Published November 1, 2016
| Version v1
Publication
Open
Protein/DNA interactions in complex DNA topologies: expect the unexpected
- 1. University of York
- 2. King Mongkut's University of Technology Thonburi
- 3. University of Leeds
Description
DNA supercoiling results in compacted DNA structures that can bring distal sites into close proximity. It also changes the local structure of the DNA, which can in turn influence the way it is recognised by drugs, other nucleic acids and proteins. Here, we discuss how DNA supercoiling and the formation of complex DNA topologies can affect the thermodynamics of DNA recognition. We then speculate on the implications for transcriptional control and the three-dimensional organisation of the genetic material, using examples from our own simulations and from the literature. We introduce and discuss the concept of coupling between the multiple length-scales associated with hierarchical nuclear structural organisation through DNA supercoiling and topology.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
ينتج عن اللف الفائق للحمض النووي هياكل الحمض النووي المضغوطة التي يمكن أن تجعل المواقع البعيدة على مقربة. كما أنه يغير البنية المحلية للحمض النووي، والتي يمكن أن تؤثر بدورها على طريقة التعرف عليه من خلال الأدوية والأحماض النووية الأخرى والبروتينات. هنا، نناقش كيف يمكن أن يؤثر اللف الفائق للحمض النووي وتشكيل طوبولوجيا الحمض النووي المعقدة على الديناميكا الحرارية للتعرف على الحمض النووي. ثم نتكهن بالآثار المترتبة على التحكم في النسخ والتنظيم ثلاثي الأبعاد للمادة الوراثية، باستخدام أمثلة من محاكاتنا الخاصة ومن الأدبيات. نقدم ونناقش مفهوم الاقتران بين مقاييس الطول المتعددة المرتبطة بالتنظيم الهيكلي النووي الهرمي من خلال اللف الفائق للحمض النووي والطوبولوجيا.Translated Description (French)
Le surenroulement de l'ADN donne des structures d'ADN compactées qui peuvent rapprocher les sites distaux. Il modifie également la structure locale de l'ADN, ce qui peut à son tour influencer la façon dont il est reconnu par les médicaments, les autres acides nucléiques et les protéines. Ici, nous discutons de la façon dont le surenroulement de l'ADN et la formation de topologies d'ADN complexes peuvent affecter la thermodynamique de la reconnaissance de l'ADN. Nous spéculons ensuite sur les implications pour le contrôle transcriptionnel et l'organisation tridimensionnelle du matériel génétique, en utilisant des exemples de nos propres simulations et de la littérature. Nous introduisons et discutons du concept de couplage entre les multiples échelles de longueur associées à l'organisation structurelle nucléaire hiérarchique par le surenroulement de l'ADN et la topologie.Translated Description (Spanish)
El superenrollamiento de ADN da como resultado estructuras de ADN compactadas que pueden acercar los sitios distales. También cambia la estructura local del ADN, que a su vez puede influir en la forma en que es reconocido por los fármacos, otros ácidos nucleicos y proteínas. Aquí, discutimos cómo el superenrollamiento del ADN y la formación de topologías complejas de ADN pueden afectar la termodinámica del reconocimiento del ADN. A continuación, especulamos sobre las implicaciones para el control transcripcional y la organización tridimensional del material genético, utilizando ejemplos de nuestras propias simulaciones y de la literatura. Presentamos y discutimos el concepto de acoplamiento entre las múltiples escalas de longitud asociadas con la organización estructural nuclear jerárquica a través del superenrollamiento y la topología del ADN.Files
s12551-016-0241-7.pdf.pdf
Files
(890.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:1257184ce4a8b6708bbe9a8a69872b53
|
890.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تفاعلات البروتين/الحمض النووي في طوبولوجيا الحمض النووي المعقدة: توقع ما هو غير متوقع
- Translated title (French)
- Interactions protéines/ADN dans des topologies d'ADN complexes : attendez-vous à l'inattendu
- Translated title (Spanish)
- Interacciones proteína/ADN en topologías complejas de ADN: esperar lo inesperado
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4248523221
- DOI
- 10.1007/s12551-016-0241-7
References
- https://openalex.org/W1532636003
- https://openalex.org/W1876715207
- https://openalex.org/W1965425724
- https://openalex.org/W1965863160
- https://openalex.org/W1970432442
- https://openalex.org/W1975191033
- https://openalex.org/W1977778400
- https://openalex.org/W1980082881
- https://openalex.org/W1980691896
- https://openalex.org/W1986761529
- https://openalex.org/W1987726601
- https://openalex.org/W1989505302
- https://openalex.org/W1990535832
- https://openalex.org/W1990779594
- https://openalex.org/W1999515447
- https://openalex.org/W2002414008
- https://openalex.org/W2003470745
- https://openalex.org/W2009653511
- https://openalex.org/W2012226733
- https://openalex.org/W2016329387
- https://openalex.org/W2017668896
- https://openalex.org/W2018761712
- https://openalex.org/W2021185620
- https://openalex.org/W2024093226
- https://openalex.org/W2024338331
- https://openalex.org/W2025267562
- https://openalex.org/W2030948026
- https://openalex.org/W2050564504
- https://openalex.org/W2051626060
- https://openalex.org/W2054512596
- https://openalex.org/W2056285674
- https://openalex.org/W2056933486
- https://openalex.org/W2056953607
- https://openalex.org/W2058940094
- https://openalex.org/W2060608189
- https://openalex.org/W2064230672
- https://openalex.org/W2064432113
- https://openalex.org/W2067301744
- https://openalex.org/W2068126220
- https://openalex.org/W2070021921
- https://openalex.org/W2070271523
- https://openalex.org/W2071675188
- https://openalex.org/W2072549747
- https://openalex.org/W2074792171
- https://openalex.org/W2079686785
- https://openalex.org/W2083405943
- https://openalex.org/W2086575741
- https://openalex.org/W2088346351
- https://openalex.org/W2089202243
- https://openalex.org/W2090558348
- https://openalex.org/W2093181144
- https://openalex.org/W2095955242
- https://openalex.org/W2095994064
- https://openalex.org/W2098497185
- https://openalex.org/W2101425827
- https://openalex.org/W2101754326
- https://openalex.org/W2103324856
- https://openalex.org/W2103592163
- https://openalex.org/W2109009245
- https://openalex.org/W2109778555
- https://openalex.org/W2114623980
- https://openalex.org/W2119514855
- https://openalex.org/W2120493132
- https://openalex.org/W2121469408
- https://openalex.org/W2126156443
- https://openalex.org/W2136541305
- https://openalex.org/W2137085545
- https://openalex.org/W2139410228
- https://openalex.org/W2140758638
- https://openalex.org/W2143542642
- https://openalex.org/W2151317664
- https://openalex.org/W2154609842
- https://openalex.org/W2155321576
- https://openalex.org/W2161212572
- https://openalex.org/W2163605769
- https://openalex.org/W2166306420
- https://openalex.org/W2169389191
- https://openalex.org/W2233929950
- https://openalex.org/W2241336214
- https://openalex.org/W2259423114
- https://openalex.org/W2318475661
- https://openalex.org/W2321058582
- https://openalex.org/W2326269909
- https://openalex.org/W2326760886
- https://openalex.org/W2417587008
- https://openalex.org/W2421469866
- https://openalex.org/W2963082702
- https://openalex.org/W3175674216
- https://openalex.org/W604319760