Published December 1, 2023
| Version v1
Publication
In silico study of traditional Chinese medicinal compounds targeting alzheimer's disease amyloid beta-peptide (1–42)
Creators
- 1. SRM Institute of Science and Technology
- 2. Kyung Hee University
- 3. King Faisal University
Description
The objective of this study is to recognize the potential traditional Chinese medicinal compound by virtual screening and docking analysis for the amyloid-beta disaggregation mechanism on Alzheimer's disease management. The selected target PDB ID: 1IYT was retrieved from protein data bank database. By uploading an optimized target structure in iScreen virtual screening tool, traditional Chinese medicinal compounds were shortlisted based on scoring functions. The resulted three common compounds were subjected to druglikeness, ADMET prediction and Autodock Vina analysis using Molinspiration, pkCSM and PyRx tool respectively. By considering all the results obtained in filter analysis, the ligand sanggenol A was shortlisted. The energy minimized ligand sanggenol A structure was docked against the optimized amyloid-beta peptide solution structure using Autodock 4.2.6 software. The binding energies for ten conformations of docked sanggenol A - beta amyloid complex is reported. Among ten conformations, three topmost conformations having better binding energies are interpreted with hydrophobic, hydrophilic, pi-pi and pi-cation interactions. Based on these scientific evidences, in silico study approach concludes that sanggenol A as a promising lead candidate which can be carried out for the further preclinical and clinical studies to prove for the management of Alzheimer's disease.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الهدف من هذه الدراسة هو التعرف على المركب الطبي الصيني التقليدي المحتمل من خلال الفحص الافتراضي وتحليل الالتحام لآلية تصنيف الأميلويد بيتا حول إدارة مرض الزهايمر. تم استرداد معرف PDB المستهدف المحدد: 1IYT من قاعدة بيانات بنك بيانات البروتين. من خلال تحميل بنية مستهدفة محسنة في أداة الفحص الظاهري iScreen، تم إدراج المركبات الطبية الصينية التقليدية في القائمة المختصرة بناءً على وظائف التسجيل. تم إخضاع المركبات الثلاثة الشائعة الناتجة لتحليل الشذوذ الدوائي وتنبؤ ADMET و Autodock Vina باستخدام أداة Molinspiration و pkCSM و PyRx على التوالي. من خلال النظر في جميع النتائج التي تم الحصول عليها في تحليل المرشح، تم إدراج ligand sanggenol A في القائمة المختصرة. تم إرساء هيكل ligand sanggenol A المصغر للطاقة مقابل هيكل محلول ببتيد أميلويد بيتا الأمثل باستخدام برنامج Autodock 4.2.6. يتم الإبلاغ عن طاقات الربط لعشرة أشكال من سانجينول الراسي A - مركب بيتا أميلويد. من بين عشرة تشكيلات، يتم تفسير ثلاثة تشكيلات عليا لها طاقات ربط أفضل بتفاعلات مسعور، آلف للماء، بي بي وبي كاتيون. استنادًا إلى هذه الأدلة العلمية، يخلص نهج دراسة السيليكو إلى أن سانجينول أ كمرشح رئيسي واعد يمكن إجراؤه لمزيد من الدراسات قبل السريرية والسريرية لإثبات إدارة مرض الزهايمر.Translated Description (French)
L'objectif de cette étude est de reconnaître le composé médicinal traditionnel chinois potentiel par un dépistage virtuel et une analyse d'amarrage pour le mécanisme de désagrégation amyloïde-bêta sur la prise en charge de la maladie d'Alzheimer. L'ID PDB cible sélectionné : 1IYT a été extrait de la base de données de la banque de données de protéines. En téléchargeant une structure cible optimisée dans l'outil de dépistage virtuel iScreen, les composés médicinaux traditionnels chinois ont été présélectionnés en fonction des fonctions de notation. Les trois composés communs résultants ont été soumis à la pharmacovigilance, à la prédiction ADMET et à l'analyse Autodock Vina à l'aide de l'outil Molinspiration, pkCSM et PyRx respectivement. En considérant tous les résultats obtenus dans l'analyse du filtre, le ligand sanggénol A a été présélectionné. La structure de ligand de sanggénol A à énergie réduite a été ancrée contre la structure de solution de peptide