Indentification and determination of toxin genes of Vibrio strains caused hemorrhagic disease on red drum (Sciaenops ocellatus) by PCR method
Description
Abstract In this study, we isolated thirty strains of Vibrio from three different organs (brain, hemorrhagic site and digestive system) of Sciaenops ocellatus disease. The results showed that nucleotide sequences 16S rRNA region are highly, similar to those of V. alginolyticus, V. azureus, V. fluvialis and V. orientalis is published on Genebank, ranging from 98.05 to 100 %. The digestive system has the most common Vibrio strains (V. alginolyticus, V. azureus and V. fluvialis). Thereout, We found 25/30 strains of Vibrio containing from 1 to 3 toxin genes. None of V. parahaemolyticus present. Six parameters were used to measure the DNA polymorphism of thirty-three homologous DNA sequences in this Vibrio bacteria population. The results indicated that, number of separate polymorphic sites (S), total number of mutant sites (Eta), number of haplotype (h), haplotype diversity (Hd), average number of nucleotide differences (k), nucleotide diversity (Pi) were 98 (S) 103 (Eta), 9 (h), 0.887±0.032 (Hd), 25.789 (k) and 17.980x10-3±0.003 (Pi), respectively (P < 0,05). The G+C content above 1434 sites positions of nucleotide sequences accounts for 0.542The phylogenetic tree showed that these strains are divided into six groups. As observed, the appearance of isolated Vibrio on 3 organs of fish (S. ocellatus) hemorrhagic are V. azureus (27,67 %), V. alginolyticus (50 %), V. orientalis (6,67 %) and V. fluvialis (16,67 %). Through this result, we found that the diversity of Vibrio species that appeared on the red drum was used in the 16S rRNA region and the presence of toxin genes in these Vibrio species.Keywords: Sciaenops ocellatus, TDH, TRH, TLH, ToxR, Toxin gene, Vibrio.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
الملخص في هذه الدراسة، قمنا بعزل ثلاثين سلالة من الضمة من ثلاثة أعضاء مختلفة (الدماغ والموقع النزفي والجهاز الهضمي) من مرض سينوبس أوسيلاتوس. أظهرت النتائج أن متواليات النوكليوتيدات 16S منطقة الحمض النووي الريبوزي الريبوزي عالية، مماثلة لتلك الخاصة بـ V. alginolyticus، V. azureus، V. fluvialis و V. orientalis يتم نشرها على بنك الجينات، تتراوح من 98.05 إلى 100 ٪. يحتوي الجهاز الهضمي على سلالات الضمة الأكثر شيوعًا (V. alginolyticus و V. azureus و V. fluvialis). هناك، وجدنا 25/30 سلالات من الضمة تحتوي على 1 إلى 3 جينات سامة. لا يوجد أي من V. parahaemolyticus. تم استخدام ستة معلمات لقياس تعدد أشكال الحمض النووي لثلاثة وثلاثين تسلسلًا من الحمض النووي المتماثل في مجموعة بكتيريا الضمة هذه. أشارت النتائج إلى أن عدد المواقع المنفصلة متعددة الأشكال (S)، إجمالي عدد المواقع المتحولة (ETA)، عدد النمط الفرداني (h)، تنوع النمط الفرداني (Hd)، متوسط عدد اختلافات النيوكليوتيدات (k)، تنوع النيوكليوتيدات (Pi) كان 98 (S) 103 (ETA)، 9 (h)، 0.887±0.032 (Hd)، 25.789 (k) و 17.980x10-3 ±0.003 (Pi)، على التوالي (P < 0,05). محتوى G+C فوق 1434 مواقع مواقع متواليات النيوكليوتيدات تمثل 0.542 أظهرت شجرة تطور السلالات أن هذه السلالات تنقسم إلى ست مجموعات. كما لوحظ، فإن ظهور الضمة المعزولة على 3 أعضاء من الأسماك (S. ocellatus) النزفية هي V. azureus (27,67 ٪)، V. alginolyticus (50 ٪)، V. orientalis (6,67 ٪) و V. fluvialis (16,67 ٪). من خلال هذه النتيجة، وجدنا أن تنوع أنواع الضمة التي ظهرت على الأسطوانة الحمراء تم استخدامه في منطقة 16S rRNA ووجود جينات سامة في هذه الأنواع من الضمة. الكلمات الرئيسية: Sciaenops ocellatus، TDH، TRH، TLH، ToxR، جين السم، الضمة.Translated Description (French)
