Published August 10, 2021 | Version v1
Publication Open

Tracking the introduction and spread of SARS-CoV-2 in coastal Kenya

Creators

  • 1. Kenya Medical Research Institute
  • 2. Moving the GoalPosts
  • 3. Technical University of Mombasa
  • 4. Ministry of Health
  • 5. University of Oxford
  • 6. University of Warwick
  • 7. Pwani University

Description

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 is important for understanding both the evolution and the patterns of local and global transmission. Here, we generated 311 SARS-CoV-2 genomes from samples collected in coastal Kenya between 17th March and 31st July 2020. We estimated multiple independent SARS-CoV-2 introductions into the region were primarily of European origin, although introductions could have come through neighbouring countries. Lineage B.1 accounted for 74% of sequenced cases. Lineages A, B and B.4 were detected in screened individuals at the Kenya-Tanzania border or returning travellers. Though multiple lineages were introduced into coastal Kenya following the initial confirmed case, none showed extensive local expansion other than lineage B.1. International points of entry were important conduits of SARS-CoV-2 importations into coastal Kenya and early public health responses prevented established transmission of some lineages. Undetected introductions through points of entry including imports from elsewhere in the country gave rise to the local epidemic at the Kenyan coast.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تعد المراقبة الجينية لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة مهمة لفهم كل من التطور وأنماط الانتقال المحلي والعالمي. هنا، أنشأنا 311 جينوم لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة من العينات التي تم جمعها في كينيا الساحلية بين 17 مارس و 31 يوليو 2020. قدرنا أن العديد من مقدمات فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة المستقلة في المنطقة كانت في المقام الأول من أصل أوروبي، على الرغم من أن المقدمات كان من الممكن أن تأتي من خلال البلدان المجاورة. وشكلت السلالة B.1 74 ٪ من الحالات المتسلسلة. تم اكتشاف الأنساب A و B و B.4 في الأفراد الذين تم فحصهم على الحدود الكينية التنزانية أو المسافرين العائدين. على الرغم من إدخال سلالات متعددة إلى ساحل كينيا بعد الحالة المؤكدة الأولية، لم يظهر أي منها توسعًا محليًا واسع النطاق بخلاف السلالة ب .1. كانت نقاط الدخول الدولية قنوات مهمة لاستيراد فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة إلى كينيا الساحلية وحالت الاستجابات المبكرة للصحة العامة دون انتقال بعض السلالات. أدت عمليات الإدخال غير المكتشفة من خلال نقاط الدخول بما في ذلك الواردات من أماكن أخرى في البلاد إلى ظهور الوباء المحلي على الساحل الكيني.

Translated Description (French)

La surveillance génomique du SRAS-CoV-2 est importante pour comprendre à la fois l'évolution et les schémas de transmission locale et mondiale. Ici, nous avons généré 311 génomes du SRAS-CoV-2 à partir d'échantillons prélevés sur la côte du Kenya entre le 17 mars et le 31 juillet 2020. Nous avons estimé que plusieurs introductions indépendantes de SARS-CoV-2 dans la région étaient principalement d'origine européenne, bien que les introductions aient pu provenir de pays voisins. La lignée B.1 représentait 74 % des cas séquencés. Les lignées A, B et B.4 ont été détectées chez les personnes dépistées à la frontière entre le Kenya et la Tanzanie ou chez les voyageurs de retour. Bien que plusieurs lignées aient été introduites dans la côte du Kenya à la suite du cas initial confirmé, aucune n'a montré d'expansion locale importante autre que la lignée B.1. Les points d'entrée internationaux étaient des canaux importants d'importation du SRAS-CoV-2 dans les zones côtières du Kenya et les premières réponses de santé publique ont empêché la transmission établie de certaines lignées. Les introductions non détectées par les points d'entrée, y compris les importations en provenance d'ailleurs dans le pays, ont donné lieu à l'épidémie locale sur la côte kenyane.

Translated Description (Spanish)

La vigilancia genómica del SARS-CoV-2 es importante para comprender tanto la evolución como los patrones de transmisión local y global. Aquí, generamos 311 genomas de SARS-CoV-2 a partir de muestras recolectadas en la costa de Kenia entre el 17 de marzo y el 31 de julio de 2020. Estimamos que múltiples introducciones independientes de SARS-CoV-2 en la región fueron principalmente de origen europeo, aunque las introducciones podrían haber llegado a través de países vecinos. El linaje B.1 representó el 74% de los casos secuenciados. Los linajes A, B y B.4 se detectaron en individuos examinados en la frontera entre Kenia y Tanzania o en viajeros que regresaban. Aunque se introdujeron múltiples linajes en la costa de Kenia después del caso confirmado inicial, ninguno mostró una amplia expansión local aparte del linaje B.1. Los puntos de entrada internacionales fueron conductos importantes de las importaciones de SARS-CoV-2 a la costa de Kenia y las respuestas tempranas de salud pública impidieron la transmisión establecida de algunos linajes. Las introducciones no detectadas a través de los puntos de entrada, incluidas las importaciones de otras partes del país, dieron lugar a la epidemia local en la costa de Kenia.

Files

s41467-021-25137-x.pdf.pdf

Files (3.0 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:eb9dc7671e584a17bf6469aac988e83e
3.0 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تتبع إدخال وانتشار فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة في كينيا الساحلية
Translated title (French)
Suivi de l'introduction et de la propagation du SRAS-CoV-2 sur la côte kenyane
Translated title (Spanish)
Seguimiento de la introducción y propagación del SARS-CoV-2 en la costa de Kenia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3091903377
DOI
10.1038/s41467-021-25137-x

Is supplement to
https://openalex.org/W4390038797 (Other)
https://openalex.org/W4383620485 (Other)
https://openalex.org/W4238742044 (Other)
https://openalex.org/W3187239900 (Other)
https://openalex.org/W2901808822 (Other)
https://openalex.org/W2754697109 (Other)
https://openalex.org/W2725084963 (Other)
https://openalex.org/W2533854589 (Other)
https://openalex.org/W22106647 (Other)
https://openalex.org/W2065780911 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Kenya

References

  • https://openalex.org/W1519765314
  • https://openalex.org/W2127774996
  • https://openalex.org/W2259815689
  • https://openalex.org/W2949567053
  • https://openalex.org/W2951878836
  • https://openalex.org/W2952045272
  • https://openalex.org/W3001897055
  • https://openalex.org/W3005235420
  • https://openalex.org/W3015281372
  • https://openalex.org/W3032208373
  • https://openalex.org/W3032495107
  • https://openalex.org/W3039901154
  • https://openalex.org/W3040213855
  • https://openalex.org/W3040654302
  • https://openalex.org/W3043124965
  • https://openalex.org/W3047109359
  • https://openalex.org/W3080870671
  • https://openalex.org/W3081690053
  • https://openalex.org/W3085879587
  • https://openalex.org/W3098697637
  • https://openalex.org/W3098794734
  • https://openalex.org/W3104471981
  • https://openalex.org/W3111147306
  • https://openalex.org/W3111336046
  • https://openalex.org/W3128186941
  • https://openalex.org/W3164453108