Published June 10, 2020
| Version v1
Publication
In-silco investigation of EGFR network in kidney cancer: a drug discovery approach
Description
Epidermal growth factor receptor (EGFR) gene plays an important role in the cell membrane including cell cycle promotion and differentiation.In many cancers studies the EGFR alteration causes the development of Oncogenesis that promote carcinogenesis and metastasis.Aim of the current study is to better understand the EGFR protein-protein interacting network in kidney cancer to identifying co-targets for drug designing.EGFR protein was as a query in STRING database and a network of 34 nodes and 123 edges was extracted.HUBBA analyzer was applied for the identification of hubs protein in the network that showed the functional association among network components.The findings of this study explored five clusters which has intra/inter-modular connections those are targeting links in therapeutic strategy.The cbioportal cancer database was used to analyze the expression levels of gene encoding hubs protein in the network and their participation in kidney cancer.In total of twenty hub proteins, seven genes, including HRAS, SHC1, PTPN1, PIK3CB, HBEGF, NRG2, AGTR1 shows overexpression and five genes like PIK3CD, ARRB1, NRG1, RAB5A, EPN1 displayed under-expression in kidney renal cell carcinoma.Outcomes of the research declared novel components mutations, mediated through EGFR signaling that are involved in ATM, MAPK, MDM2, ATK/VEGFR signaling pathways of proliferation and anti-apoptotic activities.It is evident that experimental validation of this results could be employed for the identification of new diagnostic markers for kidney cancer.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يلعب جين مستقبل عامل النمو البشروي (EGFR) دورًا مهمًا في غشاء الخلية بما في ذلك تعزيز دورة الخلية والتمايز. في العديد من دراسات السرطان، يتسبب تغيير EGFR في تطور تكوين الأورام الذي يعزز التسرطن والانبثاث. الهدف من الدراسة الحالية هو فهم أفضل لشبكة تفاعل البروتين والبروتين EGFR في سرطان الكلى لتحديد الأهداف المشتركة لتصميم الأدوية. كان بروتين EGFR بمثابة استعلام في قاعدة بيانات السلسلة وشبكة من 34 عقدة و 123 حافة مستخرجة. تم تطبيق محلل HUBBA لتحديد بروتين المحاور في الشبكة التي أظهرت الارتباط الوظيفي بين مكونات الشبكة. استكشفت نتائج هذه الدراسة خمس مجموعات لها روابط داخل/بين الوحدات التي تستهدف الروابط في الاستراتيجية العلاجية. تم استخدام قاعدة بيانات سرطان cbioportal لتحليل مستويات التعبير عن بروتين محاور ترميز الجينات في الشبكة ومشاركتها في سرطان الكلى. تم عرض ما مجموعه عشرين بروتينًا محوريًا وسبعة جينات، بما في ذلك HRAS و SHC1 و PTPN1 و PIK3CB و HBEGF و NRG2 و AGTR1 للتعبير المفرط وخمسة جينات مثل PIK3CD و ARRB1 و NRG1 و RAB5A و EPN1 تحت التعبير في الكلى سرطان الخلايا. أعلنت نتائج البحث عن طفرات في المكونات الجديدة، بوساطة إشارات EGFR التي تشارك في ATM و MAPK و MDM2 ومسارات إشارات ATK/VEGFR للانتشار والأنشطة المضادة للاستماتة. من الواضح أنه يمكن استخدام التحقق التجريبي من هذه النتائج لتحديد علامات تشخيصية جديدة لسرطان الكلى.Translated Description (French)
Le gène du récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) joue un rôle important dans la membrane cellulaire, y compris la promotion et la différenciation du cycle cellulaire. Dans de nombreuses études sur le cancer, l'altération de l'EGFR provoque le développement d'une oncogenèse qui favorise la carcinogenèse et les métastases. L'objectif de la présente étude est de mieux comprendre le réseau d'interaction protéine-protéine de l'EGFR dans le cancer du rein afin d'identifier des co-cibles pour la conception de médicaments. La protéine de l'EGFR était une requête dans une base de données de CHAÎNES et un réseau de 34 nœuds et 123 arêtes était extrait.L' analyseur HUBBA a été appliqué pour l'identification de la protéine hubs dans le réseau qui a montré l'association fonctionnelle entre les composants du réseau.Les résultats de cette étude ont exploré cinq grappes qui ont des connexions intra/inter-modulaires