Résumé Dans cette étude, nous avons isolé trente souches de Vibrio de trois organes différents (cerveau, site hémorragique et système digestif) de la maladie de Sciaenops ocellatus. Les résultats ont montré que les séquences nucléotidiques de la région de l'ARNr 16S sont très similaires à celles de V. alginolyticus, V. azureus, V. fluvialis et V. orientalis publiées sur Genebank, allant de 98,05 à 100 %. Le système digestif a les souches de Vibrio les plus courantes (V. alginolyticus, V. azureus et V. fluvialis). Au total, nous avons trouvé 25/30 souches de Vibrio contenant de 1 à 3 gènes de toxine. Aucun de V. parahaemolyticus n'est présent. Six paramètres ont été utilisés pour mesurer le polymorphisme de l'ADN de trente-trois séquences d'ADN homologues dans cette population de bactéries Vibrio. Les résultats ont indiqué que le nombre de sites polymorphes séparés (S), le nombre total de sites mutants (Eta), le nombre d'haplotypes (h), la diversité des haplotypes (Hd), le nombre moyen de différences nucléotidiques (k), la diversité nucléotidique (Pi) étaient respectivement de 98 (S) 103 (Eta), 9 (h), 0,887±0,032 (Hd), 25,789 (k) et 17,980x10-3 ±0,003 (Pi) (P < 0,05). La teneur en G+C au-dessus de 1434 sites des positions des séquences nucléotidiques explique 0,542L' arbre phylogénétique a montré que ces souches sont divisées en six groupes. Comme observé, l'apparition de Vibrio isolé sur 3 organes de poissons (S. ocellatus) hémorragiques sont V. azureus (27,67 %), V. alginolyticus (50 %), V. orientalis (6,67 %) et V. fluvialis (16,67 %). Grâce à ce résultat, nous avons constaté que la diversité des espèces de Vibrio apparues sur le tambour rouge était utilisée dans la région de l'ARNr 16S et la présence de gènes de toxine dans ces espèces de Vibrio. Mots clés : Sciaenops ocellatus, TDH, TRH, TLH, ToxR, gène de toxine, Vibrio.Translated Description (Spanish)
Resumen En este estudio, aislamos treinta cepas de Vibrio de tres órganos diferentes (cerebro, sitio hemorrágico y sistema digestivo) de la enfermedad de Sciaenops ocellatus. Los resultados mostraron que las secuencias de nucleótidos de la región de ARNr 16S son muy similares a las de V. alginolyticus, V. azureus, V. fluvialis y V. orientalis publicadas en Genebank, que van del 98,05 al 100 %. El aparato digestivo presenta las cepas de Vibrio más comunes (V. alginolyticus, V. azureus y V. fluvialis). Sin embargo, encontramos 25/30 cepas de Vibrio que contienen de 1 a 3 genes de toxinas. No hay V. parahaemolyticus presente. Se utilizaron seis parámetros para medir el polimorfismo de ADN de treinta y tres secuencias de ADN homólogas en esta población de bacterias Vibrio. Los resultados indicaron que, el número de sitios polimórficos separados (S), el número total de sitios mutantes (Eta), el número de haplotipos (h), la diversidad de haplotipos (Hd), el número promedio de diferencias de nucleótidos (k), la diversidad de nucleótidos (Pi) fueron 98 (S) 103 (Eta), 9 (h), 0.887±0.032 (Hd), 25.789 (k) y 17.980x10-3 ±0.003 (Pi), respectivamente (P < 0,05). El contenido de G+C por encima de 1434 posiciones de sitios de secuencias de nucleótidos representa 0.542El árbol filogenético mostró que estas cepas se dividen en seis grupos. Como se observa, la aparición de Vibrio aislado en 3 órganos de peces (S. ocellatus) hemorrágicos son V. azureus (27,67 %), V. alginolyticus (50 %), V. orientalis (6,67 %) y V. fluvialis (16,67 %). A través de este resultado, encontramos que la diversidad de especies de Vibrio que aparecieron en el tambor rojo se utilizó en la región de ARNr 16S y la presencia de genes de toxinas en estas especies de Vibrio. Palabras clave: Sciaenops ocellatus, TDH, TRH, TLH, ToxR, Toxin gene, Vibrio.Files
latest.pdf.pdf
Files
(1.5 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e52c43c0359883c057662c501ab0caad
|
1.5 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تسبب تحديد وتحديد الجينات السامة لسلالات الضمة في حدوث مرض نزفي على الأسطوانة الحمراء (Sciaenops ocellatus) بواسطة PCR الطريقة
- Translated title (French)
- L'identification et la détermination des gènes de toxine des souches Vibrio ont provoqué une maladie hémorragique sur le tambour rouge (Sciaenops ocellatus) par la méthode PCR  ;
- Translated title (Spanish)
- La identificación y determinación de los genes de la toxina de las cepas de Vibrio causó la enfermedad hemorrágica en el tambor rojo (Sciaenops ocellatus) por PCR
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4237641276
- DOI
- 10.21203/rs.3.rs-38235/v1