Published May 11, 2015
| Version v1
Publication
Open
Genotypic Distribution of Hepatitis C Virus in Thailand and Southeast Asia
Creators
- 1. Chulalongkorn University
- 2. ChiangRai Prachanukroh Hospital
- 3. Udon Thani Hospital
- 4. Prince of Songkla University
- 5. Nakhon Si Thammarat Rajabhat University
- 6. Thai Red Cross Society
Description
The majority of hepatitis C virus (HCV) infection results in chronic infection, which can lead to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Global burden of hepatitis C virus (HCV) is estimated at 150 million individuals, or 3% of the world's population. The distribution of the seven major genotypes of HCV varies with geographical regions. Since Asia has a high incidence of HCV, we assessed the distribution of HCV genotypes in Thailand and Southeast Asia. From 588 HCV-positive samples obtained throughout Thailand, we characterized the HCV 5' untranslated region, Core, and NS5B regions by nested PCR. Nucleotide sequences obtained from both the Core and NS5B of these isolates were subjected to phylogenetic analysis, and genotypes were assigned using published reference genotypes. Results were compared to the epidemiological data of HCV genotypes identified within Southeast Asian. Among the HCV subtypes characterized in the Thai samples, subtype 3a was the most predominant (36.4%), followed by 1a (19.9%), 1b (12.6%), 3b (9.7%) and 2a (0.5%). While genotype 1 was prevalent throughout Thailand (27-36%), genotype 3 was more common in the south. Genotype 6 (20.9%) constituted subtype 6f (7.8%), 6n (7.7%), 6i (3.4%), 6j and 6m (0.7% each), 6c (0.3%), 6v and 6xa (0.2% each) and its prevalence was significantly lower in southern Thailand compared to the north and northeast (p = 0.027 and p = 0.030, respectively). Within Southeast Asia, high prevalence of genotype 6 occurred in northern countries such as Myanmar, Laos, and Vietnam, while genotype 3 was prevalent in Thailand and Malaysia. Island nations of Singapore, Indonesia and Philippines demonstrated prevalence of genotype 1. This study further provides regional HCV genotype information that may be useful in fostering sound public health policy and tracking future patterns of HCV spread.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تؤدي غالبية عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي سي (HCV) إلى عدوى مزمنة، والتي يمكن أن تؤدي إلى تليف الكبد وسرطان الخلايا الكبدية. يقدر العبء العالمي لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي بنحو 150 مليون شخص، أو 3 ٪ من سكان العالم. يختلف توزيع الأنماط الجينية الرئيسية السبعة لفيروس التهاب الكبد C باختلاف المناطق الجغرافية. نظرًا لارتفاع معدل الإصابة بفيروس التهاب الكبد الوبائي في آسيا، فقد قمنا بتقييم توزيع الأنماط الجينية لفيروس التهاب الكبد الوبائي في تايلاند وجنوب شرق آسيا. من بين 588 عينة إيجابية لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي تم الحصول عليها في جميع أنحاء تايلاند، قمنا بتوصيف المنطقة غير المترجمة لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي 5 والمناطق الأساسية وNS 5B من خلال تفاعل البوليميراز المتسلسل المتداخل. تم إخضاع متواليات النيوكليوتيدات التي تم الحصول عليها من كل من النواة و NS5B لهذه العزلات للتحليل الوراثي، وتم تعيين الأنماط الجينية باستخدام الأنماط الجينية المرجعية المنشورة. تمت مقارنة النتائج بالبيانات الوبائية للأنماط الجينية لفيروس التهاب الكبد C التي تم تحديدها داخل جنوب شرق آسيا. من بين الأنواع الفرعية لفيروس التهاب الكبد الوبائي التي تميزت بها العينات التايلاندية، كان النوع الفرعي 3 أ هو الأكثر انتشارًا (36.4 ٪)، يليه 1 أ (19.9 ٪)، 1 ب (12.6 ٪)، 3 ب (9.7 ٪) و 2 أ (0.5 ٪). بينما كان النمط الجيني 1 سائدًا في جميع أنحاء تايلاند (27-36 ٪)، كان النمط الجيني 3 أكثر شيوعًا في الجنوب. شكل النمط الجيني 6 (20.9 ٪) النوع الفرعي 6f (7.8 ٪)، 6n (7.7 ٪)، 6i (3.4 ٪)، 6j و 6m (0.7 ٪ لكل منهما)، 6c (0.3 ٪)، 6v و 6xa (0.2 ٪ لكل منهما) وكان انتشاره أقل بكثير في جنوب تايلاند مقارنة بالشمال والشمال الشرقي (p = 0.027 و p = 0.030، على التوالي). في جنوب شرق آسيا، حدث انتشار مرتفع للنمط الجيني 6 في البلدان الشمالية مثل ميانمار ولاوس وفيتنام، بينما كان النمط الجيني 3 سائدًا في تايلاند وماليزيا. أظهرت الدول الجزرية في سنغافورة وإندونيسيا والفلبين انتشار النمط الجيني 1. كما توفر هذه الدراسة معلومات إقليمية عن النمط الجيني لفيروس التهاب الكبد الوبائي التي قد تكون مفيدة في تعزيز سياسة الصحة العامة السليمة وتتبع الأنماط المستقبلية لانتشار فيروس التهاب الكبد الوبائي.Translated Description (French)
