Published September 16, 2008
| Version v1
Publication
Open
Comparative analysis of emmtype pattern of Group A Streptococcus throat and skin isolates from India and their association with closely related SIC, a streptococcal virulence factor
- 1. Post Graduate Institute of Medical Education and Research
- 2. Indian Council of Medical Research
Description
Group A streptococcus (GAS) causes a wide variety of life threatening diseases in humans and the incidence of such infections is high in developing countries like India. Although distribution of emm types of GAS in India has been described, there is a lack of data describing either the comparative distribution of emm types in throat versus skin isolates, or the distribution of certain virulence factors amongst these isolates. Therefore in the present study we have monitored the emm type pattern of Group A streptococcus throat and skin isolates from India. Additionally, the association of these isolates with closely related sic (crs), a multifunctional compliment binding virulence factor, was also explored.Of the 94 (46 throat and 48 skin) isolates analyzed, 37 emm types were identified. The most frequently observed emm types were emm49 (8.5%) and emm112 (7.5%) followed by 6.5% each of emm1-2, emm75, emm77, and emm81. Out of 37 emm types, 27 have been previously reported and rest were isolated for the first time in the Indian Community. The predominant emm types of throat (emm49 and emm75) samples were different from those of skin (emm44, emm81 and emm112) samples. After screening all the 94 isolates, the crs gene was found in six emm1-2 (crs1-2) isolates, which was confirmed by DNA sequencing and expression analysis. Despite the polymorphic nature of crs, no intravariation was observed within crs1-2. However, insertions and deletions of highly variable sizes were noticed in comparison to CRS isolated from other emm types (emm1.0, emm57). CRS1-2 showed maximum homology with CRS57, but the genomic location of crs1-2 was found to be the same as that of sic1.0. Further, among crs positive isolates, speA was only present in skin samples thus suggesting possible role of speA in tissue tropism.Despite the diversity in emm type pattern of throat and skin isolates, no significant association between emm type and source of isolation was observed. The finding that the crs gene is highly conserved even in two different variants of emm1-2 GAS (speA +ve and -ve) suggests a single allele of crs may be prevalent in the highly diverse throat and skin isolates of GAS in India.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تسبب المجموعة A من المكورات العقدية (الغاز) مجموعة واسعة من الأمراض التي تهدد الحياة لدى البشر، كما أن معدل حدوث مثل هذه العدوى مرتفع في البلدان النامية مثل الهند. على الرغم من وصف توزيع أنواع غاز EMM في الهند، إلا أن هناك نقصًا في البيانات التي تصف إما التوزيع المقارن لأنواع EMM في الحلق مقابل عزلات الجلد، أو توزيع بعض عوامل الضراوة بين هذه العزلات. لذلك قمنا في هذه الدراسة بمراقبة نمط نوع EMM للمجموعة أ من المكورات العقدية في الحلق والجلد المعزول عن الهند. بالإضافة إلى ذلك، تم أيضًا استكشاف ارتباط هذه العزلات بـ SIC (CRS) ذات الصلة الوثيقة، وهو عامل فوعة ملزم متعدد الوظائف. من بين 94 عزلًا (46 حلقًا و 48 جلدًا) تم تحليلها، تم تحديد 37 نوعًا من EMM. كانت أنواع emm الأكثر ملاحظة هي emm49 (8.5 ٪) و emm112 (7.5 ٪) تليها 6.5 ٪ لكل من emm1 -2 و emm75 و emm77 و emm81. من بين 37 نوعًا من أنواع EMM، تم الإبلاغ عن 27 نوعًا سابقًا وتم عزل الراحة لأول مرة في المجتمع الهندي. كانت أنواع emm السائدة من عينات الحلق (emm49 و emm75) مختلفة عن عينات الجلد (emm44 و emm81 و emm112). بعد فحص جميع العزلات الـ 94، تم العثور على جين CRS في ستة عزلات emm1 -2 (crs1 -2)، والتي تم تأكيدها من خلال تسلسل الحمض النووي وتحليل التعبير. على الرغم من الطبيعة متعددة الأشكال للكروموسومات، لم يلاحظ أي تباين