Molecular marker-based species identification of carnivorous freshwater catfish (Wallago attu) from river Chenab, Pakistan
Creators
- 1. Bahauddin Zakariya University
- 2. University of Education
- 3. University of Okara
Description
DNA barcoding, one of several procedures for identification of organisms, is an effective way to identify fish species. DNA-based identification is reliable and accurate to characterize an organism at different stages of its life cycle. Several reference libraries were used to link species by adding data to report species. For the sequencing of undetermined species, a customized primer was used. An unknown specimen was identified using a cytochrome c oxidase 1 primer. In this study, cytochrome c oxidase subunit 1 was used to identify Wallago attu at the molecular level. After sequencing, the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 gene was fragmented into 380 base pair pieces. A molecular-based identification approach, which comprised a neighbor-joining tree to estimate divergence, was used in addition to morphological identification to identify and authenticate the species under investigation. The COI barcodes were morphologically identified and matched with reference sequences of anticipated species. The GenBank databases received species reports with the entry number MT476360. The study's findings suggested that DNA barcoding is a viable and successful method for fish identification and for establishing a reliable DNA barcode reference library for these species.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
يعد الترميز الشريطي للحمض النووي، وهو أحد الإجراءات العديدة لتحديد الكائنات الحية، طريقة فعالة لتحديد أنواع الأسماك. تحديد الهوية القائم على الحمض النووي موثوق ودقيق لوصف الكائن الحي في مراحل مختلفة من دورة حياته. تم استخدام العديد من المكتبات المرجعية لربط الأنواع عن طريق إضافة بيانات للإبلاغ عن الأنواع. بالنسبة لتسلسل الأنواع غير المحددة، تم استخدام كتاب تمهيدي مخصص. تم تحديد عينة غير معروفة باستخدام السيتوكروم c أوكسيديز 1 التمهيدي. في هذه الدراسة، تم استخدام السيتوكروم ج أوكسيديز الوحدة الفرعية 1 لتحديد والاجو أتو على المستوى الجزيئي. بعد التسلسل، تم تجزئة جين السيتوكروم سي أوكسيديز الفرعي 1 للميتوكوندريا إلى 380 قطعة زوج قاعدية. تم استخدام نهج تحديد الهوية الجزيئي، الذي يتألف من شجرة مجاورة لتقدير الاختلاف، بالإضافة إلى التحديد المورفولوجي لتحديد وتوثيق الأنواع قيد التحقيق. تم تحديد الباركود الخاص بـ COI من الناحية الشكلية ومطابقته مع التسلسلات المرجعية للأنواع المتوقعة. تلقت قواعد بيانات GenBank تقارير الأنواع برقم الإدخال MT476360. أشارت نتائج الدراسة إلى أن الترميز الشريطي للحمض النووي هو طريقة قابلة للتطبيق وناجحة لتحديد هوية الأسماك وإنشاء مكتبة مرجعية موثوقة للرمز الشريطي للحمض النووي لهذه الأنواع.Translated Description (French)
Le codage à barres de l'ADN, l'une des nombreuses procédures d'identification des organismes, est un moyen efficace d'identifier les espèces de poissons. L'identification basée sur l'ADN est fiable et précise pour caractériser un organisme à différentes étapes de son cycle de vie. Plusieurs bibliothèques de référence ont été utilisées pour lier les espèces en ajoutant des données aux espèces déclarées. Pour le séquençage d'espèces indéterminées, une amorce personnalisée a été utilisée. Un échantillon inconnu a été identifié à l'aide d'une amorce cytochrome c oxydase 1. Dans cette étude, la sous-unité 1 de la cytochrome c oxydase a été utilisée pour identifier Wallago attu au niveau moléculaire. Après séquençage, le gène de la sous-unité 1 de la cytochrome c oxydase mitochondriale a été fragmenté en 380 morceaux de paires de bases. Une approche d'identification moléculaire, qui comprenait un arbre voisin pour estimer la divergence, a été utilisée en plus de l'identification morphologique pour identifier et authentifier l'espèce étudiée. Les codes-barres COI ont été identifiés morphologiquement et appariés avec des séquences de référence d'espèces anticipées. Les bases de données GenBank ont reçu des rapports d'espèces portant le numéro d'entrée MT476360. Les résultats de l'étude suggèrent que le codage à barres d'ADN est une méthode viable et réussie pour l'identification des poissons et pour l'établissement d'une bibliothèque de référence de codes à barres d'ADN fiable pour ces espèces.Translated Description (Spanish)
El código de barras de ADN, uno de los varios procedimientos para la identificación de organismos, es una forma efectiva de identificar especies de peces. La identificación basada en el ADN es fiable y precisa para caracterizar un organismo en diferentes etapas de su ciclo de vida. Se utilizaron varias bibliotecas de referencia para vincular especies mediante la adición de datos para informar especies. Para la secuenciación de especies indeterminadas, se utilizó un cebador personalizado. Se identificó una muestra desconocida utilizando un cebador de citocromo c oxidasa 1. En este estudio, se utilizó la subunidad 1 de la citocromo c oxidasa para identificar Wallago attu a nivel molecular. Después de la secuenciación, el gen de la subunidad 1 de la citocromo c oxidasa mitocondrial se fragmentó en piezas de 380 pares de bases. Se utilizó un enfoque de identificación molecular, que comprendía un árbol de unión de vecinos para estimar la divergencia, además de la identificación morfológica para identificar y autenticar las especies bajo investigación. Los códigos de barras COI se identificaron morfológicamente y se emparejaron con secuencias de referencia de especies previstas. Las bases de datos de GenBank recibieron informes de especies con el número de entrada MT476360. Los hallazgos del estudio sugirieron que el código de barras de ADN es un método viable y exitoso para la identificación de peces y para establecer una biblioteca de referencia de código de barras de ADN confiable para estas especies.Files
92.pdf
Files
(881.7 kB)
Name | Size | Download all |
---|---|---|
md5:07662b0091edc3ce936170007ae20e73
|
881.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحديد الأنواع الجزيئية القائمة على العلامات لسمك السلور آكل اللحوم في المياه العذبة (Wallago attu) من نهر Chenab، باكستان
- Translated title (French)
- Identification d'espèces basées sur des marqueurs moléculaires de poissons-chats carnivores d'eau douce (Wallago attu) de la rivière Chenab, Pakistan
- Translated title (Spanish)
- Identificación de especies basadas en marcadores moleculares de bagre carnívoro de agua dulce (Wallago attu) del río Chenab, Pakistán
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4392030427
- DOI
- 10.56612/ijaaeb.v1i1.79
References
- https://openalex.org/W1479995954
- https://openalex.org/W1597513762
- https://openalex.org/W1964138333
- https://openalex.org/W1966474518
- https://openalex.org/W2018812340
- https://openalex.org/W2037657860
- https://openalex.org/W2056315504
- https://openalex.org/W2065461553
- https://openalex.org/W2078159322
- https://openalex.org/W2097706568
- https://openalex.org/W2136911182
- https://openalex.org/W2139447059
- https://openalex.org/W2171405751
- https://openalex.org/W2276698468
- https://openalex.org/W2523841394
- https://openalex.org/W2974221766
- https://openalex.org/W3044751948
- https://openalex.org/W3045713212
- https://openalex.org/W4321095464
- https://openalex.org/W4378448581