Published February 28, 2020 | Version v1
Publication Open

EPDR1 up-regulation in human colorectal cancer is related to staging and favours cell proliferation and invasiveness

Creators

  • 1. INCLIVA Health Research Institute
  • 2. Universidad de La Frontera
  • 3. Universitat de València
  • 4. National University of the Littoral
  • 5. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 6. Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer

Description

Abstract The finding of novel molecular markers for prediction or prognosis of invasiveness in colorectal cancer (CRC) constitutes an appealing challenge. Here we show the up-regulation of EPDR1 in a prospective cohort of 101 CRC patients, in a cDNA array of 43 patients and in in silico analyses. EPDR1 encodes a protein related to ependymins, a family of glycoproteins involved in intercellular contacts. A thorough statistical model allowed us to conclude that the gene is significantly up-regulated in tumour tissues when compared with normal mucosa. These results agree with those obtained by the analysis of three publicly available databases. EPDR1 up-regulation correlates with the TNM staging parameters, especially T and M. Studies with CRC cell lines revealed that the methylation of a CpG island controls EPDR1 expression. siRNA knocking-down and overexpression of the gene following transient plasmid transfection, showed that EPDR1 favours cell proliferation, migration, invasiveness and adhesion to type I collagen fibres, suggesting a role in epithelial to mesenchymal transition. Both statistical and functional analysis correlated EPDR1 overexpression with invasiveness and dissemination of tumour cells, supporting the inclusion of EPDR1 in panels of genes used to improve molecular subtyping of CRC. Eventually, EPDR1 may be an actionable target.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الخلاصة يشكل العثور على علامات جزيئية جديدة للتنبؤ أو تشخيص الغزو في سرطان القولون والمستقيم (CRC) تحديًا جذابًا. هنا نعرض التنظيم الأعلى لـ EPDR1 في مجموعة محتملة من 101 مريض CRC، في مجموعة cDNA من 43 مريضًا وفي تحليلات السيليكو. يشفر EPDR1 بروتينًا متعلقًا بالبندمينات، وهي عائلة من البروتينات السكرية المشاركة في التلامسات بين الخلايا. سمح لنا نموذج إحصائي شامل باستنتاج أن الجين منظم بشكل كبير في أنسجة الورم عند مقارنته بالغشاء المخاطي الطبيعي. تتفق هذه النتائج مع تلك التي تم الحصول عليها من خلال تحليل ثلاث قواعد بيانات متاحة للجمهور. يرتبط التنظيم العلوي لـ EPDR1 بمعلمات التدرج TNM، خاصة T و M. كشفت الدراسات التي أجريت على خطوط خلايا CRC أن مثيلة جزيرة CPG تتحكم في تعبير EPDR1. أظهر ضرب siRNA لأسفل والإفراط في التعبير عن الجين بعد انتقال البلازميد العابر، أن EPDR1 تفضل تكاثر الخلايا والهجرة والغزو والالتصاق بألياف الكولاجين من النوع الأول، مما يشير إلى دور في الانتقال الظهاري إلى المتوسط. ربط كل من التحليل الإحصائي والوظيفي التعبير المفرط لـ EPDR1 مع الغزو ونشر الخلايا السرطانية، مما يدعم إدراج EPDR1 في لوحات الجينات المستخدمة لتحسين النوع الفرعي الجزيئي لـ CRC. في نهاية المطاف، قد يكون EPDR1 هدفًا قابلاً للتنفيذ.

Translated Description (French)

Résumé La découverte de nouveaux marqueurs moléculaires pour la prédiction ou le pronostic de l'invasivité dans le cancer colorectal (CCR) constitue un défi attrayant. Nous montrons ici la régulation positive de l'EPDR1 dans une cohorte prospective de 101 patients atteints de CCR, dans un tableau d'ADNc de 43 patients et dans des analyses in silico. EPDR1 code pour une protéine apparentée aux épendymines, une famille de glycoprotéines impliquées dans les contacts intercellulaires. Un modèle statistique approfondi nous a permis de conclure que le gène est significativement régulé à la hausse dans les tissus tumoraux par rapport à la muqueuse normale. Ces résultats concordent avec ceux obtenus par l'analyse de trois bases de données accessibles au public. EPDR1 up-regulation correlates with the TNM staging parameters, especially T and M. Studies with CRC cell lines revealed that the methylation of a CpG island controls EPDR1 expression. siRNA knocking-down and overexpression of the gene following transient plasmid transfection, shown that EPDR1 favors cell proliferation, migration, invasiveness and adhesion to type I collagen fibres, suggesting a role in epithelial to mesenchymal transition. L'analyse statistique et fonctionnelle a corrélé la surexpression d'EPDR1 avec l'invasivité et la dissémination des cellules tumorales, soutenant l'inclusion d'EPDR1 dans les panels de gènes utilisés pour améliorer le sous-typage moléculaire du CCR. Finalement, l'EPDR1 peut être une cible exploitable.

