Published May 4, 2015 | Version v1
Publication Open

Prevalence of Thymine—Adenine Dinucleotide Repeat, IL28B and IFNL4 in Thai Population and Correlation with Spontaneous Clearance and Treatment Outcome of Hepatitis C Infection

Creators

  • 1. Ho Chi Minh City Medicine and Pharmacy University
  • 2. Chulalongkorn University

Description

The interleukin-28B (IL28B) gene polymorphism is a strong baseline predictor of sustained virological response (SVR) in hepatitis C virus (HCV) treatment. The length of thymine--adenine dinucleotide repeats, or (TA)n, in the regulatory region of IL28B can affect interferon transcription. In order to determine predictive values in HCV infection, we explored the correlation among factors including (TA)n genotypes, clinical features, interferon-λ-3 (IFNL3) and interferon-λ-4 (IFNL4) polymorphisms, and HCV treatment outcome.Sera from 492 patients with chronic HCV infection, 101 individuals with spontaneous HCV clearance and 123 healthy blood donors (control group) were analyzed. Genotyping of the (TA)n was performed by direct sequencing. The rs12979860 (IFNL3) was identified using nested PCR and sequencing, while ss469415590 (IFNL4) was identified by real-time PCR.The distribution of (TA)n was similar between individuals with spontaneous HCV clearance and chronic HCV infection, but differed significantly from healthy controls. Individuals with both (TA)n alleles ≥ 12 had significantly higher SVR rate compared to individuals with at least one (TA)n <12 allele. This strong correlation was seen for patients infected with HCV-1, HCV-3, and HCV-6. The (TA)n genotypes were not associated with HCV viral load, ALT levels and liver stiffness, but were correlated with platelet counts (p<0.001). In contrast, rs12979860 (CC) and ss469415590 (TT/TT) genotypes were associated with higher SVR rated only in patients with HCV-1.The (TA)n genotypes were not associated with spontaneous clearance of HCV infection but associated with treatment response in patients infected with HCV-1, HCV-3 and HCV-6. In contrast, IFNL3 and IFNL4 polymorphisms were predictive of treatment outcome only for patients infected with HCV-1.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعد تعدد أشكال جين إنترلوكين-28 B (IL28B) مؤشرًا أساسيًا قويًا للاستجابة الفيروسية المستدامة (SVR) في علاج فيروس التهاب الكبد الوبائي (HCV). يمكن أن يؤثر طول تكرار ثنائي نوكليوتيد الثيمين - الأدينين، أو (TA)n، في المنطقة التنظيمية لـ IL28B على نسخ الإنترفيرون. من أجل تحديد القيم التنبؤية في عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي، استكشفنا العلاقة بين العوامل بما في ذلك الأنماط الجينية (TA)، والسمات السريرية، وتعدد أشكال الإنترفيرون λ -3 (IFNL3) والإنترفيرون λ -4 (IFNL4)، ونتائج علاج فيروس التهاب الكبد الوبائي. تم تحليل 492 مريضًا يعانون من عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي المزمن، و 101 فردًا لديهم تصفية تلقائية لفيروس التهاب الكبد الوبائي و 123 متبرعًا بالدم السليم (مجموعة التحكم). تم إجراء التنميط الجيني لـ (TA)n عن طريق التسلسل المباشر. تم تحديد rs12979860 (IFNL3) باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل المتداخل والتسلسل، في حين تم تحديد ss469415590 (IFNL4) عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي. كان توزيع (TA)n متشابهًا بين الأفراد المصابين بالتخليص التلقائي لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي والعدوى المزمنة بفيروس التهاب الكبد الوبائي سي، ولكنه اختلف بشكل كبير عن الضوابط الصحية. كان لدى الأفراد الذين لديهم أليلات (TA)n ≥ 12 معدل استجابة صوتية أعلى بكثير مقارنة بالأفراد الذين لديهم أليل واحد على الأقل (TA)n <12. شوهد هذا الارتباط القوي للمرضى المصابين بفيروس التهاب الكبد الوبائي (HCV -1) وفيروس التهاب الكبد الوبائي (HCV -3) وفيروس التهاب الكبد الوبائي (HCV -6). لم ترتبط الأنماط الجينية (TA)بالحمل الفيروسي لـ HCV ومستويات ALT وتصلب الكبد، ولكنها كانت مرتبطة بعدد الصفائح الدموية (p<0.001). في المقابل، ارتبطت الأنماط الجينية rs12979860 (CC) و ss469415590 (TT/TT) بتصنيف SVR أعلى فقط في المرضى الذين يعانون من HCV -1. لم ترتبط الأنماط الجينية (TA) بالتخلص التلقائي من عدوى HCV ولكنها ارتبطت باستجابة العلاج في المرضى المصابين بـ HCV -1 و HCV -3 و HCV -6. في المقابل، كان تعدد الأشكال IFNL3 و IFNL4 تنبؤًا بنتائج العلاج فقط للمرضى المصابين بفيروس التهاب الكبد C -1.

