Published November 7, 2017 | Version v1
Publication Open

New variant identified in major susceptibility locus to tuberculosis on chromosomal region 8q12-q13 in Moroccan population: a case control study

Creators

  • 1. Mohammed V University
  • 2. Hôpital El Ayachi
  • 3. Hassan II Academy of Science and Technology

Description

Tuberculosis (TB) remains a global health problem. Several studies have implicated genetic host factors in predisposing populations to TB disease. In this study, we have selected NSMAF (Neutral Sphingomyelinase Activation Associated Factor) as a candidate gene to evaluate its level of association with TB disease in a Moroccan population for two reasons: first, this gene is located in a major susceptibility locus on chromosomal region 8q12-q13 in the Moroccan population, closely linked to the CYP7A1 gene, which was previously shown to be associated with TB disease; second, NSMAF has an important role in immune system function.We conducted a case-control study including 269 genomic DNA samples extracted from pulmonary TB (PTB) patients and healthy controls (HC). We genotyped three selected SNPs (rs2228505, rs36067275 and rs10505004) using TaqMan® allelic discrimination assays.Only the rs1050504 C > T genotype was observed to be significantly associated with an increased risk for developing pulmonary TB (41.8% vs 27%, OR 1.95, 95% CI 1.16-3.27; p = 0.01). In contrast, the TT genotype was significantly associated with resistance to PTB (4.1% vs 15.6%, OR 0.23, 95% CI 0.08-0.63; p = 0.002).Our findings suggest that genetic variations in the NSMAF gene could modulate the risk of PTB development in a Moroccan population. Further functional studies are needed to confirm these findings.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لا يزال السل يمثل مشكلة صحية عالمية. وقد تورطت العديد من الدراسات في عوامل المضيف الوراثية في تأهب السكان لمرض السل. في هذه الدراسة، اخترنا NSMAF (العامل المرتبط بتنشيط السفينغوميليناز المحايد) كجين مرشح لتقييم مستوى ارتباطه بمرض السل لدى السكان المغاربة لسببين: أولاً، يقع هذا الجين في موضع حساسية رئيسي في المنطقة الكروموسومية 8q12 - q13 في السكان المغاربة، ويرتبط ارتباطًا وثيقًا بجين CYP7A1، الذي ثبت سابقًا أنه مرتبط بمرض السل ؛ ثانيًا، تلعب NSMAF دورًا مهمًا في وظيفة الجهاز المناعي. أجرينا دراسة مراقبة الحالة بما في ذلك 269 عينة من الحمض النووي الجيني المستخرج من مرضى السل الرئوي (PTB) والضوابط الصحية (HC). لقد قمنا بنمط وراثي لثلاثة SNPs مختارة (rs2228505 و rs36067275 و rs10505004) باستخدام فحوصات التمييز الأليلي TaqMan®. لوحظ فقط أن النمط الجيني rs1050504 C > T مرتبط بشكل كبير بزيادة خطر الإصابة بالسل الرئوي (41.8 ٪ مقابل 27 ٪، أو 1.95، 95 ٪ CI 1.16-3.27 ؛ p = 0.01). في المقابل، ارتبط النمط الجيني لـ TT بشكل كبير بمقاومة PTB (4.1 ٪ مقابل 15.6 ٪، أو 0.23، 95 ٪ CI 0.08-0.63 ؛ p = 0.002). تشير نتائجنا إلى أن الاختلافات الجينية في جين NSMAF يمكن أن تعدل خطر تطور PTB لدى السكان المغاربة. هناك حاجة إلى مزيد من الدراسات الوظيفية لتأكيد هذه النتائج.

Translated Description (French)

La tuberculose (TB) reste un problème de santé mondial. Plusieurs études ont impliqué des facteurs génétiques de l'hôte dans la prédisposition des populations à la tuberculose. Dans cette étude, nous avons sélectionné le NSMAF (Neutral Sphingomyelinase Activation Associated Factor) comme gène candidat pour évaluer son niveau d'association avec la maladie tuberculeuse dans une population marocaine pour deux raisons : premièrement, ce gène est situé dans un locus de susceptibilité majeur sur la région chromosomique 8q12-q13 dans la population marocaine, étroitement lié au gène CYP7A1, qui s'est précédemment avéré être associé à la maladie tuberculeuse ; deuxièmement, le NSMAF a un rôle important dans la fonction du système immunitaire. Nous avons mené une étude cas-témoins comprenant 269 échantillons d'ADN génomique extraits de patients atteints de tuberculose pulmonaire (PTB) et de témoins sains (HC). Nous avons génotypé trois SNP sélectionnés (rs2228505, rs36067275 et rs10505004) à l'aide de tests de discrimination allélique TaqMan®. Seul le génotype C > T de rs1050504 a été observé comme étant significativement associé à un risque accru de développer une tuberculose pulmonaire (41,8 % contre 27 %, RC 1,95, IC à 95 % 1,16-3,27 ; p = 0,01). En revanche, le génotype TT était significativement associé à la résistance à la PTB (4,1% vs 15,6%, RC 0,23, IC 95% 0,08-0,63 ; p = 0,002). Nos résultats suggèrent que les variations génétiques du gène NSMAF pourraient moduler le risque de développement de la PTB dans une population marocaine. D'autres études fonctionnelles sont nécessaires pour confirmer ces résultats.

