Published May 23, 2019 | Version v1
Publication Open

Comparison between MALDI-TOF MS and MicroScan in the identification of emerging and multidrug resistant yeasts in a fourth-level hospital in Bogotá, Colombia

Creators

  • 1. Pontificia Universidad Javeriana
  • 2. Hospital Universitario San Ignacio
  • 3. Nantes Université

Description

The introduction of MALDI-TOF MS in the clinical microbiology laboratory has modified the approaches for the identification of fungi. Thanks to this tool, it is possible to identify cryptic species, which possess critical susceptibility patterns. Clinical strains were identified using the MicroScan and MALDI-TOF MS systems. Discrepant results from both methods were investigated using ITS rDNA barcoding. Finally, these isolates were also tested for in vitro susceptibility. The percentage of agreement between both methods to 498 yeast isolates was of 93.6% (32 discrepant isolates). The concordance of ITS sequencing with MALDI-TOF MS was higher (99%) than that of MicroScan (94%). Several of these discordant yeasts displayed high MICs for antifungal agents. Our study highlights the need of the MS and molecular approaches such as MALDI-TOF MS and ITS rDNA barcoding for the correct identification of emerging or cryptic yeast species; besides, some of these could be multidrug resistant. This work was the first experience in the implementation of the MALDI-TOF MS technology in Colombia. We found the first uncommon yeasts including Candida auris and we could identify Trichosporon faecalis. Our work highlights a clear necessity of an accurate yeast identification as a much more pertinent technique than the susceptibility profiles, because the most unusual yeasts exhibit resistance profiles to the few available antifungals.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

أدى إدخال MALDI - TOF MS في مختبر علم الأحياء الدقيقة السريري إلى تعديل مناهج تحديد الفطريات. بفضل هذه الأداة، من الممكن تحديد الأنواع الخفية، التي تمتلك أنماط حساسية حرجة. تم تحديد السلالات السريرية باستخدام أنظمة MicroScan و MALDI - TOF MS. تم التحقيق في النتائج المتناقضة من كلتا الطريقتين باستخدام الترميز الشريطي للحمض النووي الريبي. أخيرًا، تم اختبار هذه العزلات أيضًا للتأكد من قابليتها في المختبر. بلغت نسبة التوافق بين الطريقتين إلى 498 عزلة خميرة 93.6 ٪ (32 عزلة متناقضة). كان توافق تسلسله مع MALDI - TOF MS أعلى (99 ٪) من تسلسل MicroScan (94 ٪). أظهرت العديد من هذه الخمائر المتناقضة ميكروفونات عالية للعوامل المضادة للفطريات. تسلط دراستنا الضوء على الحاجة إلى MS والنهج الجزيئية مثل MALDI - TOF MS وترميزه الشريطي rDNA من أجل التحديد الصحيح لأنواع الخميرة الناشئة أو الخفية ؛ إلى جانب ذلك، يمكن أن يكون بعضها مقاومًا للأدوية المتعددة. كان هذا العمل أول تجربة في تنفيذ تقنية MALDI - TOF MS في كولومبيا. وجدنا أول خمائر غير شائعة بما في ذلك المبيضات أوريس وتمكنا من التعرف على براز Trichosporon. يسلط عملنا الضوء على ضرورة واضحة لتحديد الخميرة بدقة كتقنية أكثر صلة بكثير من ملامح الحساسية، لأن الخمائر الأكثر غرابة تظهر ملامح مقاومة لعدد قليل من مضادات الفطريات المتاحة.

Translated Description (French)

L'introduction de la SEP MALDI-TOF dans le laboratoire de microbiologie clinique a modifié les approches d'identification des champignons. Grâce à cet outil, il est possible d'identifier les espèces cryptiques, qui possèdent des schémas de sensibilité critiques. Les souches cliniques ont été identifiées à l'aide des systèmes MicroScan et MALDI-TOF MS. Les résultats discordants des deux méthodes ont été étudiés à l'aide de SON code-barres ADNr. Enfin, ces isolats ont également été testés pour leur sensibilité in vitro. Le pourcentage de concordance entre les deux méthodes pour 498 isolats de levure était de 93,6% (32 isolats discordants). La concordance de SON séquençage avec la SEP MALDI-TOF était plus élevée (99 %) que celle du MicroScan (94 %). Plusieurs de ces levures discordantes présentaient des CMI élevées pour les agents antifongiques. Notre étude met en évidence le besoin de la SEP et des approches moléculaires telles que la SEP MALDI-TOF et SON code-barres ADNr pour l'identification correcte des espèces de levures émergentes ou cryptiques ; en outre, certaines d'entre elles pourraient être multirésistantes. Ce travail a été la première expérience dans la mise en œuvre de la technologie MALDI-TOF MS en Colombie. Nous avons trouvé les premières levures rares, y compris Candida auris, et nous avons pu identifier Trichosporon faecalis. Notre travail met en évidence la nécessité évidente d'une identification précise des levures comme une technique beaucoup plus pertinente que les profils de sensibilité, car les levures les plus inhabituelles présentent des profils de résistance aux quelques antifongiques disponibles.