La majorité des infections par le virus de l'hépatite C (VHC) entraînent une infection chronique, qui peut entraîner une cirrhose du foie et un carcinome hépatocellulaire. La charge mondiale du virus de l'hépatite C (VHC) est estimée à 150 millions de personnes, soit 3 % de la population mondiale. La répartition des sept principaux génotypes du VHC varie selon les régions géographiques. Étant donné que l'Asie a une incidence élevée du VHC, nous avons évalué la distribution des génotypes du VHC en Thaïlande et en Asie du Sud-Est. À partir de 588 échantillons positifs pour le VHC obtenus dans toute la Thaïlande, nous avons caractérisé la région 5' non traduite du VHC, les régions Core et NS5B par PCR imbriquée. Les séquences nucléotidiques obtenues à partir du noyau et de la NS5B de ces isolats ont été soumises à une analyse phylogénétique, et les génotypes ont été attribués à l'aide de génotypes de référence publiés. Les résultats ont été comparés aux données épidémiologiques des génotypes du VHC identifiés en Asie du Sud-Est. Parmi les sous-types de VHC caractérisés dans les échantillons thaïlandais, le sous-type 3a était le plus prédominant (36,4 %), suivi de 1a (19,9 %), 1b (12,6 %), 3b (9,7 %) et 2a (0,5 %). Alors que le génotype 1 était répandu dans toute la Thaïlande (27-36 %), le génotype 3 était plus fréquent dans le sud. Le génotype 6 (20,9 %) constituait le sous-type 6f (7,8 %), 6n (7,7 %), 6i (3,4 %), 6j et 6m (0,7 % chacun), 6c (0,3 %), 6v et 6xa (0,2 % chacun) et sa prévalence était significativement plus faible dans le sud de la Thaïlande par rapport au nord et au nord-est (p = 0,027 et p = 0,030, respectivement). En Asie du Sud-Est, une forte prévalence du génotype 6 s'est produite dans les pays du nord tels que le Myanmar, le Laos et le Vietnam, tandis que le génotype 3 était répandu en Thaïlande et en Malaisie. Les nations insulaires de Singapour, d'Indonésie et des Philippines ont démontré une prévalence du génotype 1. Cette étude fournit en outre des informations sur le génotype régional du VHC qui peuvent être utiles pour favoriser une politique de santé publique saine et suivre les tendances futures de la propagation du VHC.Translated Description (Spanish)
La mayoría de las infecciones por el virus de la hepatitis C (VHC) dan como resultado una infección crónica, que puede conducir a cirrosis hepática y carcinoma hepatocelular. La carga mundial del virus de la hepatitis C (VHC) se estima en 150 millones de personas, o el 3% de la población mundial. La distribución de los siete genotipos principales del VHC varía según las regiones geográficas. Dado que Asia tiene una alta incidencia de VHC, evaluamos la distribución de los genotipos del VHC en Tailandia y el sudeste asiático. A partir de 588 muestras positivas para VHC obtenidas en toda Tailandia, caracterizamos la región no traducida 5'del VHC, las regiones Core y NS5B mediante PCR anidada. Las secuencias de nucleótidos obtenidas tanto del Núcleo como de NS5B de estos aislados se sometieron a análisis filogenético, y los genotipos se asignaron utilizando genotipos de referencia publicados. Los resultados se compararon con los datos epidemiológicos de los genotipos del VHC identificados en el sudeste asiático. Entre los subtipos de VHC caracterizados en las muestras tailandesas, el subtipo 3a fue el más predominante (36,4%), seguido de 1a (19,9%), 1b (12,6%), 3b (9,7%) y 2a (0,5%). Mientras