Translated Description (Spanish)

La tuberculosis (TB) sigue siendo un problema de salud mundial. Varios estudios han implicado factores genéticos del huésped en la predisposición de las poblaciones a la enfermedad de TB. En este estudio, hemos seleccionado NSMAF (factor asociado a la activación de la esfingomielinasa neutra) como gen candidato para evaluar su nivel de asociación con la enfermedad de TB en una población marroquí por dos razones: en primer lugar, este gen se encuentra en un locus de susceptibilidad importante en la región cromosómica 8q12-q13 en la población marroquí, estrechamente relacionado con el gen CYP7A1, que anteriormente se había demostrado que estaba asociado con la enfermedad de TB; en segundo lugar, NSMAF tiene un papel importante en la función del sistema inmunitario. Realizamos un estudio de casos y controles que incluyó 269 muestras de ADN genómico extraídas de pacientes con TB pulmonar (PTB) y controles sanos (HC). Genotipamos tres SNP seleccionados (rs2228505, rs36067275 y rs10505004) utilizando ensayos de discriminación alélica TaqMan®. Solo se observó que el genotipo rs1050504 C > T estaba significativamente asociado con un mayor riesgo de desarrollar TB pulmonar (41.8% frente a 27%, OR 1.95, 95% CI 1.16-3.27; p = 0.01). Por el contrario, el genotipo TT se asoció significativamente con la resistencia a PTB (4.1% vs 15.6%, OR 0.23, 95% CI 0.08-0.63; p = 0.002). Nuestros hallazgos sugieren que las variaciones genéticas en el gen NSMAF podrían modular el riesgo de desarrollo de PTB en una población marroquí. Se necesitan más estudios funcionales para confirmar estos hallazgos.

Files

s12879-017-2807-9.pdf

Files (499.6 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:92b3b02741e88eca4f77ab0718770683
499.6 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
متغير جديد تم تحديده في موضع التعرض الرئيسي للسل في منطقة الكروموسومات 8q12 - q13 في السكان المغاربة: دراسة ضبط الحالة
Translated title (French)
Nouvelle variante identifiée dans le locus majeur de sensibilité à la tuberculose sur la région chromosomique 8q12-q13 dans la population marocaine : une étude cas-témoins
Translated title (Spanish)
Nueva variante identificada en el locus de mayor susceptibilidad a la tuberculosis en la región cromosómica 8q12-q13 en la población marroquí: un estudio de casos y controles

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2767243990
DOI
10.1186/s12879-017-2807-9

Is supplement to
https://openalex.org/W858891458 (Other)
https://openalex.org/W2992461240 (Other)
https://openalex.org/W2171895295 (Other)
https://openalex.org/W2130336506 (Other)
https://openalex.org/W2061630842 (Other)
https://openalex.org/W2057739827 (Other)
https://openalex.org/W2028087115 (Other)
https://openalex.org/W2002482473 (Other)
https://openalex.org/W2000479887 (Other)
https://openalex.org/W1971410958 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Morocco

References

  • https://openalex.org/W1487941099
  • https://openalex.org/W1557536994
  • https://openalex.org/W1651151907
  • https://openalex.org/W1726121095
  • https://openalex.org/W1909986873
  • https://openalex.org/W1912688227
  • https://openalex.org/W196022312
  • https://openalex.org/W1966854313
  • https://openalex.org/W1971460830
  • https://openalex.org/W1974670069
  • https://openalex.org/W1986879924
  • https://openalex.org/W1990350276
  • https://openalex.org/W1997375130
  • https://openalex.org/W2003346491
  • https://openalex.org/W2003575648
  • https://openalex.org/W2020486767
  • https://openalex.org/W2042103448
  • https://openalex.org/W2042837426
  • https://openalex.org/W2052066016
  • https://openalex.org/W2055398714
  • https://openalex.org/W2063464039
  • https://openalex.org/W2079513696
  • https://openalex.org/W2085546686
  • https://openalex.org/W2086202686
  • https://openalex.org/W2087553305
  • https://openalex.org/W2089290267
  • https://openalex.org/W2092886769
  • https://openalex.org/W2094260121
  • https://openalex.org/W2095365921
  • https://openalex.org/W2106763550
  • https://openalex.org/W2106959446
  • https://openalex.org/W2109642702
  • https://openalex.org/W2110671766
  • https://openalex.org/W2123358740
  • https://openalex.org/W2124042149
  • https://openalex.org/W2125093077
  • https://openalex.org/W2135935249
  • https://openalex.org/W2144760388
  • https://openalex.org/W2147098153
  • https://openalex.org/W2154865730
  • https://openalex.org/W2164471100
  • https://openalex.org/W2168967331
  • https://openalex.org/W2171382646
  • https://openalex.org/W2218322325
  • https://openalex.org/W2344297047
  • https://openalex.org/W326122523