Published September 11, 2020 | Version v1
Publication Open

Proteomic and transcriptomic studies of BGC823 cells stimulated with Helicobacter pylori isolates from gastric MALT lymphoma

Creators

  • 1. Peking University
  • 2. National Institute for Communicable Disease Control and Prevention

Description

Background The correlation between the infection of H. pylori and the occurrence of gastric MALT lymphoma (GML) has been well documented. However, the mechanism of how GML is caused by this bacterium is not well understood, although some immunologic mechanisms are thought to be involved. Materials and methods In this study, we performed both transcriptomic and proteomic analyses on gastric cancer cells infected by H. pylori isolates from GML patients and the gastric ulcer strain 26695 to investigate the differentially expressed molecular signatures that were induced by GML isolates. Results Transcriptomic analyses revealed that the differentially expressed genes (DEGs) were mainly related to binding, catalytic activity, signal transducer activity, molecular transducer activity, nucleic acid binding transcription factor activity, and molecular function regulator. Fifteen pathways, including the Wnt signaling pathway, the mTOR signaling pathway, the NOD-like receptor signaling pathway and the Hippo signaling pathway, were revealed to be related to GML isolates. Proteomic analyses results showed that there were 116 differentially expressed proteins (DEPs). Most of these DEPs were associated with cancer, and 29 have been used as biomarkers for cancer diagnosis. We also found 63 upstream regulators that can inhibit or activate the expression of the DEPs. Combining the proteomic and transcriptomic analyses revealed 12 common pathways. This study provides novel insights into H. pylori-associated GML. The DEPs we found may be good candidates for GML diagnosis and treatment. Conclusions This study revealed specific pathways related to GML and potential biomarkers for GML diagnosis.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الخلفية تم توثيق العلاقة بين عدوى الملوية البوابية وحدوث سرطان الغدد الليمفاوية الشعيرية المعدي (GML) بشكل جيد. ومع ذلك، فإن آلية كيفية حدوث GML بسبب هذه البكتيريا ليست مفهومة جيدًا، على الرغم من أنه يُعتقد أن بعض الآليات المناعية متورطة. المواد والأساليب في هذه الدراسة، أجرينا كل من التحليلات النصية والبروتينية على خلايا سرطان المعدة المصابة بالبكتيريا الملوية البوابية المعزولة عن مرضى جي إم إل وسلالة قرحة المعدة 26695 للتحقيق في التواقيع الجزيئية التي تم التعبير عنها بشكل تفاضلي والتي تم حثها بواسطة عزلات جي إم إل. كشفت تحليلات Transcriptomic للنتائج أن الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي (DEGs) كانت مرتبطة بشكل أساسي بالربط، والنشاط التحفيزي، ونشاط محول الإشارة، ونشاط المحول الجزيئي، ونشاط عامل النسخ المرتبط بالحمض النووي، ومنظم الوظيفة الجزيئية. تم الكشف عن أن خمسة عشر مسارًا، بما في ذلك مسار إشارات WNT، ومسار إشارات mTOR، ومسار إشارات المستقبلات الشبيهة بـ NOD ومسار إشارات فرس النهر، مرتبطة بعزلات GML. أظهرت نتائج التحليلات البروتينية أن هناك 116 بروتينًا تم التعبير عنها بشكل تفاضلي (DEPs). ارتبطت معظم حالات الإصابة بالسرطان هذه بالسرطان، واستخدم 29 منها كمؤشرات حيوية لتشخيص السرطان. وجدنا أيضًا 63 منظمًا في مرحلة ما قبل الإنتاج يمكنها تثبيط أو تنشيط تعبير DEPs. كشف الجمع بين التحليلات البروتينية والنسخية عن 12 مسارًا شائعًا. تقدم هذه الدراسة رؤى جديدة حول GML المرتبط بـ H. pylori. قد يكون DEPs الذي وجدناه مرشحين جيدين لتشخيص وعلاج GML. الاستنتاجات كشفت هذه الدراسة عن مسارات محددة تتعلق بقائمة الرصد العالمية والمؤشرات الحيوية المحتملة لتشخيص قائمة الرصد العالمية.

Translated Description (French)

Contexte La corrélation entre l'infection par H. pylori et la survenue d'un lymphome gastrique du MALT (GML) a été bien documentée. Cependant, le mécanisme de la façon dont la GML est causée par cette bactérie n'est pas bien compris, bien que certains mécanismes immunologiques soient supposés être impliqués. Matériels et méthodes Dans cette étude, nous avons effectué des analyses transcriptomiques et protéomiques sur des cellules cancéreuses gastriques infectées par des isolats de H. pylori de patients GML et la souche d'ulcère gastrique 26695 pour étudier les signatures moléculaires exprimées différemment qui ont été induites par les isolats GML. Résultats Les analyses transcriptomiques ont révélé que les gènes exprimés différemment (DEG) étaient principalement liés à la liaison, à l'activité catalytique, à l'activité du transducteur de signal, à l'activité du transducteur moléculaire, à l'activité du facteur de transcription de liaison aux acides nucléiques et au régulateur de la fonction moléculaire. Quinze voies, y compris la voie de signalisation Wnt, la voie de signalisation mTOR, la voie de signalisation des récepteurs de type NOD et la voie de signalisation Hippo, se sont révélées être liées aux isolats GML. Les résultats des analyses protéomiques ont montré qu'il y avait 116 protéines exprimées différemment (DEP). La plupart de ces DEP étaient associés au cancer, et 29 ont été utilisés comme biomarqueurs pour le diagnostic du cancer. Nous avons également trouvé 63 régulateurs en amont qui peuvent inhiber ou activer l'expression des DEP. La combinaison des analyses protéomique et transcriptomique a révélé 12 voies communes. Cette étude fournit de nouvelles informations sur la GML associée à H. pylori. Les DEP que nous avons trouvés peuvent être de bons candidats pour le diagnostic et le traitement du GML. Conclusions Cette étude a révélé des voies spécifiques liées à la GML et des biomarqueurs potentiels pour le diagnostic de la GML.