Translated Description (French)

Le polymorphisme du gène de l'interleukine-28B (IL28B) est un puissant prédicteur de base de la réponse virologique soutenue (RVS) dans le traitement du virus de l'hépatite C (VHC). La longueur des répétitions thymine-adénine dinucléotide, ou (TA)n, dans la région régulatrice de l'IL28B peut affecter la transcription de l'interféron. Afin de déterminer les valeurs prédictives de l'infection par le VHC, nous avons exploré la corrélation entre les facteurs, y compris les génotypes (TA)n, les caractéristiques cliniques, les polymorphismes de l'interféron-λ-3 (IFNL3) et de l'interféron-λ-4 (IFNL4) et les résultats du traitement contre le VHC. Sera de 492 patients atteints d'une infection chronique par le VHC, 101 personnes avec une clairance spontanée du VHC et 123 donneurs de sang sains (groupe témoin) ont été analysés. Le génotypage du (TA)n a été réalisé par séquençage direct. Le rs12979860 (IFNL3) a été identifié par PCR et séquençage imbriqués, tandis que le ss469415590 (IFNL4) a été identifié par PCR en temps réel. La distribution de (TA)n était similaire entre les individus présentant une clairance spontanée du VHC et une infection chronique par le VHC, mais différait significativement des témoins sains. Les individus avec les deux allèles (TA)n ≥ 12 avaient un taux de RVS significativement plus élevé par rapport aux individus avec au moins un allèle (TA)n <12. Cette forte corrélation a été observée chez les patients infectés par le VHC-1, le VHC-3 et le VHC-6. Les génotypes (TA)n n'étaient pas associés à la charge virale du VHC, aux taux d'ALAT et à la rigidité hépatique, mais étaient corrélés à la numération plaquettaire (p<0,001). En revanche, les génotypes rs12979860 (CC) et ss469415590 (TT/TT) étaient associés à une RVS plus élevée évaluée uniquement chez les patients atteints du VHC-1. Les génotypes (TA)n n'étaient pas associés à la clairance spontanée de l'infection par le VHC, mais associés à la réponse au traitement chez les patients infectés par le VHC-1, le VHC-3 et le VHC-6. En revanche, les polymorphismes IFNL3 et IFNL4 n'étaient prédictifs du résultat du traitement que pour les patients infectés par le VHC-1.

Translated Description (Spanish)

