Published November 18, 2023 | Version v1
Publication Open

A smooth tubercle bacillus from Ethiopia phylogenetically close to the Mycobacterium tuberculosis complex

Creators

  • 1. Ethiopian Public Health Institute
  • 2. Vita-Salute San Raffaele University
  • 3. Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico
  • 4. Center for Infection and Immunity of Lille
  • 5. Pasteur Institute of Lille
  • 6. Inserm
  • 7. University of Lille
  • 8. Centre Hospitalier Universitaire de Lille
  • 9. French National Centre for Scientific Research
  • 10. University of Warwick

Description

The Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) includes several human- and animal-adapted pathogens. It is thought to have originated in East Africa from a recombinogenic Mycobacterium canettii-like ancestral pool. Here, we describe the discovery of a clinical tuberculosis strain isolated in Ethiopia that shares archetypal phenotypic and genomic features of M. canettii strains, but represents a phylogenetic branch much closer to the MTBC clade than to the M. canettii strains. Analysis of genomic traces of horizontal gene transfer in this isolate and previously identified M. canettii strains indicates a persistent albeit decreased recombinogenic lifestyle near the emergence of the MTBC. Our findings support that the MTBC emergence from its putative free-living M. canettii-like progenitor is evolutionarily very recent, and suggest the existence of a continuum of further extant derivatives from ancestral stages, close to the root of the MTBC, along the Great Rift Valley.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يتضمن مركب المتفطرة السلية (MTBC) العديد من مسببات الأمراض التي يتكيف معها الإنسان والحيوان. يُعتقد أنه نشأ في شرق إفريقيا من بركة أسلاف متفطرة كانيتي المؤتلفة. هنا، نصف اكتشاف سلالة السل السريرية المعزولة في إثيوبيا التي تشترك في السمات الظاهرية والجينية النموذجية لسلالات M. Canettii، ولكنها تمثل فرعًا من التطور أقرب بكثير إلى فرع MTBC من سلالات M. Canettii. يشير تحليل الآثار الجينية لنقل الجينات الأفقي في هذه السلالات المعزولة والمحددة سابقًا إلى استمرار نمط الحياة المؤتلف وإن كان قد انخفض بالقرب من ظهور MTBC. تدعم النتائج التي توصلنا إليها أن ظهور MTBC من سلفه المفترض الذي يشبه M. canetti حديث جدًا من الناحية التطورية، وتشير إلى وجود سلسلة متصلة من المشتقات الباقية من مراحل الأجداد، بالقرب من جذر MTBC، على طول الوادي المتصدع العظيم.

Translated Description (French)

Le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC) comprend plusieurs agents pathogènes adaptés aux humains et aux animaux. On pense qu'il est originaire d'Afrique de l'Est à partir d'un pool ancestral recombinogène de type Mycobacterium canettii. Ici, nous décrivons la découverte d'une souche de tuberculose clinique isolée en Éthiopie qui partage les caractéristiques phénotypiques et génomiques archétypales des souches de M. canettii, mais représente une branche phylogénétique beaucoup plus proche du clade MTBC que des souches de M. canettii. L'analyse des traces génomiques de transfert horizontal de gènes dans cet isolat et les souches de M. canettii précédemment identifiées indique un mode de vie recombinogène persistant, quoique diminué, près de l'émergence du MTBC. Nos résultats soutiennent que l'émergence du MTBC à partir de son géniteur présumé de M. canettii vivant libre est très récente sur le plan évolutif et suggèrent l'existence d'un continuum d'autres dérivés existants des stades ancestraux, proches de la racine du MTBC, le long de la vallée du Grand Rift.

