Published May 10, 2022
| Version v1
Publication
Open
Protease and gag diversity and drug resistance mutations among treatment-naive Mexican people living with HIV
Creators
- 1. Centro Médico Nacional La Raza
- 2. Mexican Social Security Institute
- 3. University of Cambridge
- 4. Instituto Politécnico Nacional
- 5. Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
Description
Abstract Introduction In Mexico, HIV genotyping is performed in people living with HIV (PLWH) failing their first-line antiretroviral (ARV) regimen; it is not routinely done for all treatment-naive PLWH before ARV initiation. The first nationally representative survey published in 2016 reported that the prevalence of pretreatment drug mutations in treatment-naive Mexican PLWH was 15.5% to any antiretroviral drug and 10.6% to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) using conventional Sanger sequencing. Most reports in Mexico focus on HIV pol gene and nucleoside and non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI and NNRTI) drug resistance mutations (DRMs) prevalence, using Sanger sequencing, next-generation sequencing (NGS) or both. To our knowledge, NGS has not be used to detect pretreatment drug resistance mutations (DRMs) in the HIV protease (PR) gene and its substrate the Gag polyprotein. Methods Treatment-naive adult Mexican PLWH were recruited between 2016 and 2019. HIV Gag and protease sequences were obtained by NGS and DRMs were identified using the WHO surveillance drug resistance mutation (SDRM) list. Results One hundred PLWH attending a public national reference hospital were included. The median age was 28 years-old, and most were male. The median HIV viral load was 4.99 [4.39–5.40] log copies/mL and median CD4 cell count was 150 [68.0–355.78] cells/mm 3 . As expected, most sequences clustered with HIV-1 subtype B (97.9%). Major PI resistance mutations were detected: 8 (8.3%) of 96 patients at a detection threshold of 1% and 3 (3.1%) at a detection threshold of 20%. A total of 1184 mutations in Gag were detected, of which 51 have been associated with resistance to PI, most of them were detected at a threshold of 20%. Follow-up clinical data was available for 79 PLWH at 6 months post-ART initiation, seven PLWH failed their first ART regimen; however no major PI mutations were identified in these individuals at baseline. Conclusions The frequency of DRM in the HIV protease was 7.3% at a detection threshold of 1% and 3.1% at a detection threshold of 20%. NGS-based HIV drug resistance genotyping provide improved detection of DRMs. Viral load was used to monitor ARV response and treatment failure was 8.9%.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
مقدمة مجردة في المكسيك، يتم إجراء التنميط الجيني لفيروس نقص المناعة البشرية لدى الأشخاص المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية (PLWH) الذين يفشلون في نظامهم المضاد للفيروسات القهقرية (ARV) من الخط الأول ؛ لا يتم ذلك بشكل روتيني لجميع الأشخاص المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية (PLWH) الذين يعانون من السذاجة العلاجية قبل البدء في استخدام الفيروس المضاد للفيروسات القهقرية. أفاد أول مسح تمثيلي وطني نُشر في عام 2016 أن انتشار طفرات أدوية ما قبل المعالجة في علاج الأشخاص ذوي الإعاقة المكسيكيين الساذجين كان 15.5 ٪ لأي دواء مضاد للفيروسات القهقرية و 10.6 ٪ لمثبطات النسخ العكسي غير النيوكليوزيد (NNRTIs) باستخدام تسلسل سانجر التقليدي. تركز معظم التقارير في المكسيك على انتشار طفرات مقاومة الأدوية (DRMs) لجين بولي فيروس نقص المناعة البشرية ومثبطات النسخ العكسي للنيوكليوزيد وغير النيوكليوزيد (NRTI و NNRTI)، باستخدام تسلسل سانجر أو تسلسل الجيل التالي (NGS) أو كليهما. على حد علمنا، لم يتم استخدام NGS للكشف عن طفرات مقاومة الأدوية قبل المعالجة (DRMs) في جين الأنزيم البروتيني لفيروس نقص المناعة البشرية (PR) وركيزته بولي بروتين الكمامة. طرق العلاج - تم توظيف أشخاص مكسيكيين ناعمين من ذوي الاحتياجات الخاصة بين عامي 2016 و 2019. تم الحصول على تسلسل الكمامة والإنزيم البروتيني لفيروس نقص المناعة البشرية بواسطة NGS وتم تحديد DRMs باستخدام قائمة منظمة الصحة العالمية لطفرة مقاومة الأدوية للمراقبة (SDRM). النتائج تم تضمين مائة من الأشخاص المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية الذين يحضرون مستشفى مرجعي وطني عام. كان متوسط العمر 28 عامًا، وكان معظمهم من الذكور. كان متوسط الحمل الفيروسي لفيروس نقص المناعة البشرية 4.99 [4.39-5.40] نسخة سجل/مل ومتوسط عدد خلايا CD4 كان 150 [68.0–355.78] خلية/مم 3 . كما هو متوقع، تتجمع معظم التسلسلات مع النوع الفرعي B لفيروس نقص