que el genotipo 1 prevalecía en toda Tailandia (27-36%), el genotipo 3 era más común en el sur. El genotipo 6 (20.9%) constituyó el subtipo 6f (7.8%), 6n (7.7%), 6i (3.4%), 6j y 6m (0.7% cada uno), 6c (0.3%), 6v y 6xa (0.2% cada uno) y su prevalencia fue significativamente menor en el sur de Tailandia en comparación con el norte y noreste (p = 0.027 y p = 0.030, respectivamente). Dentro del sudeste asiático, la alta prevalencia del genotipo 6 ocurrió en países del norte como Myanmar, Laos y Vietnam, mientras que el genotipo 3 prevaleció en Tailandia y Malasia. Las naciones insulares de Singapur, Indonesia y Filipinas demostraron prevalencia del genotipo 1. Este estudio proporciona además información regional sobre el genotipo del VHC que puede ser útil para fomentar una política de salud pública sólida y realizar un seguimiento de los patrones futuros de propagación del VHC.Files
journal.pone.0126764&type=printable.pdf
Files
(1.9 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:713d35cd1714dabcdec42ca7dcc4c744
|
1.9 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التوزيع الوراثي لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي في تايلاند وجنوب شرق آسيا
- Translated title (French)
- Répartition génotypique du virus de l'hépatite C en Thaïlande et en Asie du Sud-Est
- Translated title (Spanish)
- Distribución genotípica del virus de la hepatitis C en Tailandia y el sudeste asiático
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W267117650
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0126764
References
- https://openalex.org/W108624721
- https://openalex.org/W1484049442
- https://openalex.org/W1485123909
- https://openalex.org/W1592252435
- https://openalex.org/W1594349697
- https://openalex.org/W1598582479
- https://openalex.org/W182252304
- https://openalex.org/W1895397534
- https://openalex.org/W1899031265
- https://openalex.org/W1974464383
- https://openalex.org/W1977076145
- https://openalex.org/W1982046391
- https://openalex.org/W1983252677
- https://openalex.org/W1985672526
- https://openalex.org/W1998364518
- https://openalex.org/W2001253204
- https://openalex.org/W2008972214
- https://openalex.org/W2014703882
- https://openalex.org/W2017422749
- https://openalex.org/W2025030892
- https://openalex.org/W2026166513
- https://openalex.org/W2028850957
- https://openalex.org/W2040898217
- https://openalex.org/W2042063943
- https://openalex.org/W2042287378
- https://openalex.org/W2047981349
- https://openalex.org/W2049288507
- https://openalex.org/W2056636137
- https://openalex.org/W2063380869
- https://openalex.org/W2068917560
- https://openalex.org/W2069737239
- https://openalex.org/W2077103006
- https://openalex.org/W2086887894
- https://openalex.org/W2088206388
- https://openalex.org/W2091853652
- https://openalex.org/W2092692643
- https://openalex.org/W2095277945
- https://openalex.org/W2096347191
- https://openalex.org/W2099536639
- https://openalex.org/W2100402970
- https://openalex.org/W2100567595
- https://openalex.org/W2111300387
- https://openalex.org/W2111996375
- https://openalex.org/W2113658604
- https://openalex.org/W2114429945
- https://openalex.org/W2115092539
- https://openalex.org/W2115163747
- https://openalex.org/W2115516378
- https://openalex.org/W2120572485
- https://openalex.org/W2121989940
- https://openalex.org/W2122987848
- https://openalex.org/W2123094128
- https://openalex.org/W2127817640
- https://openalex.org/W2133036275
- https://openalex.org/W2135056015
- https://openalex.org/W2136505442
- https://openalex.org/W2137015675
- https://openalex.org/W2139373256
- https://openalex.org/W2149350550
- https://openalex.org/W2149378594
- https://openalex.org/W2152207030
- https://openalex.org/W2155709732
- https://openalex.org/W23778345
- https://openalex.org/W2410764823
- https://openalex.org/W2418095532
- https://openalex.org/W285793595
- https://openalex.org/W95713904