Translated Description (Spanish)

El complejo de Mycobacterium tuberculosis (MTBC) incluye varios patógenos adaptados a humanos y animales. Se cree que se originó en África Oriental a partir de una piscina ancestral recombinogénica similar a Mycobacterium canettii. Aquí, describimos el descubrimiento de una cepa clínica de tuberculosis aislada en Etiopía que comparte características fenotípicas y genómicas arquetípicas de las cepas de M. canettii, pero representa una rama filogenética mucho más cercana al clado MTBC que a las cepas de M. canettii. El análisis de trazas genómicas de transferencia génica horizontal en este aislado y cepas de M. canettii previamente identificadas indica un estilo de vida recombinogénico persistente aunque disminuido cerca de la aparición del MTBC. Nuestros hallazgos respaldan que la aparición de MTBC a partir de su supuesto progenitor similar a M. canettii de vida libre es evolutivamente muy reciente, y sugieren la existencia de un continuo de derivados existentes adicionales de etapas ancestrales, cerca de la raíz del MTBC, a lo largo del Gran Valle del Rift.

Files

s41467-023-42755-9.pdf.pdf

Files (2.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2c515400e25bf9cbb6cc01d4df66c0be
2.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
عصية السل الملساء من إثيوبيا القريبة وراثيًا من مركب المتفطرة السلية
Translated title (French)
Un bacille tuberculeux lisse d'Ethiopie phylogénétiquement proche du complexe Mycobacterium tuberculosis
Translated title (Spanish)
Un bacilo tuberculoso liso de Etiopía filogenéticamente cercano al complejo Mycobacterium tuberculosis

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4388792330
DOI
10.1038/s41467-023-42755-9

Is supplement to
https://openalex.org/W2470729247 (Other)
https://openalex.org/W2399095344 (Other)
https://openalex.org/W2372782348 (Other)
https://openalex.org/W2094282382 (Other)
https://openalex.org/W2081773228 (Other)
https://openalex.org/W2067544776 (Other)
https://openalex.org/W2039318886 (Other)
https://openalex.org/W1998532332 (Other)
https://openalex.org/W1964668446 (Other)
https://openalex.org/W1733763401 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Ethiopia

References

  • https://openalex.org/W1863711781
  • https://openalex.org/W1954248892
  • https://openalex.org/W1970654452
  • https://openalex.org/W1992046709
  • https://openalex.org/W1998203805
  • https://openalex.org/W2005360702
  • https://openalex.org/W2025021478
  • https://openalex.org/W2044648876
  • https://openalex.org/W2058417246
  • https://openalex.org/W2063756105
  • https://openalex.org/W2066321034
  • https://openalex.org/W2069221265
  • https://openalex.org/W2086237232
  • https://openalex.org/W2088101132
  • https://openalex.org/W2091030812
  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2105341822
  • https://openalex.org/W2111211467
  • https://openalex.org/W2113265821
  • https://openalex.org/W2128784468
  • https://openalex.org/W2131271579
  • https://openalex.org/W2132926880
  • https://openalex.org/W2141052558
  • https://openalex.org/W2142392294
  • https://openalex.org/W2149635735
  • https://openalex.org/W2150131459
  • https://openalex.org/W2158100429
  • https://openalex.org/W2161350984
  • https://openalex.org/W2165016336
  • https://openalex.org/W2169720428
  • https://openalex.org/W2272836913
  • https://openalex.org/W2289762038
  • https://openalex.org/W2311252983
  • https://openalex.org/W2481455061
  • https://openalex.org/W2517845626
  • https://openalex.org/W2533230523
  • https://openalex.org/W2574984917
  • https://openalex.org/W2775071020
  • https://openalex.org/W2788327314
  • https://openalex.org/W2803245377
  • https://openalex.org/W2886063355
  • https://openalex.org/W2901029329
  • https://openalex.org/W2946717857
  • https://openalex.org/W2950875755
  • https://openalex.org/W2951724376
  • https://openalex.org/W2953860631
  • https://openalex.org/W2966121413
  • https://openalex.org/W2972533591
  • https://openalex.org/W2990246430
  • https://openalex.org/W2991459893
  • https://openalex.org/W3033715420
  • https://openalex.org/W3087439244
  • https://openalex.org/W3116485762
  • https://openalex.org/W3118994006
  • https://openalex.org/W3128457606
  • https://openalex.org/W3160488445
  • https://openalex.org/W3184716940