المناعة البشرية -1 (97.9 ٪). تم اكتشاف طفرات مقاومة PI الرئيسية: 8 (8.3 ٪) من 96 مريضًا عند عتبة اكتشاف تبلغ 1 ٪ و 3 (3.1 ٪) عند عتبة اكتشاف تبلغ 20 ٪. تم اكتشاف ما مجموعه 1184 طفرة في الكمامة، ارتبط 51 منها بمقاومة PI، وتم اكتشاف معظمها عند عتبة 20 ٪. كانت البيانات السريرية للمتابعة متاحة لـ 79 من النساء الحوامل والمرضعات في 6 أشهر بعد بدء العلاج المضاد للفيروسات القهقرية، وفشل سبعة من النساء الحوامل والمرضعات في نظام العلاج المضاد للفيروسات القهقرية الأول ؛ ومع ذلك لم يتم تحديد طفرات PI الرئيسية في هؤلاء الأفراد في خط الأساس. الاستنتاجات كان تواتر DRM في بروتياز فيروس نقص المناعة البشرية 7.3 ٪ عند عتبة الكشف 1 ٪ و 3.1 ٪ عند عتبة الكشف 20 ٪. يوفر التنميط الجيني لمقاومة الأدوية لفيروس نقص المناعة البشرية القائم على NGS اكتشافًا محسّنًا لـ DRMs. تم استخدام الحمل الفيروسي لمراقبة استجابة مضادات الفيروسات القهقرية وكان فشل العلاج 8.9 ٪.Translated Description (French)
Résumé Introduction Au Mexique, le génotypage du VIH est effectué chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) qui échouent à leur traitement antirétroviral de première intention (ARV) ; il n'est pas systématiquement effectué pour toutes les PVVIH naïves de traitement avant l'initiation du traitement ARV. La première enquête représentative à l'échelle nationale publiée en 2016 a révélé que la prévalence des mutations médicamenteuses pré-traitement chez les PVVIH mexicaines naïves de traitement était de 15,5 % pour tout médicament antirétroviral et de 10,6 % pour les inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI) en utilisant le séquençage conventionnel de Sanger. La plupart des rapports au Mexique se concentrent sur la prévalence du gène pol du VIH et des mutations de la résistance aux médicaments (DRM) des inhibiteurs de la transcriptase inverse nucléosidiques et non nucléosidiques (INTI et INNTI), en utilisant le séquençage de Sanger, le séquençage de prochaine génération (NGS) ou les deux. À notre connaissance, la NGS n'a pas été utilisée pour détecter des mutations de résistance aux médicaments (DRM) avant traitement dans le gène de la protéase du VIH (PR) et son substrat, la polyprotéine Gag. Méthodes Des PVVIH mexicaines adultes naïves de traitement ont été recrutées entre 2016 et 2019. Les séquences de gag et de protéase du VIH ont été obtenues par NGS et les DRM ont été identifiés à l'aide de la liste des mutations de pharmacorésistance de surveillance de l'OMS (SDRM). Résultats Cent PVVIH fréquentant un hôpital public national de référence ont été inclus. L'âge médian était de 28 ans, et la plupart étaient des hommes. La charge virale médiane du VIH était de 4,99 [4,39-5,40] copies logarithmiques/mL et le nombre médian de cellules CD4 était de 150 [68,0-355,78] cellules/mm 3 . Comme prévu, la plupart des séquences se sont regroupées avec le sous-type B du VIH-1 (97,9 %). Des mutations majeures de résistance aux IP ont été détectées : 8 (8,3%) sur 96 patients à un seuil de détection de 1% et 3 (3,1%) à un seuil de détection de 20%. Un total de 1184 mutations dans le Gag ont été détectées, dont 51 ont été associées à une résistance à l'IP, la plupart d'entre elles ont été détectées à un seuil de 20%. Les données cliniques de suivi étaient disponibles pour 79 PVVIH à 6 mois après l'initiation du TAR, sept PVVIH ont échoué à leur premier traitement antirétroviral ; cependant, aucune mutation majeure des IP n'a été identifiée chez ces personnes à l'inclusion. Conclusions La fréquence des DRM dans la protéase du VIH était de 7,3 % à un seuil de détection de 1 % et de 3,1 % à un seuil de détection de 20 %. Le génotypage de la résistance aux médicaments contre le VIH basé sur NGS permet une meilleure détection des DRM. La charge virale a été utilisée pour surveiller la réponse ARV et l'échec du traitement était de 8,9 %.Translated Description (Spanish)
