Published November 30, 2020 | Version v1
Publication Open

Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis using 24-locus MIRU-VNTR typing and Spoligotyping in Upper Myanmar

Creators

  • 1. Khon Kaen University
  • 2. National Management Degree College

Description

Introduction: MIRU-VNTR typing and Spoligotyping are the useful molecular tools for TB epidemiology study. Information regarding genetic diversity and tuberculosis (TB) transmission in Upper Myanmar only is scares. Methodology: We determined the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and TB transmission from Upper Myanmar TB Reference Laboratory, Mandalay Region, including Mandalay (72), Shan (22), Magway (15), Sagaing (13), Nay Pyi Taw (8), Kachin (7), Chin (2) and Kayah (1). One hundred and forty Mtb isolates were genotyped using 24-locus MIRU-VNTR typing and spoligotyping. Lineage classification and TB transmission analysis were performed. Results: 24-locus MIRU-VNTR typing identified 135 unique profiles and two clusters compared to 35 spoligotyping profiles which contained 12 clusters and 23 unique isolates, Beijing (n=100, 71.4%) was found to be prominent lineage by combine two methods. The expected proportion attributable to recent transmission based on clustering rate was 2.1%. One cluster case was more likely to be in MDR patient. Conclusions: Our findings showed Beijing genotypes were dominant in Upper Myanmar. The usage and analysis of 24-locus MIRU-VNTR typing might prove useful for our broader understanding of TB outbreaks and epidemiology than spoligotyping. The genotypic pattern of this combined method suggests that the lower transmission rate may be due to a higher possibility of reactivation cases in Upper Myanmar.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

مقدمة: كتابة MIRU - VNTR و Spoligotyping هي الأدوات الجزيئية المفيدة لدراسة وبائيات السل. المعلومات المتعلقة بالتنوع الوراثي وانتقال السل (TB) في ميانمار العليا فقط مخيفة. المنهجية: حددنا التنوع الجيني لبكتيريا السل المتفطرة (Mtb) وانتقال السل من المختبر المرجعي لمرض السل في ميانمار العليا، منطقة ماندالاي، بما في ذلك ماندالاي (72) وشان (22) وماغواي (15) وساغينغ (13) وناي بيي تاو (8) وكاشين (7) وتشين (2) وكاياه (1). تم تنميط مائة وأربعين عزلات طن متري باستخدام 24 موقع MIRU - VNTR الكتابة والتنميط spoligotyping. تم إجراء تصنيف النسب وتحليل انتقال السل. النتائج: حددت كتابة MIRU - VNTR في 24 موقعًا 135 ملفًا شخصيًا فريدًا ومجموعتين مقارنة بـ 35 ملفًا شخصيًا للتنميط الذي يحتوي على 12 مجموعة و 23 عزلًا فريدًا، ووجد أن بكين (العدد=100، 71.4 ٪) هي سلالة بارزة من خلال الجمع بين طريقتين. بلغت النسبة المتوقعة المنسوبة إلى النقل الأخير بناءً على معدل التجميع 2.1 ٪. كان من المرجح أن تكون إحدى الحالات العنقودية في مريض MDR. الاستنتاجات: أظهرت النتائج التي توصلنا إليها أن الأنماط الجينية لبكين كانت مهيمنة في ميانمار العليا. قد يكون استخدام وتحليل كتابة MIRU - VNTR ذات 24 موقعًا مفيدًا لفهمنا الأوسع لتفشي السل وعلم الأوبئة أكثر من التنميط السبولي. يشير النمط الوراثي لهذه الطريقة المركبة إلى أن انخفاض معدل انتقال العدوى قد يكون بسبب احتمال أعلى لحالات إعادة التنشيط في ميانمار العليا.

Translated Description (French)

Introduction : Le typage MIRU-VNTR et le spoligotypage sont les outils moléculaires utiles pour l'étude épidémiologique de la tuberculose. Les informations concernant la diversité génétique et la transmission de la tuberculose (TB) dans le Haut Myanmar uniquement font peur. Méthodologie : Nous avons déterminé la diversité génétique de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) et la transmission de la tuberculose à partir du laboratoire de référence de la tuberculose du Haut Myanmar, région de Mandalay, y compris Mandalay (72), Shan (22), Magway (15), Sagaing (13), Nay Pyi Taw (8), Kachin (7), Chin (2) et Kayah (1). Cent quarante isolats de Mtb ont été génotypés en utilisant le typage et le spoligotypage MIRU-VNTR à 24 locus. La classification des lignées et l'analyse de la transmission de la tuberculose ont été effectuées. Résultats : le typage MIRU-VNTR à 24 localisations a identifié 135 profils uniques et deux grappes par rapport à 35 profils de spoligotypage qui contenaient 12 grappes et 23 isolats uniques, Pékin (n=100, 71,4 %) s'est avéré être une lignée importante en combinant deux méthodes. La proportion attendue attribuable à la transmission récente basée sur le taux de regroupement était de 2,1 %. Un cas en grappe était plus susceptible d'être chez le patient MDR. Conclusions : Nos résultats ont montré que les génotypes de Pékin étaient dominants dans le Haut Myanmar. L'utilisation et l'analyse du typage MIRU-VNTR à 24 locus pourraient s'avérer utiles pour notre compréhension plus large des épidémies de tuberculose et de l'épidémiologie que le spoligotypage. Le schéma génotypique de cette méthode combinée suggère que le taux de transmission plus faible peut être dû à une possibilité plus élevée de cas de réactivation dans le Haut Myanmar.