داخلي داخل الكروموسومات 1-2. ومع ذلك، لوحظت عمليات الإدراج والحذف ذات الأحجام المتغيرة للغاية مقارنةً بمعيار الإبلاغ المشترك المعزولة عن أنواع emm الأخرى (emm1.0، emm57). أظهر CRS1 -2 أقصى قدر من التماثل مع CRS57، ولكن وجد أن الموقع الجيني لـ crs1 -2 هو نفسه الموقع الجيني لـ sic1.0. علاوة على ذلك، من بين العزلات الإيجابية لـ CRS، كان SPEA موجودًا فقط في عينات الجلد مما يشير إلى الدور المحتمل لـ SPEA في استدارة الأنسجة. على الرغم من التنوع في نمط نوع EMM لعزلات الحلق والجلد، لم يلاحظ وجود ارتباط كبير بين نوع EMM ومصدر العزل. تشير النتيجة إلى أن جين crs محفوظ للغاية حتى في متغيرين مختلفين من غاز emm1 -2 (speA +ve و- ve) إلى أن أليلًا واحدًا من crs قد يكون سائدًا في عزلات الغاز شديدة التنوع في الحلق والجلد في الهند.Translated Description (French)
Le streptocoque du groupe A (SGA) PROVOQUE une grande variété de maladies mortelles chez l'homme et l'incidence de ces infections est élevée dans les pays en développement comme l'Inde. Bien que la distribution des types de GAZ emm en Inde ait été décrite, il existe un manque de données décrivant soit la distribution comparative des types de gaz emm dans les isolats de la gorge par rapport à ceux de la peau, soit la distribution de certains facteurs de virulence parmi ces isolats. Par conséquent, dans la présente étude, nous avons surveillé le modèle de type emm des isolats de streptocoques du groupe A de la gorge et de la peau en provenance de l'Inde. De plus, l'association de ces isolats avec le SIC (crs), un facteur de virulence multifonctionnel liant le complément, a également été explorée. Sur les 94 isolats (46 de gorge et 48 de peau) analysés, 37 types d'emm ont été identifiés. Les types d'emm les plus fréquemment observés étaient emm49 (8,5%) et emm112 (7,5%) suivis de 6,5% chacun de emm1-2, emm75, emm77 et emm81. Sur 37 types d'emm, 27 ont déjà été signalés et le repos a été isolé pour la première fois dans la communauté indienne. Les types prédominants d'échantillons de gorge (emm49 et emm75) étaient différents de ceux des échantillons de peau (emm44, emm81 et emm112). Après criblage des 94 isolats, le gène crs a été trouvé dans six isolats emm1-2 (crs1-2), ce qui a été confirmé par le séquençage de l'ADN et l'analyse de l'expression. Malgré la nature polymorphe des crs, aucune intravariation n'a été observée dans les crs1-2. Cependant, des insertions et des délétions de tailles très variables ont été observées par rapport au SRC isolé d'autres types d'emm (emm1.0, emm57). CRS1-2 a montré une homologie maximale avec CRS57, mais la localisation génomique de crs1-2 s'est avérée être la même que celle de sic1.0. De plus, parmi les isolats positifs pour le crs, la speA n'était présente que dans les échantillons de peau, suggérant ainsi un rôle possible de la speA dans le tropisme tissulaire. Malgré la diversité du modèle de type emm des isolats de la gorge et de la peau, aucune association significative entre le type et la source d'isolement n'a été observée. La découverte que le gène crs est hautement conservé même dans deux variantes différentes du GAZ emm1-2 (speA +ve et -ve) suggère qu'un seul allèle de crs peut être répandu dans les isolats de gorge et de peau très divers du GAZ en Inde.Translated Description (Spanish)
El estreptococo del grupo A (GAS) causa una amplia variedad de enfermedades potencialmente mortales en los seres humanos y la incidencia de tales infecciones es alta en países en desarrollo como la India. Aunque se ha descrito la distribución de los tipos de GAS emm en la India, hay una falta de datos que describan la distribución comparativa de los tipos emm en aislados de garganta frente a piel, o la distribución de ciertos factores de virulencia entre estos aislados. Por lo tanto, en el presente estudio hemos monitoreado el patrón de tipo emm de los aislados de