Published October 1, 2014 | Version v1
Publication Open

Association study of genetic variants at single nucleotide polymorphism rs109231409 of mannose-binding lectins 1 gene with mastitis susceptibility in Vrindavani crossbred cattle

Creators

  • 1. Indian Veterinary Research Institute

Description

Aim:The present study was undertaken to identify whether single nucleotide polymorphism (SNP) rs109231409 located on mannose-binding lectins 1 (MBL1) gene was associated with mastitis tolerance/susceptibility. Materials and Methods:After grouping 100 Vrindavani crossbred cattle as mastitis positive and negative animals, they were genotyped using polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphisms method.Gene and genotype frequencies of different patterns were estimated by standard procedure (POPGENE version 1.32, (University of Alberta, Canada) and statistical analysis was carried out by logistic regression methods using STATA 12 software (StataCorp LP, USA). Results:The 588 bp fragment of MBL1 gene was amplified using PCR.PCR product was digested with ApaI restriction enzyme showed two distinct genotypes viz., GG (311 bp and 272 bp fragments) and GA (588 bp, 311 bp and 277 bp fragments).The gene, genotype frequencies, average heterozygosity, polymorphic information content and χ 2 values for the locus rs109231409 was ascertained.Conclusions: No significant association between SNP "rs109231409" with mastitis tolerance was found.Although there is a lack of association, further studies have to be undertaken in a large population in order to validate the impact of rs109231409 (g.855G >A) on mastitis tolerance.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الهدف: أجريت هذه الدراسة لتحديد ما إذا كان تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) rs109231409 الموجودة على جين ليكتينات ربط المانوز 1 (MBL1) مرتبطًا بتحمل/قابلية التهاب الضرع. المواد والطرق:بعد تجميع 100 من ماشية فريندافاني المهجنة كحيوانات مصابة بالتهاب الضرع الإيجابي والسلبي، تم تنميطها وراثيًا باستخدام طريقة تعدد الأشكال بطول سلسلة البلمرة (PCR). تم تقدير ترددات الجينات والأنماط الجينية للأنماط المختلفة من خلال الإجراء القياسي (POPGENE الإصدار 1.32، (جامعة ألبرتا، كندا) وتم إجراء التحليل الإحصائي بطرق الانحدار اللوجستي باستخدام برنامج STATATA 12 (StataCorp LP، الولايات المتحدة الأمريكية). النتائج:تم تضخيم جزء 588 نقطة أساس من جين MBL1 باستخدام منتج تفاعل البوليميراز المتسلسل. تم هضم تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام إنزيم تقييد ApaI الذي أظهر نمطين جينيين متميزين.و GG (311 جزء في البوصة و 272 جزء في البوصة) و GA (588 جزء في البوصة و 311 جزء في البوصة و 277 جزء في البوصة). تم التحقق من الجين وترددات النمط الجيني ومتوسط الزيجوت غير المتجانس ومحتوى المعلومات متعدد الأشكال وقيم χ 2 للموضع rs109231409. الاستنتاجات: لم يتم العثور على ارتباط كبير بين SNP "rs109231409" وتحمل التهاب الضرع. على الرغم من وجود نقص في الارتباط، يجب إجراء مزيد من الدراسات على عدد كبير من السكان من أجل التحقق من تأثير rs109231409 (g.855G >A) على تحمل التهاب الضرع.

Translated Description (French)

Objectif :La présente étude a été entreprise pour identifier si le polymorphisme mononucléotidique (SNP) rs109231409 situé sur le gène des lectines 1 de liaison au mannose (MBL1) était associé à la tolérance/sensibilité à la mammite. Matériels et méthodes :Après avoir regroupé 100 bovins de race croisée Vrindavani comme animaux positifs et négatifs à la mammite, ils ont été génotypés à l'aide de la méthode des polymorphismes de la longueur des fragments de restriction par réaction en chaîne de la polymérase (PCR). Les fréquences des gènes et des génotypes de différents modèles ont été estimées par procédure standard (POPGENE version 1.32, (Université de l'Alberta, Canada) et l'analyse statistique a été effectuée par des méthodes de régression logistique à l'aide du logiciel STATA 12 (StataCorp LP, États-Unis). Résultats :Le fragment de 588 pb du gène MBL1 a été amplifié à l'aide du produit PCR.PCR a été digéré avec l'enzyme de restriction ApaI a montré deux génotypes distincts, à savoir., GG (311 pb et fragments de 272 pb) et GA (588 pb, 311 pb et fragments de 277 pb).Le gène, les fréquences de génotype, l'hétérozygotie moyenne, le contenu en informations polymorphes et les valeurs de χ 2 pour le locus rs109231409 ont été déterminés.Conclusions : Aucune association significative entre le SNP « rs109231409 » et la tolérance à la mammite n'a été trouvée. Bien qu'il y ait un manque d'association, d'autres études doivent être entreprises dans une grande population afin de valider l'impact de rs109231409 (g.855G >A) sur la tolérance à la mammite.