Translated Description (Spanish)

Introducción: La tipificación MIRU-VNTR y el espoligotipo son las herramientas moleculares útiles para el estudio de la epidemiología de la TB. La información sobre la diversidad genética y la transmisión de la tuberculosis (TB) solo en el Alto Myanmar es alarmante. Metodología: Determinamos la diversidad genética de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) y la transmisión de TB desde el Laboratorio de Referencia de TB del Alto Myanmar, Región de Mandalay, incluyendo Mandalay (72), Shan (22), Magway (15), Sagaing (13), Nay Pyi Taw (8), Kachin (7), Chin (2) y Kayah (1). Ciento cuarenta aislados de Mtb se genotipificaron usando tipificación y espoligotipificación MIRU-VNTR de 24 locus. Se realizó la clasificación de linaje y el análisis de transmisión de TB. Resultados: La tipificación MIRU-VNTR de 24 locus identificó 135 perfiles únicos y dos grupos en comparación con 35 perfiles de espoligotipo que contenían 12 grupos y 23 aislados únicos, se encontró que Beijing (n=100, 71.4%) era un linaje prominente mediante la combinación de dos métodos. La proporción esperada atribuible a la transmisión reciente basada en la tasa de agrupación fue del 2,1%. Un caso de grupo tenía más probabilidades de ser en un paciente con MDR. Conclusiones: Nuestros hallazgos mostraron que los genotipos de Pekín eran dominantes en el Alto Myanmar. El uso y análisis de la tipificación MIRU-VNTR de 24 locus podría resultar útil para nuestra comprensión más amplia de los brotes de tuberculosis y la epidemiología que la espoligotipificación. El patrón genotípico de este método combinado sugiere que la menor tasa de transmisión puede deberse a una mayor posibilidad de casos de reactivación en el Alto Myanmar.

Files

2401.pdf

Files (250 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5979b92cdbffa166415312608c3093f2
250 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التنوع الوراثي لمرض السل الفطري باستخدام 24 موقعًا من نوع MIRU - VNTR و Spoligotyping في ميانمار العليا
Translated title (French)
Diversité génétique de Mycobacterium tuberculosis en utilisant le typage et le spoligotypage MIRU-VNTR à 24 localisations dans le Haut Myanmar
Translated title (Spanish)
Diversidad genética de Mycobacterium tuberculosis utilizando tipificación MIRU-VNTR de 24 locus y espoligotipificación en el Alto Myanmar

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3110842147
DOI
10.3855/jidc.12998

Is supplement to
https://openalex.org/W2142333551 (Other)
https://openalex.org/W2136851522 (Other)
https://openalex.org/W2133643005 (Other)
https://openalex.org/W2072320165 (Other)
https://openalex.org/W2039448149 (Other)
https://openalex.org/W2028716536 (Other)
https://openalex.org/W1989749017 (Other)
https://openalex.org/W1979584392 (Other)
https://openalex.org/W178583493 (Other)
https://openalex.org/W127557739 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1567221943
  • https://openalex.org/W1916411316
  • https://openalex.org/W1968329618
  • https://openalex.org/W1971460294
  • https://openalex.org/W2022197874
  • https://openalex.org/W2034298502
  • https://openalex.org/W2072187332
  • https://openalex.org/W2073435936
  • https://openalex.org/W2078760984
  • https://openalex.org/W2081257617
  • https://openalex.org/W2114259188
  • https://openalex.org/W2131753257
  • https://openalex.org/W2134558351
  • https://openalex.org/W2165822919
  • https://openalex.org/W2169602677
  • https://openalex.org/W2442240890
  • https://openalex.org/W2465139718
  • https://openalex.org/W2474043068
  • https://openalex.org/W2546417310
  • https://openalex.org/W2773291310
  • https://openalex.org/W2781806196
  • https://openalex.org/W2789239780
  • https://openalex.org/W2901373387
  • https://openalex.org/W331077154