Translated Description (Spanish)

La introducción de MALDI-TOF MS en el laboratorio de microbiología clínica ha modificado los enfoques para la identificación de hongos. Gracias a esta herramienta, es posible identificar especies crípticas, que poseen patrones críticos de susceptibilidad. Las cepas clínicas se identificaron utilizando los sistemas MicroScan y MALDI-TOF MS. Los resultados discrepantes de ambos métodos se investigaron utilizando SU código de barras de ADNr. Finalmente, estos aislados también se probaron para determinar la susceptibilidad in vitro. El porcentaje de acuerdo entre ambos métodos para 498 aislados de levadura fue del 93,6% (32 aislados discrepantes). La concordancia de SU secuenciación con MALDI-TOF MS fue mayor (99%) que la de MicroScan (94%). Varias de estas levaduras discordantes mostraron altas MIC para agentes antifúngicos. Nuestro estudio destaca la necesidad de la EM y los enfoques moleculares como la EM MALDI-TOF y SU código de barras de ADNr para la correcta identificación de especies de levaduras emergentes o crípticas; además, algunos de estos podrían ser resistentes a múltiples fármacos. Este trabajo fue la primera experiencia en la implementación de la tecnología MALDI-TOF MS en Colombia. Encontramos las primeras levaduras poco comunes incluyendo Candida auris y pudimos identificar Trichosporon faecalis. Nuestro trabajo destaca la clara necesidad de una identificación precisa de la levadura como una técnica mucho más pertinente que los perfiles de susceptibilidad, ya que las levaduras más inusuales exhiben perfiles de resistencia a los pocos antifúngicos disponibles.

Files

s12866-019-1482-y.pdf

Files (605.2 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:f7813ffb045bda4952432d63d2ab9299
605.2 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مقارنة بين MALDI - TOF MS و MicroScan في تحديد الخمائر الناشئة والمقاومة للأدوية المتعددة في مستشفى من المستوى الرابع في بوغوتا، كولومبيا
Translated title (French)
Comparaison entre MALDI-TOF MS et MicroScan dans l'identification de levures émergentes et multirésistantes dans un hôpital de quatrième niveau à Bogotá, en Colombie
Translated title (Spanish)
Comparación entre MALDI-TOF MS y MicroScan en la identificación de levaduras emergentes y multirresistentes en un hospital de cuarto nivel en Bogotá, Colombia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2946898958
DOI
10.1186/s12866-019-1482-y

Is supplement to
https://openalex.org/W4313238670 (Other)
https://openalex.org/W4231921808 (Other)
https://openalex.org/W2921936976 (Other)
https://openalex.org/W2529676164 (Other)
https://openalex.org/W2472264450 (Other)
https://openalex.org/W2375728746 (Other)
https://openalex.org/W2374074955 (Other)
https://openalex.org/W2368727485 (Other)
https://openalex.org/W2093055820 (Other)
https://openalex.org/W1445902623 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Colombia

References

  • https://openalex.org/W1491625620
  • https://openalex.org/W1628352579
  • https://openalex.org/W1980416396
  • https://openalex.org/W1988433614
  • https://openalex.org/W1993370685
  • https://openalex.org/W1993548583
  • https://openalex.org/W1994957997
  • https://openalex.org/W2005801028
  • https://openalex.org/W2037624812
  • https://openalex.org/W2046080217
  • https://openalex.org/W2089430992
  • https://openalex.org/W2111310284
  • https://openalex.org/W2111404036
  • https://openalex.org/W2114648815
  • https://openalex.org/W2121758087
  • https://openalex.org/W2137575148
  • https://openalex.org/W2141293158
  • https://openalex.org/W2149946566
  • https://openalex.org/W2150218390
  • https://openalex.org/W2151513342
  • https://openalex.org/W2168233410
  • https://openalex.org/W2509822732
  • https://openalex.org/W2606618714
  • https://openalex.org/W2614676839
  • https://openalex.org/W2753619282
  • https://openalex.org/W2787258916
  • https://openalex.org/W4253534765