Detection of genome-wide copy number variation in Murrah buffaloes
Creators
- 1. Indian Veterinary Research Institute
Description
Riverine Buffaloes, especially the Murrah breed because of their adaptability to harsh climatic conditions, is farmed in many countries to convert low-quality feed into valuable dairy products and meat. Here, we investigated the copy number variations (CNVs) in 296 Murrah buffalo using the Axiom® Buffalo Genotyping Array 90K (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA). The CNVs were detected on the autosomes, using the Copy Number Analysis Module (CNAM) using the univariate analysis. 7937 CNVs were detected in 279 Buffaloes, the average length of the CNVs was 119,048.87 bp that ranged between 7800 and 4,561,030 bp. These CNVs were accounting for 10.33% of the buffalo genome, which was comparable to cattle, sheep, and goat CNV analyses. Further, CNVs were merged and 1541 CNVRs were detected using the Bedtools-mergeBed command. 485 genes were annotated within 196 CNVRs that were identified in at least 10 animals of Murrah population. Out of these, 40 CNVRs contained 59 different genes that were associated with 69 different traits. Overall, the study identified a significant number of CNVs and CNVRs in the Murrah breed of buffalo, with a wide range of lengths and frequencies across the autosomes. The identified CNVRs contained genes associated with important traits related to production and reproduction, making them potentially important targets for future breeding and genetic improvement efforts.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
يتم تربية الجاموس النهري، وخاصة سلالة مرة بسبب قدرتها على التكيف مع الظروف المناخية القاسية، في العديد من البلدان لتحويل الأعلاف منخفضة الجودة إلى منتجات ألبان ولحوم قيمة. هنا، قمنا بالتحقيق في اختلافات أرقام النسخ (CNVs) في 296 جاموس مورا باستخدام مصفوفة التنميط الجيني للجاموس أكسيوم 90K (Affymetrix، سانتا كلارا، كاليفورنيا، الولايات المتحدة الأمريكية). تم اكتشاف CNVs على الجسيمات الذاتية، باستخدام وحدة تحليل عدد النسخ (CNAM) باستخدام التحليل أحادي المتغير. تم اكتشاف 7937 CNVs في 279 بافالو، وكان متوسط طول CNVs 119,048.87 نقطة أساس التي تراوحت بين 7800 و 4,561,030 نقطة أساس. كانت هذه اللقاحات المضادة للفيروسات القهقرية تمثل 10.33 ٪ من جينوم الجاموس، والتي كانت مماثلة لتحليلات اللقاحات المضادة للفيروسات القهقرية للماشية والأغنام والماعز. علاوة على ذلك، تم دمج CNVs وتم اكتشاف 1541 CNVRs باستخدام أمر Bedtools - mergeBed. تم شرح 485 جينًا ضمن 196 CNVRs تم تحديدها في 10 حيوانات على الأقل من سكان مرة. من بين هذه، 40 CNVRs تحتوي على 59 جينًا مختلفًا مرتبطًا بـ 69 سمة مختلفة. بشكل عام، حددت الدراسة عددًا كبيرًا من CNVs و CNVRs في سلالة مورا من الجاموس، مع مجموعة واسعة من الأطوال والترددات عبر الجسيمات الذاتية. احتوت CNVRs التي تم تحديدها على جينات مرتبطة بسمات مهمة تتعلق بالإنتاج والتكاثر، مما يجعلها أهدافًا مهمة محتملة لجهود التكاثر والتحسين الجيني في المستقبل.Translated Description (French)
Les buffles fluviaux, en particulier la race Murrah en raison de leur adaptabilité aux conditions climatiques difficiles, sont élevés dans de nombreux pays pour convertir des aliments de mauvaise qualité en produits laitiers et en viande de valeur. Ici, nous avons étudié les variations du nombre de copies (CNV) chez 296 buffles de Murrah à l'aide de l'Axiom® Buffalo Genotyping Array 90K (Affymetrix, Santa Clara, CA, États-Unis). Les CNV ont été détectés sur les autosomes, à l'aide du module d'analyse du nombre de copies (CNAM) à l'aide de l'analyse univariée. 7937 CNV ont été détectés chez 279 buffles, la longueur moyenne des CNV était de 119 048,87 pb qui se situait entre 7800 et 4561 030 pb. Ces CNV représentaient 10,33 % du génome du buffle, ce qui était comparable aux analyses CNV des bovins, des ovins et des caprins. En outre, les CNV ont été fusionnés et 1541 CNVR ont été détectés à l'aide de la commande Bedtools-mergeBed. 485 gènes ont été annotés dans 196 CNVR qui ont été identifiés chez au moins 10 animaux de la population Murrah. Parmi ceux-ci, 40 CNVR contenaient 59 gènes différents associés à 69 traits différents. Dans l'ensemble, l'étude a identifié un nombre important de CNV et de CNVR dans la race de buffles Murrah, avec une large gamme de longueurs et de fréquences dans les autosomes. Les CNVR identifiés contenaient des gènes associés à des traits importants liés à la production et à la reproduction, ce qui en faisait des cibles potentiellement importantes pour les futurs efforts de sélection et d'amélioration génétique.Translated Description (Spanish)
Los búfalos ribereños, especialmente la raza Murrah debido a su adaptabilidad a las duras condiciones climáticas, se crían en muchos países para convertir piensos de baja calidad en valiosos productos lácteos y carne. Aquí, investigamos las variaciones del número de copias (CNV) en 296 búfalos de Murrah utilizando el Axiom® Buffalo Genotyping Array 90K (Affymetrix, Santa Clara, CA, EE. UU.). Las CNV se detectaron en los autosomas, utilizando el Módulo de Análisis de Número de Copia (CNAM) utilizando el análisis univariado. Se detectaron 7937 CNV en 279 búfalos, la longitud media de las CNV fue de 119.048,87 pb que osciló entre 7800 y 4.561.030 pb. Estas CNV representaban el 10,33% del genoma del búfalo, que era comparable a los análisis de CNV de ganado vacuno, ovino y caprino. Además, las CNV se fusionaron y se detectaron 1541 CNVR utilizando el comando Bedtools-mergeBed. Se anotaron 485 genes dentro de 196 CNVR que se identificaron en al menos 10 animales de la población de Murrah. De estos, 40 CNVR contenían 59 genes diferentes que se asociaron con 69 rasgos diferentes. En general, el estudio identificó un número significativo de CNV y CNVR en la raza Murrah de búfalo, con una amplia gama de longitudes y frecuencias en los autosomas. Los CNVR identificados contenían genes asociados con rasgos importantes relacionados con la producción y la reproducción, lo que los convierte en objetivos potencialmente importantes para futuros esfuerzos de mejoramiento y mejora genética.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الكشف عن تباين رقم النسخ على مستوى الجينوم في جاموس مرة
- Translated title (French)
- Détection de la variation du nombre de copies à l'échelle du génome chez les buffles de Murrah
- Translated title (Spanish)
- Detección de la variación del número de copias en todo el genoma en búfalos Murrah
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4394273482
- DOI
- 10.6084/m9.figshare.23599007