El polimorfismo del gen de la interleucina-28B (IL28B) es un fuerte predictor basal de la respuesta virológica sostenida (RVS) en el tratamiento del virus de la hepatitis C (VHC). La longitud de las repeticiones de dinucleótidos timina-adenina, o (TA)n, en la región reguladora de IL28B puede afectar la transcripción del interferón. Para determinar los valores predictivos en la infección por VHC, exploramos la correlación entre factores que incluyen genotipos (TA)n, características clínicas, polimorfismos de interferón-λ-3 (IFNL3) e interferón-λ-4 (IFNL4) y el resultado del tratamiento del VHC. Se analizaron los sueros de 492 pacientes con infección crónica por VHC, 101 individuos con eliminación espontánea del VHC y 123 donantes de sangre sanos (grupo de control). El genotipado de (TA)n se realizó mediante secuenciación directa. El rs12979860 (IFNL3) se identificó mediante PCR anidada y secuenciación, mientras que el ss469415590 (IFNL4) se identificó mediante PCR en tiempo real. La distribución de (TA)n fue similar entre los individuos con eliminación espontánea del VHC e infección crónica por VHC, pero difirió significativamente de los controles sanos. Los individuos con ambos alelos (TA)n ≥ 12 tuvieron una tasa de RVS significativamente mayor en comparación con los individuos con al menos un alelo (TA)n <12. Esta fuerte correlación se observó en pacientes infectados con VHC-1, VHC-3 y VHC-6. Los genotipos (TA)n no se asociaron con la carga viral del VHC, los niveles de ALT y la rigidez hepática, pero se correlacionaron con los recuentos de plaquetas (p<0,001). Por el contrario, los genotipos rs12979860 (CC) y ss469415590 (TT/TT) se asociaron con una mayor SVR solo en pacientes con VHC-1. Los genotipos (TA)n no se asociaron con la eliminación espontánea de la infección por VHC, sino que se asociaron con la respuesta al tratamiento en pacientes infectados con VHC-1, VHC-3 y VHC-6. Por el contrario, los polimorfismos de IFNL3 e IFNL4 fueron predictivos del resultado del tratamiento solo para pacientes infectados con VHC-1.

Files

journal.pone.0125400&type=printable.pdf

Files (1.9 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:45f22aec81872782c8e5c690e605f44f
1.9 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
انتشار تكرار ثايمين- أدينين ثنائي النوكليوتيد، IL28B و IFNL4 في السكان التايلانديين والارتباط بالتخليص التلقائي ونتائج علاج عدوى التهاب الكبد الوبائي C
Translated title (French)
Prévalence de la répétition du dinucléotide thymine-adénine, IL28B et IFNL4 dans la population thaïlandaise et corrélation avec la clairance spontanée et les résultats du traitement de l'infection par l'hépatite C
Translated title (Spanish)
Prevalencia de la repetición del dinucleótido timina-adenina, IL28B e IFNL4 en la población tailandesa y correlación con el aclaramiento espontáneo y el resultado del tratamiento de la infección por hepatitis C

Identifiers

Other
https://openalex.org/W241424534
DOI
10.1371/journal.pone.0125400

Is supplement to
https://openalex.org/W284243383 (Other)
https://openalex.org/W2526312575 (Other)
https://openalex.org/W2463477745 (Other)
https://openalex.org/W2394359576 (Other)
https://openalex.org/W2377518790 (Other)
https://openalex.org/W2349105149 (Other)
https://openalex.org/W2153333932 (Other)
https://openalex.org/W2110395692 (Other)
https://openalex.org/W1966676395 (Other)
https://openalex.org/W1911438026 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W1483063718
  • https://openalex.org/W1551592846
  • https://openalex.org/W1881009043
  • https://openalex.org/W1899609583
  • https://openalex.org/W1953239592
  • https://openalex.org/W1968878988
  • https://openalex.org/W1985473671
  • https://openalex.org/W1985559432
  • https://openalex.org/W2007736853
  • https://openalex.org/W2014703882
  • https://openalex.org/W2017013905
  • https://openalex.org/W2022687771
  • https://openalex.org/W2026614040
  • https://openalex.org/W2027545702
  • https://openalex.org/W2058538904
  • https://openalex.org/W2059538878
  • https://openalex.org/W2059634584
  • https://openalex.org/W2063285149
  • https://openalex.org/W2075282196
  • https://openalex.org/W2086409213
  • https://openalex.org/W2086414517
  • https://openalex.org/W2096295746
  • https://openalex.org/W2104688763
  • https://openalex.org/W2107830237
  • https://openalex.org/W2125963799
  • https://openalex.org/W2127685726
  • https://openalex.org/W2158704815
  • https://openalex.org/W2986316048