Translated Description (Spanish)

Objetivo:El presente estudio se realizó para identificar si el polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) rs109231409 ubicado en el gen de las lectinas de unión a manosa 1 (MBL1) se asoció con la tolerancia/susceptibilidad a la mastitis. Materiales y métodos:Después de agrupar 100 vacas cruzadas Vrindavani como animales con mastitis positiva y negativa, se genotipificaron utilizando el método de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Las frecuencias de genes y genotipos de diferentes patrones se estimaron mediante procedimiento estándar (POPGENE versión 1.32, (Universidad de Alberta, Canadá) y el análisis estadístico se realizó mediante métodos de regresión logística utilizando el software STATA 12 (StataCorp LP, EE. UU.). Resultados:El fragmento de 588 pb del gen MBL1 se amplificó usando PCR. El producto de PCR se digirió con la enzima de restricción ApaI y mostró dos genotipos distintos, a saber., GG (fragmentos de 311 pb y 272 pb) y GA (fragmentos de 588 pb, 311 pb y 277 pb).Se determinó el gen, las frecuencias de genotipo, la heterocigosidad media, el contenido de información polimórfica y los valores de χ 2 para el locus rs109231409. Conclusiones: No se encontró una asociación significativa entre el SNP "rs109231409" con la tolerancia a la mastitis. Aunque hay una falta de asociación, se deben realizar más estudios en una población grande para validar el impacto de rs109231409 (g.855G >A) en la tolerancia a la mastitis.

Files

10.pdf.pdf

Files (226 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5360980bad11bf9723da89687501effc
226 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
دراسة ارتباط المتغيرات الوراثية في تعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة rs109231409 من ليكتينات ربط المانوز 1 جين مع حساسية التهاب الضرع في الماشية المتهجنة في فريندافاني
Translated title (French)
Étude d'association de variants génétiques au polymorphisme mononucléotidique rs109231409 du gène des lectines 1 liant le mannose avec sensibilité à la mammite chez les bovins croisés Vrindavani
Translated title (Spanish)
Estudio de asociación de variantes genéticas en el polimorfismo de un solo nucleótido rs109231409 del gen de las lectinas 1 de unión a manosa con susceptibilidad a la mastitis en ganado cruzado Vrindavani

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2009676707
DOI
10.14202/vetworld.2014.807-810

Is supplement to
https://openalex.org/W3146762847 (Other)
https://openalex.org/W2416812663 (Other)
https://openalex.org/W2398263405 (Other)
https://openalex.org/W2392918161 (Other)
https://openalex.org/W2375035709 (Other)
https://openalex.org/W2373219702 (Other)
https://openalex.org/W2372942468 (Other)
https://openalex.org/W2248642572 (Other)
https://openalex.org/W2050104184 (Other)
https://openalex.org/W1982777021 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1966492619
  • https://openalex.org/W1970344276
  • https://openalex.org/W1980793533
  • https://openalex.org/W1988426099
  • https://openalex.org/W1993722079
  • https://openalex.org/W2002458232
  • https://openalex.org/W2009008029
  • https://openalex.org/W2011380598
  • https://openalex.org/W2016193920
  • https://openalex.org/W2023721614
  • https://openalex.org/W2025524807
  • https://openalex.org/W2032363408
  • https://openalex.org/W2047051268
  • https://openalex.org/W2066881773
  • https://openalex.org/W2067080331
  • https://openalex.org/W2070362659
  • https://openalex.org/W2082122371
  • https://openalex.org/W2084687601
  • https://openalex.org/W2104063702
  • https://openalex.org/W2135023702
  • https://openalex.org/W2140348099
  • https://openalex.org/W2157056202
  • https://openalex.org/W2461128315