Published September 20, 2012 | Version v1
Publication Open

Interaction between IRF6 and TGFA Genes Contribute to the Risk of Nonsyndromic Cleft Lip/Palate

Creators

  • 1. University of Pittsburgh
  • 2. Michigan State University
  • 3. Universidade Federal do Rio de Janeiro
  • 4. Universidade do Estado do Rio de Janeiro
  • 5. Riga Stradiņš University
  • 6. Latvian Biomedical Research and Study Centre
  • 7. University of Iowa
  • 8. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas Norberto Quirno
  • 9. National Institute on Population Medical Genetics
  • 10. Centro Científico Tecnológico - San Juan
  • 11. Universidade Federal Fluminense
  • 12. Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia

Description

Previous evidence from tooth agenesis studies suggested IRF6 and TGFA interact. Since tooth agenesis is commonly found in individuals with cleft lip/palate (CL/P), we used four large cohorts to evaluate if IRF6 and TGFA interaction contributes to CL/P. Markers within and flanking IRF6 and TGFA genes were tested using Taqman or SYBR green chemistries for case-control analyses in 1,000 Brazilian individuals. We looked for evidence of gene-gene interaction between IRF6 and TGFA by testing if markers associated with CL/P were overtransmitted together in the case-control Brazilian dataset and in the additional family datasets. Genotypes for an additional 142 case-parent trios from South America drawn from the Latin American Collaborative Study of Congenital Malformations (ECLAMC), 154 cases from Latvia, and 8,717 individuals from several cohorts were available for replication of tests for interaction. Tgfa and Irf6 expression at critical stages during palatogenesis was analyzed in wild type and Irf6 knockout mice. Markers in and near IRF6 and TGFA were associated with CL/P in the Brazilian cohort (p<10(-6)). IRF6 was also associated with cleft palate (CP) with impaction of permanent teeth (p<10(-6)). Statistical evidence of interaction between IRF6 and TGFA was found in all data sets (p = 0.013 for Brazilians; p = 0.046 for ECLAMC; p = 10(-6) for Latvians, and p = 0.003 for the 8,717 individuals). Tgfa was not expressed in the palatal tissues of Irf6 knockout mice. IRF6 and TGFA contribute to subsets of CL/P with specific dental anomalies. Moreover, this potential IRF6-TGFA interaction may account for as much as 1% to 10% of CL/P cases. The Irf6-knockout model further supports the evidence of IRF6-TGFA interaction found in humans.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

أشارت الأدلة السابقة من دراسات تكاثر الأسنان إلى تفاعل IRF6 و TGFA. نظرًا لوجود تكاثر الأسنان بشكل شائع في الأفراد الذين يعانون من الشفة المشقوقة/الحنك المشقوق (CL/P)، فقد استخدمنا أربع مجموعات كبيرة لتقييم ما إذا كان تفاعل IRF6 و TGFA يساهم في CL/P. تم اختبار علامات داخل جينات IRF6 و TGFA المحيطة بها باستخدام تقمان أو الكيمياء الخضراء SYBR لتحليلات التحكم في الحالة في 1000 فرد برازيلي. بحثنا عن دليل على التفاعل الجيني بين IRF6 و TGFA عن طريق اختبار ما إذا كانت العلامات المرتبطة بـ CL/P قد تم نقلها بشكل مفرط معًا في مجموعة البيانات البرازيلية للتحكم في الحالة وفي مجموعات البيانات العائلية الإضافية. كانت الأنماط الجينية لـ 142 ثلاثيًا إضافيًا من الآباء والأمهات من أمريكا الجنوبية مستمدة من الدراسة التعاونية لأمريكا اللاتينية للتشوهات الخلقية (ECLAMC)، و 154 حالة من لاتفيا، و 8717 فردًا من عدة مجموعات متاحة لتكرار اختبارات التفاعل. تم تحليل تعبير Tgfa و Irf6 في المراحل الحرجة أثناء تكوين الحنك في الفئران البرية والفئران الضاربة بالضربة القاضية Irf6. ارتبطت العلامات في IRF6 و TGFA وبالقرب منهما بـ CL/P في المجموعة البرازيلية (p<10 (-6)). ارتبط IRF6 أيضًا بالحنك المشقوق (CP) مع انحشار الأسنان الدائمة (p<10 (-6)). تم العثور على أدلة إحصائية على التفاعل بين IRF6 و TGFA في جميع مجموعات البيانات (p = 0.013 للبرازيليين ؛ p = 0.046 لـ ECLAMC ؛ p = 10(-6) للاتفيا، و p = 0.003 للأفراد البالغ عددهم 8717). لم يتم التعبير عن Tgfa في الأنسجة الحنكية لفئران الضربة القاضية Irf6. يساهم IRF6 و TGFA في مجموعات فرعية من CL/P مع تشوهات محددة في الأسنان. علاوة على ذلك، قد يمثل هذا التفاعل المحتمل بين IRF6 و TGFA ما يصل إلى 1 ٪ إلى 10 ٪ من حالات CL/P. يدعم نموذج Irf6 - Knockout كذلك الأدلة على تفاعل IRF6 - TGFA الموجود في البشر.