Translated Description (Spanish)

Antecedentes La correlación entre la infección por H. pylori y la aparición de linfoma MALT gástrico (GML) ha sido bien documentada. Sin embargo, el mecanismo de cómo la GML es causada por esta bacteria no se entiende bien, aunque se cree que algunos mecanismos inmunológicos están involucrados. Materiales y métodos En este estudio, realizamos análisis transcriptómicos y proteómicos en células de cáncer gástrico infectadas por aislados de H. pylori de pacientes con GML y la cepa de úlcera gástrica 26695 para investigar las firmas moleculares expresadas diferencialmente que fueron inducidas por aislados de GML. Resultados Los análisis transcriptómicos revelaron que los genes expresados diferencialmente (DEG) estaban relacionados principalmente con la unión, la actividad catalítica, la actividad del transductor de señales, la actividad del transductor molecular, la actividad del factor de transcripción de unión a ácidos nucleicos y el regulador de la función molecular. Se reveló que quince vías, incluida la vía de señalización de Wnt, la vía de señalización de mTOR, la vía de señalización del receptor similar a NOD y la vía de señalización de Hippo, estaban relacionadas con los aislados de GML. Los resultados de los análisis proteómicos mostraron que había 116 proteínas expresadas diferencialmente (DEP). La mayoría de estos DEP se asociaron con el cáncer, y 29 se han utilizado como biomarcadores para el diagnóstico del cáncer. También encontramos 63 reguladores upstream que pueden inhibir o activar la expresión de los DEP. La combinación de los análisis proteómico y transcriptómico reveló 12 vías comunes. Este estudio proporciona información novedosa sobre la GML asociada a H. pylori. Los DEP que encontramos pueden ser buenos candidatos para el diagnóstico y tratamiento de GML. Conclusiones Este estudio reveló vías específicas relacionadas con GML y biomarcadores potenciales para el diagnóstico de GML.

Files

journal.pone.0238379&type=printable.pdf

Files (2.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:762ab1ba270149a2038aad0a3b90060b
2.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الدراسات البروتينية والنسخية لخلايا BGC823 المحفزة بعزل الملوية البوابية من سرطان الغدد الليمفاوية الشعيرية المعدي
Translated title (French)
Études protéomiques et transcriptomiques de cellules BGC823 stimulées avec des isolats d'Helicobacter pylori provenant du lymphome gastrique du MALT
Translated title (Spanish)
Estudios proteómicos y transcriptómicos de células BGC823 estimuladas con aislados de Helicobacter pylori del linfoma MALT GÁSTRICO

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3084618294
DOI
10.1371/journal.pone.0238379

Is supplement to
https://openalex.org/W4234806968 (Other)
https://openalex.org/W3148046299 (Other)
https://openalex.org/W2937181318 (Other)
https://openalex.org/W2543202296 (Other)
https://openalex.org/W2507081987 (Other)
https://openalex.org/W2365516742 (Other)
https://openalex.org/W2185064384 (Other)
https://openalex.org/W2165132828 (Other)
https://openalex.org/W2055808176 (Other)
https://openalex.org/W2013913094 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1596515083
  • https://openalex.org/W1968986989
  • https://openalex.org/W1978995008
  • https://openalex.org/W1983412451
  • https://openalex.org/W1983899802
  • https://openalex.org/W1988030973
  • https://openalex.org/W1998629918
  • https://openalex.org/W2005936003
  • https://openalex.org/W2017861332
  • https://openalex.org/W2024685248
  • https://openalex.org/W2036599253
  • https://openalex.org/W2037003203
  • https://openalex.org/W2047053776
  • https://openalex.org/W2048280438
  • https://openalex.org/W2058920498
  • https://openalex.org/W2060734762
  • https://openalex.org/W2065577704
  • https://openalex.org/W2084466277
  • https://openalex.org/W2102278945
  • https://openalex.org/W2108717988
  • https://openalex.org/W2111942462
  • https://openalex.org/W2121512031
  • https://openalex.org/W2124985265
  • https://openalex.org/W2127810485
  • https://openalex.org/W2146516445
  • https://openalex.org/W2150914127
  • https://openalex.org/W2150926065
  • https://openalex.org/W2153562609
  • https://openalex.org/W2154459623
  • https://openalex.org/W2159686118
  • https://openalex.org/W2169538920
  • https://openalex.org/W2170082645
  • https://openalex.org/W2181076728
  • https://openalex.org/W2184040894
  • https://openalex.org/W2262728316
  • https://openalex.org/W2395270023
  • https://openalex.org/W2501028979
  • https://openalex.org/W2623604157
  • https://openalex.org/W2662520946
  • https://openalex.org/W2738581806
  • https://openalex.org/W2744652301
  • https://openalex.org/W2758138488
  • https://openalex.org/W2766708643
  • https://openalex.org/W2803341045
  • https://openalex.org/W2899277408
  • https://openalex.org/W2901629689
  • https://openalex.org/W2911202465
  • https://openalex.org/W2913125566
  • https://openalex.org/W2921519668
  • https://openalex.org/W2950752846
  • https://openalex.org/W2982105993
  • https://openalex.org/W4237384222