Published August 2, 2023 | Version v1
Publication Open

Clinical neutrophil-related gene helps treat bladder urothelial carcinoma

Creators

  • 1. Shenzhen Second People's Hospital
  • 2. Fifth Affiliated Hospital of Zhengzhou University
  • 3. Peking University First Hospital
  • 4. Peking University
  • 5. Shenzhen University Health Science Center

Description

Abstract Objectives Most researches have shown that neutrophils are closely related to bladder urothelial carcinoma (BLCA), especially its occurrence and development. Although tumor microenvironment (TME) related genes have an impact on prognosis, the role of neutrophil related genes in BLCA adjuvant therapy is not clear. Methods We used sample information from The Cancer Genome Atlas and Gene Expression Omnibus (GEO) databases. And we utilized the CIBERSORT algorithm to obtain the tumor immune microenvironment (TIME) landscape and weighted gene co-expression network analysis (WCGNA) to detect neutrophil-related gene modules. We used univariate Cox regression, multivariate Cox regression, and lasso regression analyses to identify genes that have a relationship with BLCA prognosis. Using the median risk score (RS), we classified the cohort into a high-risk group (HRG) and low-risk group (LRG). External validation of RS was performed via GEO data feeds. Prognostic nomograms were constructed with reference to RS and clinically relevant information and validated using calibration curves. We analyzed the latent connections between RS and tumor mutational burden. Finally, the latent associations between risk markers and chemotherapy prognosis were explored using the pRRophetic algorithm. Results In this study, 10 TME-related genes with important prognostic value were screened. Then, by deriving the RS, we constructed a prognostic risk prediction nomogram using parameters such as sex, age, TNM stage, clinical stage, and RS. The area under the receiver operating characteristic curve showed that the predictive accuracy of the constructed nomogram was high. We found that using immunotherapy with new immune checkpoint inhibitors (ICIs) was more beneficial for patients in the LRG. In addition, we can learn from the chemotherapeutic drug model that patients with LRG are more sensitive to cisplatin and imatinib. Conclusions In short, the prognostic prediction model based on neutrophil-related genes will help to predict the prognosis and guide the precise treatment of BLCA.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الأهداف المجردة أظهرت معظم الأبحاث أن العدلات ترتبط ارتباطًا وثيقًا بسرطان المثانة الظهاري (BLCA)، وخاصة حدوثه وتطوره. على الرغم من أن الجينات المرتبطة بالبيئة الدقيقة للورم (TME) لها تأثير على التشخيص، إلا أن دور الجينات المرتبطة بالعدلات في العلاج المساعد لـ BLCA غير واضح. الطرق استخدمنا معلومات العينة من قواعد بيانات أطلس جينوم السرطان والتعبير الجيني الجامع (GEO). واستخدمنا خوارزمية CIBERSORT للحصول على مشهد البيئة الدقيقة المناعية للورم (TIME) وتحليل شبكة التعبير المشترك عن الجينات المرجحة (WCGNA) للكشف عن وحدات الجينات المرتبطة بالعدلات. استخدمنا انحدار كوكس أحادي المتغير، وانحدار كوكس متعدد المتغيرات، وتحليلات انحدار اللاسو لتحديد الجينات التي لها علاقة بتشخيص BLCA. باستخدام متوسط درجة المخاطر (RS)، قمنا بتصنيف المجموعة إلى مجموعة عالية المخاطر (HRG) ومجموعة منخفضة المخاطر (LRG). تم إجراء التحقق الخارجي من صحة رس عبر خلاصات البيانات الجغرافية. تم إنشاء مخططات التسمية التنبؤية بالرجوع إلى RS والمعلومات ذات الصلة سريريًا والتحقق من صحتها باستخدام منحنيات المعايرة. قمنا بتحليل الروابط الكامنة بين RS والعبء الطفري للورم. أخيرًا، تم استكشاف الارتباطات الكامنة بين علامات الخطر وتشخيص العلاج الكيميائي باستخدام خوارزمية pRRophetic. النتائج في هذه الدراسة، تم فحص 10 جينات مرتبطة بـ TME ذات قيمة تنبؤية مهمة. ثم، من خلال اشتقاق RS، أنشأنا مخططًا تنبؤيًا للتنبؤ بالمخاطر باستخدام معلمات مثل الجنس والعمر ومرحلة TNM والمرحلة السريرية و RS. أظهرت المنطقة الواقعة تحت منحنى خصائص تشغيل جهاز الاستقبال أن الدقة التنبؤية للرسم البياني الذي تم إنشاؤه كانت عالية. وجدنا أن استخدام العلاج المناعي مع مثبطات نقاط التفتيش المناعية الجديدة كان أكثر فائدة للمرضى في LRG. بالإضافة إلى ذلك، يمكننا أن نتعلم من نموذج العلاج الكيميائي أن المرضى الذين يعانون من LRG أكثر حساسية للسيسبلاتين والإيماتينيب. باختصار، سيساعد نموذج التنبؤ التكهني القائم على الجينات المرتبطة بالعدلات في التنبؤ بالتكهن وتوجيه العلاج الدقيق لـ BLCA.

