Published December 1, 2013 | Version v1
Publication Open

MycoBank gearing up for new horizons

Creators

  • 1. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute
  • 2. Institute of Microbiology
  • 3. Chinese Academy of Sciences
  • 4. Universidad de Salamanca
  • 5. National Center for Genetic Engineering and Biotechnology
  • 6. Swedish Museum of Natural History
  • 7. National Center for Biotechnology Information
  • 8. National Institutes of Health
  • 9. Westmead Hospital
  • 10. University of Sydney
  • 11. University of Perugia
  • 12. Universidad Complutense de Madrid
  • 13. University of California, Berkeley

Description

MycoBank, a registration system for fungi established in 2004 to capture all taxonomic novelties, acts as a coordination hub between repositories such as Index Fungorum and Fungal Names. Since January 2013, registration of fungal names is a mandatory requirement for valid publication under the International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants (ICN). This review explains the database innovations that have been implemented over the past few years, and discusses new features such as advanced queries, registration of typification events (MBT numbers for lecto, epi- and neotypes), the multi-lingual database interface, the nomenclature discussion forum, annotation system, and web services with links to third parties. MycoBank has also introduced novel identification services, linking DNA sequence data to numerous related databases to enable intelligent search queries. Although MycoBank fills an important void for taxon registration, challenges for the future remain to improve links between taxonomic names and DNA data, and to also introduce a formal system for naming fungi known from DNA sequence data only. To further improve the quality of MycoBank data, remote access will now allow registered mycologists to act as MycoBank curators, using Citrix software.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعمل MycoBank، وهو نظام تسجيل للفطريات تم إنشاؤه في عام 2004 لالتقاط جميع المستجدات التصنيفية، كمركز تنسيق بين المستودعات مثل Index Fungorum و Fungal Names. منذ يناير 2013، يعد تسجيل الأسماء الفطرية شرطًا إلزاميًا للنشر الصحيح بموجب القانون الدولي للتسمية للطحالب والفطريات والنباتات (ICN). تشرح هذه المراجعة ابتكارات قاعدة البيانات التي تم تنفيذها على مدى السنوات القليلة الماضية، وتناقش الميزات الجديدة مثل الاستعلامات المتقدمة، وتسجيل أحداث التصنيف (أرقام MBT لـ lecto و epi و neotypes)، وواجهة قاعدة البيانات متعددة اللغات، ومنتدى مناقشة التسميات، ونظام التعليقات التوضيحية، وخدمات الويب مع روابط لأطراف ثالثة. كما قدم MycoBank خدمات تحديد هوية جديدة، وربط بيانات تسلسل الحمض النووي بالعديد من قواعد البيانات ذات الصلة لتمكين استعلامات البحث الذكية. على الرغم من أن MycoBank يملأ فراغًا مهمًا لتسجيل الأصناف، إلا أن التحديات المستقبلية لا تزال قائمة لتحسين الروابط بين الأسماء التصنيفية وبيانات الحمض النووي، وكذلك إدخال نظام رسمي لتسمية الفطريات المعروفة من بيانات تسلسل الحمض النووي فقط. لزيادة تحسين جودة بيانات MycoBank، سيسمح الوصول عن بُعد الآن لعلماء الفطريات المسجلين بالعمل كأمناء MycoBank، باستخدام برنامج Citrix.

Translated Description (French)

MycoBank, un système d'enregistrement des champignons créé en 2004 pour capturer toutes les nouveautés taxonomiques, agit comme un centre de coordination entre les référentiels tels que Index Fungorum et Noms fongiques. Depuis janvier 2013, l'enregistrement des noms fongiques est une exigence obligatoire pour une publication valide en vertu du Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (CIN). Cette revue explique les innovations de base de données qui ont été mises en œuvre au cours des dernières années et discute des nouvelles fonctionnalités telles que les requêtes avancées, l'enregistrement des événements de typification (numéros MBT pour les lecto, les épi- et les néotypes), l'interface de base de données multilingue, le forum de discussion sur la nomenclature, le système d'annotation et les services Web avec des liens vers des tiers. MycoBank a également introduit de nouveaux services d'identification, reliant les données de séquence d'ADN à de nombreuses bases de données connexes pour permettre des requêtes de recherche intelligentes. Bien que MycoBank comble un vide important pour l'enregistrement des taxons, des défis restent à relever à l'avenir pour améliorer les liens entre les noms taxonomiques et les données ADN, et pour introduire également un système formel de dénomination des champignons connus uniquement à partir des données de séquence d'ADN. Pour améliorer encore la qualité des données MycoBank, l'accès à distance permettra désormais aux mycologues enregistrés d'agir en tant que conservateurs MycoBank, en utilisant le logiciel Citrix.

Translated Description (Spanish)

MycoBank, un sistema de registro de hongos establecido en 2004 para capturar todas las novedades taxonómicas, actúa como un centro de coordinación entre repositorios como Index Fungorum y Fungal Names. Desde enero de 2013, el registro de nombres de hongos es un requisito obligatorio para una publicación válida bajo el Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas (CIE). Esta revisión explica las innovaciones de la base de datos que se han implementado en los últimos años y analiza las nuevas características, como las consultas avanzadas, el registro de eventos de tipificación (números MBT para lecto, epi- y neotipos), la interfaz de base de datos multilingüe, el foro de discusión de nomenclatura, el sistema de anotaciones y los servicios web con enlaces a terceros. MycoBank también ha introducido nuevos servicios de identificación, que vinculan los datos de la secuencia de ADN a numerosas bases de datos relacionadas para permitir consultas de búsqueda inteligentes. Aunque MycoBank llena un vacío importante para el registro de taxones, los desafíos para el futuro siguen siendo mejorar los vínculos entre los nombres taxonómicos y los datos de ADN, y también introducir un sistema formal para nombrar hongos conocidos solo a partir de datos de secuencias de ADN. Para mejorar aún más la calidad de los datos de MycoBank, el acceso remoto ahora permitirá a los micólogos registrados actuar como curadores de MycoBank, utilizando el software Citrix.

Files

imafungus.2013.04.02.16.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:fd89c85e6680839bbd2110f34f0038fe
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
MycoBank يستعد لآفاق جديدة
Translated title (French)
MycoBank se prépare à de nouveaux horizons
Translated title (Spanish)
MycoBank se prepara para nuevos horizontes

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2136434605
DOI
10.5598/imafungus.2013.04.02.16

Is supplement to
https://openalex.org/W4384463959 (Other)
https://openalex.org/W4281608882 (Other)
https://openalex.org/W4256398446 (Other)
https://openalex.org/W4235540220 (Other)
https://openalex.org/W4205640864 (Other)
https://openalex.org/W2324500697 (Other)
https://openalex.org/W2322186645 (Other)
https://openalex.org/W2319304390 (Other)
https://openalex.org/W2186078491 (Other)
https://openalex.org/W2138239105 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1832864576
  • https://openalex.org/W1996816368
  • https://openalex.org/W2053562164
  • https://openalex.org/W2056926089
  • https://openalex.org/W2122427889
  • https://openalex.org/W2147053002
  • https://openalex.org/W2160947363
  • https://openalex.org/W2161965506
  • https://openalex.org/W2172281267
  • https://openalex.org/W2768706205
  • https://openalex.org/W3021842028
  • https://openalex.org/W4242391256