bêta-amyloïde optimisée à l'aide du logiciel Autodock 4.2.6. Les énergies de liaison pour dix conformations du complexe sanggénol A - bêta-amyloïde amarré sont rapportées. Parmi les dix conformations, trois conformations supérieures ayant de meilleures énergies de liaison sont interprétées avec des interactions hydrophobes, hydrophiles, pi-pi et pi-cation. Sur la base de ces preuves scientifiques, l'approche de l'étude in silico conclut que le sanggénol A est un candidat principal prometteur qui peut être réalisé pour les autres études précliniques et cliniques visant à prouver la prise en charge de la maladie d'Alzheimer.Translated Description (Spanish)
El objetivo de este estudio es reconocer el potencial compuesto de la medicina tradicional china mediante el cribado virtual y el análisis de acoplamiento para el mecanismo de desagregación de beta-amiloide en el manejo de la enfermedad de Alzheimer. El ID de PDB objetivo seleccionado: 1IYT se recuperó de la base de datos del banco de datos de proteínas. Al cargar una estructura objetivo optimizada en la herramienta de detección virtual iScreen, los compuestos medicinales tradicionales chinos fueron preseleccionados en función de las funciones de puntuación. Los tres compuestos comunes resultantes se sometieron a farmacosimilitud, predicción ADMET y análisis Autodock Vina utilizando la herramienta Molinspiration, pkCSM y PyRx, respectivamente. Al considerar todos los resultados obtenidos en el análisis del filtro, el ligando sanggenol A fue preseleccionado. La estructura del ligando sanggenol A minimizada en energía se acopló contra la estructura de la solución de péptido beta-amiloide optimizada utilizando el software Autodock 4.2.6. Se informan las energías de unión para diez conformaciones del complejo sanggenol A - beta amiloide acoplado. Entre diez conformaciones, tres conformaciones más altas que tienen mejores energías de unión se interpretan con interacciones hidrófobas, hidrófilas, pi-pi y pi-cation. Con base en estas evidencias científicas, el enfoque de estudio in silico concluye que el sanggenol A es un candidato líder prometedor que se puede llevar a cabo para estudios preclínicos y clínicos adicionales para demostrar el manejo de la enfermedad de Alzheimer.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- في دراسة سيليكو للمركبات الطبية الصينية التقليدية التي تستهدف مرض الزهايمر أميلويد بيتا ببتيد (1–42)
- Translated title (French)
- Étude in silico de composés médicinaux traditionnels chinois ciblant le bêta-peptide amyloïde de la maladie d'Alzheimer (1–42)
- Translated title (Spanish)
- Estudio in silico de compuestos medicinales tradicionales chinos dirigidos al péptido beta amiloide de la enfermedad de Alzheimer (1–42)
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4388666265
- DOI
- 10.1016/j.chphi.2023.100383
References
- https://openalex.org/W1804923980
- https://openalex.org/W1964976889
- https://openalex.org/W1976666288
- https://openalex.org/W1994197804
- https://openalex.org/W2007249694
- https://openalex.org/W2009867031
- https://openalex.org/W2018769240
- https://openalex.org/W2026877322
- https://openalex.org/W2033356439
- https://openalex.org/W2033495141
- https://openalex.org/W2053152816
- https://openalex.org/W2053174787
- https://openalex.org/W2092252605
- https://openalex.org/W2105649494
- https://openalex.org/W2120717592
- https://openalex.org/W2122814674
- https://openalex.org/W2146211839
- https://openalex.org/W2147834635
- https://openalex.org/W2169678694
- https://openalex.org/W2596967965
- https://openalex.org/W2605753235
- https://openalex.org/W2914841703
- https://openalex.org/W2940819419
- https://openalex.org/W3039367934
- https://openalex.org/W3183672415
- https://openalex.org/W4225163479
- https://openalex.org/W4242372416
- https://openalex.org/W4283211880
- https://openalex.org/W4292814071
- https://openalex.org/W4385248791