Published November 20, 2019 | Version v1
Publication Open

Peer Review #1 of "Genomic diversity of prevalent Staphylococcus epidermidis multidrug-resistant strains isolated from a Children's Hospital in México City in an eight-years survey (v0.1)"

Creators

  • 1. Universidad Nacional Autónoma de México
  • 2. Departamento de Salud
  • 3. Universidad Autónoma del Estado de Morelos
  • 4. Instituto de Medicina Genómica
  • 5. National Institute of Genomic Medicine

Description

Staphylococcus epidermidis is a human commensal and pathogen worldwide distributed.In this work, we surveyed for multi-resistant S. epidermidis strains in eight years at a children's health-care unit in México City.Multidrug-resistant S. epidermidis were present in all years of the study, including resistance to methicillin, beta-lactams, fluoroquinolones, and macrolides.To understand the genetic basis of antibiotic resistance and its association with virulence and gene exchange, we sequenced the genomes of 17 S. epidermidis isolates.Whole-genome nucleotide identities between all the pairs of S. epidermidis strains were about 97% to 99%.We inferred a clonal structure and eight Multilocus Sequence Types (MLST´s) in the S. epidermidis sequenced collection.The profile of virulence includes genes involved in biofilm formation and phenol-soluble modulins (PSMs).Half of the S. epidermidis analyzed lacked the ica operon for biofilm formation.Likely, they are commensal S. epidermidis strains but multi-antibiotic resistant.Uneven distribution of insertion sequences, phages, and CRISPR-Cas immunity phage systems suggest frequent horizontal gene transfer.Rates of recombination between S. epidermidis strains were more prevalent than the mutation rate and affected the whole genome.Therefore, the multidrug resistance, independently of the pathogenic traits, might explain the persistence of specific highly adapted S. epidermidis clonal lineages in nosocomial settings.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

Staphylococcus epidermidis هو تناظر بشري وممرض موزع في جميع أنحاء العالم. في هذا العمل، قمنا بمسح سلالات S. epidermidis متعددة المقاومة في ثماني سنوات في وحدة رعاية صحية للأطفال في مدينة المكسيك. كانت S. epidermidis المقاومة للأدوية المتعددة موجودة في جميع سنوات الدراسة، بما في ذلك مقاومة الميثيسيلين وبيتا لاكتام والفلوروكينولونات والماكروليدات. لفهم الأساس الجيني لمقاومة المضادات الحيوية وارتباطها بالفوعة وتبادل الجينات، قمنا بتسلسل جينومات 17 S. epidermidis المعزولة. هويات النيوكليوتيدات الجينومية الكاملة بين جميع أزواج سلالات S. epidermidis كانت حوالي 97 ٪ إلى 99 ٪. استنتجنا بنية مستنسخة وثمانية أنواع متسلسلة متعددة البؤر (MLST's) في مجموعة S. epidermidis المتسلسلة. يتضمن ملف تعريف الفوعة الجينات المشاركة في تكوين الأغشية الحيوية والمكونات القابلة للذوبان في الفينول (PSMs). افتقر نصف سلالات S. epidermidis التي تم تحليلها إلى مشغل ica لتكوين الأغشية الحيوية. على سبيل المثال، فهي سلالات S. epidermidis متعايشة ولكنها مقاومة للمضادات الحيوية المتعددة. يشير التوزيع المتساوي لتسلسلات الإدخال والعاثريات وأنظمة عاثية CRISPR - CAS إلى نقل الجينات الأفقي المتكرر. كانت معدلات إعادة التركيب بين سلالات S. epidermidis أكثر انتشارًا من معدل الطفرات و أثرت على الجينوم بأكمله. لذلك، فإن المقاومة للأدوية المتعددة، بغض النظر عن الصفات المسببة للأمراض، قد تفسر استمرار وجود سلالات نسيلة محددة مكيفة للغاية من S. epidermidis في البيئات المستشفوية.

Translated Description (French)

Staphylococcus epidermidis est un commensal humain et un agent pathogène distribué dans le monde entier. Dans ce travail, nous avons étudié les souches de S. epidermidis multi-résistantes en huit ans dans une unité de soins de santé pour enfants de la ville de Mexico. Des souches de S. epidermidis multirésistantes étaient présentes toutes les années de l'étude, y compris la résistance à la méthicilline, aux bêta-lactames, aux fluoroquinolones et aux macrolides. Pour comprendre la base génétique de la résistance aux antibiotiques et son association avec la virulence et l'échange de gènes, nous avons séquencé les génomes de 17 isolats de S. epidermidis. Identité des nucléotides du génome entier entre toutes les paires de souches de S. epidermidis étaient d'environ 97 % à 99 %. Nous avons déduit une structure clonale et huit types de séquences multilocales (MLST) dans la collection séquencée de S. epidermidis. Le profil de virulence comprend les gènes impliqués dans la formation du biofilm et les modulines solubles dans le phénol (PSM). La moitié des souches de S. epidermidis analysées n'avaient pas l'opéron ica pour la formation du biofilm. Il s'agit probablement de souches commensales de S. epidermidis mais résistantes aux multi-antibiotiques. La distribution même des séquences d'insertion, des phages et des systèmes de phages d'immunité CRISPR-Cas suggèrent un transfert horizontal fréquent de gènes. Les taux de recombinaison entre les souches de S. epidermidis étaient plus fréquents que le taux de mutation et a affecté l'ensemble du génome. Par conséquent, la multirésistance aux médicaments, indépendamment des traits pathogènes, pourrait expliquer la persistance de lignées clonales spécifiques de S. epidermidis hautement adaptées dans les milieux nosocomiaux.

