Published May 1, 2020 | Version v1
Publication Open

<i>Rhizopus microsporus</i> Infections Associated with Surgical Procedures, Argentina, 2006–2014

Creators

  • 1. Asociación por los Derechos Civiles
  • 2. Translational Genomics Research Institute
  • 3. Centers for Disease Control and Prevention
  • 4. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud
  • 5. Hospital Italiano de Buenos Aires

Description

Abstract Rhizopus spp. fungi are ubiquitous in the environment and a rare but substantial cause of infection in immunosuppressed persons and surgery patients. During 2005–2017, an abnormally high number of Rhizopus infections in surgery patients, with no apparent epidemiologic links, were reported in Argentina. To determine the likelihood of a common source of the cluster, we performed whole-genome sequencing on samples collected during 2006–2014. Most isolates were separated by >60 single-nucleotide polymorphisms, and we found no evidence for recombination or nonneutral mutation accumulation; these findings do not support common source or patient-to-patient transmission. Assembled genomes of most isolates were ≈25 Mbp, and multiple isolates had substantially larger assembled genomes (43–51 Mbp), indicative of infections with strain types that underwent genome expansion. Whole-genome sequencing has become an essential tool for studying epidemiology of fungal infections. Less discriminatory techniques may miss true relationships, possibly resulting in inappropriate attribution of point source.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فطريات Rhizopus spp. التجريدية منتشرة في كل مكان في البيئة وسبب نادر ولكنه كبير للعدوى لدى الأشخاص الذين يعانون من كبت المناعة ومرضى الجراحة. خلال الفترة 2005–2017، تم الإبلاغ عن عدد كبير بشكل غير طبيعي من التهابات الجذور في مرضى الجراحة، مع عدم وجود روابط وبائية واضحة، في الأرجنتين. لتحديد احتمال وجود مصدر مشترك للمجموعة، أجرينا تسلسل الجينوم الكامل على العينات التي تم جمعها خلال الفترة 2006–2014. تم فصل معظم العزلات عن طريق >60 تعدد أشكال أحادي النوكليوتيد، ولم نجد أي دليل على إعادة التركيب أو تراكم الطفرات غير المحايدة ؛ هذه النتائج لا تدعم انتقال العدوى من مصدر مشترك أو من مريض إلى آخر. كانت الجينومات المجمعة لمعظم العزلات حوالي25 ميجا بايت في الثانية، وكان للعزلات المتعددة جينومات مجمعة أكبر بكثير (43–51 ميجا بايت في الثانية)، مما يدل على العدوى بأنواع السلالات التي خضعت لتوسع الجينوم. أصبح تسلسل الجينوم الكامل أداة أساسية لدراسة وبائيات الالتهابات الفطرية. قد تفوت التقنيات الأقل تمييزًا العلاقات الحقيقية، مما قد يؤدي إلى إسناد غير مناسب للمصدر النقطي.

Translated Description (French)

Résumé Les champignons Rhizopus spp. sont omniprésents dans l'environnement et constituent une cause d'infection rare mais substantielle chez les personnes immunodéprimées et les patients opérés. Au cours de la période 2005–2017, un nombre anormalement élevé d'infections à Rhizopus chez les patients opérés, sans lien épidémiologique apparent, a été signalé en Argentine. Pour déterminer la probabilité d'une source commune du cluster, nous avons effectué un séquençage du génome entier sur des échantillons prélevés au cours de la période 2006–2014. La plupart des isolats étaient séparés par plus de 60 polymorphismes mononucléotidiques, et nous n'avons trouvé aucune preuve de recombinaison ou d'accumulation de mutations non neutres ; ces résultats ne soutiennent pas la transmission de source commune ou de patient à patient. Les génomes assemblés de la plupart des isolats étaient d'environ25 Mbp, et plusieurs isolats avaient des génomes assemblés beaucoup plus grands (43–51 Mbp), indiquant des infections avec des types de souches qui ont subi une expansion du génome. Le séquençage du génome entier est devenu un outil essentiel pour l'étude de l'épidémiologie des infections fongiques. Les techniques moins discriminatoires peuvent manquer de vraies relations, ce qui peut entraîner une attribution inappropriée de la source ponctuelle.

