Published June 25, 2020 | Version v1
Publication Open

High prevalence of DS-1-like rotavirus infection in Thai adults between 2016 and 2019

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Rotavirus infection is the most common cause of viral diarrhea in infants and young children but uncommon and usually asymptomatic in adults. In the winter of 2017-2018, a large-scale outbreak of rotavirus in both children and adults was reported in Thailand. The current study focused on the prevalence, genotyping, and molecular characterization of rotavirus infections in Thai adults from July 2016 to December 2019. In 2,598 stool samples collected from adult residents of Bangkok (aged #x2265; 15 years) with acute gastroenteritis, rotavirus was detected via real-time RT-PCR analysis of the VP6 gene. G, P and I genotypes were determined by direct sequencing of VP7, VP4, and VP6 genes, respectively. Our results showed 8.7% (226/2,598) of stool samples were positive for rotavirus. The incidence of rotavirus was high during the winter season of 2017-2018 (17.7%) compared to another studied periods (4.5% between July 2016- October 2017 and 2.8% between March 2018- December 2019). Nucleotide sequencing of VP7 and VP4 revealed G3P[8] as the predominant strain (33.2%,75/226), followed by G9P[8] (17.3%,39/226), and G2P[4] (15.0%,34/226). Uncommon G and P combinations were additionally detected at low frequencies. VP6 sequencing was conducted to discriminate I genotype between the Wa and DS-1 genogroup. The unusual DS-1-like G3P[8] strain was most prevalent amomg rotavirus strains detected in this study (29.6%, 67/226), and the corresponding VP7 sequences showed high nucleotide identity with unusual DS-1-like globally circulating strains. Our study demonstrates that rotavirus outbreaks in adults are attributable not only to high prevalence of RV infection but also the unusual DS-like genogroup. The collective findings reinforce the importance of investigating rotavirus diagnosis in adults suffering from acute gastroenteritis and taking appropriate preventive measures.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

عدوى الفيروس العجلي هي السبب الأكثر شيوعًا للإسهال الفيروسي عند الرضع والأطفال الصغار ولكنها غير شائعة وعادة ما تكون بدون أعراض عند البالغين. في شتاء 2017-2018، تم الإبلاغ عن تفشي واسع النطاق لفيروس الروتا في كل من الأطفال والبالغين في تايلاند. ركزت الدراسة الحالية على الانتشار والتنميط الجيني والتوصيف الجزيئي لعدوى فيروس الروتا لدى البالغين التايلانديين من يوليو 2016 إلى ديسمبر 2019. في 2598 عينة براز تم جمعها من سكان بانكوك البالغين (الذين تتراوح أعمارهم بين # x2265 ؛ 15 عامًا) المصابين بالتهاب المعدة والأمعاء الحاد، تم اكتشاف الفيروس العجلي عن طريق تحليل RT - PCR في الوقت الفعلي لجين VP6. تم تحديد الأنماط الجينية G و P و I من خلال التسلسل المباشر لجينات VP7 و VP4 و VP6 على التوالي. أظهرت نتائجنا أن 8.7 ٪ (226/2,598) من عينات البراز كانت إيجابية لفيروس الروتا. كانت نسبة الإصابة بفيروس الروتا مرتفعة خلال موسم الشتاء 2017-2018 (17.7 ٪) مقارنة بفترات دراسة أخرى (4.5 ٪ بين يوليو 2016 - أكتوبر 2017 و 2.8 ٪ بين مارس 2018 - ديسمبر 2019). كشف تسلسل النيوكليوتيدات لـ VP7 و VP4 عن G3P[8] كسلالة سائدة (33.2 ٪، 75/226)، تليها G9P [8] (17.3 ٪، 39/226)، و G2P [4] (15.0 ٪، 34/226). بالإضافة إلى ذلك، تم الكشف عن تركيبات G و P غير الشائعة عند ترددات منخفضة. تم إجراء تسلسل VP6 لتمييز النمط الجيني I بين المجموعة الجينية Wa و DS -1. كانت سلالة G3P غير العادية الشبيهة بـ DS -1 [8] هي سلالات الفيروس العجلي الأمومجي الأكثر انتشارًا التي تم اكتشافها في هذه الدراسة (29.6 ٪، 67/226)، وأظهرت تسلسلات VP7 المقابلة هوية نيوكليوتيدات عالية مع سلالات غير عادية شبيهة بـ DS -1 منتشرة عالميًا. توضح دراستنا أن تفشي فيروس الروتا لدى البالغين لا يعزى فقط إلى ارتفاع معدل انتشار عدوى البطين الأيمن ولكن أيضًا إلى المجموعة الجينية غير العادية الشبيهة بـ DS. تعزز النتائج الجماعية أهمية التحقيق في تشخيص فيروس الروتا لدى البالغين الذين يعانون من التهاب المعدة والأمعاء الحاد واتخاذ التدابير الوقائية المناسبة.