Translated Description (Spanish)

Resumen El hallazgo de nuevos marcadores moleculares para la predicción o el pronóstico de la invasividad en el cáncer colorrectal (CCR) constituye un desafío atractivo. Aquí mostramos la regulación positiva de EPDR1 en una cohorte prospectiva de 101 pacientes con CCR, en una matriz de ADNc de 43 pacientes y en análisis in silico. EPDR1 codifica una proteína relacionada con la ependimina, una familia de glicoproteínas involucradas en los contactos intercelulares. Un modelo estadístico exhaustivo nos permitió concluir que el gen está significativamente regulado al alza en los tejidos tumorales en comparación con la mucosa normal. Estos resultados concuerdan con los obtenidos mediante el análisis de tres bases de datos disponibles públicamente. La regulación positiva de EPDR1 se correlaciona con los parámetros de estadificación de TNM, especialmente T y M. Los estudios con líneas celulares de CRC revelaron que la metilación de una isla CpG controla la expresión de EPDR1. La inactivación y sobreexpresión del ARNip del gen después de la transfección transitoria del plásmido, mostró que EPDR1 favorece la proliferación celular, la migración, la invasividad y la adhesión a las fibras de colágeno tipo I, lo que sugiere un papel en la transición epitelial a mesenquimal. Tanto el análisis estadístico como el funcional correlacionaron la sobreexpresión de EPDR1 con la invasividad y la diseminación de las células tumorales, lo que respalda la inclusión de EPDR1 en los paneles de genes utilizados para mejorar la subtipificación molecular del CCR. Eventualmente, EPDR1 puede ser un objetivo procesable.

Files

s41598-020-60476-7.pdf.pdf

Files (5.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:c7b075683ab01b59a89002ee3e2b21fd
5.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
يرتبط التنظيم العلوي لـ EPDR1 في سرطان القولون والمستقيم البشري بالتدريج ويفضل تكاثر الخلايا وغزوها
Translated title (French)
La régulation positive de l'EPDR1 dans le cancer colorectal humain est liée à la stadification et favorise la prolifération et l'invasivité des cellules
Translated title (Spanish)
La regulación positiva de EPDR1 en el cáncer colorrectal humano está relacionada con la estadificación y favorece la proliferación celular y la invasividad

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3009853416
DOI
10.1038/s41598-020-60476-7

Is supplement to
https://openalex.org/W391093122 (Other)
https://openalex.org/W3129816939 (Other)
https://openalex.org/W2985427592 (Other)
https://openalex.org/W2912862995 (Other)
https://openalex.org/W2400569965 (Other)
https://openalex.org/W2372521113 (Other)
https://openalex.org/W2101501829 (Other)
https://openalex.org/W2060263731 (Other)
https://openalex.org/W2003194288 (Other)
https://openalex.org/W1521239975 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1513618424
  • https://openalex.org/W1524462445
  • https://openalex.org/W1934094702
  • https://openalex.org/W1965940540
  • https://openalex.org/W1967220865
  • https://openalex.org/W1975889620
  • https://openalex.org/W1981385962
  • https://openalex.org/W2001917660
  • https://openalex.org/W2023692023
  • https://openalex.org/W2034640382
  • https://openalex.org/W2043989338
  • https://openalex.org/W2046483028
  • https://openalex.org/W2046581576
  • https://openalex.org/W2050852558
  • https://openalex.org/W2051372177
  • https://openalex.org/W2055992413
  • https://openalex.org/W2069377300
  • https://openalex.org/W2073079990
  • https://openalex.org/W2088803854
  • https://openalex.org/W2089545133
  • https://openalex.org/W2092171172
  • https://openalex.org/W2103789431
  • https://openalex.org/W2111547416
  • https://openalex.org/W2122596432
  • https://openalex.org/W2136342095
  • https://openalex.org/W2139210909
  • https://openalex.org/W2146424094
  • https://openalex.org/W2194697488
  • https://openalex.org/W2302003756
  • https://openalex.org/W2325541602
  • https://openalex.org/W2345833830
  • https://openalex.org/W2513862042
  • https://openalex.org/W2545094884
  • https://openalex.org/W2563762664
  • https://openalex.org/W2569086487
  • https://openalex.org/W2766676715
  • https://openalex.org/W2801668993
  • https://openalex.org/W2897420802
  • https://openalex.org/W2954444558
  • https://openalex.org/W3149015896