Published March 11, 2021 | Version v1
Publication Open

Identification of two novel hepatitis C virus subtype 2 from Tunisia (2v and 2w)

Creators

  • 1. Tunis El Manar University
  • 2. Institut Pasteur de Tunis
  • 3. Robert Koch Institute

Description

Hepatitis C virus (HCV) has a high genetic diversity. Eight genotypes and 90 subtypes are currently described. Genotypes are clinically significant for therapeutic management and their determination is necessary for epidemiological studies.Tunisian patients plasma samples (n = 6) with unassigned HCV-2 subtype using partial sequencing in the NS5B and Core/E1 regions were analyzed by realizing whole-genome sequencing analysis. Phylogenetic analyses were performed to assign subtypes.Phylogenetic analysis of the full genome sequences of Tunisian strains shows two subtypes within HCV-2. These later were genetically distinct from all previously established HCV-2 subtypes with nucleotide divergence greater than 15% (20% -31%). These two subtypes are proposed as new subtypes 2v and 2w.The discovery of two new HCV-2 subtypes circulating in the Tunisian population confirms the great diversity of HCV-2 viruses and increases the total number of HCV-2 subtypes from 21 to 23.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يتمتع فيروس التهاب الكبد الوبائي سي بتنوع وراثي كبير. يتم وصف ثمانية أنماط وراثية و 90 نوعًا فرعيًا حاليًا. الأنماط الجينية مهمة سريريًا للإدارة العلاجية وتحديدها ضروري للدراسات الوبائية. تم تحليل عينات البلازما للمرضى التونسيين (العدد = 6) مع النوع الفرعي HCV -2 غير المعين باستخدام التسلسل الجزئي في مناطق NS5B و Core/E1 من خلال تحقيق تحليل تسلسل الجينوم الكامل. تم إجراء تحليلات النشوء والتطور لتعيين أنواع فرعية. يُظهر التحليل النشوء والتطور للتسلسلات الجينومية الكاملة للسلالات التونسية نوعين فرعيين داخل فيروس التهاب الكبد 2. كانت هذه في وقت لاحق متميزة وراثيا عن جميع الأنواع الفرعية لفيروس التهاب الكبد 2 التي تم تأسيسها سابقا مع تباعد النيوكليوتيدات أكبر من 15 ٪ (20 ٪ -31 ٪). يُقترح هذان النوعان الفرعيان كنوعين فرعيين جديدين 2v و 2w. ويؤكد اكتشاف نوعين فرعيين جديدين من فيروس التهاب الكبد الوبائي 2 ينتشران بين السكان التونسيين التنوع الكبير لفيروسات فيروس التهاب الكبد الوبائي 2 ويزيد العدد الإجمالي للأنواع الفرعية من فيروس التهاب الكبد الوبائي 2 من 21 إلى 23.

Translated Description (French)

Le virus de l'hépatite C (VHC) présente une grande diversité génétique. Huit génotypes et 90 sous-types sont actuellement décrits. Les génotypes sont cliniquement significatifs pour la prise en charge thérapeutique et leur détermination est nécessaire pour les études épidémiologiques. Des échantillons de plasma de patients tunisiens (n = 6) avec un sous-type de VHC-2 non attribué utilisant un séquençage partiel dans les régions NS5B et Core/E1 ont été analysés en réalisant une analyse de séquençage du génome entier. Des analyses phylogénétiques ont été effectuées pour attribuer des sous-types. L'analyse phylogénétique des séquences génomiques complètes des souches tunisiennes montre deux sous-types au sein du VHC-2. Ceux-ci étaient plus tard génétiquement distincts de tous les sous-types de VHC-2 précédemment établis avec une divergence nucléotidique supérieure à 15% (20% -31%). Ces deux sous-types sont proposés comme nouveaux sous-types 2v et 2w. La découverte de deux nouveaux sous-types du VHC-2 circulant dans la population tunisienne confirme la grande diversité des virus du VHC-2 et augmente le nombre total de sous-types du VHC-2 de 21 à 23.

Translated Description (Spanish)

El virus de la hepatitis C (VHC) tiene una alta diversidad genética. Actualmente se describen ocho genotipos y 90 subtipos. Los genotipos son clínicamente significativos para el manejo terapéutico y su determinación es necesaria para estudios epidemiológicos. Se analizaron muestras de plasma de pacientes tunecinos (n = 6) con subtipo de VHC-2 no asignado mediante secuenciación parcial en las regiones NS5B y Core/E1 mediante la realización de un análisis de secuenciación del genoma completo. Se realizaron análisis filogenéticos para asignar subtipos. El análisis filogenético de las secuencias genómicas completas de las cepas tunecinas muestra dos subtipos dentro del VHC-2. Estos últimos fueron genéticamente distintos de todos los subtipos de VHC-2 previamente establecidos con una divergencia de nucleótidos superior al 15% (20% -31%). Estos dos subtipos se proponen como nuevos subtipos 2v y 2w. El descubrimiento de dos nuevos subtipos de VHC-2 que circulan en la población tunecina confirma la gran diversidad de virus VHC-2 y aumenta el número total de subtipos de VHC-2 de 21 a 23.

Files

journal.pone.0248249&type=printable.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:35afa1cb306c9fea1c64fe48d964096d
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحديد نوعين فرعيين جديدين من فيروس التهاب الكبد الوبائي سي 2 من تونس (2v و 2w)
Translated title (French)
Identification de deux nouveaux virus de l'hépatite C de sous-type 2 en provenance de Tunisie (2v et 2w)
Translated title (Spanish)
Identificación de dos nuevos virus de la hepatitis C subtipo 2 de Túnez (2v y 2w)

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3135109492
DOI
10.1371/journal.pone.0248249

Is supplement to
https://openalex.org/W2008024230 (Other)
https://openalex.org/W2920811989 (Other)
https://openalex.org/W2109871760 (Other)
https://openalex.org/W2953494464 (Other)
https://openalex.org/W4254743011 (Other)
https://openalex.org/W1990779274 (Other)
https://openalex.org/W2885961165 (Other)
https://openalex.org/W2914046183 (Other)
https://openalex.org/W2009054488 (Other)
https://openalex.org/W2128293592 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W1965732432
  • https://openalex.org/W1969718835
  • https://openalex.org/W1983872590
  • https://openalex.org/W1988067512
  • https://openalex.org/W1990779274
  • https://openalex.org/W1993510704
  • https://openalex.org/W2003198902
  • https://openalex.org/W2003428955
  • https://openalex.org/W2053733102
  • https://openalex.org/W2055078531
  • https://openalex.org/W2077103006
  • https://openalex.org/W2077127243
  • https://openalex.org/W2078923347
  • https://openalex.org/W2088225460
  • https://openalex.org/W2090327133
  • https://openalex.org/W2093542694
  • https://openalex.org/W2096347191
  • https://openalex.org/W2096889219
  • https://openalex.org/W2104745919
  • https://openalex.org/W2120902911
  • https://openalex.org/W2121300182
  • https://openalex.org/W2124528668
  • https://openalex.org/W2128880918
  • https://openalex.org/W2129272218
  • https://openalex.org/W2131271579
  • https://openalex.org/W2133036275
  • https://openalex.org/W2144837305
  • https://openalex.org/W2159505687
  • https://openalex.org/W2163400707
  • https://openalex.org/W2170551349
  • https://openalex.org/W2337961789
  • https://openalex.org/W2809785330
  • https://openalex.org/W2887749901
  • https://openalex.org/W2915701871
  • https://openalex.org/W4302309255