Translated Description (French)

L'infection à rotavirus est la cause la plus fréquente de diarrhée virale chez les nourrissons et les jeunes enfants, mais peu fréquente et généralement asymptomatique chez les adultes. Au cours de l'hiver 2017-2018, une épidémie de rotavirus à grande échelle chez les enfants et les adultes a été signalée en Thaïlande. La présente étude s'est concentrée sur la prévalence, le génotypage et la caractérisation moléculaire des infections à rotavirus chez les adultes thaïlandais de juillet 2016 à décembre 2019. Dans 2 598 échantillons de selles prélevés sur des résidents adultes de Bangkok (âgés de # x2265 ; 15 ans) atteints de gastro-entérite aiguë, le rotavirus a été détecté par analyse RT-PCR en temps réel du gène VP6. Les génotypes G, P et I ont été déterminés par séquençage direct des gènes VP7, VP4 et VP6, respectivement. Nos résultats ont montré que 8,7 % (226/2598) des échantillons de selles étaient positifs pour le rotavirus. L'incidence du rotavirus était élevée pendant la saison hivernale 2017-2018 (17,7 %) par rapport à d'autres périodes étudiées (4,5 % entre juillet 2016 et octobre 2017 et 2,8 % entre mars 2018 et décembre 2019). Le séquençage nucléotidique de VP7 et VP4 a révélé que G3P[8] était la souche prédominante (33,2% ,75/226), suivie de G9P[8] (17,3% ,39/226) et de G2P[4] (15,0%,34/226). Des combinaisons G et P peu fréquentes ont également été détectées à basse fréquence. Le séquençage de VP6 a été mené pour discriminer le génotype I entre le génogroupe Wa et DS-1. La souche G3P[8] inhabituelle de type DS-1 était la souche de rotavirus amomg la plus répandue détectée dans cette étude (29,6 %, 67/226), et les séquences VP7 correspondantes présentaient une identité nucléotidique élevée avec des souches inhabituelles de type DS-1 circulant dans le monde. Notre étude démontre que les épidémies de rotavirus chez les adultes sont attribuables non seulement à la prévalence élevée de l'infection à rotavirus, mais aussi au génogroupe inhabituel de type DS. Les résultats collectifs renforcent l'importance d'enquêter sur le diagnostic du rotavirus chez les adultes souffrant de gastro-entérite aiguë et de prendre des mesures préventives appropriées.

Translated Description (Spanish)

La infección por rotavirus es la causa más común de diarrea viral en bebés y niños pequeños, pero es poco común y generalmente asintomática en adultos. En el invierno de 2017-2018, se informó de un brote a gran escala de rotavirus tanto en niños como en adultos en Tailandia. El estudio actual se centró en la prevalencia, la genotipificación y la caracterización molecular de las infecciones por rotavirus en adultos tailandeses desde julio de 2016 hasta diciembre de 2019. En 2.598 muestras de heces recolectadas de residentes adultos de Bangkok (de edad # x2265; 15 años) con gastroenteritis aguda, se detectó rotavirus mediante análisis RT-PCR en tiempo real del gen VP6. Los genotipos G, P e I se determinaron mediante secuenciación directa de los genes VP7, VP4 y VP6, respectivamente. Nuestros resultados mostraron que el 8,7% (226/2.598) de las muestras de heces fueron positivas para rotavirus. La incidencia de rotavirus fue alta durante la temporada de invierno de 2017-2018 (17,7%) en comparación con otros períodos estudiados (4,5% entre julio de 2016- octubre de 2017 y 2,8% entre marzo de 2018- diciembre de 2019). La secuenciación de nucleótidos de VP7 y VP4 reveló G3P[8] como la cepa predominante (33.2% ,75/226), seguida de G9P[8] (17.3% ,39/226) y G2P[4] (15.0%,34/226). Además, se detectaron combinaciones G y P poco frecuentes a bajas frecuencias. La secuenciación de VP6 se llevó a cabo para discriminar el genotipo I entre el genogrupo Wa y DS-1. La cepa G3P[8] inusual similar a DS-1 fue la cepa de rotavirus amomg más prevalente detectada en este estudio (29.6%, 67/226), y las secuencias VP7 correspondientes mostraron una alta identidad de nucleótidos con cepas circulantes globales inusuales similares a DS-1. Nuestro estudio demuestra que los brotes de rotavirus en adultos son atribuibles no solo a la alta prevalencia de infección por RV, sino también al inusual genogrupo similar al DS. Los hallazgos colectivos refuerzan la importancia de investigar el diagnóstico de rotavirus en adultos que padecen gastroenteritis aguda y tomar las medidas preventivas adecuadas.

