Published March 17, 2022 | Version v1
Publication Open

The Prognostic Significance and Gene Expression Characteristics of Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma: A Study Based on the SEER and TCGA Databases

Creators

  • 1. Peking University
  • 2. Peking University Third Hospital

Description

This study is based on the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) program to explore the prognostic differences between signet-ring cell carcinoma (SRC) and intestinal-type gastric carcinoma (ITGC). This study is also based on gene sequencing data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) to identify unique genetic contributions to the prognostic differences between the two subtypes of gastric cancer.The clinical data were based on the SEER database from 2004 to 2015. Kaplan-Meier (KM) curves were used to compare 5-year overall survival (OS), and Cox regression was used for univariate and multivariate analyses. Gene expression profiles were obtained from TCGA database, and differentially expressed genes (DEGs) were screened. Functional enrichment analysis, protein interaction and survival analysis will be further carried out. Genes of interest were verified by the Human Protein Atlas, immunohistochemistry, and encyclopedia of Cancer Cell Lines (CCLE). The relationship between genes of interest and immune cell infiltration was also analyzed by Tumor Immune Estimation Resource (TIMER).Compared with ITGC patients, SRC patients were more likely to be female, tended to be younger, and have a greater tumor distribution in the middle and lower stomach (p < 0.01). SRCs showed a significantly better prognosis than ITGCs (p < 0.01) in early gastric cancer (EGC), while the prognosis of SRCs was significantly worse than ITGCs (p < 0.05) in advanced gastric cancer (AGC). A total of 256 DEGs were screened in SRCs compared to ITGCs, and the enrichment analysis and protein interactions revealed that differential genes were mainly related to extracellular matrix organization. Thrombospondin1 (THBS1) and serpin peptidase inhibitor, clade E, member 1 (SERPINE1) are significantly differentially expressed between SRC and ITGC, which has been preliminarily verified by immunohistochemistry and open-source databases. THBS1 and SERPINE1 are also associated with multiple immune cell infiltrates in gastric cancer.There were significant differences in the clinicopathological features and prognosis between SRC and ITGC. These results suggest that SRC and ITGC may be two distinct types of tumors with different pathogeneses. We found many codifferentially expressed genes and important pathways between SRC and ITGC. THBS1 and SERPINE1 were significantly differentially expressed in the two types of gastric cancer, and may have potentially important functions.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تستند هذه الدراسة إلى برنامج الترصد وعلم الأوبئة والنتائج النهائية (SEER) لاستكشاف الاختلافات التنبؤية بين سرطان الخلايا الحلقية (SRC) وسرطان المعدة من النوع المعوي (ITGC). تعتمد هذه الدراسة أيضًا على بيانات التسلسل الجيني من أطلس جينوم السرطان (TCGA) لتحديد المساهمات الوراثية الفريدة للاختلافات التنبؤية بين النوعين الفرعيين لسرطان المعدة. استندت البيانات السريرية إلى قاعدة بيانات SEER من 2004 إلى 2015. تم استخدام منحنيات كابلان- ماير (KM) لمقارنة البقاء الإجمالي لمدة 5 سنوات (OS)، وتم استخدام انحدار كوكس للتحليلات أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات. تم الحصول على ملفات تعريف التعبير الجيني من قاعدة بيانات TCGA، وتم فحص الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي (DEGs). سيتم إجراء تحليل الإثراء الوظيفي وتفاعل البروتين وتحليل البقاء على قيد الحياة. تم التحقق من الجينات محل الاهتمام من خلال أطلس البروتين البشري، والكيمياء النسيجية المناعية، وموسوعة خطوط الخلايا السرطانية (CCLE). كما تم تحليل العلاقة بين الجينات ذات الأهمية وتسلل الخلايا المناعية من خلال مورد تقدير المناعة للورم (TIMER). بالمقارنة مع مرضى ITGC، كان من المرجح أن يكون مرضى SRC من الإناث، ويميلون إلى أن يكونوا أصغر سناً، ولديهم توزيع أكبر للورم في المعدة الوسطى والسفلى (P < 0.01). أظهرت SRCs تشخيصًا أفضل بكثير من ITGCs (p < 0.01) في سرطان المعدة المبكر (EGC)، في حين كان تشخيص SRCs أسوأ بكثير من ITGCs (p < 0.05) في سرطان المعدة المتقدم (AGC). تم فحص ما مجموعه 256 DEGs في SRCs مقارنة بـ ITGCs، وكشف تحليل التخصيب وتفاعلات البروتين أن الجينات التفاضلية كانت مرتبطة بشكل أساسي بتنظيم المصفوفة خارج الخلية. يتم التعبير عن الثرومبوسبوندين 1 (THBS1) ومثبط سيربين الببتيد، والفصيلة هـ، والعضو 1 (SERPINE1) بشكل تفاضلي بشكل كبير بين SRC و ITGC، والذي تم التحقق منه مبدئيًا بواسطة الكيمياء الهيستولوجية المناعية وقواعد البيانات مفتوحة المصدر. يرتبط THBS1 و SERPINE1 أيضًا بارتشاحات الخلايا المناعية المتعددة في سرطان المعدة. كانت هناك اختلافات كبيرة في السمات المرضية السريرية والتشخيص بين SRC و ITGC. تشير هذه النتائج إلى أن SRC و ITGC قد يكونا نوعين متميزين من الأورام ذات مسببات أمراض مختلفة. وجدنا العديد من الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي ومسارات مهمة بين SRC و ITGC. تم التعبير عن THBS1 و SERPINE1 بشكل تفاضلي بشكل كبير في نوعي سرطان المعدة، وقد يكون لهما وظائف مهمة محتملة.