Translated Description (French)

Des preuves antérieures provenant d'études d'agénèse dentaire ont suggéré que l'IRF6 et le TGFA interagissent. Étant donné que l'agénèse dentaire est couramment observée chez les personnes présentant une fente labio-palatine (CL/P), nous avons utilisé quatre grandes cohortes pour évaluer si l'interaction IRF6 et TGFA contribue à la CL/P. Les marqueurs à l'intérieur et à côté des gènes IRF6 et TGFA ont été testés à l'aide de la chimie verte Taqman ou SYBR pour des analyses cas-témoins chez 1 000 personnes brésiliennes. Nous avons recherché des preuves d'interaction gène-gène entre IRF6 et TGFA en testant si les marqueurs associés à CL/P étaient surtransmis ensemble dans l'ensemble de données brésilien cas-témoins et dans les ensembles de données familiaux supplémentaires. Les génotypes de 142 autres trios cas-parents d'Amérique du Sud tirés de l'Étude collaborative latino-américaine sur les malformations congénitales (ECLAMC), de 154 cas de Lettonie et de 8 717 individus de plusieurs cohortes étaient disponibles pour la réplication des tests d'interaction. L'expression de Tgfa et Irf6 à des stades critiques au cours de la palatogenèse a été analysée chez des souris knock-out de type sauvage et Irf6. Des marqueurs dans et près de l'IRF6 et du TGFA ont été associés à la CL/P dans la cohorte brésilienne (p<10(-6)). IRF6 a également été associé à une fente palatine (CP) avec impaction des dents permanentes (p<10(-6)). Des preuves statistiques d'interaction entre IRF6 et TGFA ont été trouvées dans tous les ensembles de données (p = 0,013 pour les Brésiliens ; p = 0,046 pour ECLAMC ; p = 10(-6) pour les Lettons et p = 0,003 pour les 8 717 individus). Le Tgfa n'a pas été exprimé dans les tissus palatins des souris KO Irf6. IRF6 et TGFA contribuent à des sous-ensembles de CL/P avec des anomalies dentaires spécifiques. De plus, cette interaction potentielle IRF6-TGFA peut représenter jusqu'à 1 % à 10 % des cas de CL/P. Le modèle Irf6-knockout soutient en outre la preuve de l'interaction IRF6-TGFA trouvée chez l'homme.

Translated Description (Spanish)

La evidencia previa de los estudios de agenesia dental sugirió que IRF6 y TGFA interactúan. Dado que la agenesia dental se encuentra comúnmente en individuos con labio/paladar hendido (CL/P), utilizamos cuatro cohortes grandes para evaluar si la interacción de IRF6 y TGFA contribuye a CL/P. Los marcadores dentro y flanqueantes de los genes IRF6 y TGFA se probaron utilizando las químicas verdes Taqman o SYBR para los análisis de casos y controles en 1.000 individuos brasileños. Buscamos evidencia de interacción gen-gen entre IRF6 y TGFA al probar si los marcadores asociados con CL/P se sobretransmitieron juntos en el conjunto de datos brasileños de casos y controles y en los conjuntos de datos familiares adicionales. Los genotipos para 142 tríos adicionales de padres de casos de América del Sur extraídos del Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas (ECLAMC), 154 casos de Letonia y 8,717 individuos de varias cohortes estuvieron disponibles para la replicación de pruebas de interacción. La expresión de Tgfa e Irf6 en etapas críticas durante la palatogénesis se analizó en ratones de tipo salvaje e inactivados para Irf6. Los marcadores en y cerca de IRF6 y TGFA se asociaron con CL/P en la cohorte brasileña (p<10(-6)). IRF6 también se asoció con paladar hendido (PC) con impactación de dientes permanentes (p<10(-6)). Se encontró evidencia estadística de interacción entre IRF6 y TGFA en todos los conjuntos de datos (p = 0.013 para brasileños; p = 0.046 para ECLAMC; p = 10(-6) para letones y p = 0.003 para los 8,717 individuos). Tgfa no se expresó en los tejidos palatinos de ratones knockout Irf6. IRF6 y TGFA contribuyen a subconjuntos de CL/P con anomalías dentales específicas. Además, esta posible interacción IRF6-TGFA puede representar entre el 1% y el 10% de los casos de CL/P. El modelo Irf6-knockout respalda aún más la evidencia de la interacción IRF6-TGFA encontrada en humanos.