Files

journal.pone.0235280&type=printable.pdf

Files (1.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2fa7d093eac911fcb62bdfb3ae1e3998
1.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
ارتفاع معدل انتشار عدوى فيروس الروتا الشبيهة بفيروس DS -1 بين البالغين التايلانديين بين عامي 2016 و 2019
Translated title (French)
Forte prévalence de l'infection à rotavirus de type DS-1 chez les adultes thaïlandais entre 2016 et 2019
Translated title (Spanish)
Alta prevalencia de infección por rotavirus tipo DS-1 en adultos tailandeses entre 2016 y 2019

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3037578266
DOI
10.1371/journal.pone.0235280

Is supplement to
https://openalex.org/W4391115752 (Other)
https://openalex.org/W3013882475 (Other)
https://openalex.org/W2764295976 (Other)
https://openalex.org/W2432319700 (Other)
https://openalex.org/W2232559330 (Other)
https://openalex.org/W2189441689 (Other)
https://openalex.org/W2133587029 (Other)
https://openalex.org/W2099902534 (Other)
https://openalex.org/W2087224403 (Other)
https://openalex.org/W1987370447 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1415307133
  • https://openalex.org/W1524253182
  • https://openalex.org/W1650197172
  • https://openalex.org/W1952903862
  • https://openalex.org/W1979594029
  • https://openalex.org/W1980611811
  • https://openalex.org/W1982397768
  • https://openalex.org/W1985183611
  • https://openalex.org/W1990144697
  • https://openalex.org/W2011175996
  • https://openalex.org/W2029854306
  • https://openalex.org/W2034712349
  • https://openalex.org/W2061236140
  • https://openalex.org/W2089655650
  • https://openalex.org/W2098529867
  • https://openalex.org/W2099902534
  • https://openalex.org/W2106005103
  • https://openalex.org/W2106428587
  • https://openalex.org/W2107194458
  • https://openalex.org/W2124896413
  • https://openalex.org/W2135985984
  • https://openalex.org/W2140437331
  • https://openalex.org/W2147427058
  • https://openalex.org/W2159396395
  • https://openalex.org/W2173458283
  • https://openalex.org/W2180492977
  • https://openalex.org/W2186875058
  • https://openalex.org/W2320197089
  • https://openalex.org/W2336472430
  • https://openalex.org/W240852197
  • https://openalex.org/W2463791990
  • https://openalex.org/W2544593052
  • https://openalex.org/W2554582696
  • https://openalex.org/W2561604343
  • https://openalex.org/W2580234447
  • https://openalex.org/W2741949539
  • https://openalex.org/W2767180207
  • https://openalex.org/W2770408523
  • https://openalex.org/W2773262250
  • https://openalex.org/W2794782675
  • https://openalex.org/W2803321028
  • https://openalex.org/W2901263949
  • https://openalex.org/W2951289393
  • https://openalex.org/W2964429768
  • https://openalex.org/W2972818381
  • https://openalex.org/W2992359341
  • https://openalex.org/W3001595802
  • https://openalex.org/W3016695035
  • https://openalex.org/W3028527373
  • https://openalex.org/W4211219645
  • https://openalex.org/W4231603137
  • https://openalex.org/W4251474590