Translated Description (Spanish)

Resumen Los hongos Rhizopus spp. son omnipresentes en el medio ambiente y una causa rara pero sustancial de infección en personas inmunodeprimidas y pacientes de cirugía. Durante 2005–2017, se informó un número anormalmente alto de infecciones por Rhizopus en pacientes quirúrgicos, sin vínculos epidemiológicos aparentes, en Argentina. Para determinar la probabilidad de una fuente común del grupo, realizamos la secuenciación del genoma completo en muestras recolectadas durante 2006–2014. La mayoría de los aislados estaban separados por >60 polimorfismos de un solo nucleótido, y no encontramos evidencia de recombinación o acumulación de mutaciones no neutras; estos hallazgos no respaldan la fuente común o la transmisión de paciente a paciente. Los genomas ensamblados de la mayoría de los aislados fueron de ≈25 Mbp, y múltiples aislados tenían genomas ensamblados sustancialmente más grandes (43–51 Mbp), lo que indica infecciones con tipos de cepas que experimentaron expansión del genoma. La secuenciación del genoma completo se ha convertido en una herramienta esencial para estudiar la epidemiología de las infecciones fúngicas. Las técnicas menos discriminatorias pueden pasar por alto las relaciones verdaderas, lo que posiblemente resulte en una atribución inapropiada de la fuente puntual.

Files

19-1045.pdf.pdf

Files (1.3 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:8883b9733a101d762cf0ca63ebd684f0
1.3 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
<i>التهابات الجذور</i> المجهرية المرتبطة بالإجراءات الجراحية، الأرجنتين، 2006–2014
Translated title (French)
Infections à<i> Rhizopus microsporus</i> associées à des interventions chirurgicales, Argentine, 2006–2014
Translated title (Spanish)
Infecciones por<i> Rhizopus microsporus</i> asociadas a procedimientos quirúrgicos, Argentina, 2006–2014

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3017261003
DOI
10.3201/eid2605.191045

Is supplement to
https://openalex.org/W4391375266 (Other)
https://openalex.org/W4389568370 (Other)
https://openalex.org/W3108674512 (Other)
https://openalex.org/W3032375762 (Other)
https://openalex.org/W3031052312 (Other)
https://openalex.org/W2748952813 (Other)
https://openalex.org/W2080531066 (Other)
https://openalex.org/W1995515455 (Other)
https://openalex.org/W1506200166 (Other)
https://openalex.org/W1489783725 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1654280973
  • https://openalex.org/W1957180738
  • https://openalex.org/W1976896030
  • https://openalex.org/W1982855075
  • https://openalex.org/W1985626823
  • https://openalex.org/W1993608922
  • https://openalex.org/W2018669508
  • https://openalex.org/W2020350008
  • https://openalex.org/W2030967211
  • https://openalex.org/W2041327558
  • https://openalex.org/W2050153576
  • https://openalex.org/W2051397923
  • https://openalex.org/W2052742879
  • https://openalex.org/W2076034521
  • https://openalex.org/W2080648914
  • https://openalex.org/W2095685450
  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2111647009
  • https://openalex.org/W2119180969
  • https://openalex.org/W2120902911
  • https://openalex.org/W2139894595
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2155645165
  • https://openalex.org/W2159568419
  • https://openalex.org/W2163430123
  • https://openalex.org/W2282600970
  • https://openalex.org/W2472226552
  • https://openalex.org/W2566387862
  • https://openalex.org/W2801602492
  • https://openalex.org/W2806653590
  • https://openalex.org/W2883135211
  • https://openalex.org/W2894414295
  • https://openalex.org/W2894978041
  • https://openalex.org/W2911730105
  • https://openalex.org/W2944001298
  • https://openalex.org/W2950354111