Published December 1, 2017 | Version v1
Publication Open

Structural and functional annotation of hypothetical proteins of human adenovirus: prioritizing the novel drug targets

Creators

  • 1. University of Central Punjab
  • 2. University of Gujrat

Description

Human adenoviruses are small double stranded DNA viruses that provoke vast array of human diseases. Next generation sequencing techniques increase genomic data of HAdV rapidly, which increase their serotypes. The complete genome sequence of human adenovirus shows that it contains large amount of proteins with unknown cellular or biochemical function, known as hypothetical proteins. Hence, it is indispensable to functionally and structurally annotate these proteins to get better understanding of the novel drug targets. The purpose was the characterization of 38 randomly retrieved hypothetical proteins through determination of their physiochemical properties, subcellular localization, function, structure and ligand binding sites using various sequence and structure based bioinformatics tools. Function of six hypothetical proteins P03269, P03261, P03263, Q83127, Q1L4D7 and I6LEV1 were predicted confidently and then used further for structure analysis. We found that these proteins may act as DNA terminal protein, DNA polymerase, DNA binding protein, adenovirus E3 region protein CR1 and adenoviral protein L1. Functional and structural annotation leading to detection of binding sites by means of docking analysis can indicate potential target for therapeutics to defeat adenoviral infection.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الفيروسات الغدية البشرية هي فيروسات حمض نووي صغيرة مزدوجة الجديلة تثير مجموعة واسعة من الأمراض البشرية. تزيد تقنيات التسلسل من الجيل التالي من البيانات الجينية لفيروس HAdV بسرعة، مما يزيد من أنماطها المصلية. يُظهر تسلسل الجينوم الكامل للفيروس الغدي البشري أنه يحتوي على كمية كبيرة من البروتينات ذات الوظيفة الخلوية أو الكيميائية الحيوية غير المعروفة، والمعروفة باسم البروتينات الافتراضية. وبالتالي، لا غنى عن التعليق التوضيحي لهذه البروتينات وظيفيًا وهيكليًا للحصول على فهم أفضل لأهداف الدواء الجديدة. كان الغرض من ذلك هو توصيف 38 بروتينًا افتراضيًا تم استردادها عشوائيًا من خلال تحديد خصائصها الكيميائية الفيزيائية، والتوطين تحت الخلوي، والوظيفة، والبنية، ومواقع ربط الترابط باستخدام العديد من أدوات المعلوماتية الحيوية القائمة على التسلسل والبنية. تم التنبؤ بوظيفة ستة بروتينات افتراضية P03269 و P03261 و P03263 و Q83127 و Q1L4D7 و I6LEV1 بثقة ثم استخدامها بشكل أكبر لتحليل الهيكل. وجدنا أن هذه البروتينات قد تعمل كبروتين نهائي للحمض النووي، وبوليميراز الحمض النووي، وبروتين ربط الحمض النووي، وبروتين منطقة الفيروس الغدي E3 CR1 وبروتين الفيروس الغدي L1. يمكن أن يشير التعليق التوضيحي الوظيفي والبنيوي الذي يؤدي إلى اكتشاف مواقع الربط عن طريق تحليل الالتحام إلى الهدف المحتمل للعلاجات لهزيمة العدوى بالفيروسات الغدية.

Translated Description (French)

Les adénovirus humains sont de petits virus à ADN double brin qui provoquent une vaste gamme de maladies humaines. Les techniques de séquençage de nouvelle génération augmentent rapidement les données génomiques de l'HAdV, ce qui augmente leurs sérotypes. La séquence complète du génome de l'adénovirus humain montre qu'il contient une grande quantité de protéines à fonction cellulaire ou biochimique inconnue, appelées protéines hypothétiques. Par conséquent, il est indispensable d'annoter fonctionnellement et structurellement ces protéines pour mieux comprendre les nouvelles cibles médicamenteuses. L'objectif était la caractérisation de 38 protéines hypothétiques extraites au hasard par la détermination de leurs propriétés physiochimiques, de leur localisation subcellulaire, de leur fonction, de leur structure et de leurs sites de liaison aux ligands à l'aide de divers outils bioinformatiques basés sur la séquence et la structure. La fonction de six protéines hypothétiques P03269, P03261, P03263, Q83127, Q1L4D7 et I6LEV1 a été prédite avec confiance, puis utilisée davantage pour l'analyse de la structure. Nous avons constaté que ces protéines peuvent agir comme protéine terminale d'ADN, ADN polymérase, protéine de liaison à l'ADN, protéine CR1 de la région E3 de l'adénovirus et protéine L1 de l'adénovirus. Une annotation fonctionnelle et structurelle conduisant à la détection des sites de liaison au moyen d'une analyse d'amarrage peut indiquer une cible potentielle pour les agents thérapeutiques permettant de vaincre l'infection adénovirale.

