Published April 11, 2023
| Version v1
Publication
Open
A case of SARS-CoV-2 Omicron variant co-infection with Influenza A-H3N2 from India
Creators
- 1. Institute of Genomics and Integrative Biology
- 2. Government Medical College
Description
Abstract We report a case of SARS-CoV-2 Omicron variant co-infection with influenza A H3N2 detected from Kerala, India. The patient, a 10-year-old girl, had symptoms of low-grade fever, cough, and cold. As part of the ongoing surveillance, a throat swab was taken and sent for testing, and the influenza A virus isolated from the patient was identified as subtype H3N2. Whole-genome sequencing and analysis of the viral isolates suggested that the SARS-CoV-2 isolate belonged to BA.4.1 sublineage of Omicron while the influenza A isolate belonged to the 2a.3 clade of H3N2 and clustered with other H3N2 genomes from Maldives, India, Bangladesh, and the United Arab Emirates. The report highlights the importance of genomic surveillance of SARS-CoV-2 co-infections with other respiratory illnesses for understanding the prevalence of co-infections and their rapid detection and prevention.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
نبذة مختصرة: أبلغنا عن حالة عدوى مشتركة بمتغير سارس- كوف-2 أوميكرون مع الأنفلونزا A H3N2 المكتشفة من ولاية كيرالا، الهند. كانت المريضة، وهي فتاة تبلغ من العمر 10 سنوات، تعاني من أعراض الحمى منخفضة الدرجة والسعال والبرد. كجزء من المراقبة المستمرة، تم أخذ مسحة من الحلق وإرسالها للاختبار، وتم تحديد فيروس الأنفلونزا A المعزول عن المريض على أنه من النوع الفرعي H3N2. أشار تسلسل الجينوم الكامل وتحليل العزلات الفيروسية إلى أن عزل فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة ينتمي إلى السلالة الفرعية BA.4.1 لأوميكرون بينما ينتمي عزل الأنفلونزا A إلى الفرع الحيوي 2a.3 لفيروس H3N2 ويتجمع مع جينومات H3N2 الأخرى من جزر المالديف والهند وبنغلاديش والإمارات العربية المتحدة. يسلط التقرير الضوء على أهمية المراقبة الجينية للعدوى المصاحبة لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة مع أمراض الجهاز التنفسي الأخرى لفهم انتشار العدوى المصاحبة والكشف السريع عنها والوقاية منها.Translated Description (French)
Résumé Nous rapportons un cas de co-infection par le variant Omicron du SRAS-CoV-2 avec la grippe A H3N2 détectée au Kerala, en Inde. La patiente, une fillette de 10 ans, présentait des symptômes de fièvre de bas grade, de toux et de rhume. Dans le cadre de la surveillance continue, un prélèvement de gorge a été effectué et envoyé pour test, et le virus de la grippe A isolé du patient a été identifié comme sous-type H3N2. Le séquençage du génome entier et l'analyse des isolats viraux ont suggéré que l'isolat du SARS-CoV-2 appartenait à la sous-lignée BA.4.1 d'Omicron tandis que l'isolat de la grippe A appartenait au clade 2a.3 du H3N2 et était groupé avec d'autres génomes du H3N2 des Maldives, de l'Inde, du Bangladesh et des Émirats arabes unis. Le rapport souligne l'importance de la surveillance génomique des co-infections par le SRAS-CoV-2 et d'autres maladies respiratoires pour comprendre la prévalence des co-infections et leur détection et prévention rapides.Translated Description (Spanish)
Resumen Reportamos un caso de coinfección de la variante ómicron del SARS-CoV-2 con influenza A H3N2 detectada en Kerala, India. La paciente, una niña de 10 años, presentaba síntomas de fiebre baja, tos y resfriado. Como parte de la vigilancia continua, se tomó un hisopo de garganta y se envió para su análisis, y el virus de la gripe A aislado del paciente se identificó como subtipo H3N2. La secuenciación del genoma completo y el análisis de los aislados virales sugirieron que el aislado de SARS-CoV-2 pertenecía al sublinaje BA.4.1 de Omicron, mientras que el aislado de influenza A pertenecía al clado 2a.3 de H3N2 y se agrupó con otros genomas de H3N2 de Maldivas, India, Bangladesh y los Emiratos Árabes Unidos. El informe destaca la importancia de la vigilancia genómica de las coinfecciones por SARS-CoV-2 con otras enfermedades respiratorias para comprender la prevalencia de coinfecciones y su rápida detección y prevención.Files
latest.pdf.pdf
Files
(275.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:336421edcf584a120ab9afc52a6256b3
|
275.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- حالة عدوى مصاحبة لمتغير سارس- كوف-2 أوميكرون مع الأنفلونزا A - H3N2 من الهند
- Translated title (French)
- Un cas de co-infection par le variant Omicron du SRAS-CoV-2 avec la grippe A-H3N2 en provenance de l'Inde
- Translated title (Spanish)
- Un caso de coinfección de la variante ómicron del SARS-CoV-2 con la influenza A-H3N2 de la India
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4364376238
- DOI
- 10.21203/rs.3.rs-2783642/v1