Translated Description (French)

Cette étude est basée sur le programme Surveillance, épidémiologie et résultats finaux (SEER) pour explorer les différences pronostiques entre le carcinome à cellules à anneaux signet (SRC) et le carcinome gastrique de type intestinal (ITGC). Cette étude est également basée sur les données de séquençage génique de l'Atlas du génome du cancer (TCGA) pour identifier les contributions génétiques uniques aux différences pronostiques entre les deux sous-types de cancer gastrique. Les données cliniques étaient basées sur la base de données SEER de 2004 à 2015. Les courbes de Kaplan-Meier (KM) ont été utilisées pour comparer la survie globale (SG) à 5 ans, et la régression de Cox a été utilisée pour les analyses univariées et multivariées. Les profils d'expression génique ont été obtenus à partir de la base de données TCGA, et les gènes exprimés de manière différentielle (DEG) ont été criblés. L'analyse de l'enrichissement fonctionnel, de l'interaction des protéines et de l'analyse de la survie sera poursuivie. Les gènes d'intérêt ont été vérifiés par l'Atlas des protéines humaines, l'immunohistochimie et l'encyclopédie des lignées cellulaires cancéreuses (CCLE). La relation entre les gènes d'intérêt et l'infiltration des cellules immunitaires a également été analysée par Tumor Immune Estimation Resource (TIMER). Comparés aux patients ITGC, les patients SRC étaient plus susceptibles d'être des femmes, avaient tendance à être plus jeunes et avaient une plus grande distribution tumorale au milieu et au bas de l'estomac (p < 0,01). Les SRC ont montré un pronostic significativement meilleur que les ITGC (p < 0,01) dans le cancer gastrique précoce (EGC), tandis que le pronostic des SRC était significativement pire que les ITGC (p < 0,05) dans le cancer gastrique avancé (AGC). Un total de 256 DEG ont été criblés dans les SRC par rapport aux ITGC, et l'analyse d'enrichissement et les interactions protéiques ont révélé que les gènes différentiels étaient principalement liés à l'organisation de la matrice extracellulaire. La thrombospondine1 (THBS1) et l'inhibiteur de la serpine peptidase, clade E, membre 1 (SERPINE1) sont significativement exprimés de manière différentielle entre SRC et ITGC, ce qui a été préalablement vérifié par immunohistochimie et bases de données open-source. THBS1 et SERPINE1 sont également associés à de multiples infiltrats de cellules immunitaires dans le cancer gastrique. Il y avait des différences significatives dans les caractéristiques clinico-pathologiques et le pronostic entre SRC et ITGC. Ces résultats suggèrent que SRC et ITGC peuvent être deux types distincts de tumeurs avec des pathogénèses différentes. Nous avons trouvé de nombreux gènes exprimés de manière codifférentielle et des voies importantes entre le SRC et l'ITGC. THBS1 et SERPINE1 ont été significativement exprimés différemment dans les deux types de cancer gastrique, et peuvent avoir des fonctions potentiellement importantes.

Translated Description (Spanish)