Translated Description (French)

Résumé Objectifs La plupart des recherches ont montré que les neutrophiles sont étroitement liés au carcinome urothélial de la vessie (BLCA), en particulier sa survenue et son développement. Bien que les gènes liés au microenvironnement tumoral (TME) aient un impact sur le pronostic, le rôle des gènes liés aux neutrophiles dans le traitement adjuvant par BLCA n'est pas clair. Méthodes Nous avons utilisé des échantillons d'informations provenant des bases de données The Cancer Genome Atlas et Gene Expression Omnibus (GEO). Et nous avons utilisé l'algorithme CIBERSORT pour obtenir le paysage du microenvironnement immunitaire tumoral (TIME) et l'analyse pondérée du réseau de co-expression génique (WCGNA) pour détecter les modules géniques liés aux neutrophiles. Nous avons utilisé la régression de Cox univariée, la régression de Cox multivariée et les analyses de régression lasso pour identifier les gènes qui ont une relation avec le pronostic BLCA. À l'aide du score de risque médian (RS), nous avons classé la cohorte dans un groupe à haut risque (HRG) et un groupe à faible risque (LRG). La validation externe de la RS a été effectuée via les flux de données GEO. Les nomogrammes de pronostic ont été construits en référence à la RS et aux informations cliniquement pertinentes et validés à l'aide de courbes d'étalonnage. Nous avons analysé les liens latents entre la RS et la charge mutationnelle tumorale. Enfin, les associations latentes entre les marqueurs de risque et le pronostic de la chimiothérapie ont été explorées à l'aide de l'algorithme pRRophetic. Résultats Dans cette étude, 10 gènes liés à l'EMT ayant une valeur pronostique importante ont été criblés. Ensuite, en dérivant la RS, nous avons construit un nomogramme de prédiction du risque pronostique en utilisant des paramètres tels que le sexe, l'âge, le stade TNM, le stade clinique et la RS. L'aire sous la courbe caractéristique de fonctionnement du récepteur a montré que la précision prédictive du nomogramme construit était élevée. Nous avons constaté que l'utilisation de l'immunothérapie avec de nouveaux inhibiteurs du point de contrôle immunitaire (ici) était plus bénéfique pour les patients du LRG. En outre, nous pouvons apprendre du modèle de médicament chimiothérapeutique que les patients atteints de LRG sont plus sensibles au cisplatine et à l'imatinib. Conclusions En bref, le modèle de prédiction pronostique basé sur les gènes liés aux neutrophiles aidera à prédire le pronostic et à guider le traitement précis de la BLCA.