Files

journal.pone.0045441&type=printable.pdf

Files (2.8 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1f42cd61e67c9f78a6e64e6cc287a786
2.8 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
يساهم التفاعل بين جينات IRF6 و TGFA في خطر الشفة/الحنك المشقوق غير المتلازم
Translated title (French)
L'interaction entre les gènes IRF6 et TGFA contribue au risque de fente labiale/palatine non syndromique
Translated title (Spanish)
La interacción entre los genes IRF6 y TGFA contribuye al riesgo de labio/paladar hendido no sindrómico

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2103376473
DOI
10.1371/journal.pone.0045441

Is supplement to
https://openalex.org/W4389568370 (Other)
https://openalex.org/W3108674512 (Other)
https://openalex.org/W3032375762 (Other)
https://openalex.org/W3031052312 (Other)
https://openalex.org/W2748952813 (Other)
https://openalex.org/W2586801360 (Other)
https://openalex.org/W2080531066 (Other)
https://openalex.org/W1995515455 (Other)
https://openalex.org/W1506200166 (Other)
https://openalex.org/W1489783725 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1690786713
  • https://openalex.org/W1953501928
  • https://openalex.org/W1964690949
  • https://openalex.org/W1973128756
  • https://openalex.org/W1974231837
  • https://openalex.org/W1976674530
  • https://openalex.org/W1978877391
  • https://openalex.org/W1986075586
  • https://openalex.org/W1992008273
  • https://openalex.org/W1995038592
  • https://openalex.org/W1998186185
  • https://openalex.org/W1998225732
  • https://openalex.org/W1999697803
  • https://openalex.org/W2000854021
  • https://openalex.org/W2004986482
  • https://openalex.org/W2006398652
  • https://openalex.org/W2012301024
  • https://openalex.org/W2012967567
  • https://openalex.org/W2014348387
  • https://openalex.org/W2023204670
  • https://openalex.org/W2024841984
  • https://openalex.org/W2034883364
  • https://openalex.org/W2035108957
  • https://openalex.org/W2035757354
  • https://openalex.org/W2037482745
  • https://openalex.org/W2048296732
  • https://openalex.org/W2053753039
  • https://openalex.org/W2057551978
  • https://openalex.org/W2058019046
  • https://openalex.org/W2059543915
  • https://openalex.org/W2062746037
  • https://openalex.org/W2063477331
  • https://openalex.org/W2067960819
  • https://openalex.org/W2071336775
  • https://openalex.org/W2072211572
  • https://openalex.org/W2074344990
  • https://openalex.org/W2075369433
  • https://openalex.org/W2086879086
  • https://openalex.org/W2099739033
  • https://openalex.org/W2102395429
  • https://openalex.org/W2111719590
  • https://openalex.org/W2118145906
  • https://openalex.org/W2120767071
  • https://openalex.org/W2123921145
  • https://openalex.org/W2124268236
  • https://openalex.org/W2131036795
  • https://openalex.org/W2132340147
  • https://openalex.org/W2134609245
  • https://openalex.org/W2136562946
  • https://openalex.org/W2137948811
  • https://openalex.org/W2141426537
  • https://openalex.org/W2144911879
  • https://openalex.org/W2150656559
  • https://openalex.org/W2157974577
  • https://openalex.org/W2165724850
  • https://openalex.org/W2170873634
  • https://openalex.org/W2172423496
  • https://openalex.org/W2315295323
  • https://openalex.org/W2319479889
  • https://openalex.org/W41569835