qui ciblent les liens dans la stratégie thérapeutique.La base de données sur le cancer cbioportal a été utilisée pour analyser les niveaux d'expression des gènes codant pour la protéine hubs dans le réseau et leur participation au cancer du rein.En tout, vingt protéines hub, sept gènes, dont HRAS, SHC1, PTPN1, PIK3CB, HBEGF, NRG2, AGTR1 montrent une surexpression et cinq gènes comme PIK3CD, ARRB1, NRG1, RAB5A, EPN1 affichés sous-expression dans le rein carcinome cellulaire. Les résultats de la recherche ont déclaré de nouvelles mutations de composants, médiées par la signalisation EGFR qui sont impliquées dans les voies de signalisation ATM, MAPK, MDM2, ATK/VEGFR de la prolifération et des activités anti-apoptotiques. Il est évident que la validation expérimentale de ces résultats pourrait être utilisée pour l'identification de nouveaux marqueurs diagnostiques du cancer du rein.Translated Description (Spanish)
El gen del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) desempeña un papel importante en la membrana celular, incluida la promoción y diferenciación del ciclo celular. En muchos estudios de cáncer, la alteración del EGFR causa el desarrollo de oncogénesis que promueve la carcinogénesis y la metástasis. El objetivo del estudio actual es comprender mejor la red de interacción proteína-proteína del EGFR en el cáncer de riñón para identificar objetivos conjuntos para el diseño de fármacos. La proteína del EGFR era una consulta en la base de datos de CADENAS y una red de 34 nodos y 123 bordes era extraído. El analizador Hubba se aplicó para la identificación de la proteína Hubs en la red que mostró la asociación funcional entre los componentes de la red. Los hallazgos de este estudio exploraron cinco grupos que tienen conexiones intra/intermodulares que se dirigen a enlaces en la estrategia terapéutica. La base de datos de cáncer cbioportal se utilizó para analizar los niveles de expresión de la proteína Hubs que codifica genes en la red y su participación en el cáncer de riñón. En total, veinte proteínas Hub, siete genes, incluidos HRAS, SHC1, PTPN1, PIK3CB, HBEGF, NRG2, AGTR1 muestran sobreexpresión y cinco genes como PIK3CD, ARRB1, NRG1, RAB5A, EPN1 mostraron subexpresión en el riñón renal carcinoma celular s. abst. Los resultados de la investigación declararon nuevas mutaciones de componentes, mediadas a través de la señalización de EGFR que están involucradas en las vías de señalización ATM, MAPK, MDM2, ATK/VEGFR de proliferación y actividades antiapoptóticas. Es evidente que la validación experimental de estos resultados podría emplearse para la identificación de nuevos marcadores de diagnóstico para el cáncer de riñón.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التحقيق في سيلكو لشبكة EGFR في سرطان الكلى: نهج اكتشاف الأدوية
- Translated title (French)
- Enquête in-silco sur le réseau EGFR dans le cancer du rein : une approche de découverte de médicaments
- Translated title (Spanish)
- Investigación in-silco de la red EGFR en cáncer de riñón: un enfoque de descubrimiento de fármacos
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3011669671
- DOI
- 10.19045/bspab.2020.90166
References
- https://openalex.org/W1965322071
- https://openalex.org/W1974523446
- https://openalex.org/W1980073907
- https://openalex.org/W1994663540
- https://openalex.org/W2005138964
- https://openalex.org/W2019433534
- https://openalex.org/W2041233762
- https://openalex.org/W2044961658
- https://openalex.org/W2060185947
- https://openalex.org/W2073544062
- https://openalex.org/W2084663074
- https://openalex.org/W2092405279
- https://openalex.org/W2102140136
- https://openalex.org/W2124712330
- https://openalex.org/W2133590033
- https://openalex.org/W2146191095
- https://openalex.org/W2159444131
- https://openalex.org/W2160694597
- https://openalex.org/W2187251088
- https://openalex.org/W2307972733
- https://openalex.org/W2408410261
- https://openalex.org/W2926239349