites. En outre, CMD affiche les données de trois des projets de microsatellites qui ont été examinés par rapport à un panel de germoplasme de base. Le panel standardisé se compose de 12 génotypes divers, y compris des normes génétiques, des parents cartographiés, des donneurs de bac, des représentants de sous-génomes, des lignées de sélection uniques, des sources d'introgression exotiques et des cotons Upland contemporains avec une superficie importante. Une suite d'outils d'exploration de données microsatellites en ligne est accessible sur CMD. Il s'agit notamment d'un serveur SSR qui identifie les microsatellites, les amorces, les cadres de lecture ouverts et le contenu GC des séquences téléchargées ; des serveurs BLAST et FASTA fournissant des recherches de similarité de séquences par rapport aux séquences et amorces SSR de coton existantes, un serveur CAP3 pour assembler les séquences EST en transcriptions plus longues avant l'extraction des SSR, et CMap, un visualiseur pour comparer les cartes SSR de coton. La collection de marqueurs SSR de coton accessibles au public dans une base de données Web centralisée, facilement accessible et organisée permet une utilisation plus efficace des ressources des microsatellites et aidera à accélérer la recherche fondamentale et appliquée sur la sélection moléculaire et la cartographie génétique chez Gossypium spp.

Translated Description (Spanish)

La Base de Datos de Microsatélites de Algodón (CMD) http://www.cottonssr.org es una base de datos relacional curada e integrada basada en la web que proporciona acceso centralizado a microsatélites de algodón disponibles públicamente, un recurso invaluable para la investigación básica y aplicada en el mejoramiento del algodón. En la actualidad, CMD contiene datos de publicación, secuencia, cebador, mapeo y homología para nueve grandes proyectos de microsatélites de algodón, que representan colectivamente 5.484 microsatélites. Además, CMD muestra datos de tres de los proyectos de microsatélites que se han examinado contra un panel de germoplasma central. El panel estandarizado consta de 12 genotipos diversos que incluyen estándares genéticos, mapeo de padres, donantes de BAC, representantes de subgenomas, líneas de reproducción únicas, fuentes de introgresión exóticas y algodones contemporáneos de las tierras altas con una superficie significativa. En CMD se puede acceder a un conjunto de herramientas de minería de datos de microsatélites en línea. Estos incluyen un servidor SSR que identifica microsatélites, cebadores, marcos de lectura abiertos y contenido GC de secuencias cargadas; servidores BLAST y FASTA que proporcionan búsquedas de similitud de secuencia contra las secuencias y cebadores SSR de algodón existentes, un servidor CAP3 para ensamblar secuencias EST en transcripciones más largas antes de la extracción de SSR, y CMap, un visor para comparar mapas SSR de algodón. La recopilación de marcadores de SSR de algodón disponibles públicamente en una base de datos web centralizada, fácilmente accesible y curada proporciona una utilización más eficiente de los recursos de microsatélites y ayudará a acelerar la investigación básica y aplicada en mejoramiento molecular y mapeo genético en Gossypium spp.

Files

1471-2164-7-132.pdf

Files (2.8 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:bb06756d3c23c57fe627623a62d88ba8
2.8 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
CMD: مورد قاعدة بيانات الأقمار الصناعية القطنية الدقيقة لعلم الجينوم Gossypium
Translated title (French)
CMD : une base de données microsatellites en coton pour la génomique de Gossypium
Translated title (Spanish)
CMD: un recurso de base de datos de microsatélites de algodón para la genómica de Gossypium

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2107513439
DOI
10.1186/1471-2164-7-132

Is supplement to
https://openalex.org/W981080659 (Other)
https://openalex.org/W2390522107 (Other)
https://openalex.org/W2384861711 (Other)
https://openalex.org/W2382822286 (Other)
https://openalex.org/W2379595614 (Other)
https://openalex.org/W2377087328 (Other)
https://openalex.org/W2359194509 (Other)
https://openalex.org/W2354876815 (Other)
https://openalex.org/W2351833475 (Other)
https://openalex.org/W2233210418 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1479809322
  • https://openalex.org/W1499500424
  • https://openalex.org/W1580011642
  • https://openalex.org/W1784029848
  • https://openalex.org/W1935763178
  • https://openalex.org/W1969253177
  • https://openalex.org/W1971766765
  • https://openalex.org/W1998688831
  • https://openalex.org/W1999141958
  • https://openalex.org/W2017698934
  • https://openalex.org/W2028868595
  • https://openalex.org/W2065458978
  • https://openalex.org/W2072728052
  • https://openalex.org/W2074042528
  • https://openalex.org/W2097816769
  • https://openalex.org/W2114479612
  • https://openalex.org/W2158148243
  • https://openalex.org/W2166265186
  • https://openalex.org/W27851543