Published July 31, 2020 | Version v1
Publication Open

A modular framework for the development of targeted Covid-19 blood transcript profiling panels

Creators

  • 1. Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit
  • 2. Shoklo Malaria Research Unit
  • 3. Mahidol University
  • 4. Baylor University
  • 5. University of Washington
  • 6. University of Genoa
  • 7. Ospedale Policlinico San Martino
  • 8. Nepean Hospital
  • 9. University of Sydney

Description

Covid-19 morbidity and mortality are associated with a dysregulated immune response. Tools are needed to enhance existing immune profiling capabilities in affected patients. Here we aimed to develop an approach to support the design of targeted blood transcriptome panels for profiling the immune response to SARS-CoV-2 infection.We designed a pool of candidates based on a pre-existing and well-characterized repertoire of blood transcriptional modules. Available Covid-19 blood transcriptome data was also used to guide this process. Further selection steps relied on expert curation. Additionally, we developed several custom web applications to support the evaluation of candidates.As a proof of principle, we designed three targeted blood transcript panels, each with a different translational connotation: immunological relevance, therapeutic development relevance and SARS biology relevance.Altogether the work presented here may contribute to the future expansion of immune profiling capabilities via targeted profiling of blood transcript abundance in Covid-19 patients.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ترتبط معدلات الاعتلال والوفيات الناجمة عن كوفيد-19 باستجابة مناعية غير منظمة. هناك حاجة إلى أدوات لتعزيز قدرات التنميط المناعي الحالية لدى المرضى المتضررين. هنا كنا نهدف إلى تطوير نهج لدعم تصميم لوحات ترانسكريبتوم الدم المستهدفة لتحديد ملامح الاستجابة المناعية لعدوى فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة. قمنا بتصميم مجموعة من المرشحين بناءً على ذخيرة موجودة مسبقًا ومميزة جيدًا لوحدات نسخ الدم. كما تم استخدام بيانات ترانسكريبتوم الدم المتاحة لكوفيد-19 لتوجيه هذه العملية. اعتمدت خطوات الاختيار الإضافية على تنظيم الخبراء. بالإضافة إلى ذلك، قمنا بتطوير العديد من تطبيقات الويب المخصصة لدعم تقييم المرشحين. وكدليل على المبدأ، قمنا بتصميم ثلاث لوحات مستهدفة لنسخ الدم، ولكل منها دلالة متعدية مختلفة: الصلة المناعية، وأهمية التطور العلاجي، وأهمية بيولوجيا السارس. قد يساهم العمل المقدم هنا في التوسع المستقبلي لقدرات التنميط المناعي من خلال التنميط المستهدف لوفرة نسخ الدم لدى مرضى كوفيد-19.

Translated Description (French)

La morbidité et la mortalité liées au Covid-19 sont associées à une réponse immunitaire dérégulée. Des outils sont nécessaires pour améliorer les capacités existantes de profilage immunitaire chez les patients affectés. Ici, nous avons cherché à développer une approche pour soutenir la conception de panels de transcriptome sanguin ciblés pour le profilage de la réponse immunitaire à l'infection par le SRAS-CoV-2. Nous avons conçu un pool de candidats basé sur un répertoire préexistant et bien caractérisé de modules transcriptionnels sanguins. Les données disponibles sur le transcriptome sanguin du Covid-19 ont également été utilisées pour guider ce processus. D'autres étapes de sélection reposaient sur une curation experte. De plus, nous avons développé plusieurs applications Web personnalisées pour soutenir l'évaluation des candidats. Comme preuve de principe, nous avons conçu trois panels de transcription sanguine ciblés, chacun avec une connotation translationnelle différente : pertinence immunologique, pertinence pour le développement thérapeutique et pertinence pour la biologie du SRAS. Ensemble, les travaux présentés ici peuvent contribuer à l'expansion future des capacités de profilage immunitaire via un profilage ciblé de l'abondance de la transcription sanguine chez les patients atteints de Covid-19.