Translated Description (Spanish)

Resumen Objetivos La mayoría de las investigaciones han demostrado que los neutrófilos están estrechamente relacionados con el carcinoma urotelial de vejiga (BLCA), especialmente su aparición y desarrollo. Aunque los genes relacionados con el microambiente tumoral (TME) tienen un impacto en el pronóstico, el papel de los genes relacionados con los neutrófilos en la terapia adyuvante con BLCA no está claro. Métodos Utilizamos información de muestra de las bases de datos The Cancer Genome Atlas y Gene Expression Omnibus (GEO). Y utilizamos el algoritmo CIBERSORT para obtener el panorama del microentorno inmunitario tumoral (TIEMPO) y el análisis de la red de coexpresión génica ponderada (WCGNA) para detectar módulos génicos relacionados con neutrófilos. Utilizamos la regresión de Cox univariante, la regresión de Cox multivariante y los análisis de regresión lazo para identificar los genes que tienen una relación con el pronóstico de BLCA. Utilizando la puntuación media de riesgo (RS), clasificamos la cohorte en un grupo de alto riesgo (HRG) y un grupo de bajo riesgo (LRG). La validación externa de RS se realizó a través de fuentes de datos GEO. Los nomogramas de pronóstico se construyeron con referencia a RS e información clínicamente relevante y se validaron utilizando curvas de calibración. Analizamos las conexiones latentes entre la RS y la carga mutacional tumoral. Finalmente, se exploraron las asociaciones latentes entre los marcadores de riesgo y el pronóstico de la quimioterapia utilizando el algoritmo pRRophetic. Resultados En este estudio, se examinaron 10 genes relacionados con TME con un valor pronóstico importante. Luego, al derivar la RS, construimos un nomograma de predicción de riesgo pronóstico utilizando parámetros como el sexo, la edad, el estadio TNM, el estadio clínico y la RS. El área bajo la curva característica operativa del receptor mostró que la precisión predictiva del nomograma construido era alta. Descubrimos que el uso de inmunoterapia con nuevos inhibidores de puntos de control inmunitario (ICI) era más beneficioso para los pacientes en el LRG. Además, podemos aprender del modelo de fármaco quimioterapéutico que los pacientes con LRG son más sensibles al cisplatino y al imatinib. Conclusiones En definitiva, el modelo de predicción pronóstica basado en genes relacionados con neutrófilos ayudará a predecir el pronóstico y orientar el tratamiento preciso del BLCA.

Files

pdf.pdf

Files (4.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:924c601f9899f27138e037da2f791611
4.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
يساعد الجين المرتبط بالعدلات السريرية في علاج سرطان الظهارة البولية للمثانة
Translated title (French)
Le gène clinique lié aux neutrophiles aide à traiter le carcinome urothélial de la vessie
Translated title (Spanish)
El gen clínico relacionado con los neutrófilos ayuda a tratar el carcinoma urotelial de vejiga

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4385446216
DOI
10.1515/oncologie-2023-0140

Is supplement to
https://openalex.org/W4233588653 (Other)
https://openalex.org/W4226494765 (Other)
https://openalex.org/W3124800575 (Other)
https://openalex.org/W3014240535 (Other)
https://openalex.org/W2911441101 (Other)
https://openalex.org/W2063908487 (Other)
https://openalex.org/W2004029742 (Other)
https://openalex.org/W1999313618 (Other)
https://openalex.org/W1993821226 (Other)
https://openalex.org/W1970018641 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1498250171
  • https://openalex.org/W1966327575
  • https://openalex.org/W2168597728
  • https://openalex.org/W2283284501
  • https://openalex.org/W2332342311
  • https://openalex.org/W2788142646
  • https://openalex.org/W2900082702
  • https://openalex.org/W2970814869
  • https://openalex.org/W2972700532
  • https://openalex.org/W2989121736
  • https://openalex.org/W2999606100
  • https://openalex.org/W3020469628
  • https://openalex.org/W3023288864
  • https://openalex.org/W3023872997
  • https://openalex.org/W3039484069
  • https://openalex.org/W3048201207
  • https://openalex.org/W3096815046
  • https://openalex.org/W3102493364
  • https://openalex.org/W3118141379
  • https://openalex.org/W3128831391
  • https://openalex.org/W3139440228
  • https://openalex.org/W3164781831
  • https://openalex.org/W3170905807
  • https://openalex.org/W3171207627
  • https://openalex.org/W3174538716
  • https://openalex.org/W3193599887
  • https://openalex.org/W4220881095
  • https://openalex.org/W4245083068
  • https://openalex.org/W4285499853
  • https://openalex.org/W4285600182
  • https://openalex.org/W4285731747
  • https://openalex.org/W4286716198