Translated Description (Spanish)

Los adenovirus humanos son pequeños virus de ADN bicatenario que provocan una amplia gama de enfermedades humanas. Las técnicas de secuenciación de próxima generación aumentan rápidamente los datos genómicos del HAdV, lo que aumenta sus serotipos. La secuencia completa del genoma del adenovirus humano muestra que contiene una gran cantidad de proteínas con función celular o bioquímica desconocida, conocidas como proteínas hipotéticas. Por lo tanto, es indispensable anotar funcional y estructuralmente estas proteínas para obtener una mejor comprensión de las nuevas dianas farmacológicas. El propósito fue la caracterización de 38 proteínas hipotéticas recuperadas aleatoriamente a través de la determinación de sus propiedades fisicoquímicas, localización subcelular, función, estructura y sitios de unión a ligandos utilizando diversas herramientas bioinformáticas basadas en secuencias y estructuras. La función de seis proteínas hipotéticas P03269, P03261, P03263, Q83127, Q1L4D7 e I6LEV1 se predijeron con confianza y luego se utilizaron adicionalmente para el análisis de la estructura. Encontramos que estas proteínas pueden actuar como proteína terminal de ADN, ADN polimerasa, proteína de unión a ADN, proteína CR1 de la región E3 de adenovirus y proteína adenoviral L1. La anotación funcional y estructural que conduce a la detección de sitios de unión por medio del análisis de acoplamiento puede indicar un objetivo potencial para que los agentes terapéuticos derroten la infección adenoviral.

Files

s13104-017-2992-z.pdf

Files (1.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:97fe70e438dbea7b52f9762bf66dbfe6
1.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الشرح الهيكلي والوظيفي للبروتينات الافتراضية للفيروس الغدي البشري: إعطاء الأولوية لأهداف الدواء الجديدة
Translated title (French)
Annotation structurelle et fonctionnelle des protéines hypothétiques de l'adénovirus humain : priorisation des nouvelles cibles médicamenteuses
Translated title (Spanish)
Anotación estructural y funcional de proteínas hipotéticas de adenovirus humanos: priorización de las nuevas dianas farmacológicas

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2775677409
DOI
10.1186/s13104-017-2992-z

Is supplement to
https://openalex.org/W3217434663 (Other)
https://openalex.org/W2480711475 (Other)
https://openalex.org/W2413630246 (Other)
https://openalex.org/W2409764530 (Other)
https://openalex.org/W2387241278 (Other)
https://openalex.org/W2182694331 (Other)
https://openalex.org/W2090672107 (Other)
https://openalex.org/W2021415888 (Other)
https://openalex.org/W2012034410 (Other)
https://openalex.org/W1802462578 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1536886974
  • https://openalex.org/W1585321831
  • https://openalex.org/W1919642295
  • https://openalex.org/W1966991202
  • https://openalex.org/W1972561263
  • https://openalex.org/W1976868395
  • https://openalex.org/W1987134040
  • https://openalex.org/W2005584853
  • https://openalex.org/W2009314870
  • https://openalex.org/W2009968404
  • https://openalex.org/W2020783477
  • https://openalex.org/W2022366078
  • https://openalex.org/W2029531342
  • https://openalex.org/W2031239680
  • https://openalex.org/W2044734766
  • https://openalex.org/W2045839655
  • https://openalex.org/W2052002049
  • https://openalex.org/W2055043387
  • https://openalex.org/W2057496513
  • https://openalex.org/W2064339383
  • https://openalex.org/W2067334831
  • https://openalex.org/W2068072987
  • https://openalex.org/W2090102101
  • https://openalex.org/W2096525273
  • https://openalex.org/W2097870001
  • https://openalex.org/W2100494857
  • https://openalex.org/W2102424043
  • https://openalex.org/W2102856132
  • https://openalex.org/W2105375220
  • https://openalex.org/W2108758729
  • https://openalex.org/W2131025898
  • https://openalex.org/W2141885858
  • https://openalex.org/W2144363281
  • https://openalex.org/W2147899637
  • https://openalex.org/W2148226810
  • https://openalex.org/W2152770371
  • https://openalex.org/W2159128192
  • https://openalex.org/W216476863
  • https://openalex.org/W2169743800
  • https://openalex.org/W2274559478
  • https://openalex.org/W2280346092
  • https://openalex.org/W2343738965
  • https://openalex.org/W2429003062
  • https://openalex.org/W2474401221
  • https://openalex.org/W2491851199
  • https://openalex.org/W2518034873
  • https://openalex.org/W2560024034
  • https://openalex.org/W2600514944
  • https://openalex.org/W2622288394
  • https://openalex.org/W4210400672
  • https://openalex.org/W4210561386
  • https://openalex.org/W4211054902
  • https://openalex.org/W4244606935
  • https://openalex.org/W4244736178