garganta y piel de estreptococos del Grupo A de la India. Además, también se exploró la asociación de estos aislados con sic (crs) estrechamente relacionado, un factor de virulencia de unión al complemento multifuncional. De los 94 (46 de garganta y 48 de piel) aislados analizados, se identificaron 37 tipos de emm. Los tipos de emm observados con mayor frecuencia fueron emm49 (8.5%) y emm112 (7.5%) seguidos por 6.5% cada uno de emm1-2, emm75, emm77 y emm81. De los 37 tipos de emm, 27 se han reportado previamente y el resto se aisló por primera vez en la comunidad india. Los tipos de emm predominantes de muestras de garganta (emm49 y emm75) fueron diferentes de los de muestras de piel (emm44, emm81 y emm112). Después de examinar los 94 aislados, se encontró el gen crs en seis aislados emm1-2 (crs1-2), lo que se confirmó mediante secuenciación de ADN y análisis de expresión. A pesar de la naturaleza polimórfica de crs, no se observó intravariación dentro de crs1-2. Sin embargo, se observaron inserciones y deleciones de tamaños muy variables en comparación con CRS aislado de otros tipos de emm (emm1.0, emm57). CRS1-2 mostró una homología máxima con CRS57, pero se encontró que la ubicación genómica de crs1-2 era la misma que la de sic1.0. Además, entre los aislados positivos para crs, speA solo estuvo presente en muestras de piel, lo que sugiere un posible papel de speA en el tropismo tisular. A pesar de la diversidad en el patrón de tipo emm de los aislados de garganta y piel, no se observó una asociación significativa entre el tipo de emm y la fuente de aislamiento. El hallazgo de que el gen crs está altamente conservado incluso en dos variantes diferentes de GAS emm1-2 (speA +ve y -ve) sugiere que un solo alelo de crs puede prevalecer en los muy diversos aislados de GAS en la garganta y la piel en la India.Files
1471-2180-8-150.pdf
Files
(744.5 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e9f2edb9acd5bfde488d7b3aaef0e244
|
744.5 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحليل مقارن لنمط EMMTYPE للمجموعة A من المكورات العقدية الحلقية والجلدية المعزولة عن الهند وارتباطها بـ SIC المرتبط ارتباطًا وثيقًا، وهو عامل فوعة المكورات العقدية
- Translated title (French)
- Analyse comparative du profil de type emm des isolats de streptocoques du groupe A de la gorge et de la peau en provenance de l'Inde et de leur association avec le SIC, un facteur de virulence streptococcique étroitement apparenté
- Translated title (Spanish)
- Análisis comparativo del patrón emmtype de aislados de garganta y piel de Streptococcus del Grupo A de la India y su asociación con SIC estrechamente relacionado, un factor de virulencia estreptocócica
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2015911941
- DOI
- 10.1186/1471-2180-8-150
References
- https://openalex.org/W1525759724
- https://openalex.org/W1546278883
- https://openalex.org/W1988158375
- https://openalex.org/W1992850129
- https://openalex.org/W2016530689
- https://openalex.org/W2027275977
- https://openalex.org/W2038404802
- https://openalex.org/W2039842711
- https://openalex.org/W2047980178
- https://openalex.org/W2053495601
- https://openalex.org/W2060882081
- https://openalex.org/W2085634635
- https://openalex.org/W2086282444
- https://openalex.org/W2090176539
- https://openalex.org/W2094533602
- https://openalex.org/W2100701602
- https://openalex.org/W2100884140
- https://openalex.org/W2104305294
- https://openalex.org/W2107059332
- https://openalex.org/W2113653065
- https://openalex.org/W2120917055
- https://openalex.org/W2123117898
- https://openalex.org/W2126100349
- https://openalex.org/W2126306331
- https://openalex.org/W2126803376
- https://openalex.org/W2139892339
- https://openalex.org/W2166823162
- https://openalex.org/W2172212561
- https://openalex.org/W4239746398