Este estudio se basa en el programa de Vigilancia, Epidemiología y Resultados Finales (SEER) para explorar las diferencias de pronóstico entre el carcinoma de células de anillo de sello (src) y el carcinoma gástrico de tipo intestinal (ITGC). Este estudio también se basa en datos de secuenciación génica de The Cancer Genome Atlas (TCGA) para identificar contribuciones genéticas únicas a las diferencias de pronóstico entre los dos subtipos de cáncer gástrico. Los datos clínicos se basaron en la base de datos SEER de 2004 a 2015. Se utilizaron curvas de Kaplan-Meier (KM) para comparar la supervivencia global (SG) a 5 años, y se utilizó la regresión de Cox para los análisis univariados y multivariados. Los perfiles de expresión génica se obtuvieron de la base de datos TCGA y se examinaron los genes expresados diferencialmente (DEG). Se llevarán a cabo análisis de enriquecimiento funcional, interacción de proteínas y análisis de supervivencia. Los genes de interés se verificaron mediante el Atlas de proteínas humanas, la inmunohistoquímica y la enciclopedia de líneas celulares cancerosas (CCLE). La relación entre los genes de interés y la infiltración de células inmunitarias también se analizó mediante Tumor Immune Estimation Resource (TIMER). En comparación con los pacientes con ITGC, los pacientes con src tenían más probabilidades de ser mujeres, tendían a ser más jóvenes y tenían una mayor distribución tumoral en el estómago medio e inferior (p < 0,01). Los src mostraron un pronóstico significativamente mejor que los ITGC (p < 0,01) en el cáncer gástrico temprano (EGC), mientras que el pronóstico de los src fue significativamente peor que el de los ITGC (p < 0,05) en el cáncer gástrico avanzado (AGC). Se analizaron un total de 256 DEG en src en comparación con los ITGC, y el análisis de enriquecimiento y las interacciones de proteínas revelaron que los genes diferenciales estaban relacionados principalmente con la organización de la matriz extracelular. La trombospondina1 (THBS1) y el inhibidor de la serpina peptidasa, clado E, miembro 1 (SERPINE1) se expresan de manera significativamente diferente entre SRC e ITGC, lo que se ha verificado preliminarmente mediante inmunohistoquímica y bases de datos de código abierto. THBS1 y SERPINE1 también se asocian con múltiples infiltrados de células inmunitarias en el cáncer gástrico. Hubo diferencias significativas en las características clínico-patológicas y el pronóstico entre SRC e ITGC. Estos resultados sugieren que SRC e ITGC pueden ser dos tipos distintos de tumores con diferentes patógenos. Encontramos muchos genes expresados de forma codiferencial y vías importantes entre SRC e ITGC. THBS1 y SERPINE1 se expresaron de manera significativamente diferente en los dos tipos de cáncer gástrico y pueden tener funciones potencialmente importantes.

Files

pdf.pdf

Files (5.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:e4339d75e2778cfd82dbb41dc348edf4
5.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الدلالة التنبؤية وخصائص التعبير الجيني لسرطان الخلايا الحلقية في المعدة: دراسة تستند إلى قواعد بيانات SEER و TCGA
Translated title (French)
The Prognostic Significance and Gene Expression Characteristics of Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma : A Study Based on the SEER and TCGA Databases
Translated title (Spanish)
La significación pronóstica y las características de la expresión génica del carcinoma de células del anillo de sello gástrico: un estudio basado en las bases de datos SEER y TCGA

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4220679860
DOI
10.3389/fsurg.2022.819018

Is supplement to
https://openalex.org/W4233289972 (Other)
https://openalex.org/W4213376556 (Other)
https://openalex.org/W3021002752 (Other)
https://openalex.org/W2411503246 (Other)
https://openalex.org/W2409574380 (Other)
https://openalex.org/W2386743617 (Other)
https://openalex.org/W2356143643 (Other)
https://openalex.org/W2339404387 (Other)
https://openalex.org/W2053674125 (Other)
https://openalex.org/W2010631330 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1915059869
  • https://openalex.org/W1964973716
  • https://openalex.org/W1969953053
  • https://openalex.org/W1988186463
  • https://openalex.org/W1993097527
  • https://openalex.org/W2005302178
  • https://openalex.org/W2023609916
  • https://openalex.org/W2050289069
  • https://openalex.org/W2052266487
  • https://openalex.org/W2053644890
  • https://openalex.org/W2064700783
  • https://openalex.org/W2079274834
  • https://openalex.org/W2092439477
  • https://openalex.org/W2096487443
  • https://openalex.org/W2099530558
  • https://openalex.org/W2130116522
  • https://openalex.org/W2132386733
  • https://openalex.org/W2136850043
  • https://openalex.org/W2138047179
  • https://openalex.org/W2151368611
  • https://openalex.org/W2159675211
  • https://openalex.org/W2163485494
  • https://openalex.org/W2191186525
  • https://openalex.org/W2199414890
  • https://openalex.org/W2230320310
  • https://openalex.org/W2254794399
  • https://openalex.org/W2404754214
  • https://openalex.org/W2411503246
  • https://openalex.org/W2421530372
  • https://openalex.org/W2464201655
  • https://openalex.org/W2552921803
  • https://openalex.org/W2558534012
  • https://openalex.org/W2603446204
  • https://openalex.org/W2765224588
  • https://openalex.org/W2887893030
  • https://openalex.org/W2900569176
  • https://openalex.org/W2928665623
  • https://openalex.org/W2969542839
  • https://openalex.org/W2989427582
  • https://openalex.org/W3004314364
  • https://openalex.org/W3027592362
  • https://openalex.org/W3049489680
  • https://openalex.org/W3123152835
  • https://openalex.org/W4211113621
  • https://openalex.org/W4231021828
  • https://openalex.org/W79657813