Translated Description (Spanish)

Staphylococcus epidermidis es un comensal humano y patógeno distribuido en todo el mundo. En este trabajo, encuestamos cepas multirresistentes de S. epidermidis en ocho años en una unidad de atención médica infantil en la Ciudad de México. S. epidermidis multirresistente estuvo presente en todos los años del estudio, incluida la resistencia a la meticilina, betalactamas, fluoroquinolonas y macrólidos. Para comprender la base genética de la resistencia a los antibióticos y su asociación con la virulencia y el intercambio génico, secuenciamos los genomas de 17 aislados de S. epidermidis. Identidades de nucleótidos del genoma completo entre todos los pares de cepas de S. epidermidis fueron de alrededor del 97% al 99% .Inferimos una estructura clonal y ocho tipos de secuencias multilocus (MLST) en la colección secuenciada de S. epidermidis. El perfil de virulencia incluye genes involucrados en la formación de biopelículas y modulinas solubles en fenol (PSM). La mitad de las S. epidermidis analizadas carecían del operón ica para la formación de biopelículas. Probablemente, son cepas comensales de S. epidermidis pero resistentes a múltiples antibióticos. La distribución uniforme de secuencias de inserción, fagos y sistemas de fagos de inmunidad CRISPR-Cas sugieren una transferencia génica horizontal frecuente. Las tasas de recombinación entre las cepas de S. epidermidis fueron más prevalentes que la tasa de mutación y afectó a todo el genoma. Por lo tanto, la resistencia a múltiples fármacos, independientemente de los rasgos patógenos, podría explicar la persistencia de linajes clonales de S. epidermidis altamente adaptados específicos en entornos nosocomiales.

Files

submission.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5e2f0e8d47524b9f822442f6cb5c25b2
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مراجعة الأقران رقم1 لـ "التنوع الجيني للسلالات المقاومة للأدوية المتعددة للمكورات العنقودية البشروية السائدة المعزولة من مستشفى للأطفال في مكسيكو سيتي في مسح مدته ثماني سنوات (v0.1 )"
Translated title (French)
Examen par les pairs n °1 de « Diversité génomique des souches multirésistantes de Staphylococcus epidermidis prévalentes isolées d'un hôpital pour enfants de la ville de Mexico dans une enquête de huit ans (v0.1) »
Translated title (Spanish)
Revisión por pares #1 de "Diversidad genómica de cepas prevalentes de Staphylococcus epidermidis multirresistentes aisladas de un Hospital Infantil en la Ciudad de México en una encuesta de ocho años (v0.1)"

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4248150542
DOI
10.7287/peerj.8068v0.1/reviews/1

Is supplement to
https://openalex.org/W3166352529 (Other)
https://openalex.org/W2896567050 (Other)
https://openalex.org/W2612233607 (Other)
https://openalex.org/W2611477722 (Other)
https://openalex.org/W2370121755 (Other)
https://openalex.org/W2150893195 (Other)
https://openalex.org/W2096169300 (Other)
https://openalex.org/W2039135786 (Other)
https://openalex.org/W1988940176 (Other)
https://openalex.org/W1983362375 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Mexico

References

  • https://openalex.org/W1562233960
  • https://openalex.org/W1967513805
  • https://openalex.org/W2003086561
  • https://openalex.org/W2017870685
  • https://openalex.org/W2021340480
  • https://openalex.org/W2025021478
  • https://openalex.org/W2030529989
  • https://openalex.org/W2041127220
  • https://openalex.org/W2055292037
  • https://openalex.org/W2069575009
  • https://openalex.org/W2071176300
  • https://openalex.org/W2073550483
  • https://openalex.org/W2074862753
  • https://openalex.org/W2088514780
  • https://openalex.org/W2089759291
  • https://openalex.org/W2100102165
  • https://openalex.org/W2101072339
  • https://openalex.org/W2120902911
  • https://openalex.org/W2121863964
  • https://openalex.org/W2130746543
  • https://openalex.org/W2132926880
  • https://openalex.org/W2137367576
  • https://openalex.org/W2142343269
  • https://openalex.org/W2143120485
  • https://openalex.org/W2147342192
  • https://openalex.org/W2149452073
  • https://openalex.org/W2153355999
  • https://openalex.org/W2154837539
  • https://openalex.org/W2155090350
  • https://openalex.org/W2157151120
  • https://openalex.org/W2159269060
  • https://openalex.org/W2164405370
  • https://openalex.org/W2165159228
  • https://openalex.org/W2169653227
  • https://openalex.org/W2175094144
  • https://openalex.org/W2194181707
  • https://openalex.org/W2344838990
  • https://openalex.org/W2419182998
  • https://openalex.org/W2419335772
  • https://openalex.org/W2430356171
  • https://openalex.org/W2467774077
  • https://openalex.org/W2519703809
  • https://openalex.org/W2559906140
  • https://openalex.org/W2604847076
  • https://openalex.org/W2611487275
  • https://openalex.org/W2735346266
  • https://openalex.org/W2738955774
  • https://openalex.org/W2784164089
  • https://openalex.org/W2789544048
  • https://openalex.org/W2800137795
  • https://openalex.org/W2888204577
  • https://openalex.org/W2900896766
  • https://openalex.org/W2901595845
  • https://openalex.org/W2911964808
  • https://openalex.org/W2949496991
  • https://openalex.org/W2951981149
  • https://openalex.org/W4233306707
  • https://openalex.org/W4321509147