Translated Description (Spanish)

La morbilidad y mortalidad por Covid-19 se asocian con una respuesta inmune desregulada. Se necesitan herramientas para mejorar las capacidades de perfilado inmunitario existentes en los pacientes afectados. Aquí nuestro objetivo fue desarrollar un enfoque para apoyar el diseño de paneles de transcriptoma sanguíneo dirigidos para perfilar la respuesta inmune a la infección por SARS-CoV-2. Diseñamos un grupo de candidatos basados en un repertorio preexistente y bien caracterizado de módulos de transcripción sanguínea. También se utilizaron los datos disponibles del transcriptoma sanguíneo de Covid-19 para guiar este proceso. Otros pasos de selección se basaron en la selección de expertos. Además, desarrollamos varias aplicaciones web personalizadas para respaldar la evaluación de los candidatos. Como prueba de principio, diseñamos tres paneles de transcripciones sanguíneas específicas, cada uno con una connotación traduccional diferente: relevancia inmunológica, relevancia del desarrollo terapéutico y relevancia de la biología del SARS. En conjunto, el trabajo presentado aquí puede contribuir a la futura expansión de las capacidades de perfilado inmunológico a través del perfilado específico de la abundancia de transcripciones sanguíneas en pacientes con Covid-19.

Files

s12967-020-02456-z.pdf

Files (4.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1c5c07a7bde12a5574263028d3be7809
4.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
إطار معياري لتطوير لوحات توصيف الدم المستهدفة لكوفيد-19
Translated title (French)
Un cadre modulaire pour le développement de panels ciblés de profilage de la transcription sanguine du Covid-19
Translated title (Spanish)
Un marco modular para el desarrollo de paneles específicos de perfiles de transcripción sanguínea de Covid-19

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3046237435
DOI
10.1186/s12967-020-02456-z

Is supplement to
https://openalex.org/W4392059188 (Other)
https://openalex.org/W4388725868 (Other)
https://openalex.org/W4388386498 (Other)
https://openalex.org/W3150324899 (Other)
https://openalex.org/W2982720988 (Other)
https://openalex.org/W2399513595 (Other)
https://openalex.org/W2104762330 (Other)
https://openalex.org/W2073305407 (Other)
https://openalex.org/W2028462563 (Other)
https://openalex.org/W1980329767 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1571809641
  • https://openalex.org/W1974321810
  • https://openalex.org/W1974767214
  • https://openalex.org/W1989425827
  • https://openalex.org/W1989708898
  • https://openalex.org/W1992344082
  • https://openalex.org/W1994488319
  • https://openalex.org/W2026445898
  • https://openalex.org/W2037665605
  • https://openalex.org/W2066629315
  • https://openalex.org/W2068409497
  • https://openalex.org/W2070712449
  • https://openalex.org/W2080304423
  • https://openalex.org/W2081719521
  • https://openalex.org/W2088943364
  • https://openalex.org/W2118308152
  • https://openalex.org/W2123323987
  • https://openalex.org/W2142509396
  • https://openalex.org/W2150932450
  • https://openalex.org/W2152834290
  • https://openalex.org/W2153593258
  • https://openalex.org/W2156073353
  • https://openalex.org/W2290207881
  • https://openalex.org/W2345471773
  • https://openalex.org/W2372119441
  • https://openalex.org/W2406250479
  • https://openalex.org/W2416591398
  • https://openalex.org/W2436204867
  • https://openalex.org/W2513843070
  • https://openalex.org/W2565082939
  • https://openalex.org/W2568340136
  • https://openalex.org/W2707108151
  • https://openalex.org/W2739638175
  • https://openalex.org/W2762087180
  • https://openalex.org/W2789227767
  • https://openalex.org/W2792468812
  • https://openalex.org/W2804802143
  • https://openalex.org/W2807395067
  • https://openalex.org/W2889765367
  • https://openalex.org/W2891356918
  • https://openalex.org/W2900668971
  • https://openalex.org/W2913280734
  • https://openalex.org/W2914193935
  • https://openalex.org/W2922233085
  • https://openalex.org/W2931743436
  • https://openalex.org/W2943109925
  • https://openalex.org/W2948824749
  • https://openalex.org/W2980475610
  • https://openalex.org/W2989744261
  • https://openalex.org/W3008568763
  • https://openalex.org/W3008827533
  • https://openalex.org/W3011994656
  • https://openalex.org/W3012341758
  • https://openalex.org/W3013270782
  • https://openalex.org/W3013843138
  • https://openalex.org/W3015607499
  • https://openalex.org/W3016288338
  • https://openalex.org/W3017312007
  • https://openalex.org/W3018517500
  • https://openalex.org/W3019247800
  • https://openalex.org/W3020519915
  • https://openalex.org/W3021590963
  • https://openalex.org/W3022435472
  • https://openalex.org/W3023057222
  • https://openalex.org/W3023606094
  • https://openalex.org/W3024541652
  • https://openalex.org/W3037167931
  • https://openalex.org/W3101804224
  • https://openalex.org/W3110809804
  • https://openalex.org/W3158868742