Resumen Introducción En México, el genotipado del VIH se realiza en personas que viven con el VIH (PVVS) que no cumplen con su régimen antirretroviral de primera línea (ARV); no se realiza de forma rutinaria para todas las PVVS sin tratamiento previo antes del inicio del ARV. La primera encuesta representativa a nivel nacional publicada en 2016 informó que la prevalencia de mutaciones farmacológicas previas al tratamiento en las PVVS mexicanas sin tratamiento previo fue del 15,5% para cualquier fármaco antirretroviral y del 10,6% para los inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleósidos (INNTI) utilizando la secuenciación convencional de Sanger. La mayoría de los informes en México se centran en la prevalencia de mutaciones de resistencia a los medicamentos (DRM) del gen pol del VIH y del inhibidor de la transcriptasa inversa nucleósido y no nucleósido (NRTI y NNRTI), utilizando la secuenciación de Sanger, la secuenciación de próxima generación (NGS) o ambas. Hasta donde sabemos, la NGS no se ha utilizado para detectar mutaciones de resistencia a fármacos (DRM) previas al tratamiento en el gen de la proteasa (PR) del VIH y su sustrato la poliproteína Gag. Métodos Se reclutaron PLWH mexicanas adultas sin tratamiento previo entre 2016 y 2019. Las secuencias de Gag y proteasa del VIH se obtuvieron mediante NGS y los DRM se identificaron utilizando la lista de mutaciones de resistencia a los medicamentos de vigilancia de la OMS (SDRM). Resultados Se incluyeron cien PVVS que asistían a un hospital público nacional de referencia. La edad media era de 28 años, y la mayoría eran hombres. La mediana de la carga viral del VIH fue de 4,99 [4,39-5,40] copias logarítmicas/ml y la mediana del recuento de células CD4 fue de 150 [68,0-355,78] células/mm 3 . Como era de esperar, la mayoría de las secuencias se agruparon con el VIH-1 subtipo B (97,9%). Se detectaron mutaciones importantes de resistencia al IP: 8 (8,3%) de 96 pacientes con un umbral de detección del 1% y 3 (3,1%) con un umbral de detección del 20%. Se detectaron un total de 1184 mutaciones en Gag, de las cuales 51 se han asociado con resistencia a PI, la mayoría de ellas se detectaron en un umbral del 20%. Se disponía de datos clínicos de seguimiento para 79 PLWH a los 6 meses después del inicio de la RT, siete PLWH fallaron en su primer régimen de TAR; sin embargo, no se identificaron mutaciones importantes de PI en estos individuos al inicio del estudio. Conclusiones La frecuencia de DRM en la proteasa del VIH fue del 7,3% con un umbral de detección del 1% y del 3,1% con un umbral de detección del 20%. El genotipado de resistencia a los medicamentos contra el VIH basado en NGS proporciona una mejor detección de los DRM. La carga viral se utilizó para monitorear la respuesta antirretroviral y el fracaso del tratamiento fue del 8,9%.Files
s12879-022-07446-8.pdf
Files
(1.7 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:165b9faa4ee0787ef08cdf0164562a2d
|
1.7 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تنوع البروتياز والكمامات وطفرات مقاومة الأدوية بين الأشخاص المكسيكيين الساذجين المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية
- Translated title (French)
- Diversité des protéases et des bâillons et mutations de résistance aux médicaments chez les Mexicains naïfs de traitement vivant avec le VIH
- Translated title (Spanish)
- Diversidad de proteasas y GAG y mutaciones de resistencia a medicamentos entre personas mexicanas sin tratamiento previo que viven con VIH
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4229439161
- DOI
- 10.1186/s12879-022-07446-8
References
- https://openalex.org/W1894633439
- https://openalex.org/W1956254863
- https://openalex.org/W1986230405
- https://openalex.org/W2007390495
- https://openalex.org/W2013239325
- https://openalex.org/W2014234503
- https://openalex.org/W2017953463
- https://openalex.org/W2029299482
- https://openalex.org/W2035095394
- https://openalex.org/W2037436102
- https://openalex.org/W2051127367
- https://openalex.org/W2103441770
- https://openalex.org/W2108234281
- https://openalex.org/W2112727291
- https://openalex.org/W2123698070
- https://openalex.org/W2126419817
- https://openalex.org/W2129696407
- https://openalex.org/W2134381174
- https://openalex.org/W2149531726
- https://openalex.org/W2159343812
- https://openalex.org/W2165907518
- https://openalex.org/W2167285933
- https://openalex.org/W2227151527
- https://openalex.org/W2277953252
- https://openalex.org/W2468606334
- https://openalex.org/W2519719564
- https://openalex.org/W2799766969
- https://openalex.org/W2884986477
- https://openalex.org/W2911390449
- https://openalex.org/W2944605620
- https://openalex.org/W2951983324
- https://openalex.org/W2952054004
- https://openalex.org/W2964011324
- https://openalex.org/W2975286187
- https://openalex.org/W3025465733
- https://openalex.org/W3032582312
- https://openalex.org/W3033664814
- https://openalex.org/W3035846059
- https://openalex.org/W3037443794
- https://openalex.org/W